# TARGET T0281 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0281.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 21.5106 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.660 0.214 0.078 0.034 0.011 0.003 0.001 2 W 0.582 0.207 0.109 0.067 0.029 0.007 0.001 3 M 0.481 0.287 0.140 0.069 0.019 0.004 0.001 4 P 0.481 0.298 0.131 0.066 0.021 0.004 0.001 5 P 0.425 0.184 0.143 0.132 0.087 0.026 0.002 6 R 0.510 0.316 0.120 0.040 0.012 0.002 0.001 7 P 0.424 0.268 0.167 0.103 0.033 0.005 0.001 8 E 0.495 0.303 0.142 0.046 0.012 0.002 0.001 9 E 0.282 0.472 0.194 0.044 0.007 0.001 0.001 10 V 0.018 0.028 0.077 0.315 0.422 0.135 0.004 11 A 0.017 0.081 0.205 0.366 0.257 0.070 0.003 12 R 0.199 0.484 0.221 0.077 0.016 0.003 0.001 13 K 0.045 0.148 0.326 0.346 0.120 0.015 0.001 14 L 0.018 0.021 0.057 0.192 0.457 0.248 0.007 15 R 0.189 0.358 0.285 0.133 0.031 0.004 0.001 16 R 0.484 0.347 0.116 0.040 0.011 0.003 0.001 17 L 0.149 0.223 0.295 0.231 0.084 0.016 0.001 18 G 0.265 0.257 0.192 0.165 0.086 0.033 0.003 19 F 0.134 0.106 0.124 0.206 0.266 0.145 0.017 20 V 0.194 0.234 0.223 0.178 0.113 0.049 0.009 21 E 0.247 0.300 0.209 0.151 0.067 0.023 0.003 22 R 0.197 0.205 0.209 0.204 0.130 0.049 0.006 23 M 0.204 0.211 0.193 0.184 0.130 0.065 0.013 24 A 0.239 0.237 0.201 0.179 0.097 0.039 0.008 25 K 0.259 0.271 0.198 0.148 0.079 0.037 0.008 26 G 0.142 0.175 0.183 0.191 0.157 0.114 0.039 27 G 0.051 0.152 0.206 0.223 0.176 0.147 0.045 28 H 0.012 0.024 0.053 0.142 0.285 0.355 0.130 29 R 0.026 0.076 0.140 0.229 0.264 0.213 0.052 30 L 0.025 0.080 0.141 0.194 0.259 0.248 0.053 31 Y 0.012 0.023 0.050 0.163 0.373 0.340 0.039 32 T 0.032 0.194 0.316 0.290 0.133 0.031 0.002 33 H 0.065 0.223 0.310 0.278 0.110 0.014 0.001 34 P 0.609 0.282 0.082 0.022 0.004 0.001 0.001 35 D 0.780 0.169 0.040 0.009 0.001 0.001 0.001 36 G 0.371 0.344 0.199 0.072 0.013 0.001 0.001 37 R 0.101 0.293 0.318 0.208 0.069 0.010 0.001 38 I 0.007 0.039 0.135 0.283 0.353 0.170 0.013 39 V 0.001 0.005 0.020 0.066 0.247 0.540 0.121 40 V 0.001 0.003 0.013 0.047 0.173 0.466 0.297 41 V 0.001 0.002 0.006 0.030 0.147 0.478 0.335 42 P 0.002 0.019 0.059 0.177 0.321 0.342 0.080 43 F 0.005 0.042 0.139 0.300 0.337 0.161 0.017 44 H 0.043 0.197 0.325 0.270 0.130 0.031 0.003 45 S 0.400 0.361 0.170 0.054 0.013 0.002 0.001 46 G 0.482 0.313 0.143 0.048 0.011 0.002 0.001 47 E 0.478 0.318 0.131 0.054 0.016 0.003 0.001 48 L 0.026 0.073 0.213 0.400 0.242 0.045 0.001 49 P 0.125 0.322 0.321 0.173 0.050 0.008 0.001 50 K 0.317 0.398 0.192 0.070 0.019 0.003 0.001 51 G 0.136 0.243 0.297 0.212 0.094 0.017 0.001 52 T 0.011 0.035 0.082 0.197 0.359 0.295 0.021 53 F 0.010 0.034 0.079 0.238 0.358 0.256 0.025 54 K 0.057 0.300 0.328 0.216 0.074 0.023 0.002 55 R 0.017 0.075 0.216 0.358 0.245 0.082 0.006 56 I 0.010 0.014 0.029 0.106 0.305 0.483 0.052 57 L 0.030 0.088 0.201 0.310 0.262 0.101 0.008 58 R 0.142 0.276 0.234 0.187 0.106 0.050 0.005 59 D 0.096 0.221 0.279 0.230 0.121 0.048 0.004 60 A 0.058 0.075 0.148 0.290 0.297 0.123 0.008 61 G 0.409 0.365 0.139 0.059 0.021 0.006 0.001 62 L 0.145 0.163 0.247 0.284 0.139 0.021 0.001 63 T 0.669 0.260 0.058 0.010 0.001 0.001 0.001 64 E 0.637 0.271 0.073 0.017 0.002 0.001 0.001 65 E 0.831 0.132 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 66 E 0.558 0.312 0.097 0.028 0.004 0.001 0.001 67 F 0.136 0.142 0.229 0.342 0.134 0.016 0.001 68 H 0.306 0.326 0.226 0.109 0.030 0.004 0.001 69 N 0.677 0.232 0.066 0.020 0.004 0.001 0.001 70 L 0.460 0.223 0.171 0.106 0.034 0.006 0.001