# TARGET T0263 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0263.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 6.98393 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.275 0.209 0.158 0.149 0.109 0.079 0.022 2 A 0.063 0.102 0.158 0.209 0.247 0.179 0.043 3 T 0.106 0.176 0.196 0.214 0.165 0.115 0.027 4 L 0.031 0.075 0.143 0.230 0.278 0.195 0.048 5 L 0.010 0.020 0.036 0.083 0.188 0.446 0.217 6 Q 0.012 0.041 0.069 0.151 0.223 0.301 0.203 7 L 0.004 0.013 0.024 0.056 0.151 0.387 0.365 8 H 0.007 0.044 0.129 0.257 0.272 0.197 0.094 9 F 0.010 0.022 0.048 0.142 0.311 0.387 0.079 10 A 0.035 0.164 0.269 0.284 0.177 0.063 0.009 11 F 0.057 0.103 0.152 0.240 0.288 0.146 0.014 12 N 0.203 0.322 0.270 0.140 0.049 0.015 0.002 13 G 0.210 0.223 0.210 0.218 0.107 0.029 0.002 14 P 0.402 0.316 0.152 0.082 0.035 0.012 0.002 15 F 0.232 0.223 0.221 0.201 0.101 0.021 0.001 16 G 0.377 0.315 0.183 0.086 0.030 0.008 0.001 17 D 0.744 0.193 0.045 0.014 0.004 0.001 0.001 18 A 0.369 0.325 0.187 0.085 0.027 0.006 0.001 19 M 0.111 0.107 0.154 0.297 0.249 0.079 0.004 20 A 0.153 0.318 0.305 0.166 0.048 0.008 0.001 21 E 0.435 0.414 0.120 0.026 0.004 0.001 0.001 22 Q 0.057 0.145 0.260 0.314 0.181 0.043 0.002 23 L 0.017 0.030 0.085 0.248 0.392 0.217 0.010 24 K 0.229 0.361 0.271 0.111 0.025 0.004 0.001 25 P 0.457 0.351 0.134 0.046 0.010 0.002 0.001 26 L 0.058 0.118 0.187 0.284 0.242 0.107 0.005 27 A 0.047 0.060 0.134 0.294 0.326 0.132 0.007 28 E 0.327 0.441 0.172 0.048 0.010 0.001 0.001 29 S 0.238 0.368 0.239 0.124 0.027 0.004 0.001 30 I 0.040 0.062 0.133 0.322 0.345 0.094 0.003 31 N 0.339 0.352 0.207 0.080 0.019 0.003 0.001 32 Q 0.574 0.322 0.080 0.019 0.003 0.001 0.001 33 E 0.144 0.238 0.276 0.219 0.102 0.020 0.001 34 P 0.182 0.244 0.246 0.198 0.092 0.033 0.004 35 G 0.084 0.159 0.212 0.243 0.189 0.099 0.014 36 F 0.019 0.031 0.062 0.160 0.274 0.344 0.110 37 L 0.036 0.061 0.090 0.185 0.252 0.290 0.087 38 W 0.028 0.049 0.082 0.130 0.192 0.340 0.179 39 K 0.022 0.043 0.072 0.141 0.242 0.339 0.141 40 V 0.012 0.036 0.077 0.154 0.271 0.344 0.106 41 W 0.014 0.035 0.075 0.187 0.322 0.305 0.061 42 T 0.052 0.098 0.141 0.222 0.262 0.198 0.027 43 E 0.063 0.220 0.289 0.280 0.118 0.027 0.003 44 S 0.215 0.337 0.235 0.139 0.057 0.015 0.003 45 E 0.245 0.314 0.243 0.139 0.048 0.010 0.001 46 K 0.576 0.267 0.094 0.044 0.015 0.004 0.001 47 N 0.395 0.264 0.181 0.110 0.040 0.009 0.001 48 H 0.229 0.247 0.238 0.183 0.081 0.020 0.002 49 E 0.145 0.258 0.234 0.192 0.103 0.056 0.011 50 A 0.047 0.072 0.123 0.233 0.294 0.198 0.033 51 G 0.037 0.065 0.129 0.213 0.261 0.240 0.056 52 G 0.025 0.037 0.064 0.119 0.205 0.401 0.149 53 I 0.014 0.029 0.052 0.092 0.207 0.408 0.198 54 Y 0.010 0.022 0.044 0.114 0.275 0.396 0.139 55 L 0.008 0.028 0.066 0.163 0.292 0.358 0.083 56 F 0.016 0.030 0.074 0.205 0.397 0.265 0.013 57 T 0.140 0.357 0.303 0.148 0.043 0.008 0.001 58 D 0.259 0.365 0.217 0.116 0.035 0.007 0.001 59 E 0.256 0.317 0.248 0.123 0.045 0.011 0.001 60 K 0.584 0.281 0.084 0.036 0.012 0.003 0.001 61 S 0.105 0.230 0.283 0.245 0.106 0.031 0.002 62 A 0.031 0.038 0.081 0.275 0.404 0.165 0.007 63 L 0.128 0.376 0.343 0.130 0.020 0.002 0.001 64 A 0.353 0.444 0.147 0.044 0.009 0.002 0.001 65 Y 0.053 0.067 0.151 0.289 0.323 0.112 0.005 66 L 0.063 0.102 0.220 0.320 0.229 0.063 0.002 67 E 0.508 0.350 0.106 0.029 0.006 0.001 0.001 68 K 0.316 0.358 0.208 0.093 0.021 0.003 0.001 69 H 0.061 0.101 0.175 0.280 0.272 0.106 0.005 70 T 0.191 0.326 0.259 0.161 0.052 0.010 0.001 71 A 0.329 0.348 0.182 0.097 0.036 0.007 0.001 72 R 0.079 0.209 0.315 0.271 0.106 0.019 0.001 73 L 0.054 0.052 0.095 0.286 0.358 0.149 0.006 74 K 0.212 0.398 0.263 0.103 0.022 0.003 0.001 75 N 0.475 0.347 0.115 0.045 0.014 0.004 0.001 76 L 0.111 0.207 0.258 0.247 0.131 0.042 0.004 77 G 0.136 0.175 0.223 0.258 0.155 0.050 0.004 78 V 0.130 0.179 0.220 0.247 0.167 0.053 0.005 79 E 0.288 0.381 0.205 0.087 0.029 0.008 0.001 80 E 0.156 0.349 0.280 0.151 0.049 0.013 0.002 81 V 0.018 0.029 0.072 0.223 0.400 0.239 0.019 82 V 0.032 0.155 0.285 0.296 0.160 0.064 0.007 83 A 0.048 0.072 0.110 0.199 0.290 0.245 0.035 84 K 0.068 0.198 0.255 0.260 0.151 0.059 0.009 85 V 0.037 0.080 0.136 0.225 0.265 0.215 0.041 86 F 0.028 0.059 0.098 0.183 0.278 0.289 0.066 87 D 0.098 0.264 0.276 0.206 0.105 0.043 0.008 88 V 0.026 0.034 0.078 0.227 0.356 0.241 0.038 89 N 0.086 0.163 0.197 0.234 0.192 0.112 0.017 90 E 0.196 0.310 0.247 0.152 0.067 0.023 0.004 91 P 0.246 0.276 0.211 0.150 0.076 0.032 0.008 92 L 0.088 0.120 0.163 0.224 0.226 0.151 0.028 93 S 0.195 0.177 0.162 0.183 0.154 0.106 0.023 94 Q 0.294 0.281 0.197 0.131 0.061 0.028 0.008 95 I 0.228 0.195 0.178 0.178 0.129 0.074 0.017 96 N 0.276 0.246 0.194 0.143 0.083 0.047 0.012 97 Q 0.230 0.244 0.196 0.152 0.099 0.060 0.019 98 A 0.147 0.087 0.104 0.180 0.229 0.193 0.060 99 K 0.148 0.204 0.198 0.193 0.137 0.092 0.028 100 L 0.109 0.158 0.173 0.193 0.172 0.139 0.054 101 A 0.076 0.104 0.147 0.215 0.224 0.174 0.060 102 M 0.086 0.110 0.121 0.146 0.182 0.237 0.118 103 A 0.070 0.102 0.153 0.219 0.212 0.175 0.070 104 T 0.071 0.129 0.171 0.207 0.201 0.157 0.065 105 L 0.029 0.028 0.040 0.097 0.207 0.362 0.237 106 L 0.053 0.090 0.121 0.199 0.211 0.220 0.107 107 Q 0.096 0.151 0.158 0.169 0.161 0.164 0.100 108 L 0.040 0.052 0.081 0.149 0.204 0.276 0.198 109 H 0.066 0.082 0.108 0.152 0.194 0.234 0.163 110 F 0.118 0.119 0.109 0.135 0.161 0.213 0.145 111 A 0.099 0.089 0.097 0.136 0.174 0.230 0.175 112 F 0.087 0.082 0.091 0.137 0.195 0.245 0.163 113 N 0.134 0.184 0.182 0.200 0.152 0.103 0.044 114 G 0.155 0.138 0.144 0.178 0.186 0.135 0.063 115 P 0.256 0.217 0.173 0.145 0.106 0.072 0.030 116 F 0.150 0.106 0.118 0.161 0.181 0.188 0.096 117 G 0.190 0.142 0.139 0.183 0.166 0.117 0.064 118 D 0.288 0.246 0.170 0.134 0.083 0.054 0.025 119 A 0.182 0.134 0.133 0.162 0.155 0.143 0.091 120 M 0.124 0.149 0.166 0.171 0.158 0.157 0.076 121 A 0.196 0.162 0.154 0.193 0.161 0.105 0.029 122 E 0.324 0.315 0.185 0.113 0.041 0.017 0.004 123 Q 0.238 0.219 0.185 0.167 0.114 0.065 0.012 124 L 0.137 0.073 0.091 0.181 0.262 0.216 0.040 125 K 0.351 0.273 0.186 0.120 0.049 0.018 0.003 126 P 0.564 0.212 0.105 0.070 0.033 0.015 0.002 127 L 0.390 0.204 0.160 0.129 0.077 0.036 0.004 128 A 0.576 0.163 0.111 0.084 0.047 0.017 0.002 129 E 0.698 0.186 0.066 0.030 0.013 0.006 0.001 130 S 0.684 0.171 0.081 0.044 0.015 0.005 0.001 131 I 0.684 0.137 0.073 0.059 0.034 0.012 0.001 132 N 0.718 0.176 0.062 0.028 0.012 0.004 0.001 133 Q 0.652 0.196 0.091 0.042 0.014 0.004 0.001 134 E 0.620 0.188 0.094 0.058 0.030 0.009 0.001 135 P 0.502 0.219 0.136 0.086 0.039 0.015 0.004 136 G 0.439 0.261 0.146 0.097 0.040 0.014 0.003 137 F 0.314 0.138 0.122 0.173 0.161 0.077 0.015 138 L 0.236 0.186 0.155 0.178 0.137 0.088 0.020 139 W 0.113 0.109 0.136 0.203 0.202 0.186 0.051 140 K 0.168 0.152 0.196 0.227 0.156 0.080 0.022 141 V 0.178 0.128 0.110 0.155 0.177 0.200 0.053 142 W 0.172 0.143 0.145 0.196 0.168 0.134 0.042 143 T 0.267 0.242 0.177 0.156 0.089 0.054 0.017 144 E 0.320 0.267 0.174 0.131 0.066 0.030 0.012 145 S 0.304 0.253 0.162 0.128 0.087 0.050 0.015 146 E 0.139 0.209 0.232 0.224 0.135 0.052 0.010 147 K 0.211 0.287 0.217 0.151 0.085 0.041 0.008 148 N 0.148 0.217 0.215 0.196 0.134 0.072 0.018 149 H 0.074 0.086 0.125 0.232 0.273 0.176 0.036 150 E 0.139 0.204 0.198 0.180 0.123 0.106 0.051 151 A 0.106 0.111 0.126 0.178 0.195 0.191 0.094 152 G 0.098 0.123 0.151 0.187 0.178 0.175 0.088 153 G 0.092 0.081 0.104 0.152 0.201 0.245 0.125 154 I 0.057 0.062 0.068 0.101 0.176 0.309 0.226 155 Y 0.044 0.048 0.072 0.129 0.219 0.305 0.182 156 L 0.023 0.031 0.049 0.096 0.183 0.367 0.250 157 F 0.049 0.049 0.056 0.128 0.235 0.347 0.136 158 T 0.076 0.142 0.190 0.232 0.201 0.121 0.037 159 D 0.165 0.229 0.218 0.193 0.107 0.061 0.027 160 E 0.178 0.170 0.162 0.179 0.152 0.122 0.036 161 K 0.223 0.180 0.160 0.180 0.163 0.084 0.010 162 S 0.205 0.241 0.227 0.173 0.091 0.054 0.010 163 A 0.157 0.120 0.153 0.193 0.183 0.162 0.032 164 L 0.199 0.125 0.125 0.160 0.180 0.169 0.042 165 A 0.280 0.203 0.156 0.151 0.109 0.078 0.022 166 Y 0.291 0.199 0.169 0.160 0.101 0.063 0.017 167 L 0.211 0.117 0.115 0.145 0.196 0.175 0.041 168 E 0.268 0.215 0.193 0.179 0.098 0.041 0.007 169 K 0.414 0.291 0.157 0.082 0.036 0.016 0.004 170 H 0.280 0.152 0.150 0.175 0.150 0.079 0.013 171 T 0.270 0.244 0.186 0.170 0.085 0.038 0.006 172 A 0.226 0.153 0.128 0.177 0.173 0.117 0.027 173 R 0.228 0.226 0.208 0.182 0.105 0.043 0.008 174 L 0.228 0.120 0.110 0.186 0.196 0.135 0.023 175 K 0.296 0.304 0.205 0.129 0.045 0.016 0.004 176 N 0.378 0.285 0.154 0.094 0.056 0.028 0.005 177 L 0.214 0.138 0.171 0.194 0.165 0.094 0.024 178 G 0.273 0.240 0.185 0.151 0.090 0.050 0.011 179 V 0.248 0.136 0.138 0.178 0.169 0.101 0.030 180 E 0.258 0.256 0.191 0.155 0.088 0.042 0.010 181 E 0.201 0.223 0.205 0.168 0.106 0.070 0.027 182 V 0.125 0.107 0.123 0.182 0.213 0.197 0.052 183 V 0.109 0.115 0.154 0.207 0.199 0.169 0.047 184 A 0.222 0.149 0.136 0.174 0.146 0.133 0.040 185 K 0.210 0.212 0.178 0.177 0.120 0.082 0.020 186 V 0.227 0.138 0.126 0.167 0.177 0.134 0.031 187 F 0.347 0.205 0.141 0.138 0.096 0.061 0.012 188 D 0.472 0.280 0.136 0.069 0.029 0.012 0.002 189 V 0.312 0.149 0.155 0.180 0.137 0.058 0.008 190 N 0.503 0.233 0.130 0.081 0.038 0.013 0.002 191 E 0.527 0.242 0.117 0.068 0.031 0.012 0.002 192 P 0.485 0.200 0.129 0.103 0.055 0.023 0.004 193 L 0.364 0.170 0.146 0.146 0.108 0.056 0.009 194 S 0.397 0.248 0.153 0.102 0.056 0.035 0.009 195 Q 0.343 0.229 0.164 0.131 0.081 0.042 0.010 196 I 0.283 0.154 0.145 0.169 0.143 0.086 0.021 197 N 0.368 0.223 0.162 0.137 0.069 0.035 0.006 198 Q 0.358 0.228 0.161 0.128 0.079 0.040 0.006 199 A 0.307 0.133 0.128 0.181 0.163 0.077 0.011 200 K 0.363 0.290 0.170 0.109 0.046 0.019 0.003 201 L 0.419 0.199 0.128 0.125 0.083 0.039 0.007 202 A 0.398 0.223 0.148 0.124 0.069 0.030 0.006