# TARGET T0256 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0256.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 198 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.060 0.081 0.064 0.133 0.119 0.135 0.152 0.095 0.073 0.053 0.036 2 G 0.088 0.145 0.068 0.197 0.157 0.109 0.101 0.055 0.039 0.025 0.017 3 I 0.011 0.006 0.006 0.015 0.026 0.038 0.101 0.148 0.251 0.224 0.176 4 K 0.057 0.098 0.133 0.317 0.211 0.103 0.054 0.016 0.007 0.003 0.002 5 H 0.004 0.015 0.017 0.061 0.072 0.111 0.204 0.183 0.153 0.111 0.070 6 L 0.010 0.006 0.011 0.021 0.024 0.035 0.102 0.161 0.222 0.221 0.187 7 N 0.048 0.084 0.091 0.210 0.174 0.149 0.134 0.053 0.033 0.016 0.009 8 L 0.002 0.003 0.008 0.012 0.014 0.021 0.069 0.117 0.224 0.273 0.258 9 T 0.026 0.126 0.063 0.213 0.199 0.139 0.132 0.051 0.028 0.013 0.008 10 V 0.021 0.019 0.014 0.032 0.033 0.047 0.140 0.150 0.210 0.179 0.154 11 A 0.270 0.167 0.119 0.190 0.125 0.064 0.036 0.014 0.008 0.004 0.003 12 D 0.010 0.126 0.050 0.146 0.115 0.133 0.169 0.102 0.074 0.047 0.028 13 V 0.006 0.008 0.009 0.030 0.061 0.106 0.197 0.166 0.178 0.133 0.107 14 V 0.562 0.118 0.111 0.098 0.049 0.030 0.022 0.006 0.003 0.001 0.001 15 A 0.003 0.019 0.065 0.220 0.218 0.191 0.185 0.063 0.024 0.009 0.003 16 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.005 0.035 0.082 0.204 0.308 0.362 17 R 0.001 0.001 0.016 0.075 0.154 0.274 0.293 0.100 0.051 0.025 0.011 18 E 0.006 0.029 0.630 0.199 0.081 0.034 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 19 F 0.001 0.001 0.003 0.008 0.020 0.076 0.308 0.217 0.169 0.128 0.071 20 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.039 0.107 0.242 0.324 0.278 21 E 0.001 0.004 0.097 0.187 0.309 0.219 0.114 0.042 0.018 0.007 0.003 22 K 0.015 0.045 0.476 0.206 0.128 0.084 0.036 0.007 0.002 0.001 0.001 23 Y 0.001 0.002 0.004 0.014 0.026 0.072 0.265 0.257 0.204 0.115 0.042 24 F 0.002 0.002 0.002 0.005 0.008 0.022 0.115 0.197 0.240 0.228 0.179 25 G 0.052 0.135 0.213 0.263 0.167 0.084 0.048 0.019 0.011 0.006 0.004 26 L 0.002 0.003 0.006 0.009 0.013 0.031 0.096 0.144 0.240 0.260 0.195 27 T 0.081 0.171 0.065 0.236 0.168 0.099 0.091 0.045 0.023 0.012 0.009 28 C 0.012 0.016 0.008 0.027 0.043 0.071 0.171 0.158 0.183 0.166 0.145 29 S 0.059 0.103 0.067 0.175 0.132 0.112 0.126 0.075 0.064 0.048 0.039 30 G 0.204 0.110 0.043 0.136 0.124 0.107 0.107 0.059 0.050 0.035 0.025 31 T 0.107 0.109 0.058 0.137 0.100 0.095 0.125 0.084 0.071 0.064 0.050 32 R 0.177 0.142 0.054 0.143 0.122 0.099 0.106 0.056 0.047 0.032 0.021 33 G 0.398 0.146 0.049 0.106 0.074 0.063 0.060 0.035 0.031 0.022 0.017 34 N 0.170 0.167 0.053 0.170 0.124 0.089 0.090 0.051 0.041 0.029 0.017 35 A 0.038 0.050 0.024 0.112 0.131 0.162 0.179 0.105 0.094 0.064 0.043 36 F 0.008 0.013 0.009 0.043 0.060 0.091 0.172 0.178 0.186 0.151 0.090 37 A 0.005 0.013 0.018 0.064 0.091 0.123 0.206 0.167 0.143 0.102 0.068 38 V 0.004 0.007 0.009 0.027 0.036 0.050 0.122 0.169 0.223 0.207 0.146 39 M 0.003 0.007 0.008 0.043 0.067 0.095 0.177 0.180 0.181 0.140 0.098 40 R 0.013 0.026 0.025 0.083 0.115 0.135 0.205 0.153 0.126 0.077 0.042 41 D 0.067 0.090 0.051 0.165 0.149 0.143 0.152 0.082 0.052 0.032 0.016 42 N 0.271 0.178 0.070 0.153 0.102 0.073 0.067 0.035 0.025 0.017 0.009 43 D 0.316 0.190 0.067 0.152 0.093 0.062 0.053 0.028 0.019 0.013 0.007 44 G 0.128 0.139 0.051 0.160 0.149 0.114 0.111 0.061 0.045 0.027 0.016 45 F 0.009 0.015 0.008 0.035 0.050 0.087 0.184 0.178 0.197 0.147 0.090 46 I 0.012 0.024 0.022 0.108 0.135 0.169 0.200 0.123 0.104 0.065 0.038 47 L 0.006 0.007 0.012 0.025 0.026 0.041 0.102 0.141 0.221 0.223 0.195 48 T 0.009 0.013 0.024 0.074 0.086 0.116 0.186 0.164 0.157 0.109 0.062 49 L 0.003 0.005 0.011 0.024 0.030 0.046 0.131 0.174 0.229 0.210 0.137 50 M 0.004 0.009 0.022 0.047 0.074 0.108 0.189 0.167 0.175 0.128 0.078 51 K 0.019 0.058 0.073 0.166 0.173 0.149 0.168 0.089 0.062 0.031 0.012 52 G 0.149 0.106 0.071 0.137 0.119 0.110 0.126 0.077 0.056 0.034 0.015 53 K 0.281 0.201 0.085 0.164 0.100 0.065 0.054 0.025 0.014 0.007 0.003 54 E 0.362 0.199 0.067 0.127 0.077 0.054 0.051 0.026 0.018 0.011 0.007 55 V 0.113 0.073 0.027 0.083 0.080 0.092 0.141 0.123 0.118 0.088 0.062 56 Q 0.460 0.212 0.055 0.100 0.057 0.037 0.034 0.018 0.013 0.008 0.005 57 Y 0.116 0.085 0.037 0.100 0.099 0.105 0.141 0.104 0.094 0.068 0.050 58 P 0.185 0.122 0.040 0.127 0.108 0.096 0.111 0.074 0.061 0.046 0.031 59 K 0.131 0.097 0.049 0.169 0.166 0.130 0.114 0.061 0.046 0.025 0.013 60 T 0.015 0.014 0.012 0.037 0.048 0.066 0.135 0.180 0.204 0.167 0.122 61 F 0.005 0.010 0.009 0.045 0.070 0.119 0.219 0.195 0.158 0.106 0.064 62 H 0.002 0.005 0.006 0.024 0.039 0.078 0.177 0.219 0.201 0.151 0.098 63 V 0.003 0.002 0.003 0.007 0.010 0.017 0.074 0.154 0.235 0.266 0.228 64 G 0.005 0.006 0.007 0.023 0.034 0.054 0.144 0.167 0.228 0.186 0.146 65 F 0.001 0.002 0.003 0.013 0.024 0.036 0.106 0.151 0.243 0.255 0.165 66 P 0.025 0.061 0.037 0.163 0.189 0.166 0.193 0.090 0.048 0.021 0.008 67 Q 0.010 0.007 0.007 0.019 0.035 0.063 0.220 0.219 0.205 0.146 0.071 68 E 0.332 0.317 0.081 0.135 0.075 0.031 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 69 S 0.037 0.567 0.057 0.136 0.070 0.052 0.043 0.019 0.011 0.006 0.003 70 E 0.491 0.098 0.047 0.147 0.133 0.056 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 71 E 0.923 0.055 0.013 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.010 0.026 0.120 0.132 0.250 0.296 0.106 0.042 0.014 0.004 73 V 0.001 0.001 0.007 0.005 0.011 0.040 0.183 0.218 0.223 0.186 0.125 74 D 0.007 0.021 0.713 0.164 0.057 0.026 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.003 0.018 0.468 0.301 0.142 0.051 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 76 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.091 0.141 0.249 0.277 0.230 77 N 0.001 0.001 0.008 0.017 0.065 0.185 0.437 0.173 0.081 0.027 0.007 78 Q 0.002 0.012 0.867 0.082 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.001 0.004 0.033 0.073 0.161 0.310 0.312 0.074 0.023 0.008 0.002 80 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 0.057 0.205 0.333 0.382 81 K 0.002 0.010 0.129 0.216 0.314 0.185 0.108 0.025 0.007 0.002 0.001 82 E 0.009 0.030 0.860 0.066 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.008 0.016 0.013 0.046 0.096 0.211 0.400 0.130 0.050 0.023 0.007 84 G 0.670 0.155 0.031 0.049 0.028 0.021 0.023 0.011 0.007 0.004 0.002 85 F 0.007 0.018 0.017 0.034 0.049 0.072 0.159 0.157 0.174 0.171 0.142 86 L 0.240 0.232 0.099 0.174 0.097 0.064 0.053 0.019 0.012 0.007 0.004 87 V 0.034 0.025 0.010 0.036 0.055 0.081 0.183 0.179 0.173 0.128 0.097 88 E 0.297 0.223 0.056 0.127 0.085 0.063 0.055 0.032 0.025 0.020 0.017 89 P 0.150 0.098 0.034 0.122 0.131 0.120 0.128 0.082 0.065 0.044 0.027 90 P 0.345 0.120 0.028 0.102 0.084 0.075 0.086 0.057 0.047 0.035 0.021 91 K 0.314 0.202 0.098 0.161 0.083 0.051 0.042 0.020 0.014 0.009 0.006 92 H 0.206 0.131 0.051 0.168 0.111 0.093 0.098 0.054 0.043 0.028 0.016 93 A 0.302 0.150 0.064 0.113 0.079 0.075 0.078 0.048 0.043 0.030 0.019 94 H 0.057 0.110 0.066 0.239 0.172 0.126 0.127 0.050 0.031 0.015 0.007 95 A 0.018 0.021 0.020 0.065 0.084 0.114 0.168 0.151 0.160 0.117 0.082 96 Y 0.007 0.018 0.021 0.108 0.135 0.154 0.226 0.149 0.102 0.057 0.024 97 T 0.003 0.012 0.019 0.080 0.099 0.141 0.195 0.162 0.137 0.095 0.056 98 F 0.001 0.002 0.005 0.012 0.016 0.026 0.088 0.184 0.278 0.249 0.140 99 Y 0.002 0.007 0.009 0.056 0.098 0.127 0.249 0.204 0.145 0.072 0.031 100 V 0.001 0.003 0.006 0.010 0.010 0.015 0.057 0.111 0.239 0.291 0.255 101 E 0.014 0.028 0.021 0.162 0.199 0.181 0.194 0.107 0.062 0.022 0.008 102 A 0.031 0.061 0.020 0.091 0.090 0.114 0.183 0.169 0.134 0.075 0.033 103 P 0.124 0.120 0.049 0.142 0.123 0.107 0.120 0.086 0.067 0.041 0.021 104 G 0.192 0.128 0.029 0.136 0.122 0.095 0.119 0.074 0.055 0.032 0.019 105 G 0.182 0.119 0.027 0.125 0.129 0.101 0.100 0.079 0.065 0.044 0.027 106 F 0.018 0.025 0.012 0.060 0.081 0.116 0.208 0.178 0.156 0.098 0.049 107 T 0.012 0.027 0.019 0.090 0.113 0.164 0.199 0.142 0.107 0.075 0.053 108 I 0.006 0.004 0.004 0.008 0.008 0.014 0.061 0.149 0.247 0.295 0.205 109 E 0.004 0.008 0.009 0.044 0.065 0.094 0.179 0.182 0.176 0.131 0.108 110 V 0.003 0.005 0.009 0.012 0.010 0.016 0.052 0.101 0.210 0.293 0.289 111 M 0.005 0.015 0.014 0.098 0.157 0.163 0.200 0.148 0.109 0.059 0.032 112 C 0.008 0.018 0.013 0.035 0.042 0.059 0.147 0.178 0.216 0.172 0.111