# TARGET T0263 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0263.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.98393 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.017 0.024 0.010 0.009 0.025 0.012 0.042 0.593 0.149 0.109 0.009 2 A 0.128 0.079 0.009 0.004 0.193 0.008 0.014 0.411 0.083 0.038 0.033 3 T 0.038 0.038 0.007 0.014 0.111 0.042 0.124 0.523 0.071 0.023 0.009 4 L 0.202 0.074 0.009 0.005 0.492 0.008 0.032 0.129 0.019 0.016 0.014 5 L 0.175 0.120 0.006 0.004 0.599 0.004 0.006 0.061 0.007 0.004 0.013 6 Q 0.380 0.035 0.002 0.001 0.428 0.002 0.007 0.036 0.006 0.021 0.082 7 L 0.238 0.145 0.018 0.005 0.448 0.009 0.019 0.037 0.010 0.022 0.050 8 H 0.297 0.079 0.010 0.004 0.443 0.007 0.023 0.023 0.013 0.032 0.069 9 F 0.241 0.181 0.033 0.005 0.405 0.003 0.005 0.027 0.021 0.031 0.049 10 A 0.182 0.121 0.024 0.009 0.300 0.027 0.082 0.095 0.052 0.064 0.044 11 F 0.135 0.151 0.068 0.050 0.240 0.054 0.077 0.066 0.044 0.068 0.047 12 N 0.070 0.078 0.097 0.187 0.078 0.055 0.066 0.051 0.054 0.177 0.086 13 G 0.004 0.109 0.455 0.271 0.018 0.052 0.016 0.038 0.017 0.018 0.004 14 P 0.043 0.317 0.122 0.020 0.111 0.029 0.062 0.181 0.042 0.046 0.027 15 F 0.036 0.193 0.098 0.042 0.065 0.047 0.064 0.147 0.070 0.180 0.058 16 G 0.020 0.147 0.259 0.091 0.055 0.025 0.007 0.196 0.055 0.115 0.030 17 D 0.001 0.005 0.003 0.001 0.005 0.002 0.008 0.817 0.147 0.011 0.001 18 A 0.002 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.889 0.066 0.027 0.003 19 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.787 0.166 0.041 0.001 20 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.886 0.094 0.003 0.001 21 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.040 0.848 0.097 0.010 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.063 0.835 0.071 0.022 0.001 23 L 0.006 0.010 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 0.469 0.187 0.310 0.008 24 K 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.863 0.120 0.002 0.001 25 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.938 0.040 0.003 0.001 26 L 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.017 0.775 0.106 0.092 0.001 27 A 0.006 0.005 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.773 0.179 0.026 0.003 28 E 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.006 0.027 0.788 0.168 0.003 0.001 29 S 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.032 0.769 0.097 0.085 0.003 30 I 0.021 0.063 0.024 0.005 0.053 0.015 0.062 0.460 0.199 0.086 0.012 31 N 0.055 0.032 0.015 0.011 0.056 0.011 0.032 0.414 0.147 0.171 0.055 32 Q 0.064 0.151 0.081 0.011 0.107 0.012 0.033 0.138 0.136 0.228 0.038 33 E 0.047 0.308 0.259 0.033 0.168 0.017 0.031 0.086 0.021 0.013 0.016 34 P 0.017 0.060 0.039 0.035 0.034 0.083 0.325 0.283 0.094 0.021 0.009 35 G 0.029 0.076 0.075 0.113 0.058 0.060 0.036 0.073 0.072 0.363 0.044 36 F 0.244 0.132 0.015 0.004 0.386 0.006 0.011 0.058 0.036 0.056 0.051 37 L 0.224 0.119 0.021 0.008 0.451 0.011 0.016 0.044 0.018 0.031 0.056 38 W 0.194 0.166 0.022 0.008 0.528 0.007 0.015 0.022 0.008 0.013 0.018 39 K 0.278 0.095 0.015 0.005 0.524 0.008 0.015 0.021 0.005 0.007 0.027 40 V 0.275 0.119 0.024 0.005 0.477 0.005 0.011 0.020 0.007 0.012 0.046 41 W 0.258 0.135 0.025 0.010 0.353 0.012 0.019 0.042 0.019 0.043 0.085 42 T 0.130 0.352 0.093 0.010 0.305 0.007 0.009 0.029 0.011 0.025 0.029 43 E 0.099 0.161 0.045 0.019 0.191 0.039 0.061 0.142 0.072 0.115 0.057 44 S 0.095 0.256 0.196 0.016 0.320 0.006 0.009 0.037 0.019 0.025 0.021 45 E 0.032 0.039 0.051 0.015 0.029 0.009 0.021 0.506 0.242 0.039 0.017 46 K 0.006 0.041 0.026 0.034 0.012 0.055 0.173 0.474 0.133 0.039 0.007 47 N 0.023 0.439 0.102 0.053 0.121 0.016 0.021 0.039 0.038 0.120 0.027 48 H 0.075 0.040 0.034 0.014 0.038 0.010 0.016 0.075 0.110 0.388 0.199 49 E 0.122 0.128 0.060 0.015 0.154 0.023 0.068 0.092 0.096 0.182 0.059 50 A 0.148 0.209 0.095 0.071 0.233 0.036 0.034 0.025 0.026 0.075 0.047 51 G 0.038 0.040 0.087 0.401 0.028 0.095 0.049 0.021 0.027 0.160 0.053 52 G 0.062 0.280 0.208 0.136 0.236 0.030 0.005 0.007 0.005 0.017 0.015 53 I 0.294 0.075 0.005 0.001 0.571 0.002 0.002 0.004 0.003 0.004 0.038 54 Y 0.180 0.168 0.030 0.002 0.584 0.002 0.002 0.005 0.002 0.003 0.023 55 L 0.316 0.140 0.025 0.002 0.412 0.002 0.004 0.014 0.004 0.016 0.064 56 F 0.193 0.193 0.068 0.032 0.252 0.042 0.027 0.053 0.020 0.046 0.072 57 T 0.033 0.104 0.077 0.082 0.076 0.124 0.095 0.146 0.078 0.140 0.045 58 D 0.133 0.211 0.239 0.014 0.161 0.003 0.004 0.075 0.027 0.077 0.056 59 E 0.003 0.007 0.003 0.001 0.008 0.001 0.003 0.755 0.197 0.020 0.002 60 K 0.001 0.007 0.002 0.001 0.003 0.003 0.012 0.893 0.069 0.009 0.001 61 S 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.888 0.060 0.037 0.003 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.063 0.015 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.911 0.074 0.002 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.932 0.039 0.007 0.001 65 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.854 0.075 0.050 0.001 66 L 0.003 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.859 0.104 0.019 0.002 67 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.900 0.073 0.003 0.001 68 K 0.002 0.004 0.004 0.001 0.002 0.002 0.021 0.862 0.061 0.040 0.002 69 H 0.008 0.009 0.003 0.001 0.010 0.001 0.005 0.827 0.077 0.054 0.005 70 T 0.004 0.015 0.002 0.001 0.009 0.001 0.003 0.877 0.072 0.014 0.002 71 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.919 0.053 0.006 0.001 72 R 0.001 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.006 0.948 0.026 0.005 0.001 73 L 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.865 0.089 0.028 0.002 74 K 0.003 0.008 0.002 0.001 0.005 0.005 0.028 0.768 0.166 0.011 0.002 75 N 0.009 0.009 0.005 0.004 0.012 0.008 0.138 0.615 0.122 0.071 0.008 76 L 0.015 0.379 0.271 0.024 0.081 0.024 0.060 0.056 0.031 0.051 0.008 77 G 0.066 0.050 0.051 0.091 0.027 0.022 0.018 0.078 0.047 0.403 0.145 78 V 0.140 0.141 0.038 0.026 0.156 0.028 0.038 0.155 0.121 0.099 0.057 79 E 0.015 0.168 0.104 0.080 0.085 0.066 0.048 0.333 0.079 0.017 0.007 80 E 0.237 0.071 0.016 0.004 0.286 0.006 0.025 0.221 0.057 0.033 0.043 81 V 0.235 0.106 0.020 0.006 0.354 0.012 0.020 0.166 0.028 0.024 0.028 82 V 0.253 0.098 0.012 0.008 0.397 0.008 0.020 0.095 0.022 0.041 0.047 83 A 0.202 0.166 0.018 0.010 0.474 0.014 0.014 0.046 0.012 0.016 0.027 84 K 0.171 0.150 0.026 0.009 0.489 0.013 0.036 0.053 0.014 0.015 0.024 85 V 0.310 0.072 0.012 0.006 0.377 0.014 0.039 0.054 0.023 0.036 0.057 86 F 0.085 0.365 0.056 0.023 0.351 0.018 0.016 0.029 0.013 0.019 0.025 87 D 0.412 0.059 0.010 0.001 0.324 0.001 0.003 0.012 0.007 0.034 0.136 88 V 0.104 0.159 0.021 0.010 0.252 0.020 0.032 0.163 0.129 0.071 0.039 89 N 0.109 0.060 0.057 0.050 0.096 0.038 0.063 0.097 0.127 0.246 0.059 90 E 0.016 0.269 0.440 0.049 0.076 0.008 0.017 0.085 0.024 0.011 0.004 91 P 0.066 0.340 0.105 0.010 0.167 0.009 0.028 0.184 0.039 0.023 0.029 92 L 0.066 0.056 0.015 0.008 0.081 0.022 0.042 0.284 0.247 0.118 0.062 93 S 0.041 0.147 0.061 0.018 0.103 0.030 0.036 0.387 0.106 0.051 0.020 94 Q 0.068 0.059 0.033 0.010 0.081 0.008 0.022 0.453 0.115 0.119 0.032 95 I 0.046 0.061 0.013 0.014 0.068 0.033 0.056 0.577 0.079 0.037 0.016 96 N 0.029 0.085 0.043 0.045 0.060 0.038 0.048 0.453 0.068 0.100 0.031 97 Q 0.046 0.036 0.029 0.017 0.042 0.012 0.019 0.464 0.099 0.193 0.043 98 A 0.016 0.139 0.062 0.012 0.049 0.006 0.008 0.652 0.038 0.014 0.004 99 K 0.012 0.042 0.011 0.003 0.032 0.006 0.016 0.810 0.046 0.017 0.005 100 L 0.008 0.010 0.003 0.001 0.013 0.002 0.007 0.906 0.044 0.005 0.002 101 A 0.003 0.007 0.004 0.001 0.005 0.002 0.006 0.924 0.036 0.010 0.001 102 M 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.922 0.050 0.014 0.001 103 A 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.939 0.038 0.003 0.001 104 T 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.006 0.937 0.039 0.008 0.001 105 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.930 0.052 0.007 0.001 106 L 0.002 0.010 0.001 0.001 0.007 0.003 0.012 0.863 0.093 0.006 0.001 107 Q 0.006 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.026 0.844 0.077 0.028 0.003 108 L 0.021 0.025 0.013 0.006 0.034 0.012 0.045 0.697 0.096 0.044 0.007 109 H 0.055 0.042 0.008 0.011 0.072 0.018 0.056 0.524 0.120 0.067 0.027 110 F 0.110 0.076 0.014 0.012 0.133 0.016 0.069 0.346 0.106 0.074 0.044 111 A 0.082 0.082 0.026 0.016 0.164 0.038 0.119 0.287 0.086 0.069 0.033 112 F 0.127 0.111 0.045 0.031 0.206 0.038 0.081 0.168 0.057 0.091 0.045 113 N 0.087 0.072 0.060 0.090 0.059 0.033 0.052 0.078 0.067 0.301 0.101 114 G 0.002 0.097 0.357 0.408 0.009 0.056 0.012 0.039 0.010 0.009 0.002 115 P 0.026 0.262 0.125 0.021 0.077 0.026 0.039 0.314 0.054 0.038 0.018 116 F 0.013 0.065 0.035 0.014 0.022 0.018 0.030 0.564 0.158 0.065 0.017 117 G 0.007 0.045 0.050 0.039 0.014 0.022 0.009 0.616 0.080 0.107 0.011 118 D 0.002 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.857 0.105 0.017 0.002 119 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.928 0.058 0.005 0.001 120 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.880 0.092 0.020 0.001 121 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.901 0.084 0.005 0.001 122 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.866 0.099 0.005 0.001 123 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.841 0.082 0.038 0.001 124 L 0.007 0.022 0.009 0.002 0.010 0.002 0.007 0.449 0.221 0.267 0.006 125 K 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.912 0.072 0.001 0.001 126 P 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.944 0.036 0.002 0.001 127 L 0.002 0.004 0.002 0.002 0.004 0.003 0.022 0.834 0.080 0.045 0.001 128 A 0.014 0.005 0.001 0.001 0.012 0.002 0.008 0.744 0.172 0.035 0.005 129 E 0.005 0.028 0.004 0.002 0.019 0.012 0.043 0.710 0.162 0.012 0.002 130 S 0.022 0.016 0.005 0.002 0.031 0.003 0.066 0.636 0.087 0.121 0.010 131 I 0.022 0.060 0.020 0.013 0.056 0.050 0.133 0.393 0.164 0.070 0.018 132 N 0.115 0.104 0.036 0.021 0.142 0.010 0.028 0.163 0.098 0.204 0.079 133 Q 0.083 0.153 0.094 0.021 0.120 0.022 0.033 0.134 0.120 0.172 0.048 134 E 0.029 0.326 0.344 0.047 0.109 0.022 0.031 0.062 0.016 0.007 0.007 135 P 0.013 0.044 0.033 0.046 0.021 0.089 0.415 0.243 0.072 0.016 0.008 136 G 0.022 0.078 0.084 0.100 0.047 0.058 0.029 0.057 0.080 0.393 0.052 137 F 0.205 0.156 0.018 0.004 0.398 0.005 0.011 0.057 0.044 0.058 0.043 138 L 0.286 0.095 0.014 0.005 0.458 0.005 0.009 0.035 0.016 0.022 0.054 139 W 0.148 0.181 0.024 0.014 0.518 0.014 0.024 0.044 0.012 0.008 0.012 140 K 0.250 0.101 0.013 0.004 0.523 0.005 0.015 0.044 0.007 0.007 0.029 141 V 0.295 0.126 0.035 0.009 0.333 0.011 0.017 0.071 0.013 0.023 0.069 142 W 0.187 0.129 0.025 0.021 0.254 0.026 0.041 0.112 0.033 0.072 0.099 143 T 0.051 0.430 0.169 0.031 0.156 0.017 0.012 0.063 0.025 0.028 0.019 144 E 0.061 0.046 0.028 0.017 0.067 0.025 0.060 0.354 0.166 0.127 0.048 145 S 0.061 0.233 0.098 0.022 0.126 0.012 0.026 0.249 0.089 0.059 0.024 146 E 0.058 0.069 0.029 0.013 0.084 0.010 0.019 0.448 0.168 0.071 0.031 147 K 0.014 0.078 0.037 0.015 0.034 0.028 0.049 0.565 0.136 0.034 0.008 148 N 0.052 0.097 0.039 0.015 0.132 0.012 0.034 0.330 0.115 0.141 0.034 149 H 0.067 0.063 0.037 0.009 0.054 0.008 0.032 0.370 0.188 0.128 0.045 150 E 0.059 0.042 0.026 0.009 0.048 0.017 0.105 0.340 0.168 0.147 0.038 151 A 0.029 0.371 0.149 0.066 0.122 0.043 0.075 0.068 0.028 0.039 0.011 152 G 0.030 0.052 0.104 0.283 0.020 0.038 0.020 0.024 0.024 0.305 0.101 153 G 0.056 0.208 0.152 0.207 0.151 0.066 0.015 0.031 0.020 0.068 0.026 154 I 0.245 0.103 0.009 0.003 0.561 0.003 0.004 0.015 0.011 0.009 0.036 155 Y 0.198 0.160 0.030 0.004 0.529 0.005 0.008 0.021 0.007 0.007 0.030 156 L 0.291 0.156 0.033 0.004 0.374 0.005 0.011 0.036 0.009 0.022 0.057 157 F 0.195 0.181 0.055 0.031 0.264 0.036 0.031 0.052 0.015 0.056 0.084 158 T 0.060 0.280 0.172 0.050 0.156 0.029 0.018 0.052 0.033 0.111 0.041 159 D 0.068 0.128 0.165 0.023 0.089 0.008 0.009 0.242 0.099 0.134 0.034 160 E 0.004 0.015 0.005 0.001 0.012 0.001 0.005 0.773 0.160 0.020 0.003 161 K 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.847 0.109 0.019 0.002 162 S 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.005 0.888 0.077 0.017 0.001 163 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.919 0.057 0.014 0.001 164 L 0.002 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.893 0.076 0.013 0.001 165 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.004 0.002 0.010 0.910 0.056 0.009 0.001 166 Y 0.004 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.006 0.867 0.072 0.035 0.002 167 L 0.005 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.007 0.830 0.119 0.025 0.002 168 E 0.001 0.007 0.003 0.002 0.005 0.009 0.038 0.843 0.087 0.004 0.001 169 K 0.007 0.008 0.006 0.003 0.008 0.006 0.046 0.789 0.083 0.038 0.006 170 H 0.033 0.045 0.020 0.009 0.055 0.010 0.031 0.592 0.089 0.100 0.016 171 T 0.034 0.074 0.014 0.005 0.045 0.006 0.011 0.639 0.102 0.057 0.014 172 A 0.011 0.023 0.007 0.004 0.028 0.005 0.011 0.796 0.093 0.017 0.005 173 R 0.010 0.027 0.009 0.003 0.024 0.004 0.015 0.841 0.050 0.011 0.004 174 L 0.015 0.008 0.002 0.002 0.022 0.003 0.016 0.771 0.126 0.032 0.006 175 K 0.004 0.014 0.006 0.003 0.006 0.011 0.048 0.719 0.172 0.013 0.004 176 N 0.025 0.024 0.007 0.003 0.028 0.005 0.069 0.546 0.129 0.147 0.018 177 L 0.013 0.501 0.245 0.010 0.087 0.018 0.026 0.044 0.021 0.027 0.008 178 G 0.069 0.113 0.113 0.050 0.048 0.010 0.013 0.117 0.055 0.282 0.129 179 V 0.144 0.032 0.006 0.004 0.085 0.005 0.012 0.381 0.208 0.077 0.047 180 E 0.006 0.036 0.012 0.014 0.032 0.026 0.035 0.714 0.113 0.009 0.003 181 E 0.081 0.024 0.004 0.002 0.112 0.003 0.018 0.687 0.052 0.007 0.010 182 V 0.066 0.026 0.007 0.006 0.116 0.010 0.027 0.688 0.036 0.011 0.007 183 V 0.124 0.029 0.004 0.004 0.124 0.006 0.020 0.540 0.071 0.047 0.030 184 A 0.058 0.116 0.014 0.008 0.170 0.015 0.029 0.491 0.064 0.020 0.015 185 K 0.110 0.078 0.016 0.005 0.177 0.010 0.071 0.383 0.072 0.053 0.026 186 V 0.129 0.051 0.010 0.007 0.142 0.025 0.109 0.325 0.098 0.072 0.031 187 F 0.048 0.318 0.059 0.026 0.204 0.033 0.058 0.146 0.059 0.032 0.017 188 D 0.397 0.055 0.016 0.003 0.251 0.003 0.011 0.064 0.025 0.056 0.119 189 V 0.015 0.051 0.013 0.014 0.049 0.035 0.065 0.493 0.218 0.038 0.008 190 N 0.025 0.018 0.021 0.039 0.019 0.036 0.078 0.169 0.172 0.386 0.037 191 E 0.027 0.268 0.339 0.036 0.117 0.008 0.023 0.137 0.025 0.013 0.008 192 P 0.025 0.317 0.090 0.006 0.090 0.006 0.015 0.363 0.054 0.022 0.012 193 L 0.023 0.017 0.005 0.002 0.023 0.009 0.024 0.585 0.240 0.053 0.019 194 S 0.018 0.043 0.012 0.006 0.033 0.013 0.018 0.747 0.079 0.024 0.008 195 Q 0.016 0.014 0.004 0.003 0.028 0.003 0.011 0.790 0.080 0.045 0.007 196 I 0.011 0.020 0.006 0.003 0.019 0.010 0.019 0.854 0.044 0.011 0.004 197 N 0.019 0.027 0.010 0.004 0.029 0.003 0.009 0.781 0.055 0.048 0.013 198 Q 0.012 0.010 0.003 0.001 0.013 0.002 0.007 0.770 0.105 0.068 0.007 199 A 0.006 0.035 0.009 0.002 0.022 0.003 0.013 0.805 0.094 0.009 0.002 200 K 0.010 0.010 0.005 0.003 0.013 0.005 0.039 0.816 0.076 0.019 0.005 201 L 0.017 0.023 0.011 0.006 0.025 0.009 0.046 0.650 0.134 0.071 0.009 202 A 0.022 0.080 0.029 0.008 0.053 0.014 0.030 0.568 0.139 0.044 0.011