# TARGET T0241 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0241.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.6698 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 P 0.010 0.002 0.003 0.010 0.011 0.015 0.948 2 K 0.060 0.014 0.025 0.068 0.058 0.073 0.702 3 N 0.099 0.004 0.027 0.125 0.293 0.099 0.353 4 V 0.568 0.007 0.010 0.197 0.051 0.025 0.142 5 L 0.528 0.008 0.001 0.421 0.007 0.003 0.034 6 F 0.465 0.004 0.002 0.500 0.006 0.005 0.017 7 Q 0.250 0.002 0.003 0.672 0.011 0.012 0.051 8 Y 0.088 0.001 0.005 0.799 0.042 0.015 0.050 9 S 0.074 0.005 0.012 0.799 0.040 0.027 0.044 10 T 0.022 0.002 0.012 0.903 0.010 0.028 0.024 11 I 0.003 0.001 0.009 0.974 0.002 0.008 0.003 12 N 0.001 0.001 0.008 0.982 0.001 0.006 0.002 13 A 0.001 0.001 0.016 0.969 0.001 0.012 0.002 14 L 0.004 0.001 0.012 0.933 0.003 0.043 0.004 15 M 0.011 0.004 0.014 0.890 0.007 0.061 0.013 16 L 0.010 0.001 0.017 0.682 0.022 0.253 0.015 17 G 0.017 0.002 0.020 0.268 0.055 0.553 0.086 18 Q 0.084 0.014 0.026 0.274 0.119 0.186 0.297 19 F 0.233 0.044 0.019 0.208 0.099 0.141 0.256 20 E 0.127 0.012 0.017 0.118 0.216 0.293 0.217 21 G 0.139 0.005 0.014 0.093 0.274 0.295 0.180 22 D 0.350 0.025 0.007 0.056 0.142 0.090 0.331 23 L 0.478 0.047 0.001 0.017 0.154 0.005 0.299 24 T 0.431 0.036 0.001 0.029 0.040 0.003 0.460 25 L 0.009 0.001 0.013 0.963 0.001 0.006 0.008 26 K 0.004 0.001 0.016 0.969 0.003 0.005 0.004 27 D 0.003 0.001 0.036 0.951 0.001 0.003 0.005 28 L 0.010 0.002 0.038 0.934 0.002 0.009 0.004 29 K 0.010 0.002 0.050 0.855 0.006 0.065 0.011 30 L 0.013 0.002 0.043 0.742 0.014 0.176 0.011 31 R 0.016 0.004 0.036 0.289 0.060 0.538 0.056 32 G 0.024 0.010 0.030 0.048 0.293 0.301 0.295 33 D 0.035 0.024 0.039 0.021 0.263 0.128 0.489 34 M 0.121 0.066 0.069 0.018 0.209 0.209 0.308 35 G 0.199 0.042 0.082 0.016 0.195 0.219 0.247 36 L 0.242 0.056 0.062 0.017 0.166 0.088 0.370 37 G 0.240 0.054 0.037 0.010 0.205 0.069 0.385 38 T 0.206 0.093 0.031 0.010 0.113 0.048 0.499 39 I 0.120 0.020 0.185 0.071 0.157 0.177 0.269 40 N 0.081 0.023 0.226 0.057 0.187 0.230 0.195 41 D 0.073 0.030 0.182 0.063 0.175 0.158 0.320 42 L 0.119 0.027 0.049 0.039 0.180 0.084 0.502 43 D 0.041 0.010 0.026 0.013 0.185 0.655 0.071 44 G 0.158 0.004 0.018 0.003 0.187 0.533 0.098 45 E 0.555 0.011 0.005 0.003 0.066 0.009 0.351 46 M 0.935 0.007 0.002 0.002 0.015 0.001 0.038 47 I 0.962 0.002 0.002 0.002 0.004 0.001 0.026 48 Q 0.976 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.009 49 M 0.933 0.010 0.001 0.006 0.002 0.009 0.039 50 G 0.331 0.002 0.005 0.002 0.112 0.412 0.136 51 T 0.279 0.001 0.006 0.001 0.173 0.475 0.065 52 K 0.849 0.017 0.006 0.003 0.031 0.035 0.059 53 F 0.901 0.011 0.005 0.002 0.017 0.006 0.058 54 Y 0.898 0.002 0.003 0.002 0.021 0.005 0.068 55 Q 0.941 0.007 0.001 0.001 0.011 0.002 0.037 56 I 0.816 0.036 0.001 0.002 0.015 0.006 0.124 57 D 0.438 0.009 0.007 0.002 0.035 0.047 0.461 58 S 0.050 0.003 0.015 0.002 0.065 0.839 0.024 59 T 0.021 0.001 0.013 0.001 0.101 0.830 0.034 60 G 0.190 0.008 0.007 0.001 0.318 0.081 0.396 61 K 0.548 0.075 0.002 0.001 0.013 0.009 0.352 62 L 0.878 0.035 0.001 0.001 0.005 0.001 0.080 63 S 0.872 0.004 0.002 0.001 0.008 0.002 0.113 64 E 0.884 0.013 0.003 0.001 0.017 0.003 0.079 65 L 0.396 0.018 0.003 0.001 0.123 0.005 0.453 66 P 0.065 0.005 0.012 0.002 0.057 0.012 0.847 67 E 0.007 0.003 0.277 0.039 0.098 0.517 0.059 68 S 0.009 0.004 0.265 0.031 0.046 0.585 0.060 69 V 0.125 0.022 0.098 0.027 0.103 0.116 0.509 70 K 0.251 0.098 0.013 0.008 0.105 0.037 0.489 71 T 0.264 0.014 0.003 0.001 0.295 0.004 0.420 72 P 0.217 0.003 0.008 0.001 0.265 0.085 0.420 73 F 0.702 0.016 0.009 0.002 0.093 0.072 0.106 74 A 0.875 0.006 0.004 0.002 0.013 0.003 0.098 75 V 0.954 0.003 0.002 0.002 0.006 0.002 0.032 76 T 0.948 0.005 0.002 0.002 0.003 0.004 0.037 77 T 0.858 0.007 0.002 0.002 0.028 0.010 0.093 78 H 0.602 0.005 0.004 0.002 0.087 0.025 0.274 79 F 0.315 0.019 0.008 0.005 0.193 0.041 0.418 80 E 0.286 0.016 0.005 0.006 0.174 0.020 0.493 81 P 0.130 0.010 0.069 0.043 0.118 0.132 0.499 82 K 0.152 0.012 0.133 0.073 0.166 0.164 0.301 83 E 0.272 0.013 0.103 0.077 0.112 0.137 0.285 84 K 0.522 0.015 0.023 0.056 0.067 0.060 0.257 85 T 0.600 0.017 0.007 0.044 0.046 0.020 0.266 86 T 0.678 0.011 0.006 0.058 0.025 0.027 0.194 87 L 0.531 0.018 0.014 0.082 0.053 0.038 0.264 88 T 0.328 0.015 0.027 0.056 0.187 0.083 0.302 89 N 0.244 0.011 0.049 0.055 0.254 0.091 0.297 90 V 0.168 0.021 0.076 0.140 0.116 0.102 0.376 91 Q 0.147 0.041 0.043 0.113 0.239 0.088 0.330 92 D 0.060 0.025 0.021 0.099 0.171 0.040 0.584 93 Y 0.001 0.001 0.023 0.945 0.002 0.013 0.016 94 N 0.001 0.001 0.011 0.980 0.001 0.005 0.002 95 Q 0.001 0.001 0.013 0.981 0.001 0.003 0.002 96 L 0.001 0.001 0.005 0.991 0.001 0.003 0.001 97 T 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 98 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 99 M 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 100 L 0.001 0.001 0.003 0.986 0.001 0.008 0.002 101 E 0.001 0.001 0.006 0.972 0.001 0.020 0.001 102 E 0.001 0.001 0.008 0.892 0.002 0.095 0.002 103 K 0.001 0.001 0.006 0.822 0.009 0.145 0.018 104 F 0.002 0.005 0.020 0.511 0.076 0.118 0.268 105 E 0.005 0.004 0.060 0.345 0.084 0.320 0.183 106 N 0.011 0.004 0.083 0.230 0.189 0.386 0.098 107 K 0.025 0.008 0.066 0.179 0.208 0.283 0.231 108 N 0.108 0.013 0.027 0.046 0.210 0.147 0.448 109 V 0.403 0.032 0.013 0.012 0.107 0.052 0.381 110 F 0.773 0.008 0.006 0.002 0.021 0.008 0.182 111 Y 0.888 0.002 0.004 0.003 0.034 0.002 0.068 112 A 0.958 0.001 0.003 0.003 0.007 0.002 0.027 113 V 0.966 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.024 114 K 0.976 0.003 0.001 0.005 0.002 0.002 0.012 115 L 0.928 0.005 0.001 0.007 0.002 0.014 0.043 116 T 0.578 0.001 0.001 0.004 0.066 0.208 0.142 117 G 0.649 0.003 0.001 0.004 0.143 0.092 0.108 118 T 0.793 0.014 0.002 0.002 0.062 0.027 0.100 119 F 0.803 0.005 0.007 0.003 0.039 0.015 0.128 120 K 0.707 0.001 0.010 0.005 0.143 0.034 0.099 121 M 0.932 0.002 0.004 0.003 0.019 0.007 0.032 122 V 0.956 0.001 0.001 0.004 0.004 0.002 0.032 123 K 0.972 0.002 0.001 0.004 0.004 0.002 0.015 124 A 0.949 0.001 0.001 0.005 0.004 0.005 0.034 125 R 0.908 0.002 0.001 0.004 0.014 0.009 0.062 126 T 0.864 0.014 0.002 0.010 0.025 0.011 0.074 127 V 0.433 0.011 0.009 0.014 0.168 0.019 0.345 128 P 0.132 0.005 0.083 0.042 0.148 0.410 0.179 129 K 0.100 0.015 0.127 0.025 0.147 0.419 0.168 130 Q 0.175 0.045 0.057 0.020 0.141 0.072 0.490 131 T 0.222 0.019 0.016 0.013 0.181 0.038 0.512 132 R 0.160 0.046 0.007 0.006 0.288 0.015 0.479 133 P 0.084 0.041 0.008 0.009 0.112 0.019 0.726 134 Y 0.033 0.022 0.026 0.032 0.114 0.017 0.757 135 P 0.008 0.005 0.280 0.430 0.079 0.129 0.070 136 Q 0.008 0.008 0.134 0.676 0.032 0.074 0.067 137 L 0.001 0.001 0.049 0.916 0.002 0.018 0.013 138 T 0.001 0.001 0.015 0.957 0.004 0.015 0.007 139 E 0.001 0.001 0.018 0.965 0.002 0.009 0.005 140 V 0.004 0.001 0.022 0.951 0.003 0.012 0.006 141 T 0.005 0.002 0.031 0.903 0.008 0.037 0.013 142 K 0.005 0.002 0.044 0.649 0.015 0.277 0.009 143 K 0.006 0.001 0.031 0.301 0.043 0.589 0.029 144 Q 0.026 0.011 0.004 0.024 0.252 0.018 0.665 145 S 0.045 0.007 0.021 0.020 0.075 0.064 0.767 146 E 0.317 0.046 0.091 0.057 0.182 0.081 0.225 147 F 0.557 0.020 0.091 0.025 0.090 0.049 0.168 148 E 0.667 0.022 0.050 0.024 0.039 0.041 0.158 149 F 0.566 0.015 0.061 0.026 0.064 0.067 0.201 150 K 0.375 0.008 0.054 0.013 0.123 0.269 0.158 151 N 0.291 0.006 0.028 0.004 0.179 0.278 0.214 152 V 0.524 0.020 0.006 0.002 0.093 0.023 0.331 153 K 0.576 0.007 0.004 0.002 0.120 0.052 0.240 154 G 0.874 0.002 0.002 0.001 0.031 0.024 0.065 155 T 0.951 0.003 0.001 0.001 0.008 0.002 0.036 156 L 0.988 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 157 I 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 158 G 0.942 0.002 0.002 0.002 0.013 0.005 0.034 159 F 0.757 0.004 0.008 0.003 0.065 0.014 0.148 160 Y 0.544 0.046 0.007 0.006 0.102 0.023 0.271 161 T 0.136 0.016 0.006 0.007 0.148 0.009 0.679 162 P 0.011 0.003 0.347 0.309 0.049 0.199 0.083 163 N 0.006 0.002 0.397 0.303 0.035 0.224 0.034 164 Y 0.010 0.007 0.445 0.328 0.029 0.123 0.059 165 A 0.027 0.014 0.245 0.409 0.050 0.163 0.093 166 A 0.029 0.007 0.175 0.336 0.050 0.338 0.064 167 A 0.043 0.008 0.137 0.209 0.087 0.400 0.116 168 L 0.106 0.047 0.046 0.095 0.182 0.164 0.361 169 N 0.106 0.038 0.032 0.033 0.197 0.148 0.445 170 V 0.109 0.023 0.048 0.035 0.285 0.093 0.408 171 P 0.088 0.018 0.075 0.050 0.184 0.315 0.269 172 G 0.121 0.019 0.108 0.045 0.186 0.330 0.191 173 F 0.301 0.037 0.077 0.053 0.143 0.073 0.315 174 H 0.474 0.030 0.068 0.063 0.095 0.044 0.226 175 L 0.568 0.022 0.085 0.055 0.044 0.050 0.176 176 H 0.540 0.027 0.058 0.056 0.054 0.079 0.187 177 F 0.589 0.023 0.039 0.033 0.055 0.057 0.204 178 I 0.401 0.057 0.019 0.026 0.115 0.038 0.344 179 T 0.206 0.024 0.019 0.019 0.089 0.041 0.603 180 E 0.053 0.016 0.136 0.110 0.137 0.432 0.115 181 D 0.032 0.007 0.155 0.084 0.093 0.519 0.110 182 K 0.053 0.015 0.181 0.068 0.190 0.281 0.211 183 T 0.114 0.049 0.044 0.057 0.190 0.248 0.298 184 S 0.166 0.031 0.025 0.034 0.286 0.256 0.202 185 G 0.239 0.019 0.015 0.035 0.233 0.181 0.277 186 G 0.392 0.020 0.013 0.027 0.187 0.085 0.277 187 H 0.717 0.025 0.008 0.008 0.092 0.020 0.130 188 V 0.844 0.011 0.013 0.007 0.032 0.027 0.064 189 L 0.898 0.003 0.008 0.003 0.020 0.012 0.055 190 N 0.887 0.003 0.009 0.007 0.038 0.007 0.050 191 L 0.942 0.002 0.005 0.002 0.013 0.005 0.031 192 Q 0.969 0.007 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 193 F 0.943 0.008 0.002 0.001 0.003 0.011 0.032 194 D 0.471 0.002 0.004 0.001 0.071 0.344 0.108 195 N 0.371 0.001 0.004 0.001 0.097 0.455 0.072 196 A 0.912 0.003 0.001 0.001 0.015 0.021 0.047 197 N 0.989 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 198 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 199 E 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 200 I 0.943 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.048 201 S 0.558 0.002 0.001 0.001 0.037 0.003 0.398 202 P 0.388 0.008 0.114 0.025 0.128 0.141 0.197 203 I 0.219 0.009 0.147 0.010 0.141 0.181 0.292 204 H 0.205 0.004 0.097 0.005 0.319 0.116 0.254 205 E 0.839 0.005 0.016 0.004 0.032 0.038 0.066 206 F 0.950 0.004 0.003 0.003 0.003 0.002 0.036 207 D 0.981 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.010 208 V 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 209 Q 0.887 0.007 0.001 0.001 0.013 0.003 0.088 210 L 0.529 0.011 0.001 0.001 0.071 0.004 0.383 211 P 0.187 0.013 0.005 0.002 0.119 0.057 0.617 212 H 0.070 0.021 0.014 0.006 0.304 0.140 0.446 213 T 0.025 0.009 0.047 0.023 0.355 0.138 0.405 214 D 0.009 0.006 0.183 0.075 0.173 0.288 0.267 215 D 0.011 0.011 0.226 0.146 0.099 0.320 0.188 216 F 0.019 0.025 0.309 0.168 0.065 0.216 0.197 217 A 0.026 0.019 0.180 0.160 0.087 0.301 0.226 218 H 0.022 0.009 0.169 0.128 0.108 0.267 0.298 219 S 0.024 0.016 0.088 0.113 0.195 0.174 0.389 220 D 0.023 0.018 0.078 0.080 0.069 0.175 0.558 221 L 0.015 0.013 0.114 0.215 0.070 0.057 0.517 222 T 0.015 0.006 0.129 0.318 0.045 0.066 0.421 223 Q 0.008 0.004 0.153 0.565 0.061 0.080 0.129 224 V 0.010 0.009 0.080 0.599 0.040 0.075 0.188 225 T 0.012 0.008 0.042 0.608 0.049 0.063 0.219 226 T 0.003 0.001 0.024 0.894 0.012 0.033 0.033 227 S 0.002 0.001 0.019 0.930 0.007 0.031 0.012 228 Q 0.003 0.002 0.020 0.929 0.004 0.024 0.019 229 V 0.004 0.002 0.012 0.945 0.004 0.014 0.019 230 H 0.008 0.001 0.012 0.934 0.006 0.014 0.024 231 Q 0.009 0.001 0.022 0.905 0.008 0.028 0.027 232 A 0.010 0.003 0.019 0.868 0.013 0.054 0.035 233 E 0.018 0.005 0.026 0.758 0.031 0.094 0.068 234 S 0.019 0.004 0.055 0.533 0.060 0.173 0.157 235 E 0.010 0.003 0.054 0.335 0.146 0.298 0.154 236 R 0.012 0.008 0.033 0.147 0.144 0.229 0.426 237 K 0.006 0.004 0.013 0.032 0.055 0.034 0.855