# TARGET T0263 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0263.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.113 0.091 0.045 0.017 0.110 0.011 0.014 0.268 0.128 0.135 0.068 2 A 0.063 0.103 0.035 0.021 0.107 0.028 0.043 0.402 0.134 0.045 0.020 3 T 0.128 0.100 0.031 0.012 0.236 0.014 0.049 0.293 0.085 0.034 0.020 4 L 0.183 0.076 0.022 0.031 0.271 0.031 0.041 0.193 0.067 0.052 0.033 5 L 0.120 0.192 0.018 0.005 0.498 0.007 0.013 0.083 0.025 0.020 0.018 6 Q 0.387 0.037 0.005 0.003 0.416 0.004 0.005 0.028 0.011 0.022 0.081 7 L 0.146 0.134 0.018 0.010 0.584 0.009 0.010 0.047 0.011 0.010 0.022 8 H 0.333 0.036 0.007 0.004 0.377 0.008 0.015 0.032 0.021 0.060 0.106 9 F 0.140 0.220 0.041 0.010 0.488 0.003 0.006 0.024 0.013 0.020 0.035 10 A 0.148 0.112 0.035 0.017 0.235 0.029 0.063 0.073 0.062 0.146 0.080 11 F 0.100 0.185 0.122 0.088 0.197 0.053 0.062 0.069 0.035 0.048 0.042 12 N 0.044 0.080 0.045 0.098 0.073 0.069 0.081 0.075 0.072 0.301 0.061 13 G 0.008 0.097 0.254 0.343 0.029 0.105 0.045 0.040 0.026 0.040 0.011 14 P 0.063 0.190 0.105 0.021 0.105 0.020 0.040 0.231 0.089 0.088 0.047 15 F 0.025 0.113 0.061 0.011 0.045 0.010 0.017 0.362 0.186 0.141 0.027 16 G 0.011 0.108 0.073 0.024 0.024 0.017 0.009 0.598 0.096 0.028 0.011 17 D 0.004 0.009 0.005 0.002 0.008 0.003 0.004 0.866 0.086 0.009 0.004 18 A 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.904 0.076 0.010 0.001 19 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.906 0.075 0.012 0.001 20 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.898 0.083 0.004 0.001 21 E 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.043 0.862 0.075 0.007 0.001 22 Q 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.785 0.106 0.071 0.009 23 L 0.004 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.624 0.220 0.131 0.010 24 K 0.001 0.008 0.002 0.001 0.002 0.002 0.016 0.829 0.137 0.002 0.001 25 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.876 0.084 0.006 0.001 26 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.020 0.749 0.174 0.047 0.001 27 A 0.009 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.003 0.707 0.218 0.041 0.008 28 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.027 0.755 0.200 0.006 0.001 29 S 0.004 0.007 0.003 0.003 0.007 0.005 0.067 0.686 0.154 0.062 0.002 30 I 0.040 0.068 0.014 0.004 0.091 0.009 0.041 0.349 0.246 0.118 0.019 31 N 0.043 0.019 0.006 0.009 0.037 0.010 0.058 0.371 0.232 0.180 0.036 32 Q 0.061 0.090 0.049 0.019 0.091 0.024 0.083 0.205 0.170 0.172 0.037 33 E 0.082 0.231 0.140 0.044 0.237 0.028 0.052 0.096 0.036 0.029 0.027 34 P 0.048 0.218 0.088 0.034 0.132 0.071 0.141 0.089 0.091 0.062 0.027 35 G 0.088 0.059 0.063 0.035 0.101 0.008 0.009 0.022 0.038 0.455 0.122 36 F 0.246 0.158 0.023 0.003 0.478 0.002 0.003 0.007 0.006 0.030 0.046 37 L 0.263 0.093 0.020 0.021 0.488 0.018 0.012 0.008 0.004 0.016 0.056 38 W 0.186 0.161 0.014 0.005 0.605 0.003 0.002 0.003 0.001 0.004 0.016 39 K 0.216 0.100 0.008 0.001 0.659 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 40 V 0.371 0.069 0.006 0.001 0.520 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.027 41 W 0.317 0.067 0.011 0.010 0.406 0.020 0.011 0.009 0.003 0.013 0.134 42 T 0.161 0.238 0.049 0.006 0.470 0.004 0.007 0.014 0.005 0.014 0.031 43 E 0.189 0.138 0.038 0.025 0.246 0.037 0.032 0.045 0.037 0.121 0.091 44 S 0.084 0.335 0.276 0.028 0.248 0.003 0.001 0.004 0.003 0.003 0.014 45 E 0.027 0.032 0.017 0.036 0.031 0.021 0.053 0.376 0.354 0.038 0.014 46 K 0.019 0.109 0.085 0.054 0.043 0.053 0.180 0.181 0.101 0.153 0.024 47 N 0.086 0.183 0.045 0.023 0.149 0.026 0.026 0.073 0.073 0.207 0.110 48 H 0.079 0.105 0.083 0.044 0.098 0.057 0.070 0.136 0.128 0.127 0.073 49 E 0.176 0.121 0.088 0.031 0.180 0.034 0.049 0.083 0.069 0.103 0.066 50 A 0.148 0.207 0.064 0.030 0.281 0.023 0.036 0.038 0.029 0.077 0.066 51 G 0.173 0.096 0.057 0.096 0.198 0.033 0.022 0.020 0.020 0.175 0.109 52 G 0.058 0.310 0.143 0.122 0.296 0.016 0.007 0.010 0.006 0.017 0.015 53 I 0.192 0.142 0.012 0.001 0.622 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.019 54 Y 0.184 0.134 0.007 0.001 0.650 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.015 55 L 0.275 0.065 0.009 0.001 0.506 0.003 0.008 0.014 0.006 0.021 0.090 56 F 0.195 0.190 0.046 0.015 0.339 0.018 0.027 0.035 0.020 0.031 0.083 57 T 0.033 0.130 0.056 0.053 0.096 0.098 0.078 0.112 0.097 0.206 0.041 58 D 0.178 0.278 0.173 0.006 0.279 0.001 0.001 0.010 0.007 0.022 0.046 59 E 0.003 0.004 0.001 0.001 0.006 0.004 0.004 0.569 0.370 0.033 0.004 60 K 0.001 0.006 0.003 0.002 0.002 0.004 0.017 0.869 0.089 0.006 0.001 61 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.844 0.111 0.034 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.912 0.079 0.007 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.931 0.062 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.947 0.041 0.002 0.001 65 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.907 0.074 0.014 0.001 66 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.903 0.089 0.004 0.001 67 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.942 0.043 0.001 0.001 68 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.952 0.025 0.007 0.001 69 H 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.914 0.066 0.010 0.001 70 T 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.926 0.062 0.004 0.001 71 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.948 0.036 0.004 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.942 0.046 0.002 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.894 0.084 0.008 0.001 74 K 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.004 0.033 0.753 0.188 0.011 0.001 75 N 0.006 0.045 0.006 0.006 0.014 0.010 0.111 0.591 0.132 0.075 0.004 76 L 0.005 0.519 0.366 0.010 0.059 0.002 0.002 0.005 0.006 0.022 0.004 77 G 0.216 0.059 0.041 0.015 0.082 0.007 0.010 0.016 0.019 0.260 0.276 78 V 0.336 0.130 0.013 0.002 0.390 0.001 0.001 0.009 0.018 0.021 0.080 79 E 0.008 0.027 0.013 0.084 0.032 0.185 0.373 0.166 0.071 0.035 0.005 80 E 0.248 0.130 0.032 0.002 0.497 0.001 0.003 0.012 0.011 0.037 0.026 81 V 0.295 0.089 0.005 0.001 0.585 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.019 82 V 0.238 0.048 0.010 0.010 0.449 0.029 0.042 0.012 0.005 0.043 0.112 83 A 0.259 0.152 0.030 0.011 0.456 0.002 0.003 0.005 0.004 0.014 0.064 84 K 0.166 0.187 0.037 0.021 0.442 0.018 0.018 0.027 0.016 0.028 0.038 85 V 0.351 0.034 0.008 0.007 0.274 0.012 0.017 0.026 0.021 0.070 0.180 86 F 0.087 0.286 0.069 0.055 0.329 0.015 0.023 0.026 0.018 0.050 0.041 87 D 0.205 0.185 0.083 0.023 0.305 0.016 0.017 0.028 0.023 0.050 0.065 88 V 0.111 0.114 0.036 0.019 0.185 0.021 0.033 0.158 0.153 0.097 0.073 89 N 0.067 0.044 0.022 0.037 0.077 0.044 0.101 0.113 0.127 0.314 0.054 90 E 0.039 0.303 0.306 0.054 0.138 0.013 0.018 0.051 0.031 0.034 0.014 91 P 0.086 0.364 0.114 0.009 0.209 0.008 0.014 0.088 0.044 0.030 0.033 92 L 0.116 0.049 0.019 0.009 0.142 0.011 0.019 0.194 0.242 0.137 0.061 93 S 0.024 0.144 0.068 0.017 0.072 0.018 0.061 0.404 0.141 0.042 0.011 94 Q 0.100 0.073 0.024 0.007 0.138 0.007 0.031 0.335 0.126 0.112 0.048 95 I 0.040 0.093 0.040 0.041 0.071 0.113 0.091 0.371 0.079 0.041 0.020 96 N 0.044 0.056 0.035 0.019 0.067 0.028 0.067 0.503 0.093 0.060 0.028 97 Q 0.009 0.019 0.016 0.007 0.008 0.003 0.006 0.520 0.199 0.190 0.021 98 A 0.002 0.032 0.027 0.014 0.005 0.004 0.006 0.801 0.099 0.010 0.001 99 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.933 0.052 0.002 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.945 0.048 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.039 0.002 0.001 102 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.059 0.003 0.001 103 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.941 0.049 0.001 0.001 104 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.943 0.045 0.003 0.001 105 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.900 0.083 0.006 0.001 106 L 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.895 0.090 0.002 0.001 107 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.876 0.102 0.005 0.001 108 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.875 0.085 0.007 0.001 109 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.043 0.791 0.140 0.016 0.001 110 F 0.003 0.004 0.001 0.001 0.011 0.003 0.056 0.730 0.170 0.019 0.002 111 A 0.011 0.007 0.002 0.003 0.015 0.011 0.134 0.511 0.196 0.105 0.005 112 F 0.020 0.087 0.050 0.023 0.074 0.048 0.255 0.318 0.076 0.044 0.006 113 N 0.053 0.079 0.049 0.058 0.062 0.035 0.070 0.124 0.084 0.311 0.076 114 G 0.004 0.054 0.206 0.347 0.014 0.160 0.079 0.071 0.034 0.025 0.004 115 P 0.025 0.112 0.102 0.044 0.040 0.053 0.098 0.347 0.102 0.056 0.020 116 F 0.023 0.037 0.016 0.013 0.029 0.021 0.040 0.375 0.253 0.170 0.025 117 G 0.009 0.061 0.079 0.111 0.018 0.052 0.028 0.410 0.121 0.095 0.016 118 D 0.014 0.036 0.021 0.008 0.023 0.006 0.017 0.680 0.124 0.056 0.014 119 A 0.007 0.012 0.009 0.003 0.005 0.004 0.013 0.773 0.126 0.038 0.008 120 M 0.005 0.018 0.006 0.002 0.009 0.002 0.008 0.763 0.165 0.020 0.003 121 A 0.005 0.013 0.005 0.004 0.008 0.007 0.024 0.764 0.153 0.014 0.002 122 E 0.005 0.018 0.010 0.009 0.013 0.020 0.096 0.677 0.113 0.034 0.006 123 Q 0.030 0.015 0.005 0.003 0.020 0.003 0.014 0.495 0.162 0.218 0.036 124 L 0.010 0.043 0.024 0.008 0.016 0.005 0.008 0.531 0.240 0.105 0.010 125 K 0.003 0.043 0.023 0.007 0.014 0.006 0.030 0.760 0.107 0.005 0.002 126 P 0.008 0.010 0.009 0.008 0.010 0.009 0.040 0.780 0.105 0.018 0.003 127 L 0.004 0.005 0.003 0.002 0.010 0.005 0.028 0.754 0.161 0.025 0.003 128 A 0.018 0.009 0.005 0.004 0.016 0.006 0.012 0.612 0.259 0.051 0.009 129 E 0.009 0.025 0.011 0.007 0.024 0.015 0.084 0.583 0.186 0.050 0.006 130 S 0.037 0.046 0.017 0.013 0.068 0.016 0.108 0.472 0.109 0.096 0.018 131 I 0.065 0.194 0.055 0.017 0.220 0.026 0.065 0.146 0.104 0.086 0.023 132 N 0.212 0.037 0.017 0.023 0.159 0.013 0.021 0.067 0.053 0.247 0.152 133 Q 0.085 0.194 0.120 0.050 0.146 0.037 0.055 0.102 0.101 0.080 0.031 134 E 0.042 0.202 0.226 0.092 0.123 0.046 0.070 0.101 0.044 0.033 0.021 135 P 0.097 0.231 0.066 0.022 0.202 0.033 0.060 0.062 0.074 0.096 0.058 136 G 0.074 0.105 0.133 0.086 0.147 0.024 0.020 0.027 0.039 0.260 0.085 137 F 0.212 0.211 0.043 0.005 0.430 0.003 0.004 0.018 0.011 0.024 0.038 138 L 0.269 0.108 0.022 0.011 0.447 0.010 0.011 0.022 0.012 0.020 0.068 139 W 0.141 0.257 0.037 0.007 0.509 0.005 0.006 0.014 0.005 0.007 0.013 140 K 0.271 0.130 0.017 0.001 0.525 0.002 0.004 0.012 0.004 0.005 0.029 141 V 0.272 0.163 0.034 0.012 0.368 0.012 0.011 0.042 0.013 0.011 0.062 142 W 0.156 0.101 0.034 0.028 0.182 0.056 0.076 0.144 0.053 0.077 0.093 143 T 0.077 0.271 0.195 0.048 0.208 0.015 0.013 0.071 0.041 0.034 0.027 144 E 0.083 0.046 0.041 0.056 0.070 0.048 0.043 0.327 0.179 0.061 0.046 145 S 0.048 0.081 0.075 0.036 0.084 0.019 0.037 0.324 0.145 0.111 0.041 146 E 0.090 0.052 0.018 0.021 0.108 0.012 0.034 0.430 0.145 0.060 0.030 147 K 0.038 0.076 0.041 0.017 0.102 0.025 0.090 0.404 0.116 0.075 0.017 148 N 0.097 0.064 0.021 0.022 0.091 0.032 0.078 0.385 0.103 0.072 0.035 149 H 0.045 0.062 0.062 0.039 0.057 0.031 0.053 0.383 0.144 0.089 0.034 150 E 0.084 0.036 0.035 0.028 0.054 0.045 0.071 0.394 0.143 0.077 0.033 151 A 0.056 0.241 0.128 0.037 0.161 0.020 0.038 0.152 0.049 0.087 0.032 152 G 0.080 0.075 0.050 0.080 0.088 0.030 0.022 0.085 0.039 0.347 0.104 153 G 0.045 0.204 0.139 0.183 0.171 0.051 0.031 0.084 0.026 0.053 0.015 154 I 0.177 0.195 0.018 0.003 0.517 0.002 0.007 0.043 0.008 0.005 0.025 155 Y 0.173 0.169 0.016 0.002 0.547 0.007 0.014 0.044 0.009 0.003 0.017 156 L 0.313 0.053 0.006 0.002 0.419 0.007 0.027 0.080 0.013 0.019 0.063 157 F 0.175 0.065 0.019 0.023 0.199 0.060 0.088 0.093 0.039 0.110 0.130 158 T 0.024 0.173 0.150 0.205 0.067 0.064 0.026 0.082 0.053 0.129 0.029 159 D 0.186 0.137 0.093 0.019 0.230 0.007 0.010 0.100 0.049 0.096 0.073 160 E 0.011 0.036 0.010 0.004 0.014 0.010 0.023 0.566 0.267 0.049 0.010 161 K 0.006 0.015 0.006 0.004 0.010 0.009 0.023 0.779 0.118 0.024 0.005 162 S 0.004 0.022 0.006 0.001 0.008 0.001 0.005 0.830 0.102 0.020 0.002 163 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.908 0.076 0.010 0.001 164 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.930 0.064 0.001 0.001 165 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.944 0.049 0.001 0.001 166 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.932 0.058 0.005 0.001 167 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.879 0.110 0.007 0.001 168 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.871 0.099 0.004 0.001 169 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.044 0.904 0.035 0.006 0.001 170 H 0.011 0.019 0.008 0.004 0.014 0.007 0.027 0.763 0.089 0.052 0.007 171 T 0.010 0.007 0.003 0.002 0.013 0.003 0.018 0.806 0.107 0.023 0.008 172 A 0.009 0.011 0.007 0.003 0.021 0.003 0.008 0.856 0.066 0.013 0.003 173 R 0.003 0.007 0.001 0.001 0.013 0.002 0.006 0.907 0.057 0.003 0.001 174 L 0.012 0.002 0.001 0.001 0.010 0.002 0.013 0.858 0.088 0.012 0.003 175 K 0.006 0.012 0.008 0.005 0.012 0.011 0.064 0.717 0.146 0.017 0.003 176 N 0.032 0.037 0.005 0.003 0.032 0.013 0.187 0.546 0.077 0.059 0.010 177 L 0.006 0.578 0.306 0.009 0.079 0.003 0.002 0.003 0.003 0.009 0.002 178 G 0.313 0.046 0.052 0.040 0.078 0.010 0.009 0.014 0.013 0.160 0.264 179 V 0.279 0.201 0.035 0.004 0.367 0.003 0.005 0.018 0.020 0.016 0.053 180 E 0.085 0.207 0.035 0.054 0.255 0.062 0.081 0.108 0.049 0.034 0.030 181 E 0.229 0.138 0.026 0.003 0.517 0.006 0.010 0.026 0.014 0.013 0.018 182 V 0.306 0.088 0.009 0.004 0.510 0.005 0.004 0.022 0.006 0.006 0.041 183 V 0.254 0.035 0.012 0.024 0.346 0.039 0.048 0.044 0.016 0.052 0.130 184 A 0.164 0.191 0.056 0.019 0.416 0.007 0.011 0.033 0.022 0.036 0.045 185 K 0.151 0.189 0.055 0.017 0.412 0.008 0.015 0.034 0.025 0.043 0.051 186 V 0.312 0.052 0.011 0.007 0.277 0.011 0.026 0.050 0.040 0.094 0.119 187 F 0.050 0.335 0.086 0.047 0.254 0.022 0.051 0.052 0.027 0.054 0.023 188 D 0.187 0.227 0.121 0.028 0.288 0.010 0.011 0.030 0.021 0.033 0.045 189 V 0.015 0.022 0.016 0.022 0.024 0.043 0.072 0.331 0.338 0.098 0.021 190 N 0.027 0.049 0.038 0.036 0.038 0.040 0.098 0.163 0.133 0.342 0.038 191 E 0.055 0.224 0.201 0.056 0.125 0.017 0.024 0.131 0.058 0.070 0.038 192 P 0.050 0.169 0.064 0.013 0.100 0.019 0.032 0.338 0.142 0.047 0.025 193 L 0.049 0.026 0.016 0.009 0.060 0.010 0.020 0.405 0.267 0.113 0.024 194 S 0.031 0.077 0.040 0.012 0.044 0.009 0.044 0.570 0.101 0.058 0.015 195 Q 0.051 0.052 0.019 0.012 0.078 0.010 0.019 0.592 0.093 0.054 0.021 196 I 0.017 0.034 0.015 0.011 0.038 0.025 0.045 0.702 0.088 0.016 0.008 197 N 0.061 0.027 0.018 0.010 0.041 0.011 0.018 0.670 0.078 0.043 0.024 198 Q 0.010 0.017 0.011 0.008 0.012 0.007 0.007 0.751 0.125 0.043 0.010 199 A 0.027 0.051 0.014 0.006 0.048 0.005 0.008 0.720 0.103 0.011 0.008 200 K 0.010 0.029 0.022 0.009 0.029 0.006 0.016 0.718 0.119 0.034 0.007 201 L 0.016 0.026 0.012 0.008 0.028 0.013 0.040 0.674 0.122 0.052 0.009 202 A 0.032 0.060 0.026 0.020 0.056 0.013 0.038 0.483 0.164 0.088 0.020