# TARGET T0253 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0253.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 255.4 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.015 0.027 0.077 0.086 0.117 0.202 0.238 0.115 0.074 0.033 0.015 2 E 0.544 0.131 0.164 0.110 0.031 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 3 A 0.014 0.044 0.274 0.364 0.203 0.068 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 4 L 0.001 0.002 0.020 0.006 0.007 0.017 0.107 0.171 0.246 0.258 0.167 5 K 0.001 0.001 0.048 0.099 0.237 0.305 0.231 0.053 0.019 0.006 0.002 6 R 0.002 0.014 0.852 0.094 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 7 K 0.001 0.006 0.042 0.067 0.145 0.295 0.332 0.078 0.024 0.008 0.002 8 I 0.001 0.001 0.012 0.002 0.003 0.005 0.055 0.119 0.258 0.299 0.247 9 E 0.009 0.036 0.272 0.266 0.256 0.097 0.049 0.011 0.003 0.001 0.001 10 E 0.033 0.073 0.767 0.086 0.029 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 11 E 0.044 0.063 0.057 0.115 0.150 0.186 0.242 0.081 0.037 0.017 0.007 12 G 0.323 0.129 0.042 0.082 0.071 0.089 0.120 0.061 0.043 0.025 0.016 13 V 0.074 0.174 0.109 0.171 0.144 0.111 0.101 0.046 0.034 0.023 0.014 14 V 0.011 0.014 0.009 0.028 0.036 0.054 0.130 0.145 0.192 0.199 0.182 15 L 0.022 0.043 0.029 0.093 0.117 0.143 0.203 0.129 0.098 0.064 0.059 16 S 0.171 0.167 0.075 0.188 0.140 0.091 0.079 0.038 0.025 0.015 0.011 17 D 0.499 0.156 0.061 0.145 0.066 0.038 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 18 Q 0.228 0.158 0.049 0.183 0.135 0.104 0.080 0.030 0.019 0.010 0.004 19 V 0.010 0.022 0.014 0.051 0.058 0.075 0.145 0.146 0.178 0.155 0.147 20 L 0.010 0.018 0.015 0.057 0.078 0.115 0.205 0.166 0.146 0.110 0.081 21 K 0.014 0.056 0.054 0.184 0.188 0.166 0.166 0.082 0.052 0.025 0.013 22 V 0.006 0.005 0.005 0.014 0.016 0.026 0.081 0.146 0.224 0.249 0.229 23 D 0.033 0.048 0.038 0.201 0.214 0.168 0.132 0.075 0.052 0.025 0.014 24 S 0.032 0.070 0.054 0.126 0.108 0.116 0.165 0.119 0.109 0.067 0.035 25 F 0.014 0.011 0.014 0.035 0.037 0.053 0.117 0.148 0.196 0.197 0.177 26 L 0.034 0.032 0.027 0.067 0.083 0.111 0.208 0.149 0.135 0.089 0.066 27 N 0.072 0.112 0.078 0.179 0.140 0.119 0.116 0.076 0.059 0.033 0.016 28 H 0.035 0.028 0.023 0.051 0.059 0.088 0.160 0.148 0.167 0.138 0.104 29 Q 0.071 0.039 0.029 0.062 0.065 0.072 0.126 0.128 0.153 0.145 0.110 30 I 0.011 0.038 0.020 0.060 0.088 0.110 0.158 0.154 0.164 0.122 0.076 31 D 0.006 0.061 0.021 0.080 0.089 0.119 0.170 0.149 0.139 0.100 0.067 32 P 0.054 0.032 0.029 0.088 0.156 0.186 0.204 0.101 0.081 0.043 0.025 33 L 0.412 0.135 0.093 0.173 0.091 0.046 0.032 0.010 0.005 0.002 0.002 34 L 0.001 0.002 0.005 0.021 0.027 0.051 0.156 0.200 0.227 0.180 0.129 35 M 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.012 0.071 0.142 0.226 0.261 0.280 36 Q 0.004 0.013 0.304 0.300 0.214 0.108 0.042 0.008 0.003 0.001 0.001 37 R 0.002 0.013 0.150 0.181 0.205 0.226 0.167 0.038 0.013 0.004 0.002 38 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.071 0.182 0.321 0.395 39 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.030 0.222 0.252 0.224 0.159 0.104 40 D 0.009 0.026 0.575 0.274 0.089 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.004 0.016 0.039 0.116 0.264 0.415 0.098 0.032 0.011 0.004 42 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.054 0.208 0.329 0.395 43 A 0.001 0.001 0.002 0.007 0.034 0.135 0.345 0.177 0.142 0.097 0.061 44 S 0.007 0.019 0.720 0.183 0.050 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 45 R 0.001 0.001 0.004 0.013 0.046 0.201 0.498 0.154 0.055 0.021 0.007 46 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.044 0.154 0.329 0.461 47 A 0.003 0.016 0.045 0.133 0.208 0.254 0.216 0.071 0.030 0.013 0.010 48 K 0.093 0.106 0.625 0.128 0.034 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 49 D 0.144 0.081 0.026 0.112 0.118 0.183 0.232 0.064 0.024 0.012 0.005 50 G 0.524 0.278 0.039 0.098 0.033 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 51 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.010 0.041 0.093 0.216 0.262 0.367 52 T 0.005 0.045 0.062 0.190 0.221 0.221 0.171 0.055 0.019 0.007 0.004 53 K 0.001 0.002 0.004 0.024 0.069 0.171 0.320 0.210 0.116 0.053 0.029 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.096 0.168 0.288 0.414 55 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.063 0.143 0.252 0.261 0.261 56 T 0.001 0.002 0.002 0.007 0.006 0.011 0.043 0.082 0.196 0.269 0.381 57 I 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.020 0.074 0.148 0.221 0.266 0.253 58 E 0.008 0.013 0.010 0.050 0.095 0.125 0.241 0.197 0.136 0.076 0.050 59 S 0.046 0.036 0.026 0.078 0.086 0.095 0.151 0.138 0.140 0.115 0.089 60 S 0.033 0.029 0.020 0.074 0.111 0.133 0.183 0.141 0.128 0.084 0.064 61 G 0.018 0.024 0.014 0.035 0.041 0.057 0.126 0.147 0.191 0.186 0.160 62 I 0.009 0.009 0.006 0.022 0.035 0.060 0.140 0.166 0.214 0.199 0.140 63 A 0.012 0.010 0.012 0.025 0.039 0.073 0.159 0.154 0.202 0.166 0.147 64 P 0.001 0.003 0.007 0.009 0.012 0.023 0.082 0.134 0.214 0.252 0.264 65 A 0.001 0.001 0.003 0.004 0.005 0.013 0.056 0.109 0.216 0.273 0.319 66 V 0.003 0.003 0.012 0.019 0.026 0.047 0.135 0.142 0.202 0.206 0.204 67 M 0.003 0.007 0.043 0.052 0.057 0.074 0.165 0.148 0.161 0.146 0.144 68 T 0.001 0.001 0.017 0.016 0.011 0.010 0.040 0.085 0.188 0.261 0.372 69 G 0.001 0.001 0.004 0.003 0.003 0.006 0.026 0.058 0.169 0.278 0.453 70 L 0.001 0.001 0.035 0.047 0.085 0.192 0.308 0.139 0.094 0.058 0.041 71 K 0.001 0.003 0.045 0.032 0.069 0.153 0.323 0.152 0.122 0.059 0.042 72 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.025 0.127 0.156 0.214 0.249 0.216 73 G 0.422 0.255 0.065 0.140 0.056 0.026 0.017 0.008 0.005 0.003 0.002 74 V 0.005 0.009 0.008 0.023 0.030 0.053 0.129 0.175 0.212 0.191 0.166 75 P 0.120 0.144 0.068 0.201 0.187 0.130 0.093 0.031 0.015 0.007 0.005 76 V 0.002 0.003 0.002 0.007 0.010 0.019 0.077 0.121 0.236 0.246 0.276 77 V 0.008 0.016 0.011 0.044 0.057 0.097 0.184 0.152 0.168 0.143 0.121 78 F 0.005 0.009 0.007 0.028 0.033 0.052 0.115 0.147 0.218 0.213 0.172 79 A 0.009 0.013 0.009 0.037 0.053 0.076 0.157 0.170 0.195 0.159 0.123 80 R 0.015 0.024 0.017 0.085 0.109 0.119 0.173 0.161 0.139 0.100 0.058 81 K 0.022 0.035 0.020 0.091 0.140 0.144 0.208 0.144 0.102 0.062 0.032 82 H 0.155 0.144 0.097 0.228 0.141 0.088 0.068 0.036 0.023 0.014 0.007 83 K 0.148 0.087 0.049 0.137 0.130 0.127 0.140 0.076 0.054 0.037 0.016 84 S 0.131 0.126 0.066 0.173 0.105 0.085 0.102 0.076 0.061 0.047 0.028 85 L 0.050 0.043 0.026 0.058 0.072 0.099 0.179 0.145 0.137 0.119 0.071 86 T 0.100 0.151 0.076 0.179 0.116 0.087 0.099 0.064 0.057 0.041 0.031 87 L 0.054 0.033 0.019 0.053 0.069 0.089 0.149 0.137 0.152 0.139 0.107 88 T 0.198 0.247 0.091 0.194 0.110 0.060 0.045 0.022 0.016 0.010 0.007 89 D 0.293 0.148 0.080 0.190 0.125 0.075 0.047 0.020 0.013 0.007 0.003 90 N 0.307 0.135 0.060 0.144 0.097 0.081 0.074 0.039 0.032 0.020 0.012 91 L 0.028 0.055 0.042 0.124 0.123 0.129 0.180 0.118 0.101 0.063 0.036 92 L 0.010 0.010 0.008 0.022 0.031 0.053 0.124 0.163 0.218 0.201 0.161 93 T 0.024 0.072 0.055 0.175 0.164 0.141 0.154 0.091 0.066 0.037 0.020 94 A 0.019 0.023 0.027 0.065 0.077 0.099 0.158 0.152 0.163 0.132 0.085 95 S 0.066 0.059 0.028 0.142 0.146 0.124 0.158 0.109 0.087 0.055 0.027 96 V 0.033 0.041 0.024 0.093 0.098 0.120 0.183 0.142 0.127 0.089 0.049 97 Y 0.010 0.017 0.015 0.048 0.064 0.091 0.185 0.172 0.182 0.140 0.076 98 S 0.104 0.132 0.060 0.161 0.131 0.108 0.129 0.077 0.053 0.030 0.015 99 F 0.029 0.032 0.022 0.082 0.101 0.111 0.181 0.151 0.140 0.103 0.049 100 T 0.087 0.107 0.046 0.135 0.120 0.106 0.141 0.093 0.082 0.052 0.030 101 K 0.135 0.151 0.076 0.221 0.153 0.105 0.087 0.038 0.021 0.009 0.003 102 Q 0.400 0.183 0.072 0.118 0.082 0.059 0.042 0.021 0.012 0.007 0.004 103 T 0.093 0.251 0.066 0.172 0.121 0.089 0.092 0.052 0.034 0.021 0.010 104 E 0.244 0.096 0.051 0.144 0.148 0.114 0.098 0.050 0.033 0.016 0.007 105 S 0.196 0.156 0.119 0.202 0.119 0.080 0.067 0.029 0.018 0.009 0.005 106 Q 0.032 0.053 0.066 0.180 0.160 0.163 0.169 0.087 0.053 0.025 0.011 107 I 0.009 0.006 0.009 0.020 0.031 0.063 0.151 0.194 0.222 0.190 0.106 108 A 0.016 0.045 0.090 0.160 0.150 0.147 0.178 0.096 0.065 0.035 0.019 109 V 0.002 0.004 0.013 0.019 0.031 0.055 0.131 0.161 0.217 0.214 0.153 110 S 0.025 0.086 0.053 0.182 0.162 0.136 0.157 0.087 0.057 0.035 0.020 111 G 0.111 0.054 0.041 0.127 0.160 0.144 0.162 0.091 0.062 0.032 0.016 112 T 0.273 0.166 0.090 0.182 0.113 0.070 0.056 0.023 0.014 0.008 0.005 113 H 0.048 0.092 0.048 0.192 0.172 0.147 0.167 0.061 0.043 0.019 0.010 114 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.032 0.070 0.150 0.210 0.526 115 S 0.154 0.447 0.139 0.139 0.060 0.031 0.019 0.005 0.003 0.001 0.002 116 D 0.489 0.270 0.086 0.110 0.028 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 117 Q 0.712 0.111 0.025 0.071 0.041 0.018 0.011 0.005 0.003 0.002 0.002 118 D 0.006 0.060 0.081 0.234 0.274 0.179 0.111 0.035 0.013 0.004 0.001 119 H 0.001 0.003 0.004 0.042 0.156 0.281 0.311 0.126 0.051 0.019 0.008 120 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.047 0.140 0.201 0.282 0.320 121 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.021 0.151 0.251 0.245 0.198 0.125 122 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.071 0.188 0.311 0.406 123 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.078 0.185 0.323 0.380 124 D 0.001 0.004 0.003 0.030 0.053 0.080 0.181 0.222 0.206 0.129 0.090 125 D 0.007 0.016 0.008 0.063 0.087 0.114 0.211 0.211 0.146 0.095 0.042 126 F 0.008 0.018 0.014 0.065 0.101 0.119 0.178 0.179 0.152 0.099 0.067 127 L 0.007 0.008 0.006 0.025 0.031 0.043 0.087 0.128 0.195 0.223 0.247 128 A 0.014 0.025 0.020 0.082 0.133 0.146 0.177 0.148 0.135 0.076 0.043 129 N 0.028 0.143 0.060 0.134 0.092 0.101 0.145 0.120 0.092 0.056 0.030 130 G 0.138 0.062 0.033 0.108 0.129 0.141 0.153 0.088 0.072 0.046 0.030 131 Q 0.238 0.175 0.093 0.172 0.118 0.085 0.067 0.025 0.016 0.007 0.005 132 A 0.001 0.006 0.006 0.022 0.025 0.034 0.098 0.135 0.205 0.215 0.253 133 A 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.019 0.088 0.130 0.216 0.227 0.304 134 H 0.015 0.015 0.042 0.187 0.236 0.225 0.158 0.062 0.035 0.018 0.007 135 G 0.001 0.007 0.046 0.101 0.165 0.199 0.233 0.127 0.070 0.034 0.019 136 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.031 0.123 0.269 0.564 137 V 0.001 0.001 0.002 0.006 0.018 0.055 0.264 0.207 0.200 0.151 0.097 138 S 0.005 0.022 0.397 0.340 0.152 0.059 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 139 I 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.069 0.327 0.223 0.163 0.117 0.077 140 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.038 0.162 0.336 0.455 141 K 0.001 0.005 0.075 0.193 0.301 0.246 0.136 0.030 0.009 0.003 0.002 142 Q 0.005 0.034 0.500 0.196 0.131 0.090 0.035 0.006 0.002 0.001 0.001 143 A 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.062 0.311 0.257 0.167 0.124 0.060 144 G 0.732 0.199 0.018 0.037 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 0.015 0.055 0.091 0.202 0.253 0.368 146 S 0.172 0.326 0.129 0.247 0.081 0.032 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 147 I 0.003 0.004 0.002 0.007 0.010 0.020 0.094 0.129 0.236 0.230 0.264 148 A 0.012 0.018 0.022 0.098 0.142 0.176 0.209 0.121 0.088 0.059 0.054 149 G 0.010 0.024 0.028 0.076 0.111 0.164 0.225 0.137 0.119 0.065 0.040 150 I 0.001 0.001 0.002 0.005 0.006 0.012 0.066 0.133 0.216 0.285 0.273 151 G 0.001 0.001 0.003 0.008 0.010 0.023 0.082 0.136 0.192 0.256 0.287 152 I 0.001 0.001 0.004 0.005 0.005 0.011 0.068 0.134 0.259 0.272 0.238 153 V 0.001 0.001 0.003 0.006 0.008 0.017 0.066 0.128 0.217 0.280 0.273 154 I 0.001 0.002 0.003 0.007 0.011 0.020 0.079 0.138 0.251 0.266 0.221 155 E 0.006 0.017 0.022 0.102 0.159 0.155 0.230 0.152 0.102 0.039 0.015 156 K 0.048 0.065 0.057 0.166 0.173 0.162 0.172 0.082 0.046 0.022 0.007 157 S 0.158 0.135 0.077 0.187 0.174 0.098 0.088 0.040 0.027 0.012 0.005 158 F 0.033 0.025 0.015 0.051 0.061 0.098 0.200 0.172 0.157 0.120 0.067 159 Q 0.241 0.180 0.054 0.137 0.106 0.078 0.098 0.048 0.033 0.017 0.008 160 P 0.521 0.202 0.052 0.085 0.050 0.032 0.027 0.015 0.009 0.005 0.002 161 G 0.094 0.245 0.025 0.085 0.073 0.085 0.109 0.079 0.071 0.074 0.060 162 R 0.009 0.015 0.010 0.070 0.163 0.220 0.214 0.120 0.098 0.053 0.029 163 D 0.702 0.148 0.069 0.049 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 164 E 0.012 0.046 0.067 0.374 0.256 0.138 0.075 0.021 0.007 0.002 0.001 165 L 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.005 0.025 0.079 0.204 0.321 0.357 166 V 0.001 0.005 0.033 0.173 0.280 0.296 0.151 0.039 0.014 0.005 0.003 167 K 0.015 0.044 0.879 0.051 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 168 L 0.001 0.002 0.002 0.025 0.068 0.242 0.458 0.144 0.039 0.016 0.005 169 G 0.785 0.167 0.018 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 170 Y 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.020 0.082 0.123 0.231 0.240 0.292 171 R 0.071 0.262 0.196 0.275 0.131 0.050 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 172 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.043 0.095 0.232 0.260 0.355 173 E 0.013 0.033 0.031 0.180 0.222 0.256 0.170 0.055 0.024 0.011 0.006 174 S 0.002 0.010 0.007 0.031 0.041 0.063 0.156 0.193 0.219 0.164 0.112 175 L 0.003 0.004 0.008 0.036 0.045 0.077 0.147 0.143 0.158 0.176 0.203 176 A 0.003 0.004 0.010 0.018 0.032 0.055 0.175 0.195 0.216 0.180 0.115 177 R 0.011 0.082 0.068 0.366 0.257 0.103 0.067 0.026 0.013 0.006 0.002 178 I 0.001 0.002 0.004 0.007 0.012 0.020 0.069 0.104 0.219 0.256 0.306 179 Q 0.122 0.132 0.189 0.282 0.171 0.060 0.033 0.007 0.003 0.001 0.001 180 S 0.070 0.208 0.100 0.253 0.157 0.099 0.081 0.021 0.008 0.003 0.001 181 L 0.003 0.005 0.006 0.018 0.027 0.052 0.110 0.132 0.208 0.217 0.222 182 E 0.287 0.238 0.099 0.145 0.097 0.061 0.047 0.014 0.008 0.003 0.002 183 E 0.471 0.241 0.135 0.105 0.030 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 184 G 0.665 0.141 0.039 0.076 0.035 0.022 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 185 K 0.066 0.155 0.075 0.261 0.190 0.128 0.074 0.026 0.014 0.006 0.003 186 V 0.020 0.038 0.038 0.080 0.123 0.182 0.228 0.132 0.092 0.045 0.022 187 S 0.020 0.062 0.097 0.247 0.216 0.168 0.115 0.042 0.020 0.009 0.004 188 F 0.004 0.003 0.004 0.007 0.012 0.025 0.116 0.186 0.248 0.245 0.150 189 V 0.017 0.063 0.085 0.355 0.245 0.115 0.067 0.028 0.015 0.006 0.003 190 Q 0.010 0.016 0.016 0.027 0.034 0.050 0.134 0.163 0.216 0.201 0.132 191 E 0.086 0.136 0.130 0.272 0.163 0.090 0.071 0.028 0.014 0.007 0.003 192 V 0.151 0.087 0.040 0.091 0.092 0.098 0.174 0.108 0.082 0.054 0.022 193 H 0.323 0.215 0.067 0.139 0.086 0.055 0.042 0.026 0.022 0.016 0.010 194 S 0.363 0.210 0.047 0.104 0.077 0.048 0.053 0.035 0.030 0.021 0.013