# TARGET T0263 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0263.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 15 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.647 0.196 0.097 0.044 0.012 0.003 0.001 2 A 0.644 0.189 0.087 0.052 0.022 0.005 0.001 3 T 0.344 0.220 0.145 0.130 0.102 0.050 0.008 4 L 0.347 0.156 0.128 0.137 0.117 0.093 0.022 5 L 0.261 0.174 0.161 0.181 0.123 0.075 0.023 6 Q 0.322 0.157 0.115 0.119 0.140 0.118 0.030 7 L 0.249 0.125 0.111 0.163 0.187 0.141 0.024 8 H 0.218 0.180 0.184 0.214 0.134 0.065 0.006 9 F 0.155 0.124 0.125 0.207 0.250 0.125 0.014 10 A 0.241 0.293 0.260 0.141 0.054 0.010 0.001 11 F 0.254 0.176 0.167 0.237 0.131 0.032 0.001 12 N 0.560 0.309 0.092 0.032 0.007 0.001 0.001 13 G 0.507 0.258 0.129 0.074 0.025 0.006 0.001 14 P 0.391 0.249 0.173 0.118 0.053 0.014 0.001 15 F 0.247 0.263 0.181 0.172 0.105 0.030 0.003 16 G 0.109 0.231 0.324 0.225 0.090 0.019 0.001 17 D 0.472 0.399 0.102 0.023 0.004 0.001 0.001 18 A 0.093 0.334 0.340 0.179 0.047 0.006 0.001 19 M 0.011 0.025 0.066 0.227 0.456 0.207 0.008 20 A 0.033 0.268 0.362 0.256 0.071 0.010 0.001 21 E 0.258 0.547 0.157 0.031 0.005 0.001 0.001 22 Q 0.010 0.049 0.207 0.406 0.271 0.055 0.002 23 L 0.028 0.036 0.052 0.156 0.374 0.330 0.023 24 K 0.105 0.342 0.320 0.177 0.048 0.007 0.001 25 P 0.194 0.355 0.285 0.128 0.032 0.005 0.001 26 L 0.048 0.070 0.097 0.215 0.319 0.231 0.020 27 A 0.072 0.113 0.173 0.276 0.266 0.093 0.007 28 E 0.323 0.366 0.195 0.088 0.023 0.004 0.001 29 S 0.223 0.268 0.219 0.183 0.083 0.022 0.002 30 I 0.071 0.084 0.136 0.263 0.279 0.147 0.021 31 N 0.378 0.300 0.174 0.092 0.041 0.012 0.002 32 Q 0.498 0.275 0.119 0.075 0.026 0.006 0.001 33 E 0.314 0.215 0.156 0.164 0.101 0.043 0.007 34 P 0.390 0.215 0.154 0.123 0.075 0.035 0.007 35 G 0.447 0.206 0.127 0.103 0.072 0.040 0.006 36 F 0.189 0.138 0.148 0.191 0.188 0.123 0.023 37 L 0.203 0.166 0.157 0.199 0.164 0.092 0.020 38 W 0.076 0.079 0.093 0.161 0.241 0.282 0.068 39 K 0.055 0.077 0.124 0.205 0.246 0.234 0.059 40 V 0.045 0.041 0.067 0.133 0.215 0.344 0.155 41 W 0.083 0.081 0.117 0.203 0.256 0.221 0.040 42 T 0.089 0.072 0.106 0.204 0.283 0.211 0.034 43 E 0.315 0.268 0.185 0.134 0.067 0.027 0.004 44 S 0.322 0.305 0.206 0.121 0.038 0.007 0.001 45 E 0.284 0.245 0.184 0.168 0.094 0.022 0.002 46 K 0.504 0.284 0.130 0.058 0.019 0.004 0.001 47 N 0.476 0.284 0.138 0.073 0.023 0.005 0.001 48 H 0.336 0.314 0.181 0.109 0.045 0.013 0.002 49 E 0.293 0.243 0.191 0.148 0.086 0.034 0.005 50 A 0.182 0.144 0.154 0.192 0.177 0.124 0.028 51 G 0.149 0.167 0.163 0.203 0.165 0.113 0.041 52 G 0.128 0.126 0.121 0.166 0.181 0.176 0.103 53 I 0.097 0.085 0.104 0.145 0.183 0.247 0.139 54 Y 0.073 0.121 0.169 0.230 0.197 0.152 0.058 55 L 0.089 0.111 0.133 0.196 0.227 0.206 0.038 56 F 0.050 0.093 0.138 0.270 0.307 0.131 0.011 57 T 0.200 0.344 0.262 0.138 0.043 0.011 0.002 58 D 0.216 0.346 0.226 0.155 0.048 0.009 0.001 59 E 0.124 0.268 0.288 0.209 0.090 0.020 0.001 60 K 0.484 0.341 0.123 0.040 0.011 0.002 0.001 61 S 0.220 0.416 0.246 0.091 0.023 0.004 0.001 62 A 0.026 0.048 0.112 0.276 0.393 0.141 0.004 63 L 0.077 0.320 0.331 0.195 0.065 0.011 0.001 64 A 0.165 0.420 0.222 0.120 0.056 0.016 0.001 65 Y 0.016 0.064 0.213 0.409 0.237 0.060 0.002 66 L 0.025 0.043 0.096 0.283 0.382 0.163 0.008 67 E 0.227 0.471 0.206 0.076 0.017 0.003 0.001 68 K 0.238 0.350 0.248 0.121 0.035 0.007 0.001 69 H 0.060 0.092 0.124 0.261 0.295 0.154 0.014 70 T 0.103 0.264 0.285 0.228 0.099 0.019 0.001 71 A 0.325 0.384 0.177 0.085 0.024 0.004 0.001 72 R 0.078 0.189 0.268 0.274 0.154 0.035 0.002 73 L 0.101 0.152 0.183 0.287 0.212 0.062 0.004 74 K 0.355 0.408 0.160 0.060 0.014 0.003 0.001 75 N 0.393 0.350 0.157 0.074 0.022 0.004 0.001 76 L 0.136 0.249 0.262 0.218 0.105 0.028 0.002 77 G 0.216 0.253 0.211 0.177 0.107 0.033 0.002 78 V 0.121 0.125 0.165 0.263 0.217 0.098 0.010 79 E 0.240 0.346 0.219 0.133 0.051 0.011 0.001 80 E 0.153 0.330 0.282 0.160 0.060 0.014 0.001 81 V 0.024 0.066 0.125 0.286 0.316 0.168 0.015 82 V 0.042 0.188 0.264 0.308 0.156 0.040 0.003 83 A 0.017 0.026 0.052 0.148 0.363 0.349 0.044 84 K 0.038 0.217 0.341 0.277 0.100 0.025 0.002 85 V 0.035 0.101 0.176 0.269 0.259 0.144 0.015 86 F 0.012 0.045 0.082 0.197 0.343 0.285 0.036 87 D 0.080 0.240 0.269 0.239 0.118 0.048 0.006 88 V 0.036 0.053 0.095 0.179 0.244 0.293 0.100 89 N 0.105 0.158 0.149 0.196 0.201 0.159 0.033 90 E 0.135 0.162 0.186 0.217 0.181 0.095 0.023 91 P 0.152 0.212 0.204 0.192 0.132 0.087 0.020 92 L 0.089 0.091 0.133 0.212 0.246 0.192 0.037 93 S 0.177 0.209 0.190 0.189 0.144 0.074 0.017 94 Q 0.320 0.242 0.182 0.148 0.074 0.030 0.005 95 I 0.301 0.184 0.168 0.160 0.119 0.059 0.010 96 N 0.440 0.236 0.134 0.096 0.055 0.031 0.008 97 Q 0.291 0.190 0.167 0.163 0.118 0.058 0.014 98 A 0.288 0.128 0.103 0.135 0.175 0.136 0.034 99 K 0.202 0.159 0.159 0.186 0.161 0.102 0.031 100 L 0.324 0.136 0.104 0.126 0.128 0.129 0.053 101 A 0.187 0.097 0.078 0.123 0.180 0.239 0.097 102 M 0.227 0.110 0.084 0.106 0.145 0.220 0.108 103 A 0.211 0.108 0.093 0.144 0.157 0.174 0.113 104 T 0.146 0.110 0.097 0.119 0.157 0.238 0.133 105 L 0.211 0.092 0.089 0.132 0.162 0.213 0.101 106 L 0.170 0.120 0.102 0.153 0.207 0.170 0.077 107 Q 0.366 0.142 0.101 0.108 0.126 0.117 0.041 108 L 0.254 0.125 0.101 0.149 0.150 0.145 0.076 109 H 0.270 0.137 0.108 0.141 0.132 0.146 0.066 110 F 0.238 0.117 0.119 0.157 0.158 0.134 0.077 111 A 0.282 0.139 0.111 0.109 0.121 0.132 0.106 112 F 0.305 0.137 0.117 0.140 0.122 0.118 0.061 113 N 0.249 0.188 0.149 0.141 0.137 0.102 0.034 114 G 0.362 0.231 0.145 0.132 0.082 0.040 0.009 115 P 0.344 0.208 0.142 0.152 0.095 0.046 0.012 116 F 0.309 0.167 0.134 0.153 0.132 0.080 0.025 117 G 0.548 0.229 0.117 0.064 0.030 0.009 0.002 118 D 0.584 0.221 0.097 0.058 0.027 0.009 0.003 119 A 0.573 0.165 0.089 0.077 0.052 0.033 0.011 120 M 0.413 0.187 0.128 0.131 0.075 0.049 0.016 121 A 0.470 0.225 0.129 0.091 0.053 0.024 0.008 122 E 0.388 0.205 0.141 0.127 0.095 0.035 0.009 123 Q 0.296 0.209 0.145 0.131 0.114 0.082 0.023 124 L 0.449 0.216 0.138 0.101 0.053 0.033 0.010 125 K 0.479 0.250 0.141 0.080 0.034 0.013 0.003 126 P 0.688 0.156 0.068 0.046 0.027 0.012 0.003 127 L 0.622 0.143 0.091 0.080 0.038 0.020 0.005 128 A 0.630 0.145 0.081 0.078 0.045 0.017 0.004 129 E 0.616 0.186 0.095 0.063 0.031 0.007 0.001 130 S 0.577 0.172 0.089 0.075 0.049 0.030 0.009 131 I 0.332 0.146 0.115 0.132 0.107 0.121 0.048 132 N 0.501 0.189 0.110 0.077 0.062 0.044 0.015 133 Q 0.478 0.160 0.101 0.106 0.088 0.054 0.012 134 E 0.431 0.151 0.099 0.116 0.108 0.080 0.015 135 P 0.481 0.150 0.123 0.126 0.070 0.040 0.010 136 G 0.592 0.167 0.089 0.074 0.052 0.024 0.003 137 F 0.372 0.157 0.133 0.130 0.134 0.063 0.010 138 L 0.233 0.110 0.084 0.153 0.166 0.197 0.057 139 W 0.085 0.060 0.070 0.130 0.204 0.324 0.127 140 K 0.040 0.051 0.075 0.122 0.223 0.313 0.176 141 V 0.084 0.069 0.072 0.121 0.205 0.287 0.162 142 W 0.099 0.069 0.077 0.155 0.202 0.250 0.147 143 T 0.054 0.051 0.062 0.101 0.156 0.306 0.271 144 E 0.123 0.104 0.084 0.144 0.181 0.198 0.166 145 S 0.098 0.115 0.116 0.147 0.188 0.219 0.118 146 E 0.066 0.065 0.061 0.128 0.192 0.291 0.196 147 K 0.076 0.119 0.122 0.150 0.175 0.203 0.154 148 N 0.077 0.098 0.114 0.166 0.180 0.219 0.145 149 H 0.074 0.072 0.078 0.133 0.204 0.278 0.161 150 E 0.108 0.104 0.103 0.157 0.199 0.224 0.106 151 A 0.081 0.086 0.124 0.165 0.187 0.222 0.136 152 G 0.101 0.140 0.146 0.171 0.175 0.181 0.087 153 G 0.062 0.075 0.097 0.186 0.225 0.214 0.140 154 I 0.050 0.060 0.091 0.134 0.201 0.278 0.186 155 Y 0.050 0.070 0.101 0.163 0.214 0.238 0.165 156 L 0.057 0.032 0.040 0.083 0.142 0.350 0.296 157 F 0.071 0.054 0.064 0.137 0.229 0.315 0.129 158 T 0.212 0.222 0.204 0.165 0.106 0.065 0.025 159 D 0.104 0.108 0.111 0.204 0.226 0.181 0.066 160 E 0.077 0.100 0.121 0.170 0.228 0.243 0.061 161 K 0.219 0.206 0.185 0.180 0.129 0.064 0.016 162 S 0.240 0.268 0.210 0.155 0.090 0.032 0.005 163 A 0.225 0.118 0.114 0.156 0.205 0.165 0.016 164 L 0.263 0.176 0.133 0.177 0.147 0.091 0.013 165 A 0.346 0.252 0.163 0.127 0.079 0.029 0.004 166 Y 0.211 0.196 0.212 0.212 0.128 0.036 0.004 167 L 0.343 0.175 0.102 0.119 0.132 0.112 0.018 168 E 0.312 0.241 0.182 0.161 0.070 0.028 0.006 169 K 0.465 0.255 0.142 0.085 0.037 0.013 0.002 170 H 0.548 0.203 0.108 0.079 0.043 0.016 0.003 171 T 0.389 0.184 0.158 0.149 0.077 0.034 0.008 172 A 0.486 0.159 0.109 0.124 0.079 0.036 0.008 173 R 0.455 0.239 0.128 0.091 0.059 0.024 0.004 174 L 0.366 0.213 0.150 0.127 0.089 0.045 0.009 175 K 0.299 0.260 0.195 0.150 0.070 0.023 0.003 176 N 0.377 0.200 0.151 0.139 0.094 0.036 0.003 177 L 0.458 0.267 0.158 0.085 0.025 0.005 0.001 178 G 0.656 0.217 0.075 0.037 0.013 0.003 0.001 179 V 0.411 0.205 0.161 0.132 0.068 0.022 0.002 180 E 0.543 0.239 0.108 0.070 0.032 0.008 0.001 181 E 0.388 0.299 0.177 0.096 0.032 0.007 0.001 182 V 0.205 0.163 0.178 0.212 0.162 0.073 0.007 183 V 0.192 0.170 0.144 0.206 0.181 0.096 0.011 184 A 0.230 0.167 0.151 0.191 0.177 0.076 0.008 185 K 0.066 0.199 0.281 0.274 0.140 0.036 0.004 186 V 0.108 0.145 0.142 0.226 0.230 0.132 0.017 187 F 0.023 0.033 0.044 0.101 0.214 0.391 0.195 188 D 0.106 0.140 0.172 0.217 0.171 0.141 0.053 189 V 0.148 0.092 0.092 0.149 0.169 0.222 0.127 190 N 0.181 0.138 0.108 0.135 0.156 0.195 0.086 191 E 0.192 0.118 0.109 0.168 0.176 0.159 0.078 192 P 0.119 0.164 0.167 0.176 0.168 0.141 0.065 193 L 0.157 0.137 0.147 0.167 0.180 0.158 0.053 194 S 0.189 0.171 0.145 0.170 0.158 0.119 0.048 195 Q 0.232 0.117 0.124 0.185 0.157 0.144 0.041 196 I 0.323 0.177 0.170 0.129 0.098 0.074 0.029 197 N 0.421 0.160 0.103 0.113 0.096 0.077 0.029 198 Q 0.344 0.114 0.097 0.132 0.163 0.128 0.023 199 A 0.418 0.157 0.133 0.121 0.094 0.065 0.012 200 K 0.453 0.201 0.129 0.105 0.061 0.041 0.010 201 L 0.482 0.149 0.108 0.106 0.099 0.051 0.005 202 A 0.582 0.149 0.088 0.082 0.065 0.031 0.003