# TARGET T0249 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0249.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 56.813 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.002 0.012 0.005 0.006 0.972 2 Q 0.008 0.014 0.012 0.104 0.012 0.038 0.811 3 E 0.008 0.010 0.041 0.284 0.103 0.072 0.482 4 Q 0.007 0.004 0.042 0.310 0.054 0.066 0.518 5 R 0.002 0.002 0.050 0.809 0.012 0.049 0.076 6 Q 0.001 0.001 0.017 0.945 0.007 0.015 0.015 7 Q 0.001 0.001 0.009 0.979 0.002 0.005 0.005 8 L 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.002 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 10 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 11 S 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 12 L 0.004 0.001 0.001 0.988 0.001 0.006 0.001 13 E 0.007 0.001 0.001 0.985 0.003 0.003 0.001 14 A 0.015 0.001 0.001 0.976 0.001 0.006 0.001 15 L 0.007 0.001 0.001 0.985 0.001 0.007 0.001 16 I 0.010 0.001 0.002 0.978 0.001 0.009 0.001 17 F 0.040 0.001 0.006 0.881 0.003 0.056 0.013 18 S 0.088 0.007 0.024 0.453 0.021 0.256 0.152 19 S 0.036 0.006 0.018 0.159 0.221 0.372 0.188 20 E 0.012 0.004 0.019 0.023 0.682 0.155 0.105 21 E 0.018 0.003 0.001 0.002 0.816 0.013 0.147 22 P 0.054 0.017 0.003 0.002 0.104 0.037 0.782 23 V 0.146 0.082 0.001 0.001 0.205 0.002 0.565 24 N 0.100 0.045 0.001 0.003 0.049 0.001 0.802 25 L 0.001 0.001 0.033 0.958 0.001 0.004 0.003 26 Q 0.001 0.001 0.043 0.947 0.001 0.007 0.001 27 T 0.001 0.001 0.065 0.927 0.001 0.003 0.003 28 L 0.001 0.001 0.053 0.938 0.001 0.005 0.002 29 S 0.001 0.001 0.073 0.897 0.002 0.025 0.002 30 Q 0.002 0.001 0.057 0.843 0.001 0.091 0.004 31 I 0.008 0.004 0.054 0.801 0.017 0.059 0.058 32 T 0.017 0.017 0.060 0.369 0.121 0.091 0.325 33 A 0.002 0.005 0.167 0.232 0.073 0.367 0.153 34 H 0.002 0.001 0.118 0.083 0.118 0.626 0.052 35 K 0.005 0.003 0.045 0.026 0.353 0.349 0.219 36 F 0.012 0.054 0.004 0.011 0.235 0.030 0.653 37 T 0.004 0.016 0.001 0.004 0.043 0.003 0.929 38 P 0.001 0.001 0.037 0.937 0.001 0.019 0.005 39 S 0.001 0.001 0.024 0.966 0.001 0.009 0.001 40 E 0.001 0.001 0.032 0.960 0.001 0.004 0.003 41 L 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 42 Q 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 43 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.006 0.001 44 A 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.004 0.002 45 V 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 46 D 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 47 E 0.001 0.001 0.002 0.976 0.001 0.022 0.001 48 L 0.001 0.001 0.005 0.941 0.001 0.051 0.002 49 N 0.001 0.001 0.011 0.929 0.002 0.055 0.004 50 R 0.001 0.001 0.035 0.831 0.007 0.116 0.011 51 D 0.001 0.001 0.048 0.778 0.016 0.119 0.037 52 Y 0.008 0.019 0.075 0.660 0.044 0.119 0.075 53 E 0.014 0.004 0.090 0.401 0.070 0.244 0.178 54 A 0.013 0.003 0.055 0.508 0.057 0.316 0.048 55 T 0.005 0.002 0.011 0.030 0.080 0.843 0.029 56 G 0.013 0.001 0.005 0.002 0.207 0.600 0.173 57 R 0.117 0.006 0.001 0.001 0.252 0.017 0.606 58 T 0.845 0.014 0.001 0.001 0.007 0.001 0.132 59 F 0.964 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.028 60 R 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 61 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 62 H 0.991 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 63 A 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 64 I 0.930 0.011 0.002 0.002 0.007 0.008 0.041 65 A 0.580 0.005 0.011 0.004 0.067 0.182 0.150 66 G 0.024 0.001 0.007 0.001 0.209 0.724 0.036 67 G 0.197 0.003 0.015 0.001 0.233 0.430 0.121 68 Y 0.872 0.013 0.003 0.001 0.030 0.009 0.072 69 R 0.949 0.006 0.003 0.001 0.005 0.003 0.033 70 F 0.950 0.002 0.003 0.001 0.005 0.003 0.037 71 L 0.827 0.008 0.004 0.001 0.028 0.006 0.126 72 T 0.499 0.033 0.006 0.004 0.136 0.007 0.314 73 E 0.047 0.005 0.022 0.035 0.254 0.013 0.623 74 P 0.001 0.001 0.264 0.608 0.014 0.096 0.016 75 E 0.001 0.004 0.299 0.560 0.011 0.107 0.019 76 F 0.001 0.001 0.121 0.822 0.002 0.044 0.011 77 A 0.001 0.001 0.016 0.963 0.002 0.014 0.003 78 D 0.001 0.001 0.008 0.975 0.001 0.012 0.003 79 L 0.001 0.001 0.006 0.980 0.002 0.006 0.005 80 V 0.001 0.001 0.004 0.991 0.001 0.004 0.001 81 R 0.001 0.001 0.008 0.981 0.001 0.010 0.001 82 Q 0.001 0.001 0.012 0.927 0.001 0.059 0.001 83 L 0.001 0.002 0.023 0.837 0.004 0.118 0.016 84 L 0.001 0.005 0.038 0.572 0.057 0.243 0.085 85 A 0.006 0.004 0.024 0.126 0.257 0.098 0.486 86 P 0.004 0.002 0.062 0.311 0.109 0.167 0.345 87 V 0.007 0.010 0.080 0.217 0.075 0.147 0.464 88 I 0.013 0.023 0.075 0.158 0.099 0.086 0.546 89 Q 0.013 0.010 0.058 0.112 0.074 0.051 0.681 90 R 0.014 0.005 0.105 0.326 0.148 0.125 0.277 91 R 0.011 0.010 0.099 0.402 0.087 0.204 0.188 92 L 0.016 0.027 0.051 0.345 0.133 0.096 0.333 93 S 0.008 0.009 0.030 0.383 0.051 0.043 0.476 94 R 0.001 0.001 0.024 0.964 0.001 0.008 0.002 95 S 0.001 0.001 0.016 0.981 0.001 0.003 0.001 96 M 0.001 0.001 0.006 0.993 0.001 0.001 0.001 97 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 98 E 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 99 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 100 L 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 101 A 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 102 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 103 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.002 0.001 104 A 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.010 0.001 105 W 0.001 0.001 0.002 0.844 0.001 0.151 0.001 106 H 0.001 0.002 0.008 0.409 0.092 0.470 0.018 107 Q 0.004 0.002 0.001 0.009 0.799 0.033 0.152 108 P 0.016 0.018 0.009 0.014 0.164 0.131 0.648 109 V 0.038 0.053 0.004 0.005 0.143 0.024 0.732 110 T 0.124 0.048 0.010 0.012 0.110 0.025 0.670 111 K 0.070 0.012 0.117 0.582 0.038 0.085 0.097 112 G 0.056 0.004 0.095 0.713 0.034 0.058 0.041 113 E 0.052 0.013 0.082 0.728 0.013 0.031 0.081 114 I 0.040 0.007 0.106 0.782 0.006 0.023 0.036 115 Q 0.061 0.003 0.123 0.733 0.020 0.034 0.026 116 Q 0.049 0.001 0.069 0.786 0.005 0.076 0.015 117 I 0.114 0.014 0.066 0.586 0.038 0.088 0.094 118 R 0.131 0.035 0.049 0.362 0.088 0.219 0.116 119 G 0.078 0.012 0.020 0.067 0.219 0.282 0.322 120 A 0.035 0.023 0.004 0.024 0.438 0.034 0.443 121 S 0.026 0.014 0.003 0.018 0.233 0.020 0.686 122 P 0.005 0.006 0.074 0.527 0.041 0.198 0.149 123 D 0.002 0.005 0.067 0.754 0.045 0.082 0.045 124 Y 0.002 0.002 0.052 0.878 0.020 0.027 0.020 125 S 0.003 0.002 0.021 0.933 0.004 0.015 0.021 126 I 0.001 0.001 0.007 0.987 0.001 0.004 0.001 127 D 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.003 0.001 128 R 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 129 L 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.003 0.001 130 L 0.001 0.001 0.007 0.982 0.001 0.009 0.001 131 A 0.001 0.001 0.006 0.938 0.002 0.051 0.001 132 R 0.001 0.001 0.016 0.142 0.009 0.828 0.004 133 G 0.002 0.001 0.002 0.006 0.016 0.962 0.012 134 L 0.138 0.011 0.007 0.008 0.070 0.032 0.734 135 I 0.785 0.034 0.006 0.006 0.027 0.004 0.139 136 E 0.914 0.005 0.004 0.004 0.007 0.003 0.063 137 V 0.931 0.017 0.004 0.004 0.007 0.005 0.033 138 R 0.756 0.008 0.006 0.006 0.045 0.085 0.094 139 G 0.330 0.005 0.009 0.002 0.207 0.203 0.244 140 R 0.399 0.053 0.009 0.004 0.138 0.049 0.349 141 A 0.400 0.092 0.010 0.003 0.199 0.053 0.243 142 D 0.132 0.034 0.015 0.002 0.296 0.129 0.392 143 S 0.053 0.023 0.012 0.001 0.337 0.095 0.479 144 P 0.023 0.009 0.009 0.002 0.236 0.498 0.221 145 G 0.027 0.021 0.007 0.005 0.337 0.292 0.310 146 R 0.063 0.013 0.001 0.008 0.190 0.008 0.717 147 P 0.170 0.050 0.010 0.051 0.051 0.018 0.650 148 L 0.503 0.054 0.032 0.097 0.119 0.027 0.167 149 Q 0.611 0.034 0.071 0.084 0.058 0.037 0.105 150 Y 0.588 0.022 0.075 0.091 0.055 0.081 0.087 151 G 0.334 0.032 0.040 0.037 0.191 0.206 0.159 152 T 0.152 0.060 0.017 0.016 0.195 0.077 0.484 153 T 0.056 0.019 0.029 0.070 0.174 0.013 0.638 154 E 0.001 0.001 0.211 0.773 0.001 0.012 0.002 155 V 0.001 0.001 0.080 0.907 0.001 0.012 0.001 156 F 0.001 0.001 0.029 0.962 0.001 0.007 0.001 157 L 0.001 0.001 0.015 0.977 0.001 0.006 0.001 158 D 0.001 0.001 0.010 0.953 0.001 0.035 0.001 159 L 0.001 0.001 0.034 0.816 0.009 0.128 0.010 160 F 0.003 0.022 0.030 0.240 0.067 0.607 0.032 161 H 0.004 0.010 0.014 0.012 0.050 0.722 0.189 162 L 0.003 0.008 0.071 0.009 0.036 0.016 0.856 163 P 0.010 0.028 0.335 0.019 0.136 0.072 0.400 164 S 0.009 0.074 0.513 0.023 0.040 0.065 0.276 165 L 0.001 0.001 0.947 0.043 0.001 0.007 0.002 166 K 0.001 0.001 0.886 0.066 0.002 0.044 0.002 167 D 0.001 0.001 0.828 0.078 0.003 0.084 0.006 168 L 0.002 0.012 0.352 0.130 0.148 0.055 0.301 169 P 0.003 0.015 0.295 0.162 0.066 0.195 0.264 170 K 0.006 0.015 0.182 0.121 0.143 0.281 0.251 171 L 0.002 0.003 0.283 0.470 0.017 0.063 0.162 172 R 0.002 0.002 0.237 0.656 0.020 0.047 0.036 173 E 0.002 0.003 0.137 0.723 0.013 0.069 0.053 174 I 0.001 0.001 0.063 0.863 0.007 0.022 0.042 175 K 0.001 0.001 0.025 0.953 0.003 0.008 0.010 176 E 0.001 0.001 0.034 0.937 0.003 0.016 0.009 177 I 0.001 0.001 0.030 0.930 0.004 0.024 0.011 178 L 0.001 0.002 0.027 0.909 0.007 0.040 0.015 179 Q 0.001 0.001 0.022 0.812 0.011 0.129 0.024 180 E 0.001 0.001 0.013 0.812 0.015 0.130 0.029 181 H 0.001 0.002 0.013 0.783 0.032 0.094 0.075 182 E 0.002 0.004 0.029 0.643 0.040 0.103 0.180 183 E 0.004 0.002 0.049 0.766 0.028 0.079 0.072 184 Q 0.008 0.002 0.065 0.783 0.024 0.057 0.060 185 Q 0.014 0.005 0.062 0.777 0.024 0.049 0.070 186 Y 0.028 0.009 0.061 0.744 0.025 0.069 0.066 187 L 0.044 0.010 0.069 0.655 0.040 0.096 0.085 188 A 0.048 0.010 0.083 0.509 0.057 0.132 0.160 189 A 0.025 0.007 0.060 0.296 0.102 0.353 0.156 190 D 0.018 0.008 0.044 0.062 0.176 0.420 0.272 191 G 0.029 0.016 0.021 0.029 0.269 0.168 0.467 192 D 0.059 0.029 0.024 0.019 0.171 0.094 0.604 193 L 0.060 0.029 0.023 0.026 0.202 0.023 0.638 194 P 0.049 0.016 0.050 0.029 0.053 0.048 0.754 195 V 0.053 0.026 0.151 0.108 0.089 0.104 0.469 196 A 0.043 0.022 0.131 0.093 0.091 0.092 0.528 197 A 0.031 0.019 0.145 0.108 0.132 0.117 0.448 198 D 0.033 0.012 0.125 0.102 0.118 0.133 0.476 199 E 0.008 0.007 0.348 0.223 0.071 0.207 0.136 200 D 0.007 0.007 0.261 0.232 0.059 0.321 0.113 201 E 0.008 0.007 0.199 0.226 0.098 0.269 0.193 202 K 0.009 0.010 0.081 0.211 0.170 0.049 0.469 203 P 0.012 0.015 0.181 0.229 0.078 0.148 0.336 204 R 0.018 0.013 0.190 0.284 0.068 0.219 0.207 205 M 0.015 0.009 0.225 0.510 0.031 0.093 0.118 206 E 0.020 0.009 0.204 0.497 0.052 0.111 0.108 207 R 0.020 0.005 0.143 0.351 0.092 0.248 0.141 208 I 0.024 0.018 0.028 0.158 0.106 0.069 0.596 209 E 0.011 0.005 0.011 0.033 0.021 0.020 0.899