# TARGET T0240 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0240.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.7891 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.404 0.113 0.070 0.101 0.069 0.062 0.061 0.042 0.036 0.025 0.017 2 S 0.320 0.257 0.073 0.132 0.078 0.046 0.040 0.023 0.016 0.010 0.005 3 G 0.289 0.188 0.046 0.113 0.098 0.077 0.072 0.049 0.037 0.021 0.010 4 P 0.241 0.134 0.045 0.121 0.110 0.090 0.092 0.061 0.050 0.034 0.022 5 R 0.146 0.138 0.098 0.186 0.135 0.091 0.091 0.047 0.036 0.021 0.011 6 A 0.084 0.061 0.040 0.119 0.109 0.101 0.141 0.114 0.109 0.071 0.050 7 L 0.043 0.039 0.035 0.066 0.083 0.112 0.178 0.152 0.143 0.092 0.058 8 S 0.124 0.112 0.109 0.162 0.133 0.105 0.111 0.063 0.042 0.024 0.013 9 R 0.192 0.152 0.118 0.154 0.124 0.087 0.086 0.040 0.026 0.014 0.007 10 N 0.086 0.081 0.041 0.101 0.117 0.124 0.167 0.108 0.080 0.059 0.036 11 Q 0.136 0.186 0.072 0.183 0.145 0.101 0.092 0.038 0.025 0.014 0.007 12 P 0.030 0.016 0.015 0.036 0.056 0.086 0.218 0.183 0.179 0.115 0.066 13 Q 0.381 0.318 0.103 0.129 0.046 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 14 Y 0.003 0.029 0.009 0.032 0.045 0.092 0.192 0.188 0.192 0.144 0.072 15 P 0.041 0.037 0.039 0.153 0.215 0.222 0.152 0.065 0.046 0.019 0.010 16 A 0.618 0.138 0.162 0.059 0.015 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.010 0.031 0.084 0.230 0.175 0.188 0.180 0.064 0.026 0.009 0.003 18 A 0.006 0.003 0.016 0.008 0.009 0.023 0.088 0.142 0.232 0.260 0.214 19 Q 0.005 0.015 0.402 0.226 0.159 0.109 0.062 0.014 0.005 0.002 0.001 20 A 0.006 0.029 0.701 0.143 0.065 0.032 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 21 L 0.007 0.010 0.023 0.041 0.062 0.147 0.294 0.168 0.118 0.082 0.047 22 R 0.233 0.174 0.183 0.151 0.086 0.062 0.061 0.025 0.015 0.007 0.003 23 I 0.032 0.062 0.281 0.154 0.121 0.106 0.105 0.057 0.039 0.025 0.017 24 E 0.076 0.170 0.167 0.233 0.164 0.088 0.062 0.021 0.011 0.006 0.003 25 G 0.126 0.045 0.032 0.066 0.059 0.086 0.200 0.140 0.125 0.075 0.047 26 Q 0.030 0.108 0.137 0.392 0.211 0.089 0.024 0.005 0.002 0.001 0.001 27 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.048 0.121 0.261 0.286 0.269 28 K 0.003 0.031 0.054 0.478 0.300 0.103 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 29 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.063 0.139 0.293 0.284 0.203 30 K 0.005 0.032 0.053 0.444 0.308 0.116 0.033 0.007 0.002 0.001 0.001 31 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.010 0.060 0.116 0.269 0.303 0.233 32 D 0.017 0.105 0.079 0.473 0.240 0.062 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 33 V 0.001 0.003 0.001 0.004 0.008 0.015 0.072 0.122 0.235 0.254 0.284 34 T 0.067 0.184 0.095 0.381 0.182 0.057 0.022 0.007 0.003 0.001 0.001 35 P 0.257 0.147 0.028 0.161 0.149 0.122 0.088 0.029 0.012 0.005 0.002 36 D 0.422 0.265 0.074 0.158 0.052 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 37 G 0.046 0.044 0.012 0.080 0.111 0.167 0.184 0.130 0.112 0.079 0.035 38 R 0.095 0.279 0.089 0.331 0.138 0.047 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 39 V 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 0.016 0.067 0.140 0.265 0.241 0.253 40 D 0.086 0.216 0.149 0.367 0.130 0.038 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 41 N 0.139 0.319 0.047 0.289 0.139 0.047 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 42 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.040 0.085 0.226 0.278 0.354 43 Q 0.021 0.177 0.100 0.403 0.199 0.068 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 44 I 0.001 0.002 0.001 0.006 0.008 0.012 0.059 0.127 0.240 0.279 0.266 45 L 0.005 0.014 0.013 0.096 0.167 0.226 0.234 0.111 0.072 0.036 0.025 46 S 0.054 0.134 0.053 0.234 0.185 0.118 0.118 0.053 0.034 0.013 0.005 47 A 0.025 0.020 0.013 0.066 0.077 0.110 0.184 0.161 0.160 0.117 0.069 48 K 0.272 0.317 0.084 0.162 0.083 0.039 0.023 0.010 0.005 0.003 0.001 49 P 0.182 0.221 0.044 0.139 0.121 0.096 0.097 0.045 0.030 0.018 0.008 50 A 0.249 0.160 0.053 0.141 0.115 0.091 0.084 0.045 0.033 0.019 0.010 51 N 0.408 0.230 0.081 0.155 0.071 0.028 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 52 M 0.046 0.078 0.048 0.148 0.152 0.164 0.168 0.097 0.057 0.027 0.014 53 F 0.004 0.010 0.008 0.019 0.027 0.069 0.145 0.165 0.203 0.195 0.155 54 E 0.016 0.038 0.094 0.160 0.189 0.204 0.198 0.062 0.028 0.009 0.003 55 R 0.166 0.147 0.420 0.195 0.049 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.009 0.016 0.078 0.119 0.125 0.154 0.221 0.122 0.085 0.046 0.026 57 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.009 0.079 0.144 0.256 0.289 0.216 58 K 0.001 0.001 0.085 0.129 0.226 0.305 0.182 0.046 0.018 0.006 0.002 59 N 0.005 0.023 0.608 0.194 0.093 0.049 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 60 A 0.001 0.001 0.004 0.009 0.023 0.089 0.344 0.232 0.170 0.090 0.039 61 M 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.003 0.030 0.082 0.221 0.340 0.312 62 R 0.001 0.006 0.252 0.197 0.239 0.161 0.098 0.030 0.011 0.004 0.002 63 R 0.004 0.027 0.575 0.178 0.115 0.061 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 64 W 0.002 0.003 0.003 0.008 0.021 0.075 0.300 0.218 0.192 0.128 0.050 65 R 0.094 0.117 0.057 0.143 0.114 0.126 0.182 0.087 0.051 0.021 0.008 66 Y 0.003 0.008 0.016 0.021 0.032 0.046 0.109 0.157 0.203 0.225 0.179 67 E 0.143 0.328 0.132 0.218 0.102 0.040 0.023 0.008 0.004 0.002 0.001 68 P 0.058 0.045 0.021 0.062 0.084 0.094 0.198 0.154 0.141 0.094 0.049 69 G 0.181 0.112 0.034 0.131 0.117 0.107 0.119 0.076 0.058 0.038 0.029 70 K 0.189 0.174 0.061 0.175 0.132 0.091 0.080 0.042 0.029 0.017 0.010 71 P 0.366 0.155 0.053 0.130 0.086 0.068 0.060 0.034 0.023 0.016 0.009 72 G 0.491 0.158 0.043 0.091 0.061 0.046 0.045 0.026 0.019 0.013 0.007 73 S 0.342 0.158 0.053 0.118 0.079 0.059 0.072 0.042 0.036 0.026 0.016 74 G 0.193 0.187 0.076 0.181 0.118 0.084 0.068 0.036 0.029 0.018 0.010 75 I 0.048 0.057 0.027 0.099 0.105 0.115 0.152 0.127 0.119 0.087 0.064 76 V 0.037 0.041 0.028 0.092 0.103 0.110 0.162 0.144 0.132 0.095 0.056 77 V 0.027 0.032 0.025 0.096 0.120 0.137 0.185 0.141 0.119 0.074 0.043 78 N 0.046 0.075 0.053 0.193 0.163 0.137 0.123 0.087 0.060 0.039 0.024 79 I 0.014 0.015 0.011 0.035 0.053 0.086 0.174 0.183 0.180 0.152 0.097 80 L 0.031 0.042 0.042 0.143 0.139 0.139 0.166 0.112 0.085 0.061 0.039 81 F 0.002 0.002 0.002 0.007 0.012 0.021 0.073 0.126 0.211 0.263 0.281 82 K 0.027 0.093 0.117 0.270 0.182 0.111 0.103 0.046 0.029 0.014 0.008 83 I 0.009 0.010 0.011 0.029 0.036 0.061 0.154 0.161 0.184 0.196 0.148 84 N 0.100 0.118 0.059 0.197 0.147 0.110 0.106 0.063 0.048 0.033 0.019 85 G 0.117 0.069 0.033 0.082 0.077 0.093 0.142 0.106 0.110 0.102 0.069 86 T 0.099 0.102 0.054 0.141 0.116 0.104 0.127 0.080 0.072 0.061 0.044 87 T 0.109 0.088 0.032 0.075 0.085 0.091 0.124 0.111 0.127 0.097 0.060 88 E 0.192 0.185 0.097 0.209 0.130 0.068 0.055 0.027 0.018 0.012 0.007 89 I 0.082 0.064 0.040 0.099 0.095 0.095 0.151 0.108 0.109 0.095 0.061 90 Q 0.194 0.132 0.097 0.200 0.137 0.086 0.066 0.036 0.029 0.015 0.006 91 A 0.232 0.079 0.080 0.134 0.099 0.090 0.110 0.068 0.054 0.035 0.018 92 S 0.248 0.156 0.082 0.093 0.065 0.059 0.089 0.065 0.062 0.053 0.030 93 G 0.204 0.120 0.029 0.069 0.066 0.079 0.107 0.094 0.106 0.087 0.040 94 P 0.147 0.134 0.047 0.126 0.107 0.094 0.110 0.078 0.072 0.052 0.032 95 R 0.200 0.094 0.135 0.184 0.117 0.077 0.077 0.041 0.039 0.024 0.012 96 A 0.117 0.069 0.094 0.161 0.126 0.102 0.127 0.084 0.067 0.036 0.017 97 L 0.014 0.015 0.028 0.050 0.065 0.110 0.198 0.184 0.174 0.109 0.052 98 S 0.059 0.089 0.183 0.146 0.112 0.110 0.130 0.081 0.053 0.027 0.010 99 R 0.078 0.088 0.341 0.163 0.114 0.076 0.071 0.032 0.020 0.011 0.004 100 N 0.231 0.218 0.140 0.130 0.089 0.068 0.060 0.026 0.020 0.012 0.007 101 Q 0.031 0.063 0.036 0.087 0.091 0.125 0.224 0.142 0.111 0.066 0.024 102 P 0.751 0.096 0.079 0.048 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 103 Q 0.223 0.212 0.255 0.150 0.075 0.042 0.027 0.008 0.005 0.002 0.001 104 Y 0.007 0.022 0.041 0.051 0.054 0.137 0.262 0.185 0.137 0.078 0.027 105 P 0.136 0.071 0.226 0.215 0.132 0.114 0.077 0.019 0.008 0.002 0.001 106 A 0.075 0.068 0.760 0.073 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 107 R 0.011 0.012 0.145 0.102 0.092 0.208 0.264 0.096 0.046 0.019 0.005 108 A 0.004 0.004 0.243 0.026 0.025 0.060 0.241 0.158 0.136 0.076 0.026 109 Q 0.001 0.002 0.865 0.070 0.032 0.017 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 110 A 0.001 0.006 0.761 0.117 0.074 0.030 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 111 L 0.003 0.006 0.164 0.020 0.028 0.083 0.293 0.153 0.143 0.075 0.034 112 R 0.003 0.009 0.309 0.106 0.133 0.133 0.183 0.075 0.032 0.013 0.003 113 I 0.017 0.059 0.843 0.046 0.021 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 114 E 0.037 0.082 0.370 0.171 0.145 0.082 0.070 0.022 0.014 0.007 0.002 115 G 0.531 0.122 0.131 0.052 0.039 0.031 0.043 0.018 0.015 0.010 0.007 116 Q 0.059 0.127 0.204 0.266 0.151 0.086 0.061 0.023 0.013 0.007 0.003 117 V 0.021 0.018 0.039 0.039 0.054 0.082 0.183 0.165 0.177 0.138 0.084 118 K 0.062 0.113 0.101 0.284 0.197 0.116 0.074 0.030 0.015 0.006 0.003 119 V 0.004 0.004 0.006 0.010 0.016 0.032 0.112 0.166 0.242 0.226 0.183 120 K 0.028 0.082 0.081 0.308 0.219 0.131 0.080 0.035 0.021 0.010 0.006 121 F 0.003 0.005 0.003 0.011 0.019 0.038 0.126 0.184 0.247 0.216 0.148 122 D 0.050 0.114 0.085 0.238 0.173 0.118 0.108 0.051 0.034 0.018 0.011 123 V 0.004 0.004 0.002 0.009 0.016 0.028 0.095 0.131 0.206 0.239 0.265 124 T 0.044 0.096 0.047 0.244 0.202 0.131 0.113 0.061 0.038 0.017 0.008 125 P 0.165 0.071 0.034 0.116 0.131 0.139 0.155 0.081 0.056 0.033 0.019 126 D 0.128 0.139 0.060 0.210 0.153 0.099 0.108 0.052 0.028 0.015 0.008 127 G 0.122 0.077 0.026 0.109 0.121 0.141 0.134 0.097 0.076 0.065 0.033 128 R 0.062 0.147 0.056 0.303 0.183 0.113 0.076 0.029 0.017 0.009 0.006 129 V 0.004 0.002 0.002 0.008 0.017 0.032 0.108 0.172 0.261 0.207 0.186 130 D 0.202 0.357 0.131 0.217 0.063 0.019 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 131 N 0.055 0.105 0.027 0.251 0.242 0.161 0.101 0.033 0.016 0.007 0.003 132 V 0.004 0.002 0.001 0.004 0.008 0.016 0.045 0.094 0.229 0.251 0.345 133 Q 0.005 0.054 0.060 0.331 0.248 0.155 0.103 0.027 0.011 0.004 0.002 134 I 0.001 0.003 0.003 0.011 0.014 0.026 0.090 0.162 0.224 0.249 0.217 135 L 0.003 0.002 0.003 0.015 0.028 0.055 0.125 0.173 0.207 0.207 0.183 136 S 0.011 0.055 0.056 0.166 0.156 0.116 0.172 0.107 0.092 0.045 0.025 137 A 0.011 0.013 0.017 0.046 0.038 0.058 0.117 0.135 0.175 0.203 0.187 138 K 0.103 0.106 0.054 0.201 0.188 0.133 0.107 0.056 0.030 0.015 0.006 139 P 0.050 0.091 0.037 0.086 0.080 0.091 0.152 0.133 0.130 0.092 0.056 140 A 0.123 0.049 0.031 0.062 0.063 0.083 0.138 0.109 0.133 0.119 0.089 141 N 0.203 0.165 0.062 0.152 0.119 0.099 0.097 0.042 0.034 0.017 0.010 142 M 0.066 0.088 0.057 0.118 0.101 0.106 0.126 0.108 0.097 0.071 0.061 143 F 0.032 0.033 0.039 0.073 0.065 0.088 0.142 0.120 0.150 0.140 0.119 144 E 0.052 0.033 0.107 0.108 0.109 0.152 0.219 0.106 0.070 0.031 0.013 145 R 0.071 0.063 0.376 0.268 0.116 0.052 0.032 0.012 0.006 0.002 0.001 146 E 0.012 0.016 0.094 0.075 0.086 0.143 0.239 0.131 0.095 0.066 0.043 147 V 0.002 0.003 0.050 0.018 0.017 0.031 0.116 0.143 0.234 0.236 0.152 148 K 0.007 0.015 0.251 0.145 0.150 0.155 0.157 0.067 0.032 0.014 0.005 149 N 0.014 0.038 0.395 0.241 0.146 0.086 0.046 0.017 0.009 0.005 0.002 150 A 0.014 0.016 0.063 0.030 0.038 0.071 0.214 0.162 0.182 0.135 0.076 151 M 0.023 0.016 0.081 0.057 0.048 0.078 0.194 0.149 0.166 0.117 0.070 152 R 0.025 0.047 0.282 0.132 0.121 0.103 0.120 0.074 0.051 0.033 0.013 153 R 0.033 0.073 0.197 0.132 0.110 0.096 0.124 0.087 0.075 0.047 0.026 154 W 0.052 0.027 0.044 0.043 0.056 0.084 0.182 0.151 0.174 0.125 0.062 155 R 0.038 0.064 0.071 0.125 0.139 0.150 0.170 0.103 0.071 0.044 0.025 156 Y 0.013 0.041 0.051 0.101 0.120 0.116 0.150 0.142 0.129 0.090 0.047 157 E 0.155 0.106 0.056 0.094 0.088 0.081 0.125 0.097 0.090 0.065 0.043 158 P 0.128 0.069 0.037 0.093 0.087 0.090 0.179 0.118 0.105 0.061 0.033 159 G 0.401 0.109 0.032 0.094 0.078 0.070 0.073 0.051 0.042 0.029 0.021 160 K 0.289 0.309 0.085 0.157 0.072 0.036 0.024 0.011 0.008 0.005 0.004 161 P 0.259 0.155 0.064 0.153 0.118 0.106 0.073 0.034 0.021 0.011 0.005 162 G 0.463 0.141 0.039 0.083 0.066 0.060 0.055 0.035 0.027 0.017 0.013 163 S 0.075 0.107 0.061 0.176 0.144 0.114 0.134 0.077 0.054 0.035 0.023 164 G 0.113 0.165 0.093 0.235 0.180 0.112 0.059 0.021 0.012 0.006 0.003 165 I 0.011 0.015 0.013 0.053 0.065 0.083 0.150 0.170 0.172 0.149 0.118 166 V 0.037 0.092 0.084 0.266 0.228 0.133 0.096 0.036 0.016 0.008 0.004 167 V 0.003 0.006 0.005 0.026 0.039 0.067 0.195 0.205 0.216 0.143 0.095 168 N 0.039 0.101 0.077 0.339 0.224 0.125 0.059 0.019 0.009 0.005 0.003 169 I 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.042 0.101 0.226 0.295 0.319 170 L 0.012 0.066 0.073 0.375 0.263 0.122 0.060 0.017 0.007 0.003 0.002 171 F 0.003 0.007 0.006 0.014 0.018 0.030 0.109 0.158 0.249 0.233 0.174 172 K 0.055 0.124 0.122 0.357 0.211 0.083 0.035 0.008 0.003 0.001 0.001 173 I 0.012 0.010 0.007 0.015 0.021 0.031 0.103 0.135 0.237 0.225 0.203 174 N 0.090 0.229 0.111 0.306 0.165 0.059 0.027 0.008 0.004 0.001 0.001 175 G 0.349 0.202 0.053 0.109 0.077 0.062 0.068 0.035 0.023 0.014 0.007 176 T 0.191 0.242 0.091 0.210 0.123 0.062 0.043 0.018 0.010 0.006 0.003 177 T 0.236 0.197 0.071 0.142 0.109 0.090 0.078 0.036 0.024 0.012 0.005 178 E 0.283 0.171 0.096 0.193 0.111 0.065 0.045 0.018 0.010 0.005 0.003 179 I 0.091 0.054 0.054 0.073 0.082 0.105 0.162 0.119 0.119 0.090 0.052 180 Q 0.122 0.191 0.108 0.235 0.152 0.077 0.052 0.029 0.019 0.010 0.006