# TARGET T0240 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0240.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 138 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.017 0.007 0.013 0.026 0.325 0.611 2 S 0.036 0.028 0.024 0.038 0.374 0.501 3 G 0.045 0.012 0.029 0.042 0.384 0.488 4 P 0.090 0.025 0.046 0.066 0.327 0.446 5 R 0.118 0.035 0.036 0.071 0.252 0.488 6 A 0.140 0.026 0.039 0.087 0.233 0.475 7 L 0.106 0.021 0.048 0.089 0.281 0.454 8 S 0.098 0.020 0.043 0.067 0.295 0.476 9 R 0.059 0.018 0.038 0.052 0.251 0.582 10 N 0.020 0.020 0.029 0.035 0.246 0.649 11 Q 0.008 0.013 0.029 0.025 0.260 0.665 12 P 0.008 0.009 0.034 0.035 0.349 0.566 13 Q 0.006 0.007 0.016 0.035 0.289 0.648 14 Y 0.007 0.017 0.002 0.020 0.179 0.775 15 P 0.004 0.005 0.002 0.107 0.138 0.744 16 A 0.001 0.001 0.002 0.974 0.010 0.013 17 R 0.001 0.001 0.004 0.982 0.011 0.002 18 A 0.001 0.001 0.008 0.976 0.014 0.001 19 Q 0.001 0.001 0.008 0.981 0.008 0.002 20 A 0.002 0.001 0.016 0.954 0.022 0.006 21 L 0.002 0.001 0.025 0.840 0.072 0.061 22 R 0.006 0.001 0.003 0.041 0.189 0.760 23 I 0.039 0.020 0.003 0.006 0.166 0.767 24 E 0.258 0.015 0.003 0.001 0.162 0.559 25 G 0.533 0.014 0.005 0.001 0.152 0.296 26 Q 0.787 0.005 0.001 0.001 0.057 0.149 27 V 0.956 0.001 0.001 0.001 0.006 0.036 28 K 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 29 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 30 K 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 31 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 32 D 0.957 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 33 V 0.868 0.038 0.001 0.001 0.018 0.076 34 T 0.213 0.020 0.001 0.001 0.735 0.030 35 P 0.011 0.001 0.003 0.001 0.965 0.019 36 D 0.012 0.002 0.001 0.001 0.962 0.023 37 G 0.069 0.018 0.001 0.001 0.870 0.041 38 R 0.369 0.028 0.001 0.001 0.051 0.551 39 V 0.801 0.073 0.001 0.001 0.034 0.091 40 D 0.822 0.001 0.001 0.001 0.078 0.097 41 N 0.907 0.003 0.001 0.001 0.047 0.041 42 V 0.933 0.005 0.001 0.001 0.024 0.036 43 Q 0.965 0.001 0.001 0.002 0.008 0.023 44 I 0.966 0.003 0.001 0.002 0.009 0.020 45 L 0.895 0.005 0.002 0.005 0.027 0.066 46 S 0.623 0.015 0.011 0.020 0.136 0.196 47 A 0.139 0.013 0.033 0.032 0.360 0.423 48 K 0.041 0.019 0.015 0.039 0.404 0.481 49 P 0.008 0.009 0.023 0.041 0.360 0.560 50 A 0.007 0.009 0.096 0.192 0.356 0.339 51 N 0.004 0.003 0.212 0.488 0.229 0.065 52 M 0.004 0.004 0.222 0.553 0.174 0.043 53 F 0.006 0.007 0.117 0.587 0.209 0.074 54 E 0.005 0.004 0.021 0.748 0.094 0.127 55 R 0.001 0.001 0.002 0.988 0.006 0.003 56 E 0.001 0.001 0.001 0.992 0.005 0.002 57 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.002 58 K 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 59 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 60 A 0.001 0.001 0.002 0.994 0.002 0.001 61 M 0.001 0.001 0.006 0.986 0.005 0.003 62 R 0.001 0.001 0.011 0.972 0.010 0.007 63 R 0.003 0.001 0.012 0.815 0.060 0.110 64 W 0.018 0.002 0.009 0.254 0.146 0.572 65 R 0.073 0.004 0.002 0.018 0.106 0.797 66 Y 0.461 0.026 0.002 0.008 0.087 0.415 67 E 0.480 0.024 0.003 0.009 0.122 0.362 68 P 0.483 0.014 0.008 0.010 0.142 0.343 69 G 0.343 0.017 0.021 0.008 0.263 0.348 70 K 0.145 0.028 0.026 0.008 0.556 0.238 71 P 0.055 0.015 0.043 0.015 0.703 0.168 72 G 0.020 0.005 0.052 0.012 0.794 0.116 73 S 0.047 0.015 0.031 0.007 0.701 0.199 74 G 0.244 0.044 0.019 0.004 0.327 0.362 75 I 0.519 0.045 0.010 0.002 0.147 0.276 76 V 0.575 0.027 0.006 0.001 0.172 0.218 77 V 0.601 0.017 0.007 0.001 0.162 0.211 78 N 0.635 0.006 0.005 0.001 0.146 0.207 79 I 0.759 0.005 0.003 0.001 0.097 0.134 80 L 0.800 0.005 0.001 0.001 0.066 0.126 81 F 0.835 0.006 0.001 0.001 0.055 0.102 82 K 0.876 0.009 0.001 0.001 0.047 0.065 83 I 0.863 0.009 0.003 0.001 0.051 0.073 84 N 0.752 0.004 0.005 0.003 0.103 0.133 85 G 0.807 0.008 0.007 0.007 0.067 0.105 86 T 0.811 0.023 0.006 0.008 0.061 0.092 87 T 0.648 0.024 0.013 0.019 0.147 0.149 88 E 0.381 0.017 0.030 0.035 0.314 0.223 89 I 0.139 0.025 0.042 0.050 0.443 0.301 90 Q 0.062 0.019 0.053 0.067 0.619 0.180 91 A 0.027 0.013 0.055 0.129 0.569 0.208 92 S 0.025 0.018 0.065 0.185 0.502 0.205 93 G 0.022 0.018 0.028 0.185 0.490 0.257 94 P 0.017 0.011 0.054 0.367 0.283 0.268 95 R 0.024 0.015 0.109 0.532 0.201 0.119 96 A 0.014 0.004 0.131 0.612 0.166 0.072 97 L 0.014 0.011 0.149 0.561 0.178 0.088 98 S 0.014 0.008 0.084 0.473 0.286 0.135 99 R 0.012 0.011 0.051 0.405 0.320 0.201 100 N 0.008 0.017 0.021 0.324 0.309 0.322 101 Q 0.006 0.024 0.013 0.086 0.710 0.161 102 P 0.008 0.007 0.020 0.171 0.688 0.106 103 Q 0.009 0.007 0.026 0.146 0.694 0.118 104 Y 0.021 0.020 0.022 0.230 0.551 0.156 105 P 0.025 0.017 0.015 0.471 0.172 0.301 106 A 0.009 0.007 0.011 0.649 0.069 0.254 107 R 0.003 0.001 0.005 0.936 0.021 0.034 108 A 0.001 0.001 0.005 0.964 0.018 0.012 109 Q 0.001 0.001 0.005 0.970 0.018 0.006 110 A 0.001 0.001 0.003 0.985 0.009 0.002 111 L 0.001 0.001 0.009 0.957 0.028 0.006 112 R 0.001 0.001 0.015 0.927 0.046 0.011 113 I 0.003 0.002 0.023 0.833 0.093 0.046 114 E 0.012 0.003 0.028 0.464 0.234 0.258 115 G 0.012 0.001 0.002 0.008 0.144 0.833 116 Q 0.202 0.004 0.002 0.001 0.102 0.689 117 V 0.899 0.007 0.001 0.001 0.018 0.075 118 K 0.960 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 119 V 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 120 K 0.984 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 121 F 0.971 0.002 0.001 0.001 0.004 0.023 122 D 0.855 0.001 0.001 0.001 0.027 0.116 123 V 0.694 0.066 0.001 0.001 0.054 0.185 124 T 0.132 0.021 0.002 0.001 0.803 0.041 125 P 0.014 0.001 0.007 0.002 0.950 0.025 126 D 0.019 0.003 0.003 0.001 0.945 0.029 127 G 0.103 0.027 0.004 0.001 0.825 0.040 128 R 0.387 0.047 0.001 0.002 0.090 0.473 129 V 0.593 0.181 0.002 0.003 0.133 0.087 130 D 0.439 0.003 0.005 0.004 0.389 0.160 131 N 0.443 0.006 0.006 0.004 0.447 0.094 132 V 0.671 0.013 0.004 0.006 0.213 0.094 133 Q 0.898 0.006 0.001 0.003 0.026 0.066 134 I 0.941 0.006 0.001 0.002 0.015 0.035 135 L 0.862 0.010 0.003 0.003 0.034 0.087 136 S 0.704 0.010 0.008 0.005 0.073 0.200 137 A 0.482 0.012 0.015 0.008 0.137 0.347 138 K 0.315 0.054 0.004 0.004 0.175 0.448 139 P 0.102 0.042 0.012 0.006 0.516 0.324 140 A 0.044 0.009 0.075 0.029 0.656 0.188 141 N 0.015 0.008 0.072 0.029 0.707 0.169 142 M 0.004 0.012 0.033 0.063 0.595 0.292 143 F 0.004 0.007 0.014 0.213 0.152 0.609 144 E 0.001 0.001 0.007 0.978 0.009 0.006 145 R 0.001 0.001 0.007 0.979 0.010 0.004 146 E 0.001 0.001 0.004 0.987 0.006 0.002 147 V 0.001 0.001 0.001 0.994 0.003 0.001 148 K 0.001 0.001 0.002 0.993 0.003 0.001 149 N 0.001 0.001 0.003 0.990 0.006 0.001 150 A 0.001 0.001 0.003 0.984 0.009 0.004 151 M 0.001 0.001 0.004 0.979 0.009 0.007 152 R 0.002 0.001 0.005 0.827 0.057 0.109 153 R 0.007 0.003 0.006 0.114 0.156 0.715 154 W 0.045 0.020 0.012 0.051 0.201 0.670 155 R 0.109 0.050 0.028 0.047 0.272 0.495 156 Y 0.060 0.054 0.054 0.050 0.338 0.445 157 E 0.040 0.023 0.067 0.025 0.733 0.113 158 P 0.037 0.007 0.038 0.008 0.810 0.099 159 G 0.024 0.007 0.014 0.002 0.848 0.104 160 K 0.085 0.044 0.008 0.001 0.770 0.092 161 P 0.170 0.036 0.007 0.001 0.416 0.370 162 G 0.198 0.019 0.008 0.001 0.380 0.394 163 S 0.358 0.011 0.003 0.001 0.258 0.370 164 G 0.759 0.012 0.001 0.001 0.051 0.177 165 I 0.895 0.005 0.001 0.001 0.015 0.085 166 V 0.922 0.002 0.001 0.001 0.011 0.065 167 V 0.954 0.002 0.001 0.001 0.006 0.039 168 N 0.954 0.001 0.001 0.001 0.008 0.037 169 I 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 170 L 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 171 F 0.973 0.002 0.001 0.001 0.005 0.020 172 K 0.927 0.002 0.001 0.001 0.018 0.052 173 I 0.782 0.015 0.001 0.002 0.055 0.145 174 N 0.367 0.009 0.003 0.007 0.377 0.238 175 G 0.158 0.006 0.005 0.011 0.647 0.172 176 T 0.245 0.020 0.010 0.023 0.549 0.152 177 T 0.452 0.057 0.016 0.028 0.291 0.156 178 E 0.544 0.046 0.022 0.035 0.112 0.240 179 I 0.344 0.037 0.032 0.039 0.103 0.445 180 Q 0.021 0.005 0.008 0.013 0.089 0.864