PFRMAT RR TARGET T0253 AUTHOR 4204-4258-2837 REMARK From group SAM-TO4-hand under the direction of REMARK Kevin Karplus. REMARK Project by George Shackelford and Kevin Karplus REMARK The value given is an approximation of the probability REMARK as provided by the neural network. REMARK The predictions are limited to a score >= .18 which REMARK is an approximation of the probability. REMARK METHOD The predictor is an artificial neural network METHOD using 280 inputs. METHOD Input includes separation and sequence length, corrected METHOD mutual information between columns (M. Cline) and METHOD an e-value measure of correlation between columns (K Karplus) METHOD NN: NN280-240n300.net.28 METHOD Other inputs are from alignments and METHOD secondary predictions from SAM-t2k and SAM-t04 of METHOD University of California, Santa Cruz MODEL 1 MEALKRKIEEEGVVLSDQVLKVDSFLNHQIDPLLMQRIGDEFASRFAKDG ITKIVTIESSGIAPAVMTGLKLGVPVVFARKHKSLTLTDNLLTASVYSFT KQTESQIAVSGTHLSDQDHVLIIDDFLANGQAAHGLVSIVKQAGASIAGI GIVIEKSFQPGRDELVKLGYRVESLARIQSLEEGKVSFVQEVHS 53 118 0 8 0.6868 52 119 0 8 0.6698 76 124 0 8 0.6239 69 133 0 8 0.6154 35 126 0 8 0.5882 54 65 0 8 0.56355 57 145 0 8 0.55505 125 170 0 8 0.5457 65 152 0 8 0.53125 51 145 0 8 0.5287 53 120 0 8 0.5236 68 132 0 8 0.5219 65 76 0 8 0.5168 52 118 0 8 0.5117 54 74 0 8 0.50405 69 125 0 8 0.4947 64 109 0 8 0.4896 133 150 0 8 0.48705 54 69 0 8 0.4794 131 161 0 8 0.47685 51 72 0 8 0.45645 60 128 0 8 0.44625 68 153 0 8 0.4437 68 126 0 8 0.44115 153 165 0 8 0.43945 128 161 0 8 0.43435 147 170 0 8 0.4318 42 152 0 8 0.4318 56 145 0 8 0.42925 154 170 0 8 0.4233 133 170 0 8 0.4233 55 148 0 8 0.4233 35 153 0 8 0.42075 124 136 0 8 0.4182 122 150 0 8 0.4131 39 65 0 8 0.4131 54 121 0 8 0.40885 154 175 0 8 0.40375 122 132 0 8 0.40375 136 151 0 8 0.4012 60 129 0 8 0.4012 123 145 0 8 0.39865 65 109 0 8 0.39865 79 132 0 8 0.39355 125 137 0 8 0.391 147 172 0 8 0.38335 137 150 0 8 0.38335 136 154 0 8 0.38335 57 132 0 8 0.38335 58 154 0 8 0.3757 54 119 0 8 0.3757 123 151 0 8 0.37315 109 154 0 8 0.37315 79 154 0 8 0.37315 39 126 0 8 0.37315 128 154 0 8 0.3706 72 126 0 8 0.3706 56 151 0 8 0.3706 58 129 0 8 0.3655 78 126 0 8 0.36295 68 154 0 8 0.36295 65 123 0 8 0.3604 80 147 0 8 0.3553 128 147 0 8 0.35275 152 165 0 8 0.34765 74 92 0 8 0.34765 56 136 0 8 0.34765 122 136 0 8 0.34595 79 107 0 8 0.34595 57 136 0 8 0.34595 161 172 0 8 0.3434 127 175 0 8 0.3434 78 154 0 8 0.3434 145 170 0 8 0.34085 35 127 0 8 0.34085 153 170 0 8 0.3383 126 175 0 8 0.3383 57 122 0 8 0.3383 132 154 0 8 0.33575 127 136 0 8 0.33575 72 145 0 8 0.33575 69 124 0 8 0.33575 55 128 0 8 0.33575 42 153 0 8 0.33575 140 152 0 8 0.3332 125 145 0 8 0.3332 57 154 0 8 0.33065 56 66 0 8 0.33065 125 175 0 8 0.3281 57 133 0 8 0.3281 46 72 0 8 0.3281 154 165 0 8 0.3264 79 153 0 8 0.3264 34 126 0 8 0.3264 150 175 0 8 0.32385 107 154 0 8 0.32385 69 153 0 8 0.3213 127 176 0 8 0.31875 78 132 0 8 0.31875 62 132 0 8 0.31875 54 151 0 8 0.31875 31 147 0 8 0.31875 136 145 0 8 0.3162 133 153 0 8 0.3162 65 114 0 8 0.3162 55 152 0 8 0.3162 51 154 0 8 0.3162 39 57 0 8 0.3162 145 172 0 8 0.3145 56 65 0 8 0.3145 55 153 0 8 0.31195 60 126 0 8 0.3094 56 124 0 8 0.3094 42 145 0 8 0.3094 127 145 0 8 0.30685 55 132 0 8 0.30685 150 165 0 8 0.3043 126 147 0 8 0.3043 126 137 0 8 0.3043 74 121 0 8 0.3043 137 154 0 8 0.3026 132 151 0 8 0.3026 57 120 0 8 0.3026 56 154 0 8 0.3026 128 139 0 8 0.30005 127 152 0 8 0.30005 126 170 0 8 0.2975 67 79 0 8 0.2975 54 140 0 8 0.2975 145 165 0 8 0.29325 80 107 0 8 0.29325 79 108 0 8 0.29325 56 152 0 8 0.29325 51 128 0 8 0.29325 64 154 0 8 0.2907 51 74 0 8 0.2907 28 109 0 8 0.2907 136 165 0 8 0.28815 135 156 0 8 0.28815 76 127 0 8 0.28815 64 74 0 8 0.28815 56 74 0 8 0.28815 51 69 0 8 0.28815 133 154 0 8 0.28645 80 149 0 8 0.28645 76 125 0 8 0.28645 68 145 0 8 0.28645 55 145 0 8 0.28645 42 151 0 8 0.28645 29 110 0 8 0.28645 155 169 0 8 0.2839 153 172 0 8 0.2839 150 170 0 8 0.2839 129 147 0 8 0.2839 76 154 0 8 0.2839 156 172 0 8 0.28135 127 150 0 8 0.28135 126 168 0 8 0.28135 120 154 0 8 0.28135 78 149 0 8 0.28135 69 107 0 8 0.28135 46 145 0 8 0.28135 35 152 0 8 0.28135 136 150 0 8 0.27965 133 152 0 8 0.2771 124 154 0 8 0.2771 120 140 0 8 0.2771 84 147 0 8 0.2771 64 174 0 8 0.2771 128 175 0 8 0.27455 125 168 0 8 0.27455 121 145 0 8 0.27455 67 119 0 8 0.27455 67 124 0 8 0.27285 57 150 0 8 0.27285 38 126 0 8 0.27285 147 174 0 8 0.2703 65 145 0 8 0.2703 34 153 0 8 0.2703 153 178 0 8 0.2686 136 152 0 8 0.2686 109 145 0 8 0.2686 34 67 0 8 0.2686 127 161 0 8 0.26605 108 135 0 8 0.26605 78 125 0 8 0.26605 76 153 0 8 0.26605 57 172 0 8 0.26605 35 56 0 8 0.26605 65 175 0 8 0.2635 57 153 0 8 0.2635 55 72 0 8 0.2635 46 153 0 8 0.2635 35 145 0 8 0.2635 151 176 0 8 0.2618 77 126 0 8 0.2618 69 154 0 8 0.2618 69 127 0 8 0.2618 62 78 0 8 0.2618 62 77 0 8 0.2618 55 136 0 8 0.2618 42 54 0 8 0.2618 35 154 0 8 0.2618 69 150 0 8 0.25925 62 147 0 8 0.25925 57 152 0 8 0.25925 57 126 0 8 0.25925 55 172 0 8 0.25925 53 147 0 8 0.25925 42 68 0 8 0.25925 129 172 0 8 0.25755 109 136 0 8 0.25755 91 127 0 8 0.25755 56 170 0 8 0.25755 124 172 0 8 0.255 75 108 0 8 0.255 65 154 0 8 0.255 51 147 0 8 0.255 51 121 0 8 0.255 46 121 0 8 0.255 8 39 0 8 0.255 152 176 0 8 0.2533 76 126 0 8 0.2533 133 151 0 8 0.25075 129 161 0 8 0.25075 43 58 0 8 0.25075 38 152 0 8 0.25075 29 131 0 8 0.25075 155 168 0 8 0.24905 126 176 0 8 0.24905 99 129 0 8 0.24905 65 133 0 8 0.24905 51 119 0 8 0.24905 39 120 0 8 0.24905 148 172 0 8 0.2465 135 155 0 8 0.2465 126 136 0 8 0.2465 101 169 0 8 0.2465 74 137 0 8 0.2465 55 126 0 8 0.2465 55 120 0 8 0.2465 114 152 0 8 0.2448 62 129 0 8 0.2448 59 128 0 8 0.2448 42 56 0 8 0.2448 35 69 0 8 0.2448 28 110 0 8 0.2448 110 135 0 8 0.24225 109 155 0 8 0.24225 59 154 0 8 0.24225 46 151 0 8 0.24225 34 123 0 8 0.24225 136 172 0 8 0.24055 131 168 0 8 0.24055 124 147 0 8 0.24055 76 152 0 8 0.24055 76 114 0 8 0.24055 68 151 0 8 0.24055 61 126 0 8 0.24055 56 133 0 8 0.24055 154 172 0 8 0.238 128 172 0 8 0.238 127 153 0 8 0.238 121 151 0 8 0.238 79 156 0 8 0.238 77 149 0 8 0.238 76 136 0 8 0.238 65 77 0 8 0.238 51 175 0 8 0.238 118 169 0 8 0.2363 108 168 0 8 0.2363 76 147 0 8 0.2363 64 172 0 8 0.2363 63 83 0 8 0.2363 57 148 0 8 0.2363 31 72 0 8 0.2363 74 136 0 8 0.2346 57 124 0 8 0.2346 42 55 0 8 0.2346 150 174 0 8 0.23205 132 148 0 8 0.23205 124 150 0 8 0.23205 79 149 0 8 0.23205 64 126 0 8 0.23205 64 110 0 8 0.23205 59 76 0 8 0.23205 46 56 0 8 0.23205 42 133 0 8 0.23205 35 66 0 8 0.23205 161 170 0 8 0.23035 136 153 0 8 0.23035 128 156 0 8 0.23035 128 155 0 8 0.23035 69 126 0 8 0.23035 66 79 0 8 0.23035 63 109 0 8 0.23035 59 145 0 8 0.23035 56 137 0 8 0.23035 56 128 0 8 0.23035 35 65 0 8 0.23035 151 170 0 8 0.2278 124 152 0 8 0.2278 107 153 0 8 0.2278 65 150 0 8 0.2278 62 133 0 8 0.2278 54 126 0 8 0.2278 26 57 0 8 0.2278 129 174 0 8 0.2261 125 143 0 8 0.2261 55 79 0 8 0.2261 32 108 0 8 0.2261 132 145 0 8 0.2244 109 126 0 8 0.2244 79 101 0 8 0.2244 77 147 0 8 0.2244 56 107 0 8 0.2244 53 168 0 8 0.2244 140 154 0 8 0.22185 124 168 0 8 0.22185 74 154 0 8 0.22185 57 165 0 8 0.22185 55 165 0 8 0.22185 54 68 0 8 0.22185 35 54 0 8 0.22185 152 172 0 8 0.22015 80 101 0 8 0.22015 56 153 0 8 0.22015 56 127 0 8 0.22015 42 154 0 8 0.22015 145 174 0 8 0.21845 126 154 0 8 0.21845 80 155 0 8 0.21845 79 152 0 8 0.21845 72 154 0 8 0.21845 62 76 0 8 0.21845 59 77 0 8 0.21845 55 137 0 8 0.21845 39 145 0 8 0.21845 38 56 0 8 0.21845 13 147 0 8 0.21845 70 174 0 8 0.21675 65 124 0 8 0.21675 57 128 0 8 0.21675 54 147 0 8 0.21675 38 68 0 8 0.21675 25 78 0 8 0.21675 149 174 0 8 0.2142 131 147 0 8 0.2142 120 152 0 8 0.2142 80 100 0 8 0.2142 69 119 0 8 0.2142 64 155 0 8 0.2142 31 126 0 8 0.2142 26 154 0 8 0.2142 151 175 0 8 0.2125 129 149 0 8 0.2125 128 162 0 8 0.2125 124 174 0 8 0.2125 121 153 0 8 0.2125 80 131 0 8 0.2125 78 152 0 8 0.2125 70 101 0 8 0.2125 54 79 0 8 0.2125 51 149 0 8 0.2125 35 76 0 8 0.2125 28 119 0 8 0.2125 28 108 0 8 0.2125 125 165 0 8 0.2108 120 153 0 8 0.2108 72 121 0 8 0.2108 68 152 0 8 0.2108 66 78 0 8 0.2108 60 132 0 8 0.2108 55 154 0 8 0.2108 51 133 0 8 0.2108 35 143 0 8 0.2108 147 168 0 8 0.2091 125 174 0 8 0.2091 117 170 0 8 0.2091 114 139 0 8 0.2091 109 133 0 8 0.2091 101 112 0 8 0.2091 76 145 0 8 0.2091 66 80 0 8 0.2091 63 155 0 8 0.2091 60 79 0 8 0.2091 55 133 0 8 0.2091 35 51 0 8 0.2091 120 176 0 8 0.20655 91 128 0 8 0.20655 78 127 0 8 0.20655 77 170 0 8 0.20655 66 136 0 8 0.20655 57 68 0 8 0.20655 42 69 0 8 0.20655 38 154 0 8 0.20655 126 143 0 8 0.20485 120 137 0 8 0.20485 109 153 0 8 0.20485 83 143 0 8 0.20485 78 109 0 8 0.20485 77 143 0 8 0.20485 75 92 0 8 0.20485 74 139 0 8 0.20485 67 132 0 8 0.20485 66 147 0 8 0.20485 64 76 0 8 0.20485 56 126 0 8 0.20485 56 78 0 8 0.20485 46 126 0 8 0.20485 26 74 0 8 0.20485 107 170 0 8 0.20315 74 126 0 8 0.20315 58 79 0 8 0.20315 141 168 0 8 0.20145 103 147 0 8 0.20145 75 110 0 8 0.20145 58 141 0 8 0.20145 56 156 0 8 0.20145 56 79 0 8 0.20145 55 68 0 8 0.20145 30 155 0 8 0.20145 132 176 0 8 0.19975 127 172 0 8 0.19975 80 148 0 8 0.19975 79 126 0 8 0.19975 66 145 0 8 0.19975 66 109 0 8 0.19975 51 107 0 8 0.19975 28 107 0 8 0.19975 109 152 0 8 0.1972 101 110 0 8 0.1972 79 145 0 8 0.1972 78 150 0 8 0.1972 56 150 0 8 0.1972 56 140 0 8 0.1972 55 140 0 8 0.1972 54 81 0 8 0.1972 35 72 0 8 0.1972 162 172 0 8 0.1955 145 154 0 8 0.1955 78 155 0 8 0.1955 61 145 0 8 0.1955 57 149 0 8 0.1955 155 170 0 8 0.1938 143 174 0 8 0.1938 127 174 0 8 0.1938 91 107 0 8 0.1938 78 114 0 8 0.1938 76 132 0 8 0.1938 76 128 0 8 0.1938 62 126 0 8 0.1938 61 124 0 8 0.1938 59 107 0 8 0.1938 56 68 0 8 0.1938 53 83 0 8 0.1938 43 143 0 8 0.1938 42 132 0 8 0.1938 31 56 0 8 0.1938 135 159 0 8 0.1921 119 149 0 8 0.1921 113 172 0 8 0.1921 73 105 0 8 0.1921 46 107 0 8 0.1921 132 165 0 8 0.1904 127 151 0 8 0.1904 79 137 0 8 0.1904 68 148 0 8 0.1904 65 147 0 8 0.1904 58 80 0 8 0.1904 57 107 0 8 0.1904 56 147 0 8 0.1904 56 109 0 8 0.1904 51 126 0 8 0.1904 27 106 0 8 0.1904 149 170 0 8 0.1887 104 169 0 8 0.1887 56 69 0 8 0.1887 28 101 0 8 0.1887 135 147 0 8 0.187 84 131 0 8 0.187 80 126 0 8 0.187 67 172 0 8 0.187 64 103 0 8 0.187 59 79 0 8 0.187 149 165 0 8 0.1853 128 137 0 8 0.1853 73 125 0 8 0.1853 70 104 0 8 0.1853 64 156 0 8 0.1853 62 145 0 8 0.1853 58 147 0 8 0.1853 56 132 0 8 0.1853 42 126 0 8 0.1853 35 55 0 8 0.1853 145 168 0 8 0.1836 139 172 0 8 0.1836 133 172 0 8 0.1836 132 172 0 8 0.1836 129 139 0 8 0.1836 128 170 0 8 0.1836 119 143 0 8 0.1836 109 125 0 8 0.1836 108 155 0 8 0.1836 76 172 0 8 0.1836 76 150 0 8 0.1836 65 153 0 8 0.1836 59 106 0 8 0.1836 55 107 0 8 0.1836 51 172 0 8 0.1836 42 79 0 8 0.1836 35 136 0 8 0.1836 34 64 0 8 0.1836 30 60 0 8 0.1836 28 106 0 8 0.1836 153 174 0 8 0.1819 145 175 0 8 0.1819 120 149 0 8 0.1819 107 150 0 8 0.1819 104 147 0 8 0.1819 102 169 0 8 0.1819 78 124 0 8 0.1819 67 126 0 8 0.1819 65 107 0 8 0.1819 62 172 0 8 0.1819 58 82 0 8 0.1819 55 124 0 8 0.1819 134 168 0 8 0.1802 120 162 0 8 0.1802 80 106 0 8 0.1802 68 79 0 8 0.1802 58 169 0 8 0.1802 55 127 0 8 0.1802 55 76 0 8 0.1802 END