(c) 1992-2000 Regents of the University of California, Santa Cruz
Sequence Alignment and Modeling Software System
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Citations (SAM, SAM-T99, HMMs)

Sequence numbers correspond to the following labels:

    • T0247 aminomethyltransferase, Escherichia coli
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 105 D..QthTE.....SHNW..V.R..NN..V...G....L.F..D.V.S...H.M..LQHRL...S.
 106 G..L..IQ.....EHKA..V.R..EQ..V...G....M.F..D.I.S...H.M..GVLRL...E.
 107 S..Q..LQ.....EHHQ..V.R..QH..V...G....M.F..D.V.C...H.M..GHVQV...S.
 108 S..Q..ID.....EHRA..V.R..TD..A...G....M.F..D.V.S...H.M..CVVDF...T.
 109 D..V..GQva...SHHH..V.R..TH..A...G....L.F..D.V.G...H.M..VQHKF...K.
 110 S..I..IE.....EHMS..V.R..KH..A...G....I.F..D.V.S...H.M..GDITV...R.
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 256 P..A..DAp22raEAEA..L.R..ET..A...G....L.I..D.A.T...A.F..TKHLV...R.
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 259 S..Y..AE.....EHMC..V.R..NS..V...A....F.F..N.L.S...H.M..GRLRV...K.
 260 A..N..AHl28avEAWK..T.R..NA..V...A....M.Y..D.M.S...S.F..HRFIV...S.
 261 A..P..GTs19aeEHKA..A.R..EG..V...V....L.F..D.L.S...P.F..AKFEV...A.
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 264 A..N..EKl28avEAWK..T.R..TG..V...A....L.Y..D.Q.T...P.I..RRLEI...A.
 265 P..D..ETv43geEALT..C.R..HD..A...A....L.F..N.L.S...Y.F..CKLFL...T.
 266 D..ItlIT.....SNLH..T.R..TN..C...S....L.F..D.Y.T...Y.R..PILKI...S.
 267 K..D..GDd22reECLA..V.R..DA..A...G....I.L..D.L.P...G.F..SRFRL...Q.
 268 D..A..DE.....EYIA..I.R..TK..A...G....L.M..D.V.S...G.L..KKVHI...T.
 269 A..N..EHl27naEHLA..M.S..ED..C...G....I.V..N.L.S...H.F..SMYDV...E.
 270 R..G..NEsy8qrECRN..V.R..QD..V...G....I.V..D.V.S...T.L..GKIEV...Q.
 271 R..G..NEsy8qrECRN..V.R..QD..V...G....I.V..D.V.S...T.L..GKIEV...Q.
 272 A..D..YRr24ekEYQA..C.A..QH..V...G....I.I..D.I.S...S.F..SKIEI...Kp
 273 H..P..GDd22reECHA..V.R..DH..A...G....I.L..D.L.P...G.F..SRFRV...E.
 274 G..T..LK.....EHMA..V.R..RE..A...G....I.F..D.I.S...H.M..GRMIV...S.
 275 P..Q..ETa43qkECLA..C.R..GA..A...A....V.F..N.M.S...Y.F..GKFYL...L.
 276 P..T..GSk46gsEALA..C.R..NN..A...V....V.F..N.M.S...Y.F..AKLLL...D.
 277 P..T..GSk46gsEALA..C.R..NN..A...V....V.F..N.M.S...Y.F..AKLLL...D.
 278 P..T..GSk46gsEALA..C.R..NN..A...V....V.F..N.M.S...Y.F..AKLLL...D.
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 163 ....G..P..G...SD..NY.VDYIFPS..RI...S.LL-.....K.N.N.....E.....C.M.
 164 ....G..D..H...AA..EF.LDHVLTR..RV...T.DMV.....-.P.G.....Q.....V.R.
 165 ....G..K..D...AA..AC.LESVCTA..DI...L.GT-.....P.E.G.....S.....G.S.
 166 ....G..A..N...TA..AF.LSRACPL..DA...A.AL-.....E.A.G.....K.....S.K.
 167 ....G..P..D...SA..KL.LNWVYTN..PW...S.KL-.....E.V.G.....K.....C.R.
 168 ....G..P..Q...AG..AA.LDAALAG..RP...S.AM-.....A.I.G.....R.....A.A.
 169 ....G..D..Q...AL..EI.LQYLFSN..DL...D.--V.....P.V.G.....H.....I.V.
 170 ....G..P..G...AK..QA.LARAVTH..NL...E.TL-.....K.P.G.....R.....C.R.
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   1 F.RL..V.VNS.ATREKD.....LS.W...I...TQH..A.E.....P.F..G..IE....I..T
   2 Y.LL..V.VNA.ANIEKD.....YK.W...M...LNN..A.G.....I.Y..K..VE....Ie.N
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  10 F.RL..V.VNA.ATREKD.....LQ.W...I...GEQ..A.A.....R.F..D..VR....V..E
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             140                          150                          
              |                            |                          
   1 V..R.....D...D.L..S.M.....I..A..V.Q.G.P..NA.....Q....AKA...A...T.
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  64 P..Rrs8gaE...P.L..G.I.....V..A..V.Q.G.P..NA.....R....AKA...Y...A.
  65 E..R.....T...D.L..A.M.....L..A..V.Q.G.P..NA.....V....EKL...A...K.
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  69 L..T.....G...T.H..T.L.....L..A..L.Q.G.P..AA.....V....ETL...Q...P.
  70 V..R.....P...D.L..A.I.....L..A..I.Q.G.P..RA.....R....EKV...A...A.
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 243 S..T.....D...Q.M..H.N.....V..A..V.Q.G.P..KS.....R....DIL...R...E.
 244 V..T.....A...A.I..A.A.....V..N..V.A.G.P..DS.....R....KVL...A...Q.
 245 V..T.....G...A.Y..T.A.....L..D..L.I.G.P..SS.....R....YLM...G...D.
 246 S..S.....E...D.L..G.M.....I..S..I.Q.G.P..AS.....R....AIL...Q...E.
 247 V..T.....D...Q.W..G.Q.....M..S..V.V.G.P..KA.....R....ATL...Q...A.
 248 S..T.....D...Q.M..H.N.....I..A..V.Q.G.P..KS.....R....DIL...K...E.
 249 V..T.....V...K.F..A.C.....Q..I..L.T.G.P..KS.....R....AIL...A...E.
 250 V..S.....D...Q.W..A.Q.....F..S..I.A.G.P..KT.....R....DLL...K...E.
 251 V..T.....D...Q.W..A.Q.....M..S..V.V.G.P..KA.....R....ATL...Q...A.
 252 E..Y.....N...T.H..S.S.....I..C..I.Q.G.C..KS.....T....DVL...N...E.
 253 L..S.....G...E.L..V.Q.....I..A..L.Q.G.P..KS.....E....EII...S...K.
 254 T..T.....G...G.T..C.C.....I..G..L.W.G.P..LA.....R....DLV...S...K.
 255 L..T.....F...K.Y..A.M.....I..A..I.Q.G.R..NV.....W....NYI...E...K.
 256 V..T.....T...Q.W..G.V.....F..A..L.A.G.P..NA.....R....AIL...N...E.
 257 T..V.....D...D.R..G.L.....L..A..L.Q.G.P..AA.....E....AVL...A...S.
 258 V..T.....D...E.W..A.G.....A..A..I.G.G.P..KA.....R....QIL...A...Ac
 259 L..T.....F...K.Y..G.M.....I..A..I.Q.G.R..KL.....E....EIL...G...K.
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 147 L...V.....Kge..Q.....P...L....S..A..L..T.F...M.R.G...AA...F...R.L
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 500 --....--.-.-..-.-..-...-.....-.-....-.....-.....-.-....-.....-..-


              270                               280                    
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   1 G.R....E.AL...E....V..Q..R.....E...H.GT...E.K..L...V....G...L..V.
   2 G.K....D.AL...L....K..Q..K.....E...Q.GLk..R.K..L...V....G...F..E.
   3 G.K....E.AL...S....A..Q..K.....E...K.GVp..R.K..L...V....G...L..E.
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   5 G.R....E.AL...Q....A..I..K.....Q...N.GVs..R.R..L...V....G...F..E.
   6 G.Q....R.AL...Q....R..Q..R.....E...R.GLr..K.K..L...V....G...F..E.
   7 G.Q....R.AL...Q....R..Q..R.....E...R.GLr..K.K..L...V....G...F..E.
   8 G.K....E.AL...L....K..A..K.....E...K.-Ve..R.K..L...V....A...L..E.
   9 G.K....E.IL...K....K..Q..K.....E...Q.GAp..R.K..L...V....G...L..E.
  10 G.R....S.VL...E....S..Q..K.....A...Q.GAp..R.Q..L...I....G...V..V.
  11 G.R....E.AL...E....V..Q..R.....E...H.GT...E.K..L...V....G...L..V.
  12 G.K....E.AL...I....K..Q..K.....E...A.GLn..R.K..L...V....G...I..E.
  13 G.R....E.AL...E....V..Q..R.....E...H.GT...E.K..L...V....G...L..V.
  14 G.R....A.AL...E....R..Q..R.....M...K.GT...E.Q..L...V....G...L..I.
  15 G.R....E.AL...E....A..Q..R.....E...H.GT...E.K..L...V....G...L..V.
  16 G.R....E.AL...E....M..Q..R.....E...K.GH...E.Q..L...V....G...L..V.
  17 G.K....E.AL...I....K..Q..K.....E...A.GLn..R.K..L...V....G...I..E.
  18 G.K....E.AL...I....K..Q..K.....E...A.GLn..R.K..L...V....G...I..E.
  19 G.R....E.AL...E....K..Q..R.....E...E.GT...E.Q..L...V....G...L..V.
  20 G.R....E.AL...E....V..Q..R.....E...H.GT...E.K..L...V....G...L..V.
  21 G.R....S.VL...E....S..Q..K.....A...Q.GAp..R.Q..M...I....G...V..V.
  22 G.K....A.TL...K....E..Q..K.....E...N.GAp..R.K..L...V....G...I..E.
  23 G.K....A.TL...K....E..Q..K.....E...N.GAp..R.K..L...V....G...I..E.
  24 G.K....A.TL...K....E..Q..K.....E...N.GAp..R.K..L...V....G...I..E.
  25 G.R....R.AL...E....A..Q..K.....A...A.GDq..P.K..L...V....G...L..V.
  26 G.R....R.AL...E....K..Q..L.....D...E.NVk..E.R..L...I....G...L..V.
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  31 G.R....N.VL...E....Q..Q..K.....T...N.GVs..R.Q..M...I....G...L..L.
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  33 G.R....E.VL...E....K..Q..A.....T...E.GVk..R.R..L...V....G...L..Q.
  34 G.A....E.RI...F....A..Q..Q.....Q...S.GVs..K.K..R...V....G...L..L.
  35 G.K....E.VL...K....N..Q..V.....E...N.GTd..R.K..L...V....G...I..E.
  36 A.R....E.VL...E....T..Q..K.....R...E.GVs..K.R..L...V....G...L..E.
  37 G.A....D.II...L....K..Q..I.....Et..K.DVs..R.K..R...V....G...L..V.
  38 G.K....E.VL...K....N..Q..V.....E...N.GTd..R.K..L...V....G...I..E.
  39 G.R....S.VL...E....Q..Q..K.....A...T.GVq..R.R..L...I....G...L..Q.
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  43 G.R....E.VL...A....E..Q..K.....S...K.GVk..R.R..L...V....G...L..Q.
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  46 G.R....R.AL...E....A..Q..K.....A...A.GDq..P.K..L...V....G...L..V.
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  48 G.A....E.VI...L....K..Q..I.....A...D.GPa..I.R..R...V....G...L..F.
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  52 G.A....D.VI...L....K..Q..L.....A...D.GPs..I.R..R...V....G...F..I.
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 114 G.K....A.AL...V....K..Q..T.....N...E.GIn..K.K..L...V....A...L..K.
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 119 G.K....Q.AC...E....Q..V..E.....I...N.PR...K.S..V...V....G...F..S.
 120 G.K....K.SL...E....D..R..R.....K...E.DK...Q.I..F...R....G...F..I.
 121 G.R....A.AL...E....A..Q..R.....R...A.GGq..P.K..L...V....G...L..L.
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 124 G.As...K.IL...S....Q..I..K.....D...K.SSft.H.R..R...I....G...L..T.
 125 G.R....T.AL...E....Q..Q..A.....E...Q.GPi..R.R..L...V....G...L..K.
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 128 G.A....E.KI...V....K..Q..L.....K...E.KSwp.K.R..R...V....G...L..L.
 129 G.A....S.AI...L....S..Q..L.....D...G.GTa..R.L..R...V....G...L..R.
 130 G.S....DkIL...A....Q..I..K.....D...K.SAt..K.A..R...V....G...L..F.
 131 G.A....E.RI...L....R..E..L.....K...D.GTs..R.R..R...V....G...L..K.
 132 G.A....A.KI...L....L..Q..I.....E...S.GTk..K.K..R...V....G...I..T.
 133 G.S....D.KI...N....S..Q..I.....K...N.GVt..R.R..R...V....G...F..K.
 134 G.A....A.RI...A....K..E..L.....A...G.ELs..R.V..R...V....N...L..K.
 135 G.R....D.AL...A....D..T..-.....D...S.PE...Q.Q..F...V....G...L..T.
 136 G.K....E.AL...L....K..Q..R.....A...E.GV...K.R..Lk..V....A...F..D.
 137 G.R....D.AL...A....D..T..-.....D...S.PE...Q.Q..F...V....G...L..T.
 138 G.K....R.SL...A....RsdT..A.....K...A.GR...K.Q..F...V....G...L..L.
 139 G.A....E.HI...V....K..Q..L.....K...E.KSwp.K.R..R...V....G...L..L.
 140 G.R....D.AL...L....A..E..K.....E...A.GP...R.Rl.L...R....G...L..R.
 141 G.A....K.VI...V....P..Q..L.....K...G.RVq..R.R..R...V....G...L..M.
 142 G.K....E.AM...L....K..-..-.....-...K.KVk..K.K..L...F....G...L..E.
 143 G.K....R.SL...T....RsdT..A.....K...E.GR...K.Q..F...V....G...L..L.
 144 S.S....E.KI...L....F..Q..K.....K...N.GVp..S.K..I...V....S...F..A.
 145 S.S....E.KI...L....F..Q..K.....K...N.GVp..S.K..I...V....S...F..A.
 146 S.S....E.KI...L....F..Q..K.....K...N.GVp..S.K..I...V....S...F..A.
 147 G.A....D.KV...L....P..L..I.....A...S.GAa..T.R..R...V....G...L..A.
 148 G.I....R.GM...K....RpdL..V.....K...E.GR...K.Q..L...V....G...L..L.
 149 G.A....G.RI...L....A..E..L.....T...D.GVs..R.R..R...V....G...L..R.
 150 G.R....E.AL...L....K..Q..R.....K...E.GIf..K.R..F...T....M...F..I.
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  20 .M....T.....E.....K....G..V..L..R..N....E.L.P..V..R..F.T...D.....
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  23 .V....I.....E.....R....G..I..P..R..T....H.Y.P..V..F..I.-...-.....
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  25 .L....E.....E.....R....G..V..L..R..A....H.Q.V..V..R..V.A...G.....
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 244 .L....P.....K.....A....S..P..L..P..L....E.G.H..L..V..L.-...-.....
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 143 E..S..P..T..P..M..V.....G...HVT.SSY.YSPIL.KR.S..I.A...L.A.....V..
 144 -..S..Q..G..N..E..I.....G...KTT.SGT.FSPSL.KK.G..I.G...L.A.....L..
 145 -..S..Q..G..N..E..I.....G...KTT.SGT.FSPSL.KK.G..I.G...L.A.....L..
 146 -..S..Q..G..N..E..I.....G...KTT.SGT.FSPSL.KK.G..I.G...L.A.....L..
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 155 -..-..G..D..E..T..V.....G...VTT.SGT.FSPTL.QV.G..I.G...L.A.....L..
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 423 ...V..R.I...DR.....VKD..A.-.-...M..D.....T.G...N....S..I.L.AG..D.
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 429 ...M..R.V...EEaf...KPS..A.E.L...A..V.....K.D...S....E..-.E.LK..K.
 430 ...M..R.I...DHikdamDHN..T.P.F...T..V.....K.D...V....P..V.T.IS..I.
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 441 ...V..H.T...AHawp..GSN..L.I.V...D..I.....G.G...G....Rp.V.P.AR..V.
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 500 ...-..-.-...--.....---..-.-.-...-..-.....-.-...-....-..-.-.--..-.


                    360         
                     |         
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   6 .VP..L...PF..YRRK--rn7gg--
   7 .VP..L...PF..YRRK--rn7gg--
   8 .VK..K...PF..YRG---sv6ev--
   9 .VA..T...PF..YKRGN-.....--
  10 .VK..F...PF..VRDGQAqpgvl--
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  12 .VP..T...PF..YKR---.....AK
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  15 .TK..P...VF..VRNGKA.....VA
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  17 .VP..T...PF..YKR---.....AK
  18 .VP..T...PF..YKR---.....AK
  19 .VK..P...SF..VRAGKPlv...--
  20 .TK..P...VF..VRNGKA.....VA
  21 .VK..F...PF..VRDGQAqpgvl--
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  25 .VQ..P...SF..VRHGKPli...--
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  76 .CK..L...PF..VRHGKAvehs.--
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  81 .VK..-...--..------k....NQ
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  86 .VA..L...PF..YRRQK-.....--
  87 .VA..L...PF..YKRQK-.....--
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  89 .SK..M...PF..VPTNYYt....LK
  90 .LK..L...PF..VRNGQKq....FD
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  97 .VK..L...PF..VRNGKVl....AA
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 152 .AG..Y...RF..QAKAKLypvas--
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 162 .--..-...--..------.....--
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 171 .HL..E...PM..FDP---taervRA
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 173 .VP..T...SF..LKE---ikg..--
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 175 .TK..M...PF..IQTKYWkga..--
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 184 .TG..M...VF..VDPENTrlki.--
 185 .TD..M...VF..LDKEGTrlng.--
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 188 .IQ..E...PL..VLTEPTrnr..LQ
 189 .TK..R...AF..YKKD--i....--
 190 .CS..S...VF..YDPKGErqn..VD
 191 .TG..M...VF..FDETGGrlng.--
 192 .SP..L...PF..IKQRYKrt...--
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 200 .IQ..E...PL..VLTEPArar..LQ
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