# TARGET T0243 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0243.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.161 0.012 0.017 0.264 0.169 0.378 2 K 0.319 0.016 0.018 0.264 0.109 0.273 3 I 0.327 0.012 0.036 0.363 0.099 0.163 4 R 0.335 0.006 0.062 0.342 0.132 0.123 5 K 0.385 0.003 0.062 0.331 0.122 0.095 6 Y 0.382 0.005 0.034 0.378 0.088 0.114 7 M 0.329 0.010 0.016 0.412 0.065 0.167 8 R 0.381 0.012 0.012 0.247 0.099 0.249 9 I 0.281 0.008 0.018 0.396 0.123 0.174 10 N 0.252 0.004 0.024 0.299 0.175 0.246 11 Y 0.686 0.005 0.016 0.159 0.074 0.060 12 Y 0.807 0.003 0.006 0.110 0.026 0.047 13 I 0.924 0.002 0.004 0.038 0.016 0.017 14 I 0.939 0.001 0.002 0.031 0.012 0.015 15 L 0.907 0.001 0.002 0.046 0.018 0.026 16 K 0.869 0.001 0.002 0.069 0.027 0.032 17 V 0.893 0.001 0.002 0.073 0.015 0.017 18 L 0.890 0.001 0.001 0.080 0.011 0.018 19 V 0.886 0.003 0.001 0.059 0.023 0.027 20 I 0.749 0.008 0.003 0.064 0.101 0.074 21 N 0.195 0.008 0.006 0.061 0.402 0.329 22 G 0.031 0.006 0.032 0.111 0.570 0.249 23 S 0.047 0.011 0.072 0.215 0.426 0.228 24 R 0.042 0.014 0.126 0.404 0.276 0.139 25 L 0.036 0.010 0.078 0.535 0.209 0.132 26 E 0.037 0.007 0.062 0.658 0.121 0.115 27 K 0.034 0.004 0.064 0.736 0.083 0.080 28 K 0.027 0.003 0.047 0.775 0.076 0.072 29 R 0.029 0.004 0.038 0.763 0.073 0.093 30 L 0.021 0.005 0.019 0.820 0.045 0.089 31 R 0.012 0.002 0.012 0.911 0.021 0.043 32 S 0.008 0.001 0.014 0.932 0.021 0.024 33 E 0.010 0.001 0.018 0.930 0.024 0.018 34 I 0.013 0.002 0.020 0.918 0.027 0.022 35 L 0.017 0.002 0.028 0.878 0.042 0.034 36 K 0.025 0.001 0.025 0.829 0.053 0.066 37 R 0.051 0.003 0.021 0.711 0.070 0.144 38 F 0.092 0.008 0.013 0.328 0.141 0.418 39 D 0.152 0.006 0.007 0.052 0.155 0.628 40 I 0.328 0.015 0.006 0.024 0.102 0.525 41 D 0.387 0.027 0.005 0.016 0.171 0.394 42 I 0.174 0.035 0.051 0.031 0.612 0.096 43 S 0.074 0.007 0.045 0.014 0.801 0.058 44 D 0.029 0.002 0.066 0.031 0.839 0.034 45 G 0.099 0.011 0.036 0.044 0.724 0.086 46 V 0.354 0.071 0.022 0.102 0.195 0.255 47 L 0.423 0.052 0.030 0.232 0.089 0.174 48 Y 0.270 0.012 0.052 0.365 0.109 0.193 49 P 0.146 0.006 0.127 0.391 0.164 0.167 50 L 0.038 0.005 0.196 0.615 0.089 0.057 51 I 0.023 0.004 0.073 0.819 0.048 0.033 52 D 0.016 0.002 0.074 0.815 0.059 0.033 53 S 0.009 0.001 0.040 0.865 0.054 0.032 54 L 0.010 0.003 0.040 0.832 0.079 0.035 55 I 0.009 0.004 0.032 0.820 0.097 0.037 56 D 0.010 0.002 0.035 0.719 0.144 0.090 57 D 0.010 0.002 0.049 0.603 0.156 0.180 58 K 0.045 0.005 0.062 0.364 0.218 0.307 59 I 0.126 0.018 0.048 0.335 0.170 0.303 60 L 0.194 0.020 0.040 0.325 0.143 0.279 61 R 0.234 0.013 0.054 0.274 0.165 0.260 62 E 0.207 0.008 0.124 0.281 0.201 0.178 63 E 0.281 0.013 0.118 0.194 0.214 0.179 64 E 0.242 0.038 0.062 0.140 0.258 0.260 65 A 0.074 0.025 0.013 0.014 0.783 0.091 66 P 0.017 0.004 0.015 0.005 0.886 0.073 67 D 0.014 0.002 0.014 0.003 0.908 0.060 68 G 0.139 0.013 0.007 0.002 0.762 0.077 69 K 0.602 0.009 0.002 0.003 0.102 0.282 70 V 0.953 0.005 0.001 0.002 0.011 0.029 71 L 0.978 0.001 0.001 0.003 0.006 0.012 72 F 0.973 0.001 0.001 0.005 0.005 0.016 73 L 0.912 0.003 0.001 0.008 0.016 0.060 74 T 0.626 0.006 0.005 0.019 0.099 0.244 75 E 0.230 0.005 0.055 0.099 0.373 0.237 76 K 0.057 0.007 0.085 0.180 0.472 0.198 77 G 0.056 0.012 0.075 0.241 0.382 0.235 78 M 0.064 0.009 0.046 0.586 0.131 0.164 79 K 0.051 0.006 0.041 0.777 0.051 0.074 80 E 0.034 0.003 0.032 0.854 0.034 0.043 81 F 0.025 0.002 0.025 0.878 0.029 0.041 82 E 0.020 0.001 0.022 0.903 0.027 0.026 83 E 0.024 0.002 0.022 0.899 0.027 0.025 84 L 0.017 0.002 0.012 0.915 0.023 0.032 85 H 0.020 0.002 0.011 0.899 0.025 0.043 86 E 0.011 0.001 0.013 0.927 0.026 0.022 87 F 0.025 0.002 0.016 0.873 0.044 0.039 88 F 0.039 0.003 0.018 0.793 0.072 0.075 89 K 0.078 0.002 0.034 0.679 0.095 0.112 90 K 0.183 0.004 0.026 0.612 0.064 0.111 91 I 0.268 0.009 0.013 0.433 0.064 0.214 92 V 0.230 0.024 0.006 0.168 0.066 0.506 93 C 0.078 0.008 0.002 0.030 0.080 0.801