# TARGET T0263 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0263.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 17 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.270 0.121 0.039 0.010 0.273 0.005 0.005 0.030 0.030 0.093 0.124 2 A 0.087 0.250 0.061 0.037 0.291 0.058 0.075 0.070 0.025 0.031 0.015 3 T 0.349 0.062 0.008 0.002 0.535 0.002 0.005 0.007 0.002 0.006 0.021 4 L 0.222 0.102 0.006 0.007 0.634 0.008 0.003 0.003 0.001 0.002 0.012 5 L 0.183 0.065 0.003 0.001 0.730 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 6 Q 0.435 0.028 0.002 0.001 0.449 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.075 7 L 0.164 0.177 0.019 0.007 0.591 0.004 0.003 0.006 0.002 0.004 0.022 8 H 0.355 0.057 0.015 0.004 0.367 0.005 0.005 0.005 0.006 0.045 0.136 9 F 0.103 0.308 0.142 0.026 0.371 0.002 0.003 0.007 0.004 0.009 0.025 10 A 0.072 0.286 0.187 0.038 0.185 0.034 0.054 0.052 0.031 0.036 0.025 11 F 0.086 0.251 0.123 0.043 0.203 0.041 0.063 0.093 0.041 0.025 0.031 12 N 0.068 0.055 0.030 0.039 0.100 0.046 0.074 0.109 0.124 0.290 0.065 13 G 0.022 0.199 0.285 0.126 0.074 0.038 0.044 0.072 0.055 0.070 0.016 14 P 0.068 0.104 0.095 0.032 0.098 0.041 0.089 0.229 0.083 0.117 0.044 15 F 0.023 0.187 0.096 0.043 0.063 0.032 0.064 0.213 0.115 0.139 0.025 16 G 0.014 0.090 0.149 0.180 0.031 0.072 0.022 0.280 0.078 0.058 0.027 17 D 0.013 0.018 0.011 0.004 0.020 0.007 0.014 0.736 0.149 0.019 0.011 18 A 0.004 0.006 0.005 0.001 0.004 0.001 0.003 0.817 0.127 0.026 0.006 19 M 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.885 0.093 0.012 0.001 20 A 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.919 0.064 0.002 0.001 21 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.905 0.060 0.005 0.001 22 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.898 0.069 0.016 0.002 23 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.837 0.125 0.030 0.002 24 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.883 0.099 0.002 0.001 25 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.922 0.053 0.003 0.001 26 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.791 0.158 0.034 0.001 27 A 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.791 0.170 0.023 0.004 28 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.826 0.155 0.003 0.001 29 S 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.026 0.761 0.166 0.035 0.001 30 I 0.012 0.016 0.003 0.001 0.028 0.002 0.014 0.501 0.355 0.061 0.007 31 N 0.006 0.004 0.001 0.002 0.006 0.003 0.048 0.593 0.274 0.057 0.005 32 Q 0.013 0.018 0.008 0.005 0.021 0.017 0.127 0.378 0.224 0.176 0.013 33 E 0.129 0.164 0.082 0.031 0.260 0.021 0.049 0.129 0.043 0.049 0.043 34 P 0.021 0.179 0.080 0.037 0.083 0.103 0.204 0.123 0.116 0.044 0.010 35 G 0.074 0.019 0.022 0.016 0.043 0.004 0.005 0.020 0.040 0.598 0.158 36 F 0.241 0.161 0.024 0.003 0.411 0.003 0.005 0.009 0.011 0.065 0.067 37 L 0.200 0.129 0.028 0.031 0.460 0.029 0.021 0.018 0.010 0.026 0.047 38 W 0.255 0.108 0.010 0.005 0.570 0.003 0.003 0.006 0.002 0.009 0.028 39 K 0.221 0.088 0.009 0.003 0.652 0.004 0.003 0.004 0.001 0.002 0.013 40 V 0.340 0.067 0.006 0.001 0.553 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.024 41 W 0.302 0.071 0.009 0.005 0.469 0.008 0.005 0.006 0.003 0.010 0.112 42 T 0.249 0.160 0.023 0.003 0.463 0.004 0.009 0.015 0.005 0.019 0.049 43 E 0.112 0.269 0.049 0.021 0.331 0.025 0.024 0.032 0.017 0.072 0.049 44 S 0.129 0.282 0.288 0.029 0.238 0.002 0.001 0.005 0.003 0.003 0.019 45 E 0.005 0.007 0.006 0.017 0.006 0.020 0.062 0.452 0.407 0.015 0.003 46 K 0.014 0.131 0.078 0.057 0.030 0.036 0.144 0.154 0.115 0.215 0.026 47 N 0.078 0.247 0.045 0.013 0.167 0.014 0.012 0.031 0.046 0.215 0.133 48 H 0.099 0.111 0.075 0.043 0.132 0.068 0.074 0.094 0.109 0.105 0.089 49 E 0.194 0.153 0.103 0.027 0.236 0.025 0.033 0.043 0.045 0.078 0.062 50 A 0.185 0.165 0.061 0.039 0.272 0.025 0.038 0.028 0.025 0.075 0.088 51 G 0.156 0.110 0.073 0.122 0.196 0.037 0.024 0.016 0.021 0.152 0.094 52 G 0.053 0.324 0.171 0.118 0.271 0.012 0.007 0.008 0.005 0.017 0.016 53 I 0.189 0.153 0.012 0.001 0.614 0.001 0.003 0.004 0.002 0.003 0.017 54 Y 0.200 0.138 0.008 0.001 0.625 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.019 55 L 0.268 0.086 0.016 0.002 0.500 0.004 0.008 0.014 0.006 0.015 0.080 56 F 0.164 0.254 0.062 0.015 0.294 0.017 0.024 0.042 0.023 0.027 0.079 57 T 0.042 0.099 0.042 0.046 0.096 0.103 0.103 0.184 0.104 0.137 0.043 58 D 0.095 0.406 0.273 0.008 0.132 0.001 0.001 0.019 0.009 0.025 0.030 59 E 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.690 0.269 0.021 0.002 60 K 0.001 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.905 0.070 0.003 0.001 61 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.855 0.113 0.026 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.907 0.086 0.005 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.902 0.089 0.001 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.917 0.056 0.004 0.001 65 Y 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.832 0.104 0.044 0.002 66 L 0.002 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.822 0.140 0.016 0.001 67 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.887 0.065 0.005 0.001 68 K 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.004 0.025 0.895 0.045 0.021 0.002 69 H 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.882 0.086 0.014 0.002 70 T 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.899 0.078 0.007 0.001 71 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.928 0.044 0.006 0.001 72 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.920 0.060 0.005 0.001 73 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.851 0.113 0.016 0.002 74 K 0.003 0.010 0.004 0.003 0.005 0.008 0.035 0.713 0.197 0.019 0.002 75 N 0.015 0.067 0.012 0.009 0.031 0.011 0.093 0.507 0.123 0.120 0.011 76 L 0.025 0.395 0.210 0.027 0.119 0.017 0.022 0.049 0.030 0.085 0.020 77 G 0.182 0.065 0.035 0.029 0.109 0.023 0.033 0.063 0.048 0.236 0.180 78 V 0.183 0.200 0.075 0.038 0.242 0.015 0.009 0.035 0.044 0.081 0.079 79 E 0.023 0.113 0.074 0.140 0.085 0.102 0.186 0.118 0.080 0.065 0.014 80 E 0.172 0.226 0.103 0.007 0.356 0.003 0.006 0.019 0.027 0.041 0.039 81 V 0.274 0.123 0.010 0.001 0.540 0.001 0.001 0.005 0.003 0.004 0.037 82 V 0.238 0.058 0.010 0.009 0.445 0.034 0.070 0.023 0.010 0.041 0.061 83 A 0.299 0.119 0.017 0.006 0.492 0.002 0.001 0.004 0.004 0.013 0.043 84 K 0.179 0.165 0.032 0.011 0.533 0.010 0.010 0.018 0.007 0.009 0.026 85 V 0.368 0.043 0.011 0.009 0.283 0.013 0.012 0.023 0.019 0.060 0.159 86 F 0.100 0.278 0.062 0.049 0.349 0.014 0.021 0.033 0.018 0.031 0.044 87 D 0.236 0.090 0.039 0.024 0.251 0.039 0.042 0.043 0.033 0.109 0.094 88 V 0.120 0.272 0.092 0.025 0.319 0.007 0.007 0.041 0.032 0.041 0.045 89 N 0.163 0.062 0.021 0.030 0.164 0.033 0.070 0.133 0.098 0.147 0.078 90 E 0.049 0.344 0.263 0.032 0.179 0.008 0.014 0.049 0.023 0.025 0.014 91 P 0.149 0.310 0.071 0.006 0.335 0.005 0.010 0.057 0.014 0.013 0.031 92 L 0.271 0.080 0.034 0.017 0.235 0.017 0.020 0.103 0.061 0.067 0.095 93 S 0.030 0.238 0.101 0.054 0.119 0.075 0.100 0.185 0.065 0.024 0.008 94 Q 0.161 0.111 0.043 0.009 0.209 0.005 0.018 0.135 0.090 0.136 0.083 95 I 0.177 0.169 0.066 0.027 0.188 0.042 0.038 0.082 0.046 0.079 0.085 96 N 0.074 0.142 0.051 0.051 0.192 0.085 0.115 0.139 0.059 0.059 0.033 97 Q 0.159 0.081 0.057 0.062 0.130 0.012 0.012 0.042 0.063 0.250 0.132 98 A 0.021 0.239 0.297 0.229 0.082 0.035 0.016 0.031 0.018 0.022 0.012 99 K 0.131 0.266 0.081 0.007 0.318 0.006 0.013 0.072 0.034 0.028 0.044 100 L 0.161 0.142 0.064 0.020 0.228 0.020 0.041 0.103 0.065 0.075 0.079 101 A 0.084 0.187 0.136 0.058 0.192 0.046 0.047 0.103 0.048 0.064 0.036