# TARGET T0263 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0263.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 14.1225 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.171 0.087 0.020 0.010 0.195 0.014 0.038 0.199 0.120 0.094 0.053 2 A 0.183 0.115 0.014 0.015 0.329 0.042 0.058 0.139 0.038 0.031 0.036 3 T 0.169 0.093 0.009 0.011 0.591 0.015 0.034 0.042 0.010 0.014 0.013 4 L 0.290 0.037 0.002 0.001 0.648 0.003 0.003 0.004 0.001 0.001 0.010 5 L 0.154 0.086 0.004 0.003 0.731 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.012 6 Q 0.433 0.024 0.001 0.001 0.438 0.001 0.002 0.003 0.001 0.008 0.088 7 L 0.226 0.158 0.015 0.005 0.504 0.009 0.013 0.010 0.004 0.013 0.044 8 H 0.322 0.072 0.009 0.003 0.449 0.004 0.011 0.008 0.008 0.027 0.088 9 F 0.186 0.252 0.063 0.007 0.391 0.004 0.005 0.015 0.013 0.024 0.040 10 A 0.188 0.149 0.034 0.009 0.337 0.021 0.054 0.056 0.036 0.065 0.052 11 F 0.113 0.163 0.066 0.040 0.227 0.047 0.074 0.084 0.073 0.068 0.047 12 N 0.059 0.071 0.081 0.137 0.067 0.045 0.063 0.062 0.073 0.250 0.093 13 G 0.005 0.136 0.476 0.201 0.028 0.039 0.015 0.046 0.027 0.022 0.005 14 P 0.044 0.253 0.079 0.010 0.112 0.026 0.104 0.252 0.060 0.034 0.026 15 F 0.029 0.216 0.123 0.015 0.047 0.007 0.014 0.147 0.095 0.266 0.042 16 G 0.005 0.068 0.064 0.015 0.016 0.006 0.004 0.684 0.106 0.028 0.005 17 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.896 0.096 0.002 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.045 0.011 0.001 19 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.835 0.136 0.027 0.001 20 A 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.887 0.100 0.003 0.001 21 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.051 0.845 0.093 0.008 0.001 22 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.080 0.803 0.083 0.024 0.001 23 L 0.004 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.481 0.230 0.265 0.007 24 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.807 0.178 0.002 0.001 25 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.904 0.060 0.005 0.001 26 L 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.034 0.622 0.155 0.177 0.001 27 A 0.009 0.011 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 0.704 0.224 0.031 0.006 28 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.763 0.193 0.002 0.001 29 S 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 0.722 0.127 0.116 0.003 30 I 0.021 0.033 0.012 0.002 0.036 0.007 0.040 0.458 0.273 0.104 0.013 31 N 0.021 0.023 0.010 0.007 0.032 0.010 0.033 0.552 0.185 0.103 0.024 32 Q 0.068 0.117 0.058 0.008 0.099 0.009 0.037 0.131 0.147 0.282 0.045 33 E 0.062 0.291 0.261 0.029 0.201 0.014 0.027 0.064 0.018 0.013 0.021 34 P 0.011 0.045 0.029 0.029 0.025 0.091 0.360 0.296 0.091 0.016 0.006 35 G 0.029 0.064 0.060 0.096 0.054 0.049 0.035 0.067 0.078 0.423 0.045 36 F 0.263 0.122 0.012 0.004 0.399 0.006 0.010 0.046 0.032 0.052 0.054 37 L 0.210 0.117 0.021 0.009 0.481 0.011 0.016 0.037 0.016 0.028 0.054 38 W 0.208 0.150 0.018 0.007 0.547 0.006 0.014 0.016 0.006 0.010 0.018 39 K 0.292 0.082 0.011 0.006 0.531 0.008 0.015 0.016 0.004 0.007 0.028 40 V 0.268 0.109 0.020 0.004 0.518 0.004 0.009 0.014 0.005 0.010 0.041 41 W 0.285 0.115 0.018 0.007 0.379 0.009 0.014 0.028 0.015 0.041 0.090 42 T 0.158 0.318 0.073 0.007 0.348 0.005 0.007 0.019 0.008 0.025 0.032 43 E 0.090 0.205 0.048 0.018 0.227 0.038 0.057 0.093 0.050 0.120 0.055 44 S 0.103 0.203 0.195 0.011 0.418 0.004 0.005 0.017 0.010 0.016 0.018 45 E 0.019 0.023 0.049 0.012 0.013 0.007 0.023 0.541 0.278 0.024 0.011 46 K 0.004 0.036 0.022 0.036 0.008 0.056 0.264 0.423 0.107 0.039 0.005 47 N 0.010 0.642 0.107 0.040 0.086 0.007 0.007 0.007 0.010 0.069 0.016 48 H 0.059 0.022 0.026 0.013 0.022 0.009 0.009 0.033 0.069 0.458 0.282 49 E 0.129 0.188 0.083 0.017 0.195 0.020 0.049 0.060 0.069 0.134 0.056 50 A 0.179 0.159 0.089 0.084 0.232 0.037 0.028 0.021 0.028 0.083 0.060 51 G 0.041 0.049 0.089 0.374 0.035 0.112 0.064 0.027 0.033 0.133 0.045 52 G 0.072 0.284 0.203 0.109 0.257 0.024 0.004 0.006 0.005 0.016 0.018 53 I 0.276 0.086 0.006 0.001 0.585 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.035 54 Y 0.159 0.174 0.031 0.001 0.603 0.001 0.002 0.004 0.002 0.003 0.018 55 L 0.319 0.136 0.021 0.002 0.418 0.001 0.004 0.014 0.004 0.013 0.067 56 F 0.202 0.193 0.067 0.022 0.259 0.032 0.024 0.049 0.021 0.051 0.080 57 T 0.034 0.098 0.064 0.069 0.082 0.132 0.112 0.142 0.073 0.143 0.051 58 D 0.124 0.289 0.281 0.007 0.171 0.001 0.002 0.038 0.012 0.038 0.037 59 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.765 0.213 0.012 0.001 60 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.927 0.054 0.004 0.001 61 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.913 0.052 0.028 0.001 62 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.062 0.012 0.001 63 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.906 0.082 0.002 0.001 64 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.927 0.040 0.008 0.001 65 Y 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.829 0.083 0.064 0.001 66 L 0.003 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.002 0.858 0.101 0.020 0.002 67 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.907 0.065 0.002 0.001 68 K 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.002 0.014 0.868 0.055 0.047 0.003 69 H 0.004 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.858 0.073 0.051 0.002 70 T 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.914 0.066 0.007 0.001 71 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.954 0.037 0.002 0.001 72 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.970 0.020 0.003 0.001 73 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.890 0.082 0.021 0.001 74 K 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.016 0.780 0.184 0.008 0.001 75 N 0.003 0.004 0.003 0.003 0.004 0.007 0.153 0.654 0.119 0.047 0.003 76 L 0.011 0.296 0.235 0.032 0.063 0.033 0.109 0.085 0.045 0.083 0.008 77 G 0.075 0.028 0.022 0.073 0.023 0.024 0.025 0.072 0.051 0.435 0.171 78 V 0.110 0.161 0.073 0.068 0.139 0.058 0.050 0.089 0.094 0.102 0.056 79 E 0.010 0.193 0.179 0.144 0.071 0.094 0.065 0.174 0.051 0.013 0.005 80 E 0.349 0.068 0.017 0.004 0.291 0.005 0.025 0.072 0.041 0.046 0.081 81 V 0.190 0.205 0.026 0.003 0.498 0.006 0.007 0.019 0.008 0.012 0.025 82 V 0.284 0.107 0.010 0.003 0.512 0.002 0.007 0.012 0.005 0.017 0.041 83 A 0.294 0.116 0.011 0.005 0.511 0.006 0.006 0.008 0.004 0.008 0.031 84 K 0.131 0.184 0.026 0.008 0.579 0.010 0.019 0.016 0.006 0.007 0.014 85 V 0.349 0.078 0.009 0.003 0.434 0.007 0.015 0.021 0.008 0.016 0.061 86 F 0.086 0.309 0.063 0.035 0.336 0.028 0.025 0.032 0.014 0.029 0.043 87 D 0.431 0.051 0.013 0.002 0.268 0.001 0.004 0.014 0.010 0.041 0.164 88 V 0.037 0.144 0.027 0.019 0.131 0.026 0.038 0.278 0.214 0.067 0.020 89 N 0.047 0.024 0.019 0.028 0.034 0.024 0.043 0.104 0.189 0.436 0.051 90 E 0.023 0.274 0.431 0.023 0.106 0.005 0.022 0.082 0.022 0.007 0.004 91 P 0.067 0.394 0.110 0.008 0.180 0.006 0.017 0.123 0.035 0.033 0.028 92 L 0.210 0.042 0.014 0.009 0.149 0.025 0.043 0.132 0.159 0.081 0.136 93 S 0.010 0.040 0.017 0.029 0.033 0.169 0.144 0.405 0.124 0.022 0.008 94 Q 0.204 0.053 0.031 0.005 0.172 0.003 0.014 0.108 0.078 0.249 0.082 95 I 0.199 0.081 0.016 0.021 0.179 0.052 0.049 0.140 0.079 0.105 0.079 96 N 0.040 0.163 0.100 0.159 0.114 0.055 0.072 0.118 0.050 0.088 0.040 97 Q 0.078 0.072 0.058 0.048 0.077 0.021 0.021 0.065 0.085 0.376 0.100 98 A 0.026 0.461 0.178 0.030 0.177 0.011 0.012 0.051 0.028 0.019 0.007 99 K 0.341 0.077 0.019 0.004 0.293 0.007 0.031 0.074 0.025 0.027 0.103 100 L 0.115 0.185 0.068 0.035 0.201 0.036 0.055 0.105 0.074 0.074 0.050 101 A 0.094 0.239 0.108 0.044 0.218 0.031 0.032 0.096 0.050 0.053 0.035