# TARGET T0263 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0263.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1225 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.130 0.107 0.065 0.170 0.121 0.097 0.090 0.065 0.062 0.050 0.042 2 A 0.040 0.045 0.030 0.073 0.092 0.108 0.185 0.142 0.143 0.093 0.049 3 T 0.035 0.101 0.091 0.316 0.220 0.122 0.077 0.023 0.009 0.003 0.002 4 L 0.003 0.003 0.003 0.011 0.016 0.029 0.089 0.166 0.225 0.260 0.193 5 L 0.001 0.003 0.006 0.025 0.043 0.071 0.185 0.198 0.205 0.153 0.110 6 Q 0.001 0.011 0.028 0.102 0.095 0.104 0.159 0.152 0.158 0.117 0.073 7 L 0.001 0.002 0.005 0.013 0.023 0.046 0.138 0.194 0.241 0.206 0.132 8 H 0.035 0.095 0.074 0.272 0.212 0.127 0.105 0.046 0.022 0.008 0.004 9 F 0.003 0.005 0.005 0.015 0.023 0.033 0.112 0.150 0.222 0.241 0.191 10 A 0.144 0.231 0.123 0.304 0.130 0.043 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 11 F 0.033 0.038 0.018 0.063 0.106 0.130 0.239 0.149 0.123 0.068 0.031 12 N 0.272 0.235 0.086 0.194 0.092 0.051 0.035 0.017 0.010 0.006 0.002 13 G 0.147 0.077 0.021 0.088 0.098 0.109 0.179 0.104 0.091 0.055 0.030 14 P 0.436 0.201 0.059 0.093 0.055 0.040 0.042 0.027 0.021 0.016 0.009 15 F 0.027 0.101 0.019 0.088 0.106 0.153 0.161 0.110 0.101 0.086 0.048 16 G 0.030 0.061 0.027 0.081 0.102 0.136 0.167 0.126 0.125 0.083 0.061 17 D 0.620 0.124 0.087 0.100 0.042 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 18 A 0.081 0.098 0.165 0.268 0.189 0.099 0.069 0.019 0.008 0.003 0.001 19 M 0.003 0.005 0.018 0.018 0.017 0.041 0.133 0.173 0.227 0.216 0.150 20 A 0.001 0.002 0.037 0.067 0.149 0.226 0.332 0.108 0.052 0.020 0.006 21 E 0.017 0.020 0.892 0.055 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 Q 0.001 0.006 0.044 0.076 0.156 0.297 0.280 0.081 0.036 0.018 0.006 23 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.005 0.049 0.111 0.243 0.304 0.282 24 K 0.003 0.014 0.226 0.261 0.279 0.140 0.060 0.010 0.004 0.001 0.001 25 P 0.074 0.047 0.829 0.038 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 L 0.001 0.002 0.007 0.017 0.035 0.116 0.354 0.188 0.150 0.087 0.042 27 A 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.026 0.167 0.203 0.259 0.197 0.135 28 E 0.042 0.054 0.699 0.151 0.041 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 29 S 0.026 0.090 0.451 0.157 0.123 0.089 0.049 0.010 0.004 0.001 0.001 30 I 0.003 0.002 0.002 0.004 0.007 0.018 0.076 0.113 0.216 0.266 0.292 31 N 0.094 0.091 0.068 0.141 0.152 0.171 0.179 0.056 0.029 0.012 0.006 32 Q 0.102 0.137 0.467 0.171 0.067 0.030 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 33 E 0.065 0.066 0.044 0.102 0.122 0.160 0.207 0.106 0.060 0.041 0.026 34 P 0.160 0.139 0.038 0.121 0.094 0.101 0.130 0.078 0.065 0.046 0.027 35 G 0.205 0.106 0.050 0.127 0.122 0.121 0.117 0.059 0.048 0.029 0.017 36 F 0.014 0.016 0.013 0.045 0.049 0.064 0.144 0.161 0.188 0.175 0.132 37 L 0.008 0.023 0.025 0.087 0.105 0.140 0.219 0.154 0.120 0.074 0.044 38 W 0.013 0.035 0.034 0.144 0.142 0.142 0.164 0.128 0.101 0.065 0.033 39 K 0.007 0.007 0.007 0.021 0.030 0.052 0.143 0.206 0.237 0.189 0.101 40 V 0.008 0.025 0.028 0.123 0.145 0.153 0.191 0.133 0.110 0.058 0.026 41 W 0.005 0.012 0.013 0.035 0.040 0.051 0.136 0.167 0.217 0.200 0.124 42 T 0.010 0.019 0.023 0.088 0.098 0.104 0.186 0.167 0.154 0.097 0.053 43 E 0.055 0.095 0.057 0.157 0.151 0.142 0.161 0.088 0.057 0.026 0.010 44 S 0.085 0.133 0.044 0.168 0.133 0.116 0.126 0.083 0.059 0.034 0.017 45 E 0.197 0.120 0.053 0.121 0.104 0.099 0.105 0.073 0.062 0.041 0.027 46 K 0.440 0.198 0.076 0.136 0.069 0.035 0.026 0.010 0.005 0.003 0.001 47 N 0.363 0.227 0.079 0.150 0.078 0.046 0.030 0.013 0.008 0.004 0.002 48 H 0.074 0.098 0.051 0.177 0.161 0.156 0.131 0.071 0.044 0.025 0.013 49 E 0.068 0.158 0.111 0.238 0.185 0.123 0.076 0.023 0.011 0.005 0.002 50 A 0.003 0.003 0.004 0.015 0.024 0.039 0.127 0.172 0.222 0.211 0.180 51 G 0.010 0.031 0.019 0.126 0.172 0.176 0.199 0.116 0.078 0.047 0.026 52 G 0.007 0.014 0.010 0.045 0.066 0.094 0.197 0.187 0.175 0.126 0.078 53 I 0.004 0.006 0.008 0.030 0.041 0.070 0.142 0.158 0.193 0.188 0.160 54 Y 0.001 0.003 0.004 0.015 0.025 0.040 0.142 0.195 0.234 0.210 0.131 55 L 0.006 0.023 0.026 0.118 0.124 0.107 0.191 0.147 0.129 0.083 0.045 56 F 0.002 0.003 0.005 0.009 0.015 0.031 0.127 0.169 0.263 0.224 0.151 57 T 0.085 0.203 0.141 0.312 0.162 0.057 0.026 0.008 0.004 0.001 0.001 58 D 0.013 0.143 0.039 0.097 0.088 0.127 0.206 0.125 0.085 0.054 0.024 59 E 0.095 0.082 0.079 0.224 0.246 0.149 0.082 0.024 0.013 0.004 0.002 60 K 0.741 0.128 0.071 0.041 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 S 0.005 0.017 0.037 0.137 0.158 0.204 0.236 0.107 0.060 0.027 0.010 62 A 0.001 0.001 0.006 0.004 0.006 0.017 0.096 0.163 0.253 0.261 0.192 63 L 0.002 0.009 0.286 0.295 0.224 0.118 0.048 0.011 0.004 0.002 0.001 64 A 0.012 0.028 0.726 0.119 0.063 0.033 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.001 0.001 0.003 0.006 0.016 0.071 0.273 0.201 0.199 0.148 0.081 66 L 0.001 0.002 0.008 0.006 0.013 0.036 0.219 0.238 0.248 0.159 0.070 67 E 0.052 0.069 0.612 0.175 0.063 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 68 K 0.150 0.143 0.362 0.163 0.097 0.052 0.025 0.005 0.003 0.001 0.001 69 H 0.003 0.007 0.008 0.012 0.013 0.029 0.103 0.145 0.245 0.245 0.191 70 T 0.007 0.011 0.020 0.062 0.136 0.255 0.282 0.111 0.068 0.031 0.017 71 A 0.076 0.080 0.640 0.100 0.046 0.027 0.018 0.006 0.005 0.002 0.001 72 R 0.005 0.017 0.031 0.109 0.168 0.243 0.268 0.091 0.040 0.018 0.009 73 L 0.002 0.001 0.003 0.003 0.002 0.003 0.017 0.054 0.164 0.302 0.448 74 K 0.010 0.019 0.073 0.188 0.265 0.227 0.140 0.045 0.020 0.008 0.004 75 N 0.100 0.103 0.562 0.150 0.051 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 76 L 0.003 0.007 0.005 0.025 0.056 0.145 0.333 0.188 0.113 0.086 0.040 77 G 0.192 0.188 0.029 0.107 0.077 0.066 0.094 0.066 0.070 0.055 0.056 78 V 0.007 0.010 0.008 0.024 0.039 0.059 0.112 0.129 0.202 0.183 0.227 79 E 0.380 0.219 0.104 0.180 0.066 0.030 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 80 E 0.132 0.191 0.077 0.324 0.168 0.072 0.027 0.006 0.002 0.001 0.001 81 V 0.002 0.001 0.001 0.003 0.006 0.014 0.056 0.114 0.235 0.278 0.291 82 V 0.014 0.102 0.084 0.391 0.251 0.111 0.037 0.006 0.003 0.001 0.001 83 A 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.039 0.094 0.225 0.297 0.330 84 K 0.036 0.061 0.060 0.297 0.250 0.155 0.095 0.028 0.011 0.004 0.002 85 V 0.014 0.039 0.020 0.081 0.083 0.112 0.226 0.169 0.142 0.081 0.034 86 F 0.004 0.007 0.009 0.035 0.044 0.064 0.119 0.142 0.213 0.191 0.173 87 D 0.077 0.188 0.113 0.248 0.172 0.097 0.063 0.023 0.012 0.005 0.003 88 V 0.018 0.026 0.017 0.048 0.048 0.048 0.111 0.152 0.196 0.192 0.143 89 N 0.117 0.150 0.057 0.177 0.172 0.129 0.106 0.046 0.028 0.012 0.008 90 E 0.342 0.204 0.057 0.142 0.092 0.059 0.050 0.024 0.015 0.009 0.005 91 P 0.154 0.146 0.060 0.173 0.153 0.119 0.101 0.043 0.028 0.016 0.008 92 L 0.022 0.014 0.010 0.027 0.034 0.051 0.110 0.133 0.201 0.198 0.198 93 S 0.148 0.198 0.121 0.194 0.129 0.084 0.066 0.028 0.018 0.009 0.005 94 Q 0.180 0.170 0.147 0.224 0.112 0.076 0.050 0.021 0.012 0.006 0.003 95 I 0.032 0.016 0.014 0.027 0.037 0.059 0.136 0.149 0.187 0.183 0.161 96 N 0.150 0.190 0.140 0.188 0.107 0.073 0.067 0.034 0.026 0.015 0.010 97 Q 0.106 0.107 0.096 0.187 0.153 0.112 0.107 0.056 0.039 0.024 0.012 98 A 0.234 0.121 0.097 0.104 0.077 0.076 0.093 0.063 0.058 0.045 0.033 99 K 0.164 0.158 0.106 0.210 0.139 0.087 0.071 0.031 0.020 0.010 0.004 100 L 0.072 0.057 0.037 0.069 0.072 0.083 0.133 0.123 0.143 0.119 0.091 101 A 0.167 0.149 0.089 0.141 0.112 0.088 0.091 0.060 0.051 0.032 0.020