# TARGET T0243 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0243.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.115 0.006 0.006 0.188 0.047 0.023 0.615 2 K 0.337 0.026 0.009 0.230 0.027 0.026 0.345 3 I 0.431 0.020 0.015 0.313 0.035 0.022 0.163 4 R 0.401 0.004 0.038 0.245 0.073 0.039 0.199 5 K 0.376 0.006 0.048 0.368 0.064 0.051 0.088 6 Y 0.272 0.007 0.047 0.451 0.051 0.069 0.103 7 M 0.341 0.007 0.019 0.421 0.045 0.055 0.111 8 R 0.391 0.009 0.008 0.386 0.029 0.053 0.123 9 I 0.387 0.007 0.006 0.398 0.031 0.037 0.134 10 N 0.327 0.004 0.006 0.375 0.081 0.081 0.125 11 Y 0.543 0.003 0.010 0.286 0.033 0.055 0.071 12 Y 0.679 0.003 0.004 0.245 0.019 0.009 0.040 13 I 0.842 0.001 0.004 0.117 0.013 0.007 0.016 14 I 0.891 0.002 0.003 0.059 0.009 0.010 0.026 15 L 0.894 0.001 0.003 0.037 0.019 0.011 0.034 16 K 0.901 0.001 0.003 0.037 0.019 0.007 0.032 17 V 0.860 0.002 0.004 0.079 0.010 0.014 0.031 18 L 0.795 0.004 0.003 0.147 0.005 0.024 0.021 19 V 0.720 0.006 0.004 0.189 0.005 0.037 0.040 20 I 0.639 0.015 0.004 0.121 0.017 0.121 0.082 21 N 0.146 0.003 0.005 0.065 0.070 0.611 0.099 22 G 0.041 0.002 0.013 0.054 0.175 0.606 0.109 23 S 0.068 0.011 0.023 0.152 0.240 0.220 0.287 24 R 0.135 0.027 0.043 0.335 0.123 0.140 0.196 25 L 0.127 0.012 0.040 0.521 0.057 0.051 0.192 26 E 0.108 0.008 0.048 0.446 0.038 0.060 0.291 27 K 0.058 0.004 0.051 0.635 0.049 0.057 0.145 28 K 0.027 0.003 0.032 0.729 0.044 0.066 0.098 29 R 0.017 0.004 0.030 0.724 0.025 0.099 0.102 30 L 0.017 0.004 0.016 0.735 0.020 0.045 0.163 31 R 0.014 0.002 0.014 0.829 0.014 0.021 0.106 32 S 0.007 0.001 0.014 0.943 0.009 0.010 0.016 33 E 0.008 0.001 0.020 0.929 0.008 0.022 0.011 34 I 0.012 0.003 0.019 0.914 0.007 0.035 0.010 35 L 0.021 0.004 0.024 0.884 0.016 0.034 0.017 36 K 0.024 0.002 0.027 0.835 0.014 0.080 0.018 37 R 0.024 0.003 0.036 0.688 0.038 0.156 0.057 38 F 0.074 0.011 0.025 0.360 0.106 0.185 0.239 39 D 0.144 0.018 0.018 0.071 0.080 0.117 0.551 40 I 0.308 0.026 0.012 0.025 0.082 0.029 0.518 41 D 0.345 0.040 0.012 0.015 0.043 0.027 0.519 42 I 0.158 0.021 0.111 0.072 0.092 0.164 0.382 43 S 0.100 0.013 0.105 0.084 0.095 0.348 0.255 44 D 0.036 0.004 0.075 0.042 0.191 0.565 0.088 45 G 0.084 0.005 0.028 0.028 0.237 0.482 0.136 46 V 0.393 0.062 0.013 0.035 0.099 0.032 0.367 47 L 0.590 0.068 0.009 0.047 0.047 0.011 0.227 48 Y 0.327 0.015 0.034 0.231 0.076 0.016 0.302 49 P 0.176 0.013 0.076 0.414 0.079 0.052 0.190 50 L 0.103 0.014 0.125 0.489 0.043 0.065 0.163 51 I 0.032 0.008 0.146 0.665 0.018 0.039 0.092 52 D 0.022 0.003 0.155 0.687 0.026 0.049 0.059 53 S 0.016 0.002 0.128 0.722 0.022 0.077 0.033 54 L 0.029 0.007 0.082 0.665 0.042 0.102 0.073 55 I 0.038 0.014 0.039 0.627 0.060 0.103 0.119 56 D 0.028 0.004 0.031 0.560 0.076 0.159 0.143 57 D 0.024 0.003 0.045 0.503 0.105 0.212 0.109 58 K 0.048 0.005 0.047 0.572 0.064 0.165 0.099 59 I 0.172 0.033 0.053 0.396 0.076 0.104 0.167 60 L 0.274 0.037 0.038 0.291 0.069 0.059 0.231 61 R 0.252 0.023 0.054 0.205 0.071 0.053 0.342 62 E 0.140 0.015 0.147 0.260 0.098 0.078 0.262 63 E 0.156 0.009 0.096 0.171 0.122 0.179 0.268 64 E 0.196 0.106 0.055 0.094 0.166 0.130 0.252 65 A 0.042 0.013 0.003 0.002 0.126 0.009 0.805 66 P 0.028 0.007 0.031 0.010 0.095 0.519 0.310 67 D 0.006 0.004 0.016 0.004 0.113 0.829 0.028 68 G 0.056 0.002 0.019 0.004 0.436 0.306 0.176 69 K 0.322 0.011 0.004 0.006 0.097 0.011 0.549 70 V 0.930 0.020 0.001 0.004 0.006 0.002 0.037 71 L 0.951 0.004 0.002 0.011 0.003 0.002 0.027 72 F 0.949 0.003 0.002 0.014 0.006 0.003 0.023 73 L 0.857 0.006 0.005 0.015 0.018 0.005 0.094 74 T 0.608 0.005 0.018 0.037 0.061 0.022 0.249 75 E 0.215 0.010 0.086 0.187 0.195 0.120 0.187 76 K 0.049 0.011 0.096 0.145 0.121 0.474 0.104 77 G 0.023 0.004 0.048 0.068 0.134 0.533 0.189 78 M 0.049 0.019 0.047 0.235 0.081 0.059 0.511 79 K 0.066 0.021 0.073 0.533 0.069 0.068 0.170 80 E 0.050 0.017 0.051 0.614 0.059 0.053 0.156 81 F 0.009 0.002 0.029 0.888 0.010 0.018 0.045 82 E 0.002 0.001 0.016 0.966 0.003 0.008 0.005 83 E 0.001 0.001 0.015 0.971 0.001 0.008 0.003 84 L 0.001 0.001 0.013 0.969 0.001 0.010 0.005 85 H 0.001 0.001 0.006 0.983 0.001 0.007 0.002 86 E 0.001 0.001 0.006 0.973 0.001 0.016 0.002 87 F 0.001 0.001 0.007 0.955 0.003 0.026 0.007 88 F 0.003 0.001 0.009 0.945 0.006 0.025 0.011 89 K 0.006 0.001 0.014 0.925 0.009 0.034 0.011 90 K 0.010 0.001 0.015 0.884 0.015 0.058 0.018 91 I 0.019 0.005 0.011 0.755 0.027 0.114 0.068 92 V 0.041 0.023 0.006 0.382 0.033 0.093 0.422 93 C 0.021 0.003 0.006 0.042 0.022 0.030 0.876