# TARGET T0253 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0253.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 398 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.016 0.800 0.024 0.156 2 E 0.002 0.001 0.010 0.959 0.008 0.021 3 A 0.001 0.001 0.007 0.978 0.004 0.009 4 L 0.001 0.001 0.005 0.986 0.003 0.005 5 K 0.002 0.001 0.007 0.977 0.008 0.007 6 R 0.002 0.001 0.009 0.962 0.017 0.010 7 K 0.003 0.002 0.015 0.936 0.026 0.018 8 I 0.013 0.005 0.026 0.855 0.062 0.039 9 E 0.011 0.003 0.042 0.779 0.100 0.066 10 E 0.015 0.003 0.025 0.388 0.251 0.318 11 E 0.012 0.008 0.034 0.107 0.433 0.405 12 G 0.021 0.005 0.023 0.032 0.355 0.565 13 V 0.095 0.065 0.044 0.024 0.376 0.398 14 V 0.124 0.174 0.008 0.014 0.270 0.411 15 L 0.050 0.079 0.006 0.012 0.753 0.099 16 S 0.011 0.009 0.005 0.005 0.951 0.019 17 D 0.005 0.001 0.003 0.002 0.976 0.014 18 Q 0.062 0.007 0.003 0.002 0.896 0.029 19 V 0.680 0.068 0.001 0.002 0.098 0.151 20 L 0.799 0.055 0.001 0.003 0.031 0.111 21 K 0.592 0.017 0.004 0.006 0.082 0.299 22 V 0.415 0.047 0.013 0.023 0.140 0.362 23 D 0.186 0.022 0.027 0.040 0.201 0.525 24 S 0.109 0.018 0.027 0.054 0.196 0.596 25 F 0.059 0.011 0.070 0.316 0.210 0.334 26 L 0.049 0.009 0.127 0.422 0.231 0.162 27 N 0.036 0.007 0.205 0.486 0.203 0.063 28 H 0.036 0.007 0.222 0.426 0.255 0.054 29 Q 0.024 0.013 0.114 0.485 0.276 0.088 30 I 0.018 0.021 0.047 0.376 0.295 0.243 31 D 0.004 0.005 0.004 0.167 0.205 0.615 32 P 0.001 0.001 0.008 0.961 0.018 0.012 33 L 0.001 0.001 0.008 0.970 0.018 0.004 34 L 0.001 0.001 0.010 0.979 0.009 0.001 35 M 0.001 0.001 0.004 0.988 0.005 0.003 36 Q 0.001 0.001 0.001 0.993 0.004 0.001 37 R 0.001 0.001 0.002 0.987 0.007 0.004 38 I 0.001 0.001 0.001 0.987 0.004 0.008 39 G 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.004 40 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 41 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 42 F 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 43 A 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.003 44 S 0.001 0.001 0.005 0.977 0.011 0.007 45 R 0.001 0.001 0.009 0.958 0.019 0.014 46 F 0.001 0.003 0.018 0.917 0.042 0.018 47 A 0.005 0.002 0.067 0.790 0.109 0.027 48 K 0.009 0.001 0.072 0.575 0.258 0.084 49 D 0.012 0.001 0.043 0.167 0.445 0.332 50 G 0.020 0.004 0.005 0.014 0.228 0.729 51 I 0.066 0.010 0.003 0.006 0.256 0.661 52 T 0.148 0.002 0.005 0.006 0.133 0.707 53 K 0.920 0.007 0.003 0.007 0.017 0.046 54 I 0.957 0.004 0.003 0.008 0.011 0.017 55 V 0.914 0.007 0.002 0.017 0.020 0.040 56 T 0.559 0.009 0.023 0.044 0.157 0.208 57 I 0.072 0.006 0.329 0.067 0.315 0.212 58 E 0.007 0.001 0.551 0.076 0.275 0.090 59 S 0.004 0.002 0.513 0.101 0.288 0.091 60 S 0.004 0.005 0.110 0.140 0.444 0.298 61 G 0.002 0.005 0.022 0.068 0.211 0.691 62 I 0.007 0.008 0.043 0.300 0.180 0.461 63 A 0.005 0.003 0.052 0.704 0.098 0.139 64 P 0.001 0.001 0.014 0.969 0.008 0.008 65 A 0.001 0.001 0.005 0.989 0.003 0.002 66 V 0.001 0.001 0.003 0.994 0.003 0.001 67 M 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 68 T 0.001 0.001 0.001 0.996 0.003 0.001 69 G 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 70 L 0.001 0.001 0.003 0.989 0.005 0.002 71 K 0.001 0.001 0.007 0.981 0.008 0.004 72 L 0.001 0.001 0.008 0.863 0.035 0.092 73 G 0.001 0.001 0.001 0.005 0.044 0.949 74 V 0.017 0.002 0.001 0.001 0.089 0.890 75 P 0.078 0.002 0.001 0.001 0.077 0.841 76 V 0.828 0.012 0.002 0.002 0.030 0.126 77 V 0.941 0.003 0.001 0.001 0.010 0.044 78 F 0.937 0.002 0.001 0.002 0.009 0.049 79 A 0.868 0.003 0.003 0.003 0.022 0.101 80 R 0.670 0.009 0.004 0.005 0.059 0.254 81 K 0.465 0.024 0.007 0.008 0.211 0.285 82 H 0.216 0.012 0.012 0.007 0.429 0.324 83 K 0.108 0.010 0.013 0.006 0.492 0.372 84 S 0.127 0.048 0.013 0.007 0.487 0.319 85 L 0.194 0.055 0.013 0.012 0.368 0.359 86 T 0.159 0.057 0.023 0.015 0.371 0.374 87 L 0.091 0.022 0.030 0.016 0.616 0.225 88 T 0.073 0.017 0.055 0.017 0.646 0.191 89 D 0.060 0.009 0.051 0.015 0.673 0.192 90 N 0.174 0.007 0.019 0.007 0.506 0.288 91 L 0.509 0.017 0.005 0.005 0.145 0.318 92 L 0.792 0.018 0.002 0.005 0.051 0.132 93 T 0.874 0.010 0.001 0.004 0.028 0.081 94 A 0.850 0.007 0.002 0.005 0.037 0.098 95 S 0.824 0.005 0.003 0.004 0.050 0.113 96 V 0.795 0.004 0.003 0.008 0.064 0.125 97 Y 0.792 0.008 0.006 0.014 0.079 0.102 98 S 0.802 0.011 0.008 0.016 0.080 0.084 99 F 0.638 0.005 0.044 0.036 0.209 0.069 100 T 0.474 0.008 0.069 0.064 0.316 0.070 101 K 0.216 0.008 0.091 0.078 0.501 0.105 102 Q 0.152 0.006 0.025 0.025 0.543 0.250 103 T 0.301 0.013 0.014 0.010 0.311 0.351 104 E 0.531 0.014 0.009 0.009 0.191 0.246 105 S 0.721 0.007 0.005 0.007 0.098 0.163 106 Q 0.856 0.011 0.002 0.005 0.041 0.085 107 I 0.906 0.003 0.001 0.004 0.022 0.062 108 A 0.946 0.005 0.001 0.002 0.013 0.033 109 V 0.850 0.012 0.001 0.003 0.033 0.101 110 S 0.638 0.007 0.006 0.009 0.132 0.207 111 G 0.163 0.010 0.247 0.041 0.388 0.150 112 T 0.110 0.011 0.298 0.045 0.399 0.137 113 H 0.133 0.014 0.261 0.037 0.372 0.183 114 L 0.187 0.105 0.024 0.027 0.224 0.433 115 S 0.052 0.045 0.006 0.012 0.819 0.065 116 D 0.017 0.008 0.022 0.020 0.895 0.038 117 Q 0.016 0.002 0.005 0.002 0.931 0.044 118 D 0.205 0.015 0.002 0.001 0.679 0.096 119 H 0.698 0.007 0.001 0.001 0.018 0.276 120 V 0.984 0.007 0.001 0.001 0.001 0.008 121 L 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 122 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 123 I 0.899 0.001 0.001 0.003 0.015 0.080 124 D 0.492 0.002 0.003 0.015 0.138 0.349 125 D 0.276 0.011 0.013 0.046 0.364 0.290 126 F 0.208 0.030 0.032 0.139 0.441 0.150 127 L 0.121 0.007 0.060 0.313 0.397 0.101 128 A 0.067 0.013 0.074 0.487 0.268 0.092 129 N 0.029 0.007 0.023 0.688 0.136 0.117 130 G 0.003 0.001 0.006 0.391 0.144 0.455 131 Q 0.001 0.001 0.025 0.889 0.033 0.052 132 A 0.001 0.002 0.021 0.960 0.010 0.007 133 A 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 134 H 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 135 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 136 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 137 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 138 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 139 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 140 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 141 K 0.001 0.001 0.003 0.992 0.004 0.001 142 Q 0.001 0.001 0.007 0.963 0.022 0.008 143 A 0.001 0.001 0.010 0.700 0.120 0.168 144 G 0.003 0.001 0.001 0.003 0.156 0.837 145 A 0.061 0.001 0.001 0.001 0.214 0.723 146 S 0.635 0.006 0.002 0.001 0.095 0.263 147 I 0.980 0.003 0.001 0.001 0.008 0.009 148 A 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 149 G 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 150 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 151 G 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 152 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 153 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 154 I 0.974 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 155 E 0.774 0.006 0.003 0.003 0.072 0.143 156 K 0.181 0.007 0.068 0.027 0.451 0.265 157 S 0.024 0.003 0.178 0.073 0.571 0.151 158 F 0.012 0.006 0.159 0.135 0.602 0.087 159 Q 0.008 0.005 0.069 0.405 0.424 0.088 160 P 0.011 0.004 0.015 0.475 0.255 0.240 161 G 0.010 0.005 0.013 0.811 0.087 0.074 162 R 0.009 0.002 0.017 0.890 0.058 0.025 163 D 0.014 0.002 0.016 0.920 0.033 0.015 164 E 0.007 0.002 0.018 0.951 0.017 0.005 165 L 0.005 0.001 0.019 0.953 0.017 0.005 166 V 0.003 0.001 0.011 0.968 0.014 0.004 167 K 0.003 0.001 0.010 0.957 0.021 0.009 168 L 0.004 0.001 0.007 0.859 0.048 0.081 169 G 0.006 0.001 0.001 0.006 0.086 0.901 170 Y 0.042 0.004 0.001 0.001 0.090 0.863 171 R 0.213 0.007 0.001 0.001 0.080 0.698 172 V 0.753 0.009 0.007 0.004 0.045 0.182 173 E 0.930 0.003 0.007 0.002 0.012 0.045 174 S 0.921 0.001 0.008 0.004 0.013 0.052 175 L 0.928 0.003 0.004 0.005 0.014 0.045 176 A 0.873 0.007 0.002 0.004 0.020 0.094 177 R 0.783 0.007 0.002 0.010 0.034 0.163 178 I 0.516 0.004 0.068 0.205 0.097 0.110 179 Q 0.468 0.009 0.131 0.220 0.132 0.040 180 S 0.381 0.012 0.217 0.174 0.189 0.027 181 L 0.344 0.012 0.165 0.184 0.250 0.045 182 E 0.127 0.008 0.126 0.340 0.363 0.038 183 E 0.020 0.001 0.153 0.430 0.354 0.040 184 G 0.043 0.005 0.047 0.112 0.592 0.201 185 K 0.182 0.012 0.018 0.025 0.366 0.397 186 V 0.525 0.005 0.003 0.009 0.093 0.365 187 S 0.901 0.011 0.001 0.003 0.023 0.060 188 F 0.939 0.005 0.001 0.003 0.015 0.037 189 V 0.916 0.003 0.003 0.005 0.022 0.051 190 Q 0.792 0.011 0.006 0.006 0.051 0.135 191 E 0.424 0.011 0.012 0.010 0.213 0.330 192 V 0.094 0.016 0.011 0.007 0.311 0.561 193 H 0.018 0.015 0.004 0.006 0.267 0.689 194 S 0.004 0.013 0.002 0.004 0.119 0.858