# TARGET T0256 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0256.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1669 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.076 0.230 0.296 0.097 0.168 0.013 0.047 0.040 0.018 0.015 0.001 2 G 0.074 0.208 0.172 0.037 0.188 0.018 0.084 0.082 0.014 0.120 0.001 3 I 0.069 0.324 0.425 0.021 0.050 0.068 0.008 0.001 0.028 0.003 0.002 4 K 0.445 0.091 0.044 0.365 0.021 0.016 0.006 0.002 0.007 0.002 0.001 5 H 0.016 0.610 0.097 0.031 0.196 0.013 0.011 0.001 0.024 0.001 0.001 6 L 0.008 0.764 0.129 0.009 0.055 0.012 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 7 N 0.005 0.704 0.100 0.005 0.046 0.058 0.010 0.001 0.071 0.001 0.001 8 L 0.003 0.643 0.225 0.002 0.053 0.037 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 9 T 0.009 0.341 0.475 0.004 0.011 0.135 0.002 0.001 0.022 0.001 0.001 10 V 0.265 0.307 0.198 0.022 0.065 0.094 0.011 0.001 0.034 0.002 0.001 11 A 0.880 0.004 0.008 0.101 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 D 0.076 0.077 0.088 0.132 0.154 0.152 0.012 0.001 0.304 0.002 0.002 13 V 0.985 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.986 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 F 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Y 0.954 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 F 0.168 0.003 0.008 0.815 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 25 G 0.008 0.001 0.003 0.019 0.003 0.002 0.624 0.321 0.001 0.017 0.001 26 L 0.008 0.443 0.463 0.014 0.042 0.019 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 27 T 0.016 0.499 0.350 0.009 0.048 0.053 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 28 C 0.061 0.482 0.313 0.019 0.022 0.073 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 29 S 0.077 0.391 0.145 0.146 0.092 0.036 0.032 0.003 0.076 0.002 0.001 30 G 0.034 0.034 0.122 0.022 0.281 0.006 0.041 0.251 0.003 0.204 0.001 31 T 0.119 0.436 0.271 0.078 0.055 0.015 0.003 0.002 0.018 0.003 0.001 32 R 0.077 0.172 0.361 0.101 0.046 0.039 0.105 0.010 0.058 0.028 0.002 33 G 0.053 0.014 0.055 0.020 0.109 0.003 0.074 0.311 0.002 0.359 0.001 34 N 0.147 0.130 0.158 0.372 0.061 0.042 0.053 0.009 0.022 0.004 0.004 35 A 0.036 0.458 0.227 0.044 0.194 0.012 0.011 0.007 0.007 0.003 0.002 36 F 0.012 0.759 0.098 0.012 0.098 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 37 A 0.004 0.794 0.077 0.002 0.106 0.007 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 38 V 0.007 0.858 0.048 0.004 0.056 0.012 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 39 M 0.009 0.749 0.129 0.006 0.049 0.030 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 40 R 0.025 0.610 0.208 0.013 0.041 0.041 0.004 0.001 0.055 0.001 0.001 41 D 0.172 0.229 0.313 0.078 0.067 0.048 0.031 0.005 0.034 0.021 0.002 42 N 0.288 0.105 0.073 0.200 0.077 0.037 0.129 0.020 0.039 0.031 0.002 43 D 0.175 0.053 0.126 0.414 0.027 0.017 0.154 0.011 0.014 0.005 0.002 44 G 0.056 0.015 0.086 0.038 0.072 0.002 0.088 0.513 0.002 0.127 0.001 45 F 0.090 0.369 0.401 0.029 0.074 0.019 0.005 0.002 0.007 0.002 0.001 46 I 0.044 0.764 0.105 0.014 0.038 0.016 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 47 L 0.046 0.699 0.183 0.008 0.030 0.021 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 48 T 0.039 0.721 0.120 0.006 0.060 0.025 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 49 L 0.139 0.456 0.257 0.030 0.039 0.048 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 50 M 0.087 0.556 0.178 0.046 0.071 0.026 0.004 0.001 0.031 0.001 0.001 51 K 0.150 0.262 0.357 0.104 0.040 0.033 0.020 0.003 0.026 0.006 0.001 52 G 0.114 0.070 0.230 0.056 0.150 0.014 0.064 0.128 0.015 0.158 0.001 53 K 0.342 0.149 0.281 0.106 0.047 0.023 0.021 0.005 0.017 0.007 0.002 54 E 0.260 0.100 0.276 0.178 0.043 0.047 0.050 0.015 0.019 0.007 0.004 55 V 0.238 0.241 0.315 0.092 0.050 0.029 0.009 0.004 0.018 0.003 0.001 56 Q 0.197 0.193 0.343 0.144 0.020 0.056 0.012 0.002 0.029 0.002 0.003 57 Y 0.052 0.284 0.393 0.011 0.046 0.027 0.016 0.002 0.162 0.005 0.001 58 P 0.223 0.016 0.615 0.048 0.003 0.040 0.006 0.003 0.003 0.003 0.039 59 K 0.148 0.206 0.173 0.152 0.128 0.033 0.071 0.048 0.027 0.012 0.001 60 T 0.065 0.484 0.220 0.072 0.100 0.022 0.013 0.004 0.017 0.003 0.001 61 F 0.029 0.503 0.246 0.057 0.083 0.036 0.012 0.003 0.029 0.001 0.001 62 H 0.011 0.743 0.111 0.008 0.090 0.017 0.002 0.001 0.018 0.001 0.001 63 V 0.011 0.744 0.112 0.019 0.083 0.015 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 64 G 0.009 0.574 0.122 0.016 0.228 0.018 0.008 0.004 0.015 0.007 0.001 65 F 0.002 0.764 0.086 0.001 0.081 0.009 0.002 0.001 0.055 0.001 0.001 66 P 0.026 0.061 0.778 0.005 0.001 0.114 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 67 Q 0.025 0.488 0.316 0.008 0.078 0.044 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 68 E 0.444 0.045 0.234 0.228 0.010 0.030 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 69 S 0.004 0.254 0.279 0.008 0.361 0.027 0.002 0.001 0.061 0.004 0.001 70 E 0.991 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 E 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.961 0.001 0.001 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 V 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 D 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 I 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 N 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 K 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 E 0.984 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 D 0.112 0.001 0.004 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 G 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.194 0.793 0.001 0.007 0.001 85 F 0.007 0.275 0.665 0.007 0.015 0.020 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 86 L 0.010 0.211 0.711 0.005 0.008 0.048 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 87 V 0.017 0.660 0.230 0.014 0.031 0.028 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 88 E 0.004 0.536 0.209 0.001 0.033 0.016 0.003 0.001 0.199 0.001 0.001 89 P 0.017 0.007 0.917 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.003 0.001 0.038 90 P 0.045 0.018 0.867 0.004 0.002 0.033 0.001 0.001 0.005 0.001 0.025 91 K 0.239 0.143 0.449 0.076 0.021 0.039 0.006 0.006 0.010 0.006 0.005 92 H 0.087 0.210 0.280 0.124 0.109 0.051 0.058 0.012 0.053 0.015 0.001 93 A 0.321 0.110 0.167 0.204 0.068 0.021 0.053 0.025 0.013 0.017 0.001 94 H 0.117 0.092 0.104 0.403 0.064 0.028 0.117 0.043 0.025 0.006 0.001 95 A 0.044 0.189 0.404 0.066 0.188 0.021 0.028 0.031 0.012 0.015 0.001 96 Y 0.040 0.538 0.233 0.043 0.110 0.019 0.003 0.001 0.010 0.002 0.001 97 T 0.005 0.785 0.061 0.006 0.126 0.005 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 98 F 0.002 0.815 0.073 0.003 0.087 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 99 Y 0.001 0.833 0.096 0.001 0.036 0.019 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 100 V 0.003 0.843 0.066 0.002 0.048 0.020 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 101 E 0.016 0.651 0.202 0.016 0.029 0.048 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 102 A 0.004 0.271 0.479 0.001 0.098 0.027 0.007 0.001 0.110 0.002 0.001 103 P 0.466 0.008 0.385 0.026 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.099 104 G 0.223 0.026 0.441 0.158 0.045 0.005 0.023 0.043 0.003 0.030 0.002 105 G 0.018 0.003 0.025 0.022 0.030 0.001 0.028 0.629 0.001 0.245 0.001 106 F 0.015 0.146 0.716 0.027 0.023 0.042 0.013 0.001 0.014 0.001 0.002 107 T 0.012 0.583 0.338 0.011 0.026 0.021 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 108 I 0.005 0.857 0.069 0.004 0.051 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 109 E 0.003 0.805 0.116 0.001 0.035 0.019 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 110 V 0.020 0.673 0.203 0.007 0.012 0.056 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 111 M 0.031 0.526 0.211 0.033 0.100 0.048 0.007 0.001 0.040 0.002 0.001 112 C 0.063 0.375 0.225 0.026 0.206 0.017 0.016 0.012 0.021 0.039 0.001