# TARGET T0243 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0243.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.140 0.095 0.088 0.110 0.087 0.093 0.119 0.090 0.083 0.058 0.038 2 K 0.151 0.221 0.123 0.212 0.132 0.073 0.051 0.018 0.010 0.005 0.003 3 I 0.028 0.018 0.019 0.035 0.040 0.060 0.136 0.157 0.203 0.173 0.131 4 R 0.058 0.064 0.078 0.199 0.210 0.164 0.128 0.050 0.030 0.013 0.005 5 K 0.059 0.077 0.225 0.264 0.150 0.093 0.071 0.029 0.018 0.008 0.005 6 Y 0.023 0.027 0.063 0.097 0.104 0.141 0.212 0.130 0.101 0.064 0.037 7 M 0.022 0.017 0.043 0.061 0.065 0.099 0.218 0.173 0.150 0.101 0.050 8 R 0.034 0.079 0.205 0.204 0.177 0.133 0.104 0.033 0.019 0.009 0.004 9 I 0.015 0.020 0.088 0.069 0.067 0.080 0.170 0.129 0.151 0.127 0.083 10 N 0.042 0.062 0.082 0.134 0.145 0.141 0.178 0.089 0.072 0.038 0.017 11 Y 0.013 0.019 0.036 0.047 0.044 0.068 0.207 0.171 0.180 0.141 0.074 12 Y 0.012 0.021 0.090 0.099 0.108 0.137 0.173 0.121 0.111 0.081 0.047 13 I 0.010 0.018 0.108 0.053 0.041 0.050 0.153 0.151 0.176 0.149 0.092 14 I 0.003 0.006 0.042 0.045 0.042 0.048 0.127 0.162 0.200 0.190 0.135 15 L 0.002 0.004 0.038 0.021 0.021 0.037 0.133 0.156 0.245 0.215 0.128 16 K 0.010 0.020 0.171 0.159 0.150 0.136 0.168 0.086 0.062 0.027 0.012 17 V 0.005 0.011 0.060 0.043 0.041 0.064 0.170 0.161 0.198 0.161 0.086 18 L 0.009 0.017 0.058 0.066 0.067 0.081 0.176 0.167 0.175 0.123 0.063 19 V 0.010 0.023 0.057 0.066 0.069 0.088 0.195 0.157 0.158 0.105 0.071 20 I 0.012 0.021 0.060 0.067 0.095 0.111 0.186 0.148 0.147 0.097 0.056 21 N 0.124 0.274 0.110 0.199 0.117 0.072 0.062 0.023 0.012 0.005 0.002 22 G 0.468 0.140 0.064 0.112 0.072 0.048 0.044 0.022 0.016 0.009 0.004 23 S 0.387 0.250 0.087 0.113 0.059 0.039 0.035 0.014 0.008 0.004 0.003 24 R 0.212 0.219 0.150 0.203 0.095 0.057 0.040 0.013 0.007 0.003 0.001 25 L 0.093 0.047 0.045 0.052 0.063 0.099 0.187 0.138 0.127 0.092 0.057 26 E 0.195 0.190 0.239 0.179 0.085 0.050 0.040 0.013 0.006 0.003 0.001 27 K 0.095 0.093 0.245 0.254 0.146 0.085 0.054 0.017 0.008 0.003 0.001 28 K 0.196 0.111 0.306 0.148 0.077 0.063 0.059 0.020 0.011 0.005 0.003 29 R 0.061 0.056 0.342 0.210 0.132 0.089 0.071 0.024 0.010 0.004 0.001 30 L 0.013 0.033 0.168 0.059 0.069 0.107 0.215 0.133 0.098 0.072 0.032 31 R 0.011 0.057 0.388 0.187 0.136 0.100 0.078 0.025 0.012 0.005 0.002 32 S 0.116 0.087 0.521 0.139 0.070 0.032 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 33 E 0.089 0.083 0.383 0.205 0.117 0.067 0.040 0.010 0.004 0.002 0.001 34 I 0.011 0.014 0.141 0.048 0.051 0.081 0.219 0.150 0.146 0.093 0.046 35 L 0.003 0.009 0.137 0.089 0.131 0.166 0.226 0.120 0.071 0.035 0.013 36 K 0.016 0.045 0.647 0.160 0.076 0.032 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 37 R 0.030 0.062 0.191 0.180 0.180 0.154 0.120 0.043 0.023 0.012 0.005 38 F 0.015 0.015 0.027 0.031 0.045 0.074 0.189 0.169 0.185 0.153 0.098 39 D 0.144 0.197 0.205 0.228 0.120 0.055 0.034 0.010 0.005 0.002 0.001 40 I 0.016 0.022 0.052 0.049 0.063 0.081 0.169 0.144 0.169 0.143 0.092 41 D 0.153 0.294 0.152 0.209 0.099 0.046 0.028 0.009 0.005 0.003 0.002 42 I 0.019 0.015 0.010 0.031 0.042 0.062 0.147 0.150 0.190 0.172 0.162 43 S 0.266 0.231 0.110 0.155 0.097 0.061 0.041 0.017 0.012 0.006 0.005 44 D 0.200 0.207 0.096 0.228 0.126 0.071 0.044 0.015 0.008 0.004 0.002 45 G 0.246 0.106 0.043 0.120 0.105 0.102 0.102 0.062 0.050 0.037 0.027 46 V 0.045 0.083 0.049 0.135 0.142 0.128 0.149 0.092 0.080 0.056 0.041 47 L 0.015 0.026 0.018 0.055 0.061 0.077 0.157 0.151 0.174 0.147 0.120 48 Y 0.016 0.033 0.026 0.093 0.123 0.152 0.189 0.129 0.114 0.074 0.051 49 P 0.169 0.126 0.098 0.167 0.129 0.094 0.092 0.051 0.037 0.023 0.015 50 L 0.042 0.038 0.030 0.086 0.101 0.112 0.168 0.128 0.124 0.100 0.072 51 I 0.022 0.025 0.029 0.051 0.052 0.069 0.139 0.140 0.176 0.158 0.137 52 D 0.081 0.097 0.133 0.216 0.159 0.116 0.103 0.045 0.028 0.015 0.007 53 S 0.132 0.138 0.196 0.162 0.106 0.088 0.091 0.039 0.024 0.014 0.009 54 L 0.047 0.039 0.056 0.073 0.080 0.100 0.183 0.131 0.124 0.099 0.068 55 I 0.034 0.041 0.056 0.065 0.078 0.110 0.199 0.129 0.118 0.100 0.070 56 D 0.104 0.194 0.291 0.204 0.100 0.050 0.033 0.012 0.007 0.003 0.002 57 D 0.173 0.108 0.145 0.197 0.148 0.104 0.077 0.026 0.014 0.006 0.002 58 K 0.320 0.165 0.177 0.147 0.082 0.049 0.035 0.012 0.007 0.004 0.002 59 I 0.020 0.026 0.069 0.074 0.087 0.126 0.231 0.130 0.115 0.078 0.045 60 L 0.009 0.019 0.062 0.055 0.085 0.127 0.231 0.154 0.124 0.084 0.049 61 R 0.056 0.148 0.382 0.191 0.106 0.055 0.037 0.013 0.007 0.003 0.002 62 E 0.120 0.118 0.245 0.187 0.143 0.083 0.063 0.021 0.011 0.006 0.003 63 E 0.247 0.125 0.121 0.134 0.104 0.082 0.091 0.039 0.028 0.018 0.012 64 E 0.251 0.190 0.139 0.162 0.091 0.067 0.054 0.019 0.013 0.007 0.006 65 A 0.044 0.063 0.064 0.085 0.093 0.118 0.180 0.123 0.105 0.076 0.050 66 P 0.417 0.187 0.121 0.092 0.056 0.044 0.040 0.017 0.012 0.008 0.006 67 D 0.502 0.229 0.075 0.105 0.047 0.021 0.014 0.004 0.002 0.001 0.001 68 G 0.168 0.095 0.038 0.126 0.115 0.119 0.128 0.081 0.062 0.043 0.026 69 K 0.054 0.132 0.091 0.260 0.198 0.140 0.076 0.025 0.014 0.007 0.004 70 V 0.004 0.008 0.011 0.035 0.052 0.093 0.196 0.189 0.194 0.139 0.081 71 L 0.006 0.013 0.020 0.066 0.091 0.128 0.216 0.188 0.143 0.086 0.043 72 F 0.008 0.020 0.027 0.067 0.088 0.104 0.209 0.175 0.153 0.097 0.051 73 L 0.005 0.010 0.015 0.036 0.047 0.061 0.129 0.150 0.204 0.193 0.152 74 T 0.019 0.054 0.047 0.145 0.164 0.146 0.186 0.106 0.075 0.040 0.018 75 E 0.240 0.141 0.122 0.186 0.110 0.073 0.071 0.029 0.017 0.007 0.003 76 K 0.371 0.198 0.118 0.136 0.078 0.044 0.034 0.011 0.005 0.003 0.001 77 G 0.227 0.248 0.093 0.123 0.072 0.067 0.071 0.038 0.029 0.020 0.012 78 M 0.035 0.058 0.068 0.134 0.150 0.171 0.204 0.093 0.054 0.025 0.010 79 K 0.477 0.183 0.239 0.067 0.021 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 80 E 0.039 0.095 0.206 0.281 0.156 0.116 0.073 0.022 0.009 0.003 0.001 81 F 0.010 0.009 0.038 0.025 0.040 0.096 0.259 0.181 0.168 0.116 0.058 82 E 0.099 0.051 0.523 0.175 0.072 0.042 0.028 0.006 0.002 0.001 0.001 83 E 0.008 0.029 0.568 0.223 0.106 0.044 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 84 L 0.002 0.007 0.088 0.024 0.028 0.077 0.241 0.181 0.167 0.123 0.062 85 H 0.005 0.010 0.213 0.135 0.144 0.157 0.222 0.067 0.033 0.010 0.003 86 E 0.026 0.033 0.867 0.054 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 87 F 0.004 0.013 0.207 0.100 0.125 0.193 0.238 0.071 0.033 0.014 0.004 88 F 0.005 0.006 0.099 0.018 0.019 0.031 0.168 0.178 0.221 0.169 0.086 89 K 0.007 0.027 0.383 0.244 0.175 0.094 0.047 0.015 0.005 0.002 0.001 90 K 0.018 0.060 0.611 0.154 0.093 0.042 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 91 I 0.015 0.020 0.057 0.046 0.060 0.097 0.224 0.160 0.155 0.109 0.056 92 V 0.041 0.085 0.114 0.115 0.123 0.116 0.187 0.094 0.069 0.038 0.017 93 C 0.076 0.107 0.148 0.137 0.119 0.083 0.101 0.079 0.070 0.050 0.030