# TARGET T0249 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0249.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 129 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.685 0.192 0.075 0.035 0.010 0.002 0.001 2 Q 0.517 0.204 0.132 0.094 0.042 0.011 0.001 3 E 0.600 0.202 0.093 0.059 0.033 0.011 0.001 4 Q 0.537 0.251 0.111 0.065 0.026 0.008 0.001 5 R 0.342 0.215 0.164 0.164 0.078 0.031 0.005 6 Q 0.482 0.249 0.138 0.080 0.039 0.011 0.002 7 Q 0.467 0.275 0.127 0.075 0.040 0.014 0.001 8 L 0.139 0.108 0.149 0.231 0.251 0.119 0.004 9 L 0.077 0.162 0.218 0.291 0.183 0.065 0.004 10 R 0.095 0.187 0.133 0.175 0.245 0.145 0.019 11 S 0.017 0.065 0.157 0.330 0.275 0.131 0.023 12 L 0.004 0.005 0.009 0.045 0.159 0.531 0.247 13 E 0.005 0.016 0.043 0.115 0.242 0.345 0.233 14 A 0.006 0.011 0.016 0.034 0.071 0.336 0.526 15 L 0.003 0.003 0.009 0.035 0.089 0.362 0.499 16 I 0.002 0.003 0.007 0.020 0.075 0.374 0.520 17 F 0.005 0.010 0.023 0.069 0.162 0.454 0.276 18 S 0.007 0.016 0.031 0.084 0.255 0.460 0.146 19 S 0.018 0.073 0.170 0.311 0.269 0.142 0.015 20 E 0.106 0.291 0.257 0.217 0.108 0.019 0.001 21 E 0.104 0.315 0.287 0.187 0.082 0.023 0.002 22 P 0.106 0.203 0.219 0.258 0.146 0.065 0.003 23 V 0.035 0.052 0.105 0.197 0.339 0.254 0.019 24 N 0.098 0.296 0.279 0.208 0.096 0.021 0.001 25 L 0.039 0.123 0.267 0.317 0.196 0.055 0.004 26 Q 0.483 0.421 0.081 0.012 0.002 0.001 0.001 27 T 0.040 0.234 0.374 0.254 0.081 0.014 0.002 28 L 0.002 0.008 0.035 0.168 0.512 0.267 0.008 29 S 0.016 0.146 0.368 0.344 0.110 0.015 0.001 30 Q 0.258 0.579 0.136 0.022 0.004 0.001 0.001 31 I 0.010 0.058 0.258 0.472 0.181 0.020 0.001 32 T 0.006 0.018 0.088 0.349 0.456 0.082 0.002 33 A 0.435 0.437 0.106 0.020 0.003 0.001 0.001 34 H 0.644 0.309 0.042 0.005 0.001 0.001 0.001 35 K 0.483 0.326 0.124 0.054 0.012 0.002 0.001 36 F 0.170 0.271 0.314 0.177 0.061 0.006 0.001 37 T 0.464 0.352 0.124 0.051 0.008 0.001 0.001 38 P 0.176 0.325 0.296 0.154 0.045 0.005 0.001 39 S 0.731 0.230 0.033 0.005 0.001 0.001 0.001 40 E 0.061 0.342 0.356 0.196 0.041 0.003 0.001 41 L 0.005 0.024 0.074 0.261 0.472 0.159 0.006 42 Q 0.015 0.203 0.399 0.284 0.087 0.011 0.001 43 E 0.052 0.504 0.340 0.089 0.013 0.002 0.001 44 A 0.002 0.014 0.062 0.260 0.466 0.188 0.008 45 V 0.001 0.005 0.019 0.122 0.423 0.406 0.025 46 D 0.047 0.426 0.369 0.132 0.022 0.003 0.001 47 E 0.066 0.345 0.399 0.156 0.031 0.003 0.001 48 L 0.003 0.017 0.056 0.248 0.497 0.174 0.004 49 N 0.032 0.162 0.333 0.334 0.125 0.014 0.001 50 R 0.597 0.342 0.050 0.009 0.001 0.001 0.001 51 D 0.306 0.434 0.193 0.058 0.008 0.001 0.001 52 Y 0.124 0.179 0.292 0.289 0.107 0.009 0.001 53 E 0.561 0.294 0.104 0.033 0.006 0.001 0.001 54 A 0.619 0.267 0.077 0.031 0.005 0.001 0.001 55 T 0.608 0.269 0.090 0.027 0.005 0.001 0.001 56 G 0.371 0.417 0.145 0.051 0.014 0.002 0.001 57 R 0.028 0.095 0.186 0.344 0.270 0.074 0.004 58 T 0.029 0.135 0.230 0.296 0.212 0.092 0.006 59 F 0.027 0.069 0.104 0.206 0.318 0.253 0.023 60 R 0.007 0.072 0.270 0.423 0.191 0.036 0.002 61 I 0.009 0.020 0.036 0.140 0.400 0.368 0.026 62 H 0.037 0.218 0.325 0.304 0.099 0.017 0.001 63 A 0.172 0.432 0.235 0.119 0.034 0.008 0.001 64 I 0.058 0.157 0.251 0.334 0.174 0.025 0.001 65 A 0.171 0.264 0.237 0.209 0.098 0.021 0.001 66 G 0.378 0.438 0.139 0.038 0.006 0.001 0.001 67 G 0.150 0.465 0.256 0.105 0.021 0.003 0.001 68 Y 0.006 0.034 0.093 0.278 0.427 0.154 0.007 69 R 0.008 0.087 0.244 0.318 0.246 0.091 0.005 70 F 0.003 0.006 0.021 0.099 0.263 0.518 0.089 71 L 0.005 0.056 0.160 0.315 0.323 0.131 0.010 72 T 0.003 0.018 0.041 0.139 0.351 0.415 0.032 73 E 0.002 0.049 0.217 0.405 0.256 0.068 0.004 74 P 0.102 0.415 0.275 0.146 0.049 0.012 0.001 75 E 0.020 0.198 0.373 0.291 0.099 0.017 0.001 76 F 0.002 0.008 0.019 0.091 0.379 0.476 0.025 77 A 0.005 0.087 0.304 0.373 0.192 0.038 0.001 78 D 0.039 0.512 0.334 0.097 0.016 0.002 0.001 79 L 0.002 0.019 0.125 0.400 0.381 0.071 0.001 80 V 0.003 0.009 0.020 0.117 0.461 0.377 0.013 81 R 0.055 0.351 0.359 0.184 0.043 0.007 0.001 82 Q 0.161 0.414 0.296 0.105 0.021 0.003 0.001 83 L 0.011 0.054 0.147 0.346 0.352 0.088 0.002 84 L 0.076 0.196 0.303 0.284 0.126 0.015 0.001 85 A 0.567 0.323 0.083 0.023 0.003 0.001 0.001 86 P 0.634 0.279 0.069 0.016 0.002 0.001 0.001 87 V 0.731 0.191 0.057 0.018 0.003 0.001 0.001 88 I 0.706 0.193 0.067 0.027 0.007 0.001 0.001 89 Q 0.587 0.255 0.097 0.049 0.011 0.001 0.001 90 R 0.443 0.316 0.145 0.070 0.022 0.004 0.001 91 R 0.233 0.362 0.234 0.129 0.036 0.006 0.001 92 L 0.048 0.096 0.166 0.296 0.293 0.095 0.006 93 S 0.052 0.118 0.191 0.293 0.250 0.090 0.006 94 R 0.116 0.203 0.219 0.228 0.155 0.070 0.009 95 S 0.112 0.132 0.151 0.210 0.212 0.146 0.036 96 M 0.040 0.058 0.086 0.175 0.262 0.282 0.097 97 L 0.041 0.044 0.057 0.111 0.224 0.353 0.170 98 E 0.076 0.076 0.101 0.159 0.198 0.270 0.121 99 V 0.047 0.041 0.049 0.073 0.137 0.396 0.257 100 L 0.060 0.038 0.044 0.095 0.157 0.329 0.278 101 A 0.103 0.068 0.052 0.099 0.197 0.303 0.178 102 V 0.160 0.061 0.063 0.098 0.163 0.277 0.177 103 V 0.207 0.094 0.098 0.140 0.145 0.202 0.114 104 A 0.335 0.099 0.084 0.114 0.122 0.182 0.063 105 W 0.218 0.083 0.093 0.142 0.223 0.203 0.039 106 H 0.296 0.167 0.160 0.168 0.136 0.064 0.009 107 Q 0.208 0.200 0.193 0.191 0.124 0.073 0.010 108 P 0.244 0.213 0.193 0.180 0.112 0.052 0.006 109 V 0.150 0.120 0.148 0.228 0.217 0.125 0.011 110 T 0.343 0.197 0.137 0.152 0.118 0.050 0.003 111 K 0.326 0.280 0.231 0.117 0.038 0.008 0.001 112 G 0.564 0.239 0.103 0.062 0.025 0.006 0.001 113 E 0.245 0.295 0.240 0.145 0.059 0.014 0.002 114 I 0.096 0.063 0.094 0.272 0.333 0.133 0.009 115 Q 0.215 0.371 0.262 0.111 0.035 0.007 0.001 116 Q 0.431 0.302 0.150 0.076 0.031 0.009 0.001 117 I 0.223 0.163 0.160 0.189 0.176 0.083 0.006 118 R 0.280 0.220 0.207 0.185 0.080 0.026 0.002 119 G 0.441 0.299 0.145 0.074 0.029 0.010 0.002 120 A 0.393 0.286 0.174 0.092 0.041 0.013 0.002 121 S 0.328 0.294 0.190 0.136 0.042 0.009 0.001 122 P 0.181 0.153 0.150 0.200 0.197 0.104 0.015 123 D 0.255 0.312 0.233 0.147 0.045 0.007 0.001 124 Y 0.212 0.425 0.235 0.095 0.027 0.005 0.001 125 S 0.016 0.040 0.103 0.234 0.357 0.230 0.019 126 I 0.008 0.029 0.066 0.215 0.378 0.279 0.024 127 D 0.102 0.400 0.285 0.146 0.050 0.014 0.002 128 R 0.062 0.200 0.350 0.272 0.092 0.022 0.001 129 L 0.024 0.046 0.076 0.194 0.382 0.263 0.015 130 L 0.073 0.187 0.296 0.290 0.125 0.028 0.002 131 A 0.278 0.349 0.188 0.114 0.051 0.017 0.001 132 R 0.061 0.191 0.325 0.285 0.111 0.026 0.002 133 G 0.167 0.317 0.243 0.160 0.083 0.027 0.002 134 L 0.027 0.092 0.194 0.306 0.288 0.090 0.003 135 I 0.030 0.061 0.113 0.273 0.351 0.165 0.007 136 E 0.130 0.297 0.281 0.198 0.074 0.018 0.001 137 V 0.172 0.307 0.256 0.166 0.079 0.019 0.001 138 R 0.214 0.284 0.262 0.171 0.059 0.010 0.001 139 G 0.407 0.276 0.163 0.108 0.039 0.006 0.001 140 R 0.312 0.264 0.217 0.150 0.049 0.008 0.001 141 A 0.666 0.235 0.069 0.023 0.006 0.001 0.001 142 D 0.616 0.248 0.089 0.037 0.009 0.001 0.001 143 S 0.643 0.201 0.088 0.049 0.015 0.003 0.001 144 P 0.695 0.196 0.067 0.031 0.009 0.002 0.001 145 G 0.518 0.255 0.124 0.070 0.025 0.007 0.001 146 R 0.251 0.280 0.217 0.165 0.069 0.016 0.002 147 P 0.297 0.268 0.188 0.143 0.074 0.026 0.004 148 L 0.112 0.157 0.170 0.243 0.210 0.093 0.015 149 Q 0.082 0.116 0.142 0.211 0.220 0.187 0.043 150 Y 0.061 0.091 0.120 0.220 0.261 0.202 0.045 151 G 0.051 0.133 0.202 0.259 0.217 0.118 0.019 152 T 0.027 0.065 0.092 0.202 0.307 0.264 0.043 153 T 0.020 0.085 0.165 0.293 0.278 0.141 0.018 154 E 0.215 0.400 0.231 0.107 0.036 0.009 0.001 155 V 0.068 0.242 0.336 0.240 0.087 0.024 0.004 156 F 0.006 0.013 0.027 0.113 0.383 0.427 0.031 157 L 0.012 0.080 0.225 0.369 0.244 0.066 0.004 158 D 0.146 0.464 0.232 0.105 0.036 0.015 0.001 159 L 0.013 0.072 0.251 0.385 0.222 0.055 0.002 160 F 0.007 0.021 0.050 0.185 0.421 0.300 0.015 161 H 0.062 0.316 0.330 0.203 0.077 0.013 0.001 162 L 0.038 0.087 0.196 0.336 0.247 0.091 0.005 163 P 0.304 0.459 0.168 0.056 0.011 0.002 0.001 164 S 0.274 0.398 0.225 0.078 0.022 0.003 0.001 165 L 0.065 0.106 0.192 0.336 0.247 0.053 0.002 166 K 0.209 0.390 0.256 0.116 0.026 0.003 0.001 167 D 0.316 0.351 0.197 0.095 0.034 0.007 0.001 168 L 0.064 0.132 0.233 0.305 0.218 0.048 0.001 169 P 0.149 0.226 0.256 0.237 0.113 0.018 0.001 170 K 0.388 0.388 0.162 0.051 0.010 0.001 0.001 171 L 0.266 0.207 0.214 0.230 0.075 0.008 0.001 172 R 0.657 0.267 0.061 0.012 0.002 0.001 0.001 173 E 0.598 0.272 0.092 0.031 0.007 0.001 0.001 174 I 0.361 0.233 0.196 0.154 0.051 0.005 0.001 175 K 0.634 0.237 0.093 0.030 0.005 0.001 0.001 176 E 0.726 0.202 0.051 0.016 0.004 0.001 0.001 177 I 0.560 0.242 0.118 0.060 0.018 0.003 0.001 178 L 0.508 0.236 0.148 0.082 0.022 0.003 0.001 179 Q 0.736 0.188 0.052 0.018 0.004 0.001 0.001 180 E 0.699 0.192 0.067 0.030 0.009 0.002 0.001 181 H 0.525 0.215 0.135 0.087 0.032 0.006 0.001 182 E 0.603 0.222 0.101 0.052 0.018 0.004 0.001 183 E 0.642 0.206 0.088 0.046 0.015 0.003 0.001 184 Q 0.587 0.205 0.112 0.064 0.025 0.006 0.001 185 Q 0.572 0.216 0.109 0.065 0.029 0.008 0.001 186 Y 0.512 0.218 0.129 0.091 0.040 0.009 0.001 187 L 0.536 0.238 0.126 0.070 0.025 0.005 0.001 188 A 0.623 0.227 0.092 0.042 0.013 0.003 0.001 189 A 0.625 0.194 0.093 0.059 0.023 0.005 0.001 190 D 0.641 0.192 0.093 0.052 0.018 0.004 0.001 191 G 0.710 0.182 0.068 0.029 0.009 0.002 0.001 192 D 0.694 0.191 0.069 0.033 0.010 0.002 0.001 193 L 0.491 0.216 0.146 0.103 0.036 0.006 0.001 194 P 0.669 0.216 0.077 0.029 0.007 0.001 0.001 195 V 0.603 0.255 0.094 0.037 0.009 0.001 0.001 196 A 0.369 0.202 0.176 0.163 0.076 0.013 0.001 197 A 0.477 0.263 0.145 0.084 0.026 0.004 0.001 198 D 0.727 0.192 0.055 0.021 0.004 0.001 0.001 199 E 0.791 0.147 0.043 0.015 0.004 0.001 0.001 200 D 0.826 0.118 0.036 0.014 0.004 0.001 0.001 201 E 0.743 0.147 0.064 0.034 0.010 0.002 0.001 202 K 0.746 0.158 0.062 0.026 0.007 0.001 0.001 203 P 0.678 0.172 0.086 0.046 0.015 0.003 0.001 204 R 0.680 0.196 0.076 0.034 0.011 0.002 0.001 205 M 0.562 0.195 0.117 0.079 0.037 0.009 0.001 206 E 0.691 0.187 0.068 0.036 0.014 0.003 0.001 207 R 0.618 0.162 0.098 0.072 0.036 0.013 0.001 208 I 0.735 0.124 0.064 0.047 0.021 0.007 0.001 209 E 0.815 0.094 0.038 0.027 0.018 0.008 0.001