# TARGET T0253 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0253.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1378 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.739 0.058 0.095 0.063 0.011 0.015 0.006 0.003 0.007 0.002 0.001 2 E 0.899 0.015 0.034 0.025 0.004 0.008 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 3 A 0.935 0.011 0.021 0.020 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 4 L 0.940 0.005 0.008 0.040 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.968 0.005 0.010 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 6 R 0.925 0.007 0.015 0.045 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 K 0.847 0.009 0.021 0.096 0.002 0.004 0.014 0.002 0.003 0.001 0.001 8 I 0.677 0.072 0.120 0.077 0.006 0.024 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 9 E 0.795 0.058 0.060 0.051 0.009 0.014 0.006 0.001 0.004 0.002 0.001 10 E 0.631 0.114 0.111 0.087 0.020 0.015 0.006 0.002 0.012 0.001 0.001 11 E 0.334 0.099 0.118 0.393 0.012 0.009 0.008 0.001 0.025 0.001 0.001 12 G 0.084 0.006 0.053 0.018 0.054 0.004 0.086 0.419 0.003 0.273 0.001 13 V 0.321 0.138 0.257 0.187 0.021 0.048 0.008 0.002 0.015 0.002 0.002 14 V 0.164 0.264 0.356 0.054 0.025 0.058 0.012 0.002 0.062 0.002 0.001 15 L 0.210 0.098 0.542 0.050 0.005 0.072 0.003 0.001 0.015 0.001 0.003 16 S 0.271 0.199 0.301 0.049 0.091 0.019 0.016 0.009 0.021 0.022 0.001 17 D 0.385 0.056 0.237 0.141 0.069 0.014 0.038 0.032 0.006 0.016 0.003 18 Q 0.162 0.120 0.171 0.195 0.120 0.020 0.101 0.084 0.016 0.011 0.001 19 V 0.110 0.478 0.264 0.046 0.033 0.045 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001 20 L 0.117 0.470 0.183 0.089 0.051 0.045 0.007 0.001 0.035 0.001 0.001 21 K 0.035 0.546 0.210 0.013 0.114 0.023 0.010 0.001 0.045 0.002 0.001 22 V 0.243 0.222 0.408 0.028 0.012 0.061 0.003 0.001 0.018 0.001 0.003 23 D 0.319 0.159 0.111 0.185 0.038 0.086 0.036 0.005 0.058 0.003 0.001 24 S 0.281 0.322 0.124 0.091 0.118 0.020 0.013 0.005 0.021 0.004 0.001 25 F 0.352 0.176 0.206 0.132 0.021 0.060 0.013 0.005 0.031 0.003 0.002 26 L 0.266 0.345 0.149 0.110 0.034 0.036 0.013 0.002 0.042 0.003 0.001 27 N 0.274 0.056 0.193 0.142 0.027 0.095 0.164 0.010 0.031 0.006 0.003 28 H 0.333 0.064 0.092 0.232 0.047 0.035 0.117 0.053 0.018 0.008 0.001 29 Q 0.555 0.112 0.107 0.150 0.020 0.019 0.020 0.005 0.008 0.003 0.001 30 I 0.318 0.186 0.185 0.193 0.033 0.043 0.018 0.004 0.017 0.003 0.001 31 D 0.074 0.116 0.413 0.007 0.021 0.096 0.007 0.001 0.260 0.005 0.001 32 P 0.993 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 34 L 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 I 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 F 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 S 0.990 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 R 0.934 0.001 0.001 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 F 0.793 0.011 0.030 0.140 0.001 0.009 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 47 A 0.785 0.023 0.078 0.051 0.008 0.016 0.024 0.003 0.003 0.010 0.001 48 K 0.732 0.015 0.025 0.156 0.005 0.018 0.034 0.007 0.005 0.002 0.001 49 D 0.209 0.049 0.091 0.589 0.023 0.005 0.019 0.004 0.010 0.001 0.001 50 G 0.016 0.003 0.014 0.025 0.017 0.002 0.255 0.632 0.002 0.033 0.001 51 I 0.030 0.226 0.631 0.011 0.030 0.061 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 52 T 0.348 0.047 0.045 0.541 0.005 0.009 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 53 K 0.002 0.832 0.036 0.002 0.119 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 54 I 0.004 0.754 0.189 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 55 V 0.005 0.778 0.069 0.003 0.025 0.027 0.001 0.001 0.092 0.001 0.001 56 T 0.020 0.227 0.548 0.007 0.044 0.116 0.008 0.001 0.025 0.003 0.002 57 I 0.065 0.354 0.384 0.024 0.022 0.084 0.003 0.001 0.061 0.001 0.001 58 E 0.190 0.068 0.642 0.024 0.010 0.048 0.005 0.001 0.004 0.006 0.002 59 S 0.574 0.099 0.083 0.168 0.036 0.015 0.010 0.004 0.009 0.002 0.001 60 S 0.282 0.091 0.130 0.211 0.155 0.004 0.053 0.032 0.007 0.036 0.001 61 G 0.195 0.011 0.059 0.050 0.061 0.006 0.049 0.259 0.003 0.307 0.002 62 I 0.563 0.140 0.215 0.026 0.017 0.019 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 63 A 0.797 0.017 0.126 0.009 0.002 0.022 0.005 0.004 0.007 0.009 0.003 64 P 0.971 0.002 0.014 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 A 0.973 0.005 0.005 0.013 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 V 0.994 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 M 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 T 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 G 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 K 0.983 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.124 0.001 0.008 0.865 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 G 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.575 0.418 0.001 0.001 0.001 74 V 0.001 0.377 0.569 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 75 P 0.013 0.013 0.849 0.001 0.001 0.112 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 76 V 0.071 0.660 0.166 0.011 0.041 0.024 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 77 V 0.062 0.693 0.124 0.005 0.037 0.035 0.002 0.001 0.042 0.001 0.001 78 F 0.142 0.284 0.394 0.042 0.015 0.096 0.002 0.001 0.023 0.001 0.001 79 A 0.226 0.361 0.173 0.068 0.092 0.042 0.007 0.003 0.025 0.002 0.001 80 R 0.223 0.287 0.219 0.077 0.056 0.064 0.026 0.004 0.038 0.003 0.001 81 K 0.274 0.231 0.251 0.087 0.051 0.031 0.032 0.006 0.030 0.005 0.001 82 H 0.300 0.174 0.245 0.122 0.028 0.052 0.042 0.007 0.023 0.004 0.003 83 K 0.326 0.207 0.215 0.086 0.059 0.025 0.041 0.008 0.025 0.008 0.001 84 S 0.243 0.122 0.274 0.165 0.030 0.067 0.050 0.006 0.039 0.002 0.003 85 L 0.158 0.250 0.386 0.097 0.016 0.053 0.006 0.001 0.032 0.001 0.001 86 T 0.129 0.306 0.350 0.069 0.039 0.062 0.009 0.002 0.031 0.002 0.001 87 L 0.223 0.203 0.307 0.157 0.030 0.036 0.008 0.005 0.024 0.006 0.001 88 T 0.176 0.211 0.234 0.138 0.090 0.032 0.028 0.031 0.034 0.025 0.001 89 D 0.297 0.129 0.206 0.164 0.050 0.039 0.066 0.013 0.026 0.010 0.001 90 N 0.234 0.145 0.189 0.215 0.064 0.036 0.073 0.019 0.018 0.005 0.002 91 L 0.166 0.410 0.234 0.070 0.046 0.040 0.007 0.002 0.023 0.001 0.001 92 L 0.078 0.581 0.211 0.038 0.036 0.031 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 93 T 0.030 0.538 0.172 0.017 0.077 0.043 0.012 0.001 0.110 0.001 0.001 94 A 0.208 0.152 0.509 0.036 0.042 0.033 0.005 0.003 0.005 0.003 0.004 95 S 0.153 0.404 0.115 0.073 0.201 0.016 0.008 0.007 0.016 0.006 0.001 96 V 0.166 0.511 0.135 0.075 0.076 0.015 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 97 Y 0.132 0.456 0.176 0.076 0.058 0.033 0.015 0.003 0.047 0.003 0.001 98 S 0.188 0.330 0.178 0.097 0.086 0.035 0.039 0.006 0.032 0.009 0.001 99 F 0.190 0.133 0.158 0.155 0.078 0.073 0.150 0.016 0.038 0.008 0.002 100 T 0.232 0.310 0.233 0.121 0.049 0.023 0.009 0.003 0.016 0.003 0.001 101 K 0.265 0.239 0.286 0.115 0.040 0.023 0.012 0.004 0.012 0.003 0.001 102 Q 0.129 0.201 0.255 0.126 0.107 0.037 0.072 0.027 0.033 0.011 0.001 103 T 0.189 0.411 0.215 0.088 0.036 0.029 0.005 0.001 0.022 0.002 0.001 104 E 0.225 0.240 0.199 0.137 0.096 0.020 0.031 0.008 0.024 0.020 0.001 105 S 0.139 0.174 0.299 0.115 0.132 0.033 0.064 0.017 0.016 0.007 0.003 106 Q 0.067 0.602 0.217 0.037 0.044 0.017 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 107 I 0.028 0.660 0.210 0.019 0.031 0.028 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 108 A 0.016 0.651 0.214 0.006 0.036 0.035 0.002 0.001 0.039 0.001 0.001 109 V 0.074 0.441 0.367 0.023 0.012 0.051 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 110 S 0.077 0.325 0.284 0.131 0.058 0.041 0.026 0.004 0.047 0.005 0.001 111 G 0.068 0.039 0.090 0.024 0.175 0.005 0.069 0.224 0.004 0.302 0.001 112 T 0.225 0.226 0.312 0.104 0.049 0.033 0.012 0.003 0.031 0.003 0.002 113 H 0.225 0.182 0.372 0.109 0.021 0.052 0.013 0.003 0.019 0.001 0.002 114 L 0.137 0.258 0.383 0.101 0.029 0.062 0.005 0.001 0.021 0.002 0.001 115 S 0.106 0.204 0.455 0.049 0.072 0.026 0.011 0.004 0.057 0.017 0.001 116 D 0.545 0.021 0.224 0.119 0.011 0.015 0.038 0.012 0.004 0.010 0.003 117 Q 0.164 0.027 0.064 0.479 0.015 0.011 0.109 0.117 0.009 0.003 0.001 118 D 0.029 0.230 0.579 0.059 0.024 0.039 0.016 0.002 0.021 0.001 0.001 119 H 0.017 0.445 0.424 0.019 0.025 0.039 0.009 0.001 0.020 0.001 0.001 120 V 0.002 0.847 0.110 0.001 0.013 0.008 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 121 L 0.002 0.654 0.285 0.001 0.002 0.031 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 122 I 0.004 0.602 0.293 0.001 0.003 0.076 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 123 I 0.022 0.573 0.196 0.004 0.007 0.105 0.001 0.001 0.089 0.001 0.001 124 D 0.373 0.202 0.176 0.033 0.050 0.092 0.023 0.004 0.033 0.011 0.002 125 D 0.624 0.062 0.071 0.085 0.018 0.071 0.041 0.002 0.017 0.001 0.007 126 F 0.570 0.179 0.126 0.044 0.020 0.035 0.005 0.002 0.016 0.001 0.003 127 L 0.589 0.178 0.100 0.024 0.014 0.060 0.009 0.002 0.021 0.001 0.002 128 A 0.745 0.054 0.030 0.114 0.014 0.017 0.012 0.003 0.007 0.003 0.001 129 N 0.364 0.069 0.043 0.457 0.041 0.005 0.009 0.002 0.006 0.003 0.001 130 G 0.313 0.006 0.033 0.040 0.030 0.006 0.112 0.341 0.003 0.116 0.001 131 Q 0.892 0.010 0.027 0.035 0.006 0.018 0.004 0.002 0.003 0.004 0.001 132 A 0.990 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 134 H 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 135 G 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 136 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 137 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 138 S 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 139 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 140 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 141 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 142 Q 0.984 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 143 A 0.354 0.001 0.006 0.639 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 144 G 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.199 0.758 0.001 0.029 0.001 145 A 0.014 0.040 0.877 0.007 0.029 0.022 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 146 S 0.217 0.248 0.127 0.279 0.089 0.024 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 147 I 0.007 0.700 0.173 0.002 0.087 0.019 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 148 A 0.186 0.427 0.024 0.316 0.023 0.009 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 149 G 0.002 0.326 0.026 0.002 0.639 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 150 I 0.001 0.890 0.039 0.001 0.054 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 151 G 0.001 0.864 0.058 0.001 0.059 0.004 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 152 I 0.001 0.873 0.073 0.001 0.033 0.010 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 153 V 0.005 0.625 0.280 0.002 0.006 0.058 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 154 I 0.009 0.724 0.112 0.005 0.067 0.030 0.004 0.001 0.049 0.001 0.001 155 E 0.040 0.135 0.713 0.008 0.018 0.066 0.003 0.001 0.014 0.001 0.003 156 K 0.270 0.317 0.217 0.069 0.064 0.019 0.007 0.002 0.032 0.002 0.001 157 S 0.454 0.087 0.207 0.143 0.036 0.027 0.016 0.011 0.006 0.011 0.002 158 F 0.207 0.155 0.201 0.293 0.048 0.025 0.022 0.009 0.031 0.010 0.001 159 Q 0.137 0.170 0.409 0.007 0.044 0.022 0.028 0.002 0.163 0.017 0.002 160 P 0.317 0.002 0.506 0.033 0.001 0.025 0.003 0.001 0.001 0.001 0.112 161 G 0.308 0.026 0.102 0.116 0.036 0.017 0.092 0.254 0.008 0.039 0.001 162 R 0.789 0.044 0.127 0.018 0.006 0.005 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 163 D 0.918 0.007 0.045 0.013 0.002 0.004 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 164 E 0.950 0.006 0.011 0.028 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 165 L 0.970 0.004 0.007 0.015 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 166 V 0.964 0.014 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 167 K 0.864 0.016 0.020 0.081 0.005 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 168 L 0.283 0.026 0.114 0.562 0.004 0.002 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 169 G 0.009 0.001 0.005 0.016 0.003 0.002 0.380 0.570 0.003 0.012 0.001 170 Y 0.006 0.275 0.666 0.004 0.015 0.022 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 171 R 0.035 0.271 0.600 0.013 0.013 0.055 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 172 V 0.061 0.637 0.201 0.011 0.045 0.029 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 173 E 0.175 0.607 0.088 0.034 0.043 0.017 0.002 0.001 0.034 0.001 0.001 174 S 0.071 0.508 0.266 0.011 0.109 0.021 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 175 L 0.105 0.638 0.124 0.025 0.036 0.039 0.002 0.001 0.030 0.001 0.001 176 A 0.087 0.563 0.114 0.029 0.169 0.017 0.003 0.001 0.015 0.002 0.001 177 R 0.061 0.469 0.199 0.038 0.098 0.065 0.013 0.002 0.053 0.003 0.001 178 I 0.420 0.230 0.175 0.076 0.020 0.049 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 179 Q 0.769 0.038 0.041 0.092 0.022 0.010 0.015 0.003 0.005 0.005 0.001 180 S 0.490 0.078 0.132 0.097 0.088 0.054 0.013 0.004 0.037 0.005 0.002 181 L 0.912 0.010 0.012 0.054 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 182 E 0.929 0.009 0.015 0.036 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 183 E 0.641 0.011 0.032 0.276 0.007 0.003 0.022 0.005 0.003 0.001 0.001 184 G 0.261 0.013 0.069 0.108 0.035 0.004 0.172 0.291 0.004 0.043 0.001 185 K 0.529 0.116 0.135 0.116 0.018 0.036 0.033 0.003 0.010 0.002 0.002 186 V 0.325 0.379 0.143 0.069 0.032 0.025 0.006 0.001 0.018 0.002 0.001 187 S 0.300 0.183 0.191 0.133 0.031 0.083 0.030 0.002 0.045 0.001 0.001 188 F 0.370 0.208 0.157 0.142 0.024 0.034 0.013 0.001 0.048 0.001 0.001 189 V 0.434 0.146 0.253 0.093 0.023 0.025 0.007 0.003 0.011 0.004 0.001 190 Q 0.304 0.166 0.211 0.159 0.053 0.038 0.029 0.009 0.026 0.005 0.001 191 E 0.246 0.270 0.311 0.069 0.052 0.022 0.006 0.003 0.019 0.002 0.001 192 V 0.286 0.308 0.252 0.071 0.022 0.035 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 193 H 0.165 0.297 0.263 0.121 0.035 0.057 0.015 0.002 0.040 0.002 0.001 194 S 0.206 0.214 0.245 0.078 0.122 0.024 0.036 0.021 0.023 0.029 0.001