# TARGET T0263 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0263.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 11.9651 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.499 0.111 0.137 0.120 0.047 0.022 0.029 0.012 0.018 0.004 0.001 2 A 0.578 0.091 0.175 0.103 0.016 0.017 0.010 0.002 0.005 0.002 0.001 3 T 0.161 0.560 0.168 0.028 0.045 0.019 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 4 L 0.095 0.615 0.220 0.010 0.012 0.024 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 5 L 0.058 0.666 0.200 0.014 0.020 0.023 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 6 Q 0.022 0.620 0.236 0.007 0.033 0.041 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 7 L 0.029 0.735 0.123 0.014 0.056 0.020 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 8 H 0.034 0.491 0.279 0.021 0.021 0.098 0.007 0.001 0.048 0.001 0.001 9 F 0.019 0.586 0.214 0.013 0.078 0.035 0.007 0.001 0.047 0.001 0.001 10 A 0.073 0.202 0.568 0.029 0.013 0.082 0.006 0.001 0.023 0.001 0.002 11 F 0.097 0.352 0.286 0.064 0.099 0.039 0.018 0.007 0.027 0.010 0.001 12 N 0.147 0.084 0.128 0.345 0.032 0.084 0.117 0.014 0.042 0.004 0.002 13 G 0.077 0.104 0.348 0.013 0.206 0.010 0.027 0.031 0.042 0.141 0.001 14 P 0.384 0.012 0.404 0.075 0.003 0.024 0.005 0.002 0.001 0.003 0.087 15 F 0.152 0.097 0.391 0.217 0.052 0.023 0.032 0.015 0.011 0.009 0.001 16 G 0.156 0.029 0.358 0.021 0.136 0.008 0.012 0.048 0.009 0.223 0.001 17 D 0.947 0.002 0.023 0.017 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 18 A 0.975 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 M 0.978 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.959 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 L 0.958 0.001 0.002 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 K 0.993 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 P 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.950 0.001 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 A 0.978 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.991 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 S 0.966 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 I 0.877 0.006 0.020 0.085 0.001 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 31 N 0.859 0.007 0.015 0.090 0.001 0.012 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 32 Q 0.382 0.054 0.086 0.439 0.009 0.014 0.006 0.002 0.007 0.001 0.001 33 E 0.091 0.142 0.465 0.005 0.017 0.015 0.031 0.001 0.231 0.003 0.001 34 P 0.220 0.002 0.725 0.011 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 35 G 0.137 0.014 0.055 0.054 0.068 0.003 0.036 0.526 0.003 0.104 0.001 36 F 0.251 0.147 0.397 0.079 0.029 0.066 0.006 0.002 0.020 0.002 0.001 37 L 0.222 0.427 0.221 0.067 0.020 0.025 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 38 W 0.255 0.402 0.204 0.060 0.044 0.019 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 39 K 0.093 0.489 0.277 0.010 0.059 0.034 0.008 0.001 0.028 0.001 0.001 40 V 0.186 0.432 0.251 0.035 0.022 0.048 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 41 W 0.133 0.489 0.202 0.040 0.074 0.038 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 42 T 0.071 0.601 0.111 0.067 0.110 0.018 0.002 0.001 0.017 0.002 0.001 43 E 0.110 0.427 0.238 0.099 0.083 0.020 0.005 0.001 0.014 0.002 0.001 44 S 0.026 0.200 0.454 0.017 0.166 0.054 0.008 0.003 0.065 0.008 0.001 45 E 0.843 0.012 0.044 0.072 0.006 0.007 0.006 0.005 0.002 0.003 0.001 46 K 0.542 0.029 0.049 0.331 0.010 0.009 0.016 0.005 0.007 0.002 0.001 47 N 0.222 0.068 0.108 0.480 0.039 0.018 0.035 0.009 0.018 0.003 0.001 48 H 0.226 0.099 0.256 0.142 0.046 0.040 0.132 0.020 0.028 0.010 0.001 49 E 0.262 0.204 0.272 0.175 0.037 0.023 0.009 0.003 0.012 0.002 0.001 50 A 0.113 0.202 0.311 0.162 0.134 0.015 0.021 0.013 0.012 0.015 0.001 51 G 0.048 0.104 0.130 0.051 0.414 0.002 0.022 0.091 0.004 0.134 0.001 52 G 0.022 0.108 0.192 0.025 0.517 0.004 0.010 0.023 0.002 0.095 0.002 53 I 0.013 0.728 0.172 0.006 0.055 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 54 Y 0.008 0.774 0.108 0.002 0.044 0.027 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 55 L 0.037 0.643 0.222 0.013 0.008 0.054 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 56 F 0.042 0.401 0.296 0.013 0.098 0.112 0.006 0.001 0.027 0.002 0.001 57 T 0.550 0.088 0.038 0.237 0.058 0.012 0.005 0.001 0.008 0.003 0.001 58 D 0.076 0.167 0.155 0.034 0.485 0.031 0.005 0.001 0.032 0.012 0.001 59 E 0.966 0.005 0.004 0.019 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 K 0.984 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 S 0.979 0.001 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 A 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 A 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.951 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 L 0.979 0.001 0.003 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.987 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 K 0.865 0.001 0.002 0.125 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 69 H 0.784 0.014 0.023 0.152 0.002 0.011 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 70 T 0.930 0.013 0.018 0.022 0.002 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 71 A 0.942 0.009 0.014 0.018 0.005 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 72 R 0.960 0.004 0.007 0.022 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 L 0.968 0.003 0.004 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 K 0.959 0.007 0.008 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 N 0.812 0.009 0.014 0.128 0.003 0.006 0.021 0.002 0.004 0.001 0.001 76 L 0.456 0.026 0.069 0.431 0.004 0.003 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 77 G 0.149 0.014 0.036 0.081 0.035 0.009 0.226 0.355 0.006 0.089 0.001 78 V 0.164 0.248 0.407 0.055 0.039 0.045 0.005 0.001 0.029 0.005 0.001 79 E 0.708 0.037 0.105 0.114 0.016 0.005 0.004 0.004 0.002 0.006 0.001 80 E 0.167 0.349 0.181 0.109 0.109 0.034 0.019 0.003 0.027 0.001 0.001 81 V 0.042 0.612 0.273 0.009 0.021 0.028 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 82 V 0.048 0.768 0.070 0.025 0.042 0.024 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 83 A 0.029 0.623 0.205 0.007 0.102 0.017 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 84 K 0.042 0.686 0.153 0.007 0.055 0.030 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 85 V 0.067 0.623 0.189 0.018 0.013 0.045 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 86 F 0.042 0.631 0.155 0.029 0.074 0.021 0.005 0.001 0.041 0.001 0.001 87 D 0.066 0.255 0.331 0.028 0.047 0.161 0.057 0.005 0.044 0.004 0.001 88 V 0.185 0.463 0.176 0.078 0.045 0.026 0.005 0.001 0.018 0.002 0.001 89 N 0.251 0.088 0.223 0.216 0.017 0.110 0.050 0.007 0.032 0.004 0.002 90 E 0.075 0.408 0.320 0.003 0.056 0.011 0.014 0.001 0.110 0.001 0.001 91 P 0.290 0.008 0.563 0.006 0.001 0.068 0.001 0.001 0.002 0.001 0.061 92 L 0.439 0.171 0.245 0.061 0.014 0.046 0.008 0.002 0.013 0.001 0.002 93 S 0.674 0.112 0.114 0.049 0.032 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 94 Q 0.411 0.151 0.104 0.201 0.033 0.035 0.016 0.006 0.041 0.001 0.001 95 I 0.208 0.272 0.373 0.036 0.005 0.060 0.004 0.001 0.042 0.001 0.001 96 N 0.291 0.142 0.091 0.325 0.036 0.063 0.022 0.003 0.023 0.003 0.001 97 Q 0.121 0.065 0.047 0.371 0.026 0.026 0.263 0.026 0.051 0.003 0.001 98 A 0.076 0.253 0.503 0.014 0.102 0.008 0.008 0.009 0.009 0.015 0.001 99 K 0.135 0.189 0.561 0.018 0.006 0.070 0.003 0.001 0.015 0.001 0.003 100 L 0.153 0.287 0.402 0.046 0.014 0.063 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 101 A 0.278 0.235 0.213 0.070 0.104 0.026 0.017 0.011 0.020 0.025 0.001