# TARGET T0263 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0263.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.98393 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.028 0.004 0.004 0.117 0.009 0.015 0.823 2 A 0.140 0.015 0.006 0.047 0.007 0.010 0.775 3 T 0.337 0.006 0.011 0.053 0.259 0.015 0.319 4 L 0.821 0.002 0.019 0.030 0.042 0.019 0.066 5 L 0.924 0.003 0.004 0.033 0.003 0.004 0.028 6 Q 0.948 0.003 0.001 0.033 0.003 0.002 0.009 7 L 0.921 0.001 0.001 0.033 0.002 0.008 0.034 8 H 0.756 0.006 0.001 0.045 0.016 0.051 0.124 9 F 0.660 0.009 0.003 0.026 0.031 0.076 0.195 10 A 0.528 0.025 0.006 0.013 0.084 0.072 0.271 11 F 0.375 0.025 0.009 0.009 0.144 0.127 0.312 12 N 0.174 0.031 0.010 0.007 0.262 0.176 0.340 13 G 0.039 0.010 0.006 0.003 0.461 0.053 0.429 14 P 0.022 0.013 0.015 0.010 0.203 0.294 0.443 15 F 0.011 0.020 0.018 0.031 0.302 0.294 0.322 16 G 0.008 0.008 0.025 0.197 0.283 0.102 0.376 17 D 0.002 0.001 0.026 0.854 0.029 0.048 0.039 18 A 0.002 0.008 0.024 0.902 0.009 0.029 0.027 19 M 0.002 0.002 0.024 0.931 0.005 0.017 0.020 20 A 0.002 0.001 0.017 0.944 0.004 0.022 0.009 21 E 0.002 0.001 0.037 0.871 0.007 0.067 0.015 22 Q 0.001 0.002 0.043 0.795 0.007 0.131 0.021 23 L 0.002 0.002 0.038 0.782 0.014 0.122 0.040 24 K 0.003 0.002 0.057 0.815 0.031 0.041 0.050 25 P 0.001 0.001 0.071 0.834 0.013 0.065 0.016 26 L 0.001 0.003 0.046 0.843 0.008 0.072 0.026 27 A 0.001 0.001 0.052 0.906 0.006 0.019 0.016 28 E 0.001 0.001 0.044 0.926 0.004 0.017 0.007 29 S 0.001 0.001 0.062 0.865 0.005 0.057 0.009 30 I 0.001 0.002 0.058 0.815 0.008 0.097 0.017 31 N 0.005 0.005 0.085 0.529 0.037 0.291 0.048 32 Q 0.018 0.005 0.062 0.227 0.338 0.193 0.157 33 E 0.018 0.007 0.036 0.076 0.369 0.053 0.440 34 P 0.017 0.010 0.074 0.103 0.140 0.419 0.238 35 G 0.038 0.010 0.058 0.052 0.115 0.520 0.207 36 F 0.290 0.027 0.042 0.052 0.144 0.080 0.366 37 L 0.611 0.017 0.017 0.046 0.064 0.030 0.215 38 W 0.802 0.007 0.016 0.031 0.030 0.015 0.099 39 K 0.906 0.006 0.006 0.023 0.012 0.006 0.040 40 V 0.901 0.004 0.004 0.026 0.009 0.007 0.050 41 W 0.845 0.008 0.003 0.028 0.012 0.010 0.094 42 T 0.776 0.008 0.002 0.019 0.015 0.013 0.167 43 E 0.662 0.041 0.008 0.019 0.064 0.038 0.168 44 S 0.312 0.020 0.026 0.011 0.095 0.065 0.471 45 E 0.051 0.004 0.106 0.016 0.134 0.624 0.065 46 K 0.017 0.004 0.059 0.004 0.089 0.788 0.039 47 N 0.046 0.009 0.060 0.002 0.360 0.337 0.186 48 H 0.132 0.016 0.020 0.002 0.281 0.094 0.456 49 E 0.582 0.082 0.017 0.001 0.075 0.064 0.178 50 A 0.762 0.036 0.007 0.001 0.032 0.023 0.139 51 G 0.713 0.003 0.003 0.001 0.091 0.018 0.170 52 G 0.933 0.001 0.001 0.001 0.014 0.004 0.046 53 I 0.977 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 54 Y 0.979 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.012 55 L 0.956 0.003 0.003 0.003 0.004 0.004 0.028 56 F 0.824 0.007 0.003 0.003 0.018 0.025 0.120 57 T 0.264 0.009 0.003 0.003 0.442 0.057 0.223 58 D 0.090 0.021 0.003 0.017 0.589 0.019 0.262 59 E 0.006 0.001 0.030 0.882 0.011 0.046 0.023 60 K 0.002 0.001 0.033 0.934 0.004 0.020 0.006 61 S 0.002 0.002 0.045 0.917 0.005 0.013 0.016 62 A 0.001 0.001 0.028 0.950 0.002 0.011 0.007 63 L 0.001 0.001 0.014 0.969 0.001 0.013 0.002 64 A 0.001 0.001 0.019 0.948 0.001 0.025 0.005 65 Y 0.001 0.001 0.016 0.935 0.004 0.027 0.016 66 L 0.002 0.003 0.012 0.937 0.007 0.020 0.020 67 E 0.001 0.001 0.006 0.944 0.004 0.042 0.004 68 K 0.001 0.001 0.004 0.944 0.003 0.041 0.007 69 H 0.001 0.001 0.003 0.940 0.006 0.027 0.023 70 T 0.001 0.001 0.004 0.956 0.004 0.014 0.020 71 A 0.002 0.001 0.005 0.972 0.005 0.010 0.006 72 R 0.002 0.001 0.005 0.972 0.003 0.010 0.008 73 L 0.005 0.003 0.012 0.947 0.006 0.015 0.013 74 K 0.007 0.001 0.022 0.899 0.009 0.051 0.011 75 N 0.009 0.001 0.033 0.705 0.034 0.192 0.026 76 L 0.009 0.004 0.021 0.371 0.078 0.428 0.088 77 G 0.016 0.009 0.013 0.064 0.108 0.504 0.287 78 V 0.045 0.008 0.026 0.082 0.116 0.060 0.663 79 E 0.172 0.009 0.049 0.107 0.192 0.046 0.424 80 E 0.405 0.013 0.051 0.156 0.090 0.034 0.250 81 V 0.714 0.010 0.014 0.080 0.028 0.011 0.143 82 V 0.880 0.011 0.003 0.024 0.012 0.007 0.063 83 A 0.885 0.002 0.003 0.016 0.015 0.010 0.068 84 K 0.863 0.002 0.003 0.015 0.035 0.009 0.074 85 V 0.884 0.003 0.007 0.032 0.014 0.012 0.049 86 F 0.831 0.009 0.008 0.046 0.020 0.022 0.065 87 D 0.787 0.010 0.009 0.034 0.021 0.037 0.102 88 V 0.529 0.012 0.018 0.040 0.040 0.099 0.262 89 N 0.350 0.023 0.038 0.053 0.177 0.126 0.233 90 E 0.180 0.006 0.034 0.038 0.493 0.044 0.204 91 P 0.174 0.018 0.072 0.073 0.119 0.100 0.445 92 L 0.082 0.022 0.189 0.149 0.086 0.093 0.379 93 S 0.072 0.014 0.194 0.158 0.099 0.163 0.302 94 Q 0.061 0.008 0.193 0.315 0.066 0.190 0.167 95 I 0.083 0.011 0.087 0.441 0.088 0.136 0.153 96 N 0.066 0.008 0.042 0.396 0.105 0.250 0.134 97 Q 0.045 0.004 0.042 0.422 0.115 0.256 0.116 98 A 0.098 0.009 0.014 0.489 0.106 0.037 0.246 99 K 0.110 0.012 0.012 0.683 0.033 0.024 0.126 100 L 0.067 0.006 0.011 0.821 0.026 0.013 0.056 101 A 0.067 0.006 0.009 0.805 0.021 0.018 0.074 102 M 0.017 0.001 0.010 0.945 0.004 0.010 0.013 103 A 0.026 0.001 0.016 0.922 0.008 0.012 0.015 104 T 0.033 0.002 0.020 0.898 0.008 0.018 0.020 105 L 0.026 0.002 0.031 0.885 0.008 0.029 0.018 106 L 0.034 0.003 0.036 0.838 0.014 0.054 0.020 107 Q 0.045 0.002 0.038 0.795 0.020 0.066 0.033 108 L 0.071 0.005 0.047 0.703 0.034 0.063 0.077 109 H 0.077 0.012 0.054 0.629 0.043 0.108 0.077 110 F 0.095 0.012 0.091 0.496 0.041 0.191 0.073 111 A 0.147 0.017 0.091 0.326 0.079 0.167 0.173 112 F 0.136 0.030 0.043 0.123 0.163 0.213 0.292 113 N 0.067 0.043 0.024 0.057 0.258 0.175 0.375 114 G 0.026 0.011 0.012 0.024 0.449 0.050 0.428 115 P 0.022 0.015 0.037 0.077 0.231 0.303 0.316 116 F 0.011 0.015 0.079 0.172 0.130 0.432 0.161 117 G 0.012 0.011 0.110 0.337 0.158 0.193 0.179 118 D 0.013 0.010 0.087 0.509 0.119 0.113 0.149 119 A 0.018 0.032 0.067 0.534 0.090 0.132 0.127 120 M 0.007 0.005 0.056 0.809 0.016 0.060 0.046 121 A 0.006 0.002 0.089 0.837 0.010 0.037 0.019 122 E 0.006 0.002 0.171 0.716 0.014 0.071 0.020 123 Q 0.004 0.003 0.176 0.605 0.013 0.178 0.021 124 L 0.010 0.007 0.077 0.632 0.043 0.132 0.099 125 K 0.023 0.007 0.041 0.445 0.099 0.068 0.317 126 P 0.025 0.010 0.092 0.513 0.068 0.082 0.209 127 L 0.025 0.011 0.145 0.565 0.045 0.115 0.094 128 A 0.024 0.008 0.221 0.584 0.038 0.066 0.058 129 E 0.028 0.008 0.152 0.673 0.035 0.048 0.056 130 S 0.019 0.006 0.133 0.635 0.041 0.087 0.078 131 I 0.009 0.004 0.107 0.603 0.044 0.187 0.046 132 N 0.018 0.010 0.118 0.311 0.095 0.351 0.097 133 Q 0.018 0.008 0.116 0.261 0.220 0.248 0.129 134 E 0.022 0.015 0.061 0.146 0.246 0.064 0.445 135 P 0.015 0.010 0.116 0.207 0.105 0.381 0.167 136 G 0.040 0.011 0.083 0.148 0.089 0.532 0.098 137 F 0.283 0.038 0.055 0.162 0.126 0.076 0.261 138 L 0.439 0.019 0.038 0.271 0.046 0.035 0.152 139 W 0.571 0.010 0.055 0.192 0.037 0.039 0.096 140 K 0.619 0.011 0.038 0.208 0.029 0.038 0.057 141 V 0.603 0.010 0.026 0.181 0.029 0.037 0.114 142 W 0.531 0.039 0.015 0.099 0.045 0.046 0.225 143 T 0.293 0.021 0.015 0.059 0.059 0.051 0.503 144 E 0.117 0.016 0.109 0.123 0.130 0.215 0.289 145 S 0.078 0.010 0.165 0.115 0.131 0.262 0.240 146 E 0.039 0.005 0.246 0.151 0.157 0.272 0.130 147 K 0.085 0.022 0.137 0.167 0.166 0.247 0.176 148 N 0.114 0.037 0.098 0.129 0.151 0.177 0.293 149 H 0.101 0.019 0.115 0.161 0.117 0.268 0.221 150 E 0.099 0.023 0.083 0.093 0.084 0.516 0.103 151 A 0.110 0.017 0.070 0.036 0.123 0.478 0.166 152 G 0.196 0.010 0.019 0.015 0.298 0.172 0.291 153 G 0.596 0.010 0.012 0.013 0.104 0.031 0.233 154 I 0.905 0.011 0.006 0.014 0.011 0.006 0.046 155 Y 0.936 0.008 0.006 0.020 0.006 0.005 0.018 156 L 0.909 0.004 0.011 0.027 0.006 0.011 0.032 157 F 0.835 0.007 0.009 0.022 0.019 0.025 0.083 158 T 0.484 0.016 0.009 0.030 0.193 0.042 0.226 159 D 0.152 0.017 0.017 0.047 0.458 0.055 0.254 160 E 0.025 0.003 0.085 0.520 0.050 0.241 0.075 161 K 0.011 0.004 0.101 0.719 0.028 0.098 0.040 162 S 0.018 0.008 0.092 0.730 0.032 0.051 0.069 163 A 0.015 0.002 0.040 0.876 0.011 0.032 0.024 164 L 0.004 0.001 0.016 0.962 0.002 0.011 0.004 165 A 0.003 0.001 0.015 0.966 0.003 0.009 0.004 166 Y 0.003 0.001 0.011 0.968 0.002 0.013 0.003 167 L 0.006 0.001 0.008 0.963 0.003 0.015 0.004 168 E 0.002 0.001 0.003 0.965 0.002 0.024 0.002 169 K 0.001 0.001 0.002 0.949 0.003 0.040 0.004 170 H 0.005 0.001 0.002 0.912 0.008 0.040 0.031 171 T 0.012 0.002 0.005 0.901 0.010 0.032 0.039 172 A 0.022 0.002 0.011 0.886 0.024 0.029 0.026 173 R 0.028 0.003 0.010 0.893 0.017 0.021 0.027 174 L 0.035 0.006 0.025 0.852 0.015 0.023 0.044 175 K 0.025 0.002 0.028 0.762 0.022 0.141 0.020 176 N 0.018 0.002 0.022 0.638 0.042 0.242 0.036 177 L 0.017 0.006 0.008 0.567 0.078 0.217 0.106 178 G 0.023 0.007 0.004 0.210 0.055 0.397 0.304 179 V 0.033 0.005 0.007 0.682 0.014 0.019 0.240 180 E 0.106 0.006 0.011 0.765 0.017 0.006 0.090 181 E 0.101 0.002 0.010 0.861 0.006 0.004 0.016 182 V 0.186 0.002 0.010 0.772 0.008 0.008 0.013 183 V 0.295 0.006 0.010 0.645 0.009 0.015 0.020 184 A 0.226 0.002 0.017 0.681 0.022 0.028 0.024 185 K 0.254 0.003 0.016 0.598 0.028 0.068 0.033 186 V 0.179 0.009 0.022 0.662 0.020 0.053 0.055 187 F 0.199 0.027 0.023 0.472 0.091 0.076 0.114 188 D 0.181 0.046 0.026 0.122 0.068 0.121 0.436 189 V 0.032 0.009 0.066 0.105 0.096 0.465 0.228 190 N 0.025 0.012 0.103 0.140 0.216 0.318 0.187 191 E 0.025 0.010 0.039 0.088 0.534 0.048 0.256 192 P 0.026 0.023 0.049 0.189 0.095 0.068 0.551 193 L 0.007 0.006 0.157 0.665 0.022 0.064 0.079 194 S 0.006 0.003 0.139 0.701 0.022 0.088 0.041 195 Q 0.006 0.002 0.098 0.762 0.015 0.080 0.036 196 I 0.017 0.011 0.063 0.718 0.031 0.083 0.077 197 N 0.025 0.006 0.056 0.620 0.039 0.135 0.119 198 Q 0.017 0.002 0.081 0.734 0.020 0.075 0.070 199 A 0.022 0.005 0.131 0.632 0.039 0.073 0.098 200 K 0.017 0.008 0.135 0.527 0.036 0.171 0.105 201 L 0.020 0.014 0.060 0.409 0.040 0.135 0.323 202 A 0.011 0.004 0.017 0.096 0.034 0.036 0.801