# TARGET T0253 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0253.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1378 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.004 0.001 0.001 0.055 0.003 0.002 0.934 2 E 0.017 0.010 0.007 0.651 0.007 0.010 0.297 3 A 0.018 0.007 0.024 0.839 0.011 0.014 0.088 4 L 0.013 0.001 0.030 0.878 0.006 0.020 0.052 5 K 0.009 0.001 0.016 0.945 0.006 0.008 0.015 6 R 0.012 0.001 0.021 0.914 0.012 0.022 0.018 7 K 0.012 0.001 0.010 0.899 0.007 0.054 0.016 8 I 0.038 0.014 0.006 0.834 0.019 0.030 0.060 9 E 0.081 0.005 0.019 0.680 0.022 0.067 0.125 10 E 0.067 0.006 0.031 0.662 0.059 0.096 0.080 11 E 0.035 0.006 0.039 0.305 0.082 0.429 0.103 12 G 0.037 0.006 0.037 0.063 0.182 0.433 0.242 13 V 0.122 0.021 0.022 0.033 0.123 0.063 0.615 14 V 0.283 0.104 0.021 0.026 0.072 0.035 0.459 15 L 0.194 0.026 0.034 0.021 0.110 0.045 0.569 16 S 0.105 0.012 0.147 0.038 0.125 0.200 0.373 17 D 0.057 0.006 0.196 0.052 0.197 0.346 0.146 18 Q 0.173 0.012 0.123 0.050 0.131 0.288 0.223 19 V 0.538 0.041 0.017 0.031 0.047 0.033 0.293 20 L 0.712 0.050 0.004 0.017 0.029 0.008 0.180 21 K 0.696 0.020 0.005 0.011 0.029 0.009 0.230 22 V 0.447 0.022 0.024 0.038 0.073 0.062 0.334 23 D 0.251 0.014 0.064 0.041 0.182 0.094 0.354 24 S 0.188 0.015 0.119 0.091 0.182 0.142 0.263 25 F 0.155 0.024 0.110 0.154 0.098 0.138 0.320 26 L 0.146 0.048 0.107 0.198 0.106 0.139 0.257 27 N 0.082 0.016 0.109 0.166 0.122 0.199 0.304 28 H 0.063 0.006 0.173 0.163 0.123 0.297 0.174 29 Q 0.051 0.024 0.116 0.194 0.141 0.265 0.209 30 I 0.037 0.046 0.053 0.209 0.193 0.159 0.303 31 D 0.010 0.006 0.005 0.085 0.171 0.011 0.711 32 P 0.001 0.001 0.023 0.926 0.004 0.035 0.012 33 L 0.001 0.001 0.012 0.965 0.002 0.019 0.002 34 L 0.001 0.001 0.014 0.969 0.001 0.010 0.005 35 M 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.003 0.001 36 Q 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 37 R 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.001 38 I 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 39 G 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 40 D 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 42 F 0.001 0.001 0.002 0.988 0.001 0.009 0.001 43 A 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.008 0.001 44 S 0.001 0.001 0.006 0.961 0.001 0.032 0.001 45 R 0.001 0.001 0.006 0.933 0.002 0.052 0.007 46 F 0.001 0.002 0.018 0.817 0.025 0.081 0.056 47 A 0.002 0.002 0.066 0.566 0.026 0.278 0.061 48 K 0.003 0.001 0.079 0.298 0.075 0.478 0.066 49 D 0.005 0.001 0.049 0.105 0.157 0.570 0.113 50 G 0.024 0.007 0.017 0.006 0.319 0.328 0.300 51 I 0.127 0.008 0.003 0.001 0.039 0.010 0.813 52 T 0.538 0.004 0.003 0.001 0.204 0.006 0.245 53 K 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 54 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 55 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 56 T 0.789 0.003 0.001 0.002 0.006 0.001 0.199 57 I 0.255 0.003 0.051 0.055 0.092 0.167 0.378 58 E 0.107 0.007 0.133 0.092 0.178 0.275 0.208 59 S 0.032 0.018 0.292 0.087 0.137 0.279 0.155 60 S 0.024 0.020 0.098 0.087 0.177 0.465 0.130 61 G 0.020 0.011 0.045 0.108 0.176 0.332 0.309 62 I 0.020 0.014 0.014 0.251 0.188 0.057 0.457 63 A 0.004 0.003 0.005 0.892 0.029 0.010 0.058 64 P 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.003 0.004 65 A 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.002 0.001 66 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 67 M 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 68 T 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 69 G 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 70 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 71 K 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.011 0.001 72 L 0.001 0.001 0.003 0.620 0.002 0.375 0.001 73 G 0.001 0.001 0.001 0.016 0.008 0.963 0.011 74 V 0.008 0.002 0.001 0.001 0.076 0.002 0.911 75 P 0.152 0.008 0.002 0.003 0.059 0.006 0.770 76 V 0.898 0.009 0.003 0.003 0.018 0.006 0.063 77 V 0.972 0.002 0.002 0.004 0.003 0.001 0.016 78 F 0.974 0.002 0.003 0.008 0.003 0.001 0.010 79 A 0.900 0.003 0.005 0.016 0.008 0.007 0.061 80 R 0.708 0.005 0.008 0.012 0.064 0.020 0.182 81 K 0.530 0.010 0.023 0.023 0.112 0.044 0.258 82 H 0.280 0.015 0.066 0.041 0.142 0.093 0.363 83 K 0.252 0.013 0.043 0.044 0.152 0.183 0.314 84 S 0.297 0.023 0.032 0.026 0.120 0.144 0.358 85 L 0.321 0.066 0.011 0.016 0.148 0.027 0.411 86 T 0.180 0.019 0.013 0.011 0.044 0.052 0.682 87 L 0.122 0.023 0.037 0.024 0.135 0.255 0.404 88 T 0.120 0.019 0.040 0.026 0.155 0.241 0.399 89 D 0.112 0.010 0.055 0.030 0.407 0.144 0.242 90 N 0.239 0.016 0.044 0.040 0.181 0.111 0.368 91 L 0.582 0.042 0.033 0.037 0.067 0.041 0.199 92 L 0.696 0.041 0.011 0.027 0.042 0.019 0.164 93 T 0.617 0.018 0.009 0.028 0.041 0.028 0.259 94 A 0.362 0.010 0.046 0.087 0.077 0.093 0.324 95 S 0.414 0.013 0.053 0.114 0.083 0.094 0.229 96 V 0.426 0.012 0.076 0.174 0.074 0.066 0.172 97 Y 0.528 0.016 0.034 0.155 0.051 0.063 0.153 98 S 0.414 0.026 0.035 0.173 0.066 0.093 0.191 99 F 0.241 0.010 0.038 0.152 0.131 0.117 0.310 100 T 0.216 0.013 0.055 0.153 0.117 0.269 0.177 101 K 0.140 0.010 0.071 0.100 0.155 0.402 0.122 102 Q 0.219 0.009 0.045 0.041 0.181 0.278 0.226 103 T 0.451 0.034 0.019 0.015 0.146 0.059 0.276 104 E 0.527 0.020 0.030 0.009 0.099 0.067 0.248 105 S 0.676 0.004 0.023 0.005 0.110 0.047 0.135 106 Q 0.891 0.007 0.009 0.004 0.015 0.009 0.065 107 I 0.961 0.004 0.002 0.004 0.004 0.002 0.024 108 A 0.967 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 0.022 109 V 0.929 0.010 0.001 0.004 0.004 0.005 0.048 110 S 0.671 0.006 0.004 0.006 0.044 0.118 0.151 111 G 0.230 0.007 0.026 0.008 0.239 0.274 0.216 112 T 0.187 0.006 0.023 0.006 0.291 0.127 0.360 113 H 0.363 0.052 0.031 0.005 0.147 0.091 0.310 114 L 0.206 0.055 0.010 0.002 0.114 0.027 0.586 115 S 0.132 0.005 0.025 0.004 0.058 0.096 0.679 116 D 0.015 0.002 0.056 0.008 0.108 0.786 0.026 117 Q 0.049 0.003 0.043 0.002 0.096 0.696 0.111 118 D 0.132 0.006 0.004 0.001 0.105 0.016 0.736 119 H 0.815 0.004 0.001 0.001 0.025 0.005 0.151 120 V 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 121 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 123 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 124 D 0.521 0.001 0.002 0.002 0.067 0.004 0.404 125 D 0.129 0.002 0.009 0.008 0.194 0.010 0.647 126 F 0.234 0.012 0.070 0.104 0.159 0.096 0.325 127 L 0.203 0.033 0.047 0.206 0.128 0.151 0.232 128 A 0.072 0.015 0.038 0.172 0.104 0.451 0.148 129 N 0.013 0.004 0.013 0.086 0.118 0.703 0.063 130 G 0.011 0.005 0.010 0.146 0.305 0.326 0.196 131 Q 0.015 0.014 0.019 0.348 0.261 0.104 0.240 132 A 0.011 0.012 0.017 0.756 0.042 0.037 0.125 133 A 0.001 0.001 0.004 0.990 0.001 0.003 0.003 134 H 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 135 G 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 136 L 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 137 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 138 S 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 139 I 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 140 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 141 K 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 142 Q 0.001 0.001 0.002 0.955 0.001 0.043 0.001 143 A 0.001 0.001 0.003 0.186 0.003 0.808 0.001 144 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.005 145 A 0.007 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.981 146 S 0.376 0.003 0.006 0.001 0.349 0.007 0.259 147 I 0.967 0.001 0.003 0.001 0.006 0.002 0.021 148 A 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 149 G 0.990 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 150 I 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 151 G 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 152 I 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 153 V 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 154 I 0.896 0.002 0.001 0.001 0.021 0.004 0.076 155 E 0.619 0.010 0.009 0.004 0.105 0.012 0.241 156 K 0.143 0.021 0.116 0.027 0.229 0.080 0.383 157 S 0.033 0.012 0.104 0.026 0.223 0.178 0.425 158 F 0.014 0.010 0.108 0.055 0.268 0.154 0.391 159 Q 0.012 0.010 0.048 0.099 0.450 0.057 0.323 160 P 0.005 0.003 0.111 0.361 0.056 0.339 0.125 161 G 0.010 0.010 0.110 0.427 0.040 0.229 0.173 162 R 0.007 0.003 0.047 0.821 0.017 0.033 0.073 163 D 0.003 0.001 0.024 0.926 0.008 0.015 0.023 164 E 0.002 0.001 0.007 0.975 0.002 0.005 0.008 165 L 0.003 0.002 0.006 0.981 0.001 0.005 0.002 166 V 0.002 0.001 0.007 0.968 0.001 0.021 0.001 167 K 0.002 0.001 0.011 0.879 0.004 0.102 0.002 168 L 0.001 0.001 0.011 0.202 0.013 0.767 0.005 169 G 0.001 0.001 0.002 0.008 0.025 0.938 0.025 170 Y 0.022 0.007 0.001 0.001 0.047 0.004 0.917 171 R 0.218 0.027 0.002 0.002 0.020 0.003 0.728 172 V 0.693 0.017 0.011 0.007 0.047 0.010 0.215 173 E 0.831 0.004 0.020 0.005 0.028 0.012 0.101 174 S 0.926 0.003 0.015 0.009 0.010 0.005 0.032 175 L 0.932 0.006 0.006 0.009 0.006 0.004 0.039 176 A 0.860 0.006 0.004 0.005 0.014 0.006 0.106 177 R 0.776 0.012 0.004 0.005 0.027 0.009 0.167 178 I 0.355 0.014 0.069 0.121 0.048 0.064 0.329 179 Q 0.132 0.005 0.113 0.192 0.218 0.162 0.179 180 S 0.077 0.013 0.142 0.347 0.122 0.095 0.204 181 L 0.022 0.004 0.109 0.748 0.018 0.062 0.037 182 E 0.031 0.004 0.085 0.711 0.021 0.093 0.054 183 E 0.028 0.003 0.097 0.578 0.049 0.170 0.075 184 G 0.061 0.005 0.060 0.450 0.069 0.264 0.092 185 K 0.163 0.013 0.038 0.381 0.074 0.196 0.135 186 V 0.306 0.033 0.024 0.214 0.095 0.099 0.229 187 S 0.298 0.017 0.017 0.137 0.087 0.085 0.359 188 F 0.169 0.023 0.037 0.133 0.095 0.069 0.475 189 V 0.097 0.010 0.063 0.155 0.093 0.100 0.482 190 Q 0.129 0.013 0.080 0.155 0.099 0.133 0.391 191 E 0.096 0.012 0.066 0.089 0.131 0.058 0.548 192 V 0.104 0.032 0.054 0.082 0.118 0.102 0.508 193 H 0.059 0.022 0.015 0.045 0.067 0.066 0.726 194 S 0.008 0.002 0.003 0.007 0.016 0.010 0.955