# TARGET T0240 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0240.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 138 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 S 0.021 0.017 0.006 0.018 0.005 0.034 0.899 3 G 0.025 0.006 0.025 0.052 0.341 0.108 0.443 4 P 0.056 0.014 0.058 0.121 0.171 0.100 0.481 5 R 0.082 0.031 0.079 0.154 0.133 0.069 0.453 6 A 0.097 0.026 0.101 0.153 0.075 0.088 0.460 7 L 0.092 0.047 0.136 0.139 0.077 0.102 0.406 8 S 0.100 0.020 0.082 0.113 0.163 0.115 0.408 9 R 0.058 0.018 0.027 0.036 0.220 0.065 0.576 10 N 0.045 0.049 0.009 0.016 0.154 0.041 0.686 11 Q 0.015 0.019 0.009 0.005 0.075 0.047 0.829 12 P 0.004 0.003 0.005 0.003 0.063 0.035 0.887 13 Q 0.007 0.058 0.011 0.007 0.160 0.071 0.687 14 Y 0.002 0.042 0.002 0.022 0.404 0.007 0.520 15 P 0.001 0.005 0.013 0.302 0.021 0.023 0.634 16 A 0.001 0.001 0.035 0.871 0.011 0.032 0.050 17 R 0.001 0.001 0.027 0.940 0.006 0.013 0.013 18 A 0.001 0.001 0.022 0.949 0.006 0.009 0.012 19 Q 0.001 0.001 0.024 0.906 0.007 0.041 0.019 20 A 0.004 0.003 0.056 0.661 0.015 0.237 0.025 21 L 0.001 0.001 0.020 0.078 0.011 0.885 0.005 22 R 0.002 0.001 0.008 0.013 0.066 0.865 0.045 23 I 0.038 0.009 0.004 0.003 0.170 0.022 0.754 24 E 0.263 0.015 0.003 0.001 0.109 0.022 0.588 25 G 0.722 0.002 0.002 0.001 0.128 0.011 0.135 26 Q 0.952 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.040 27 V 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 28 K 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 29 V 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 30 K 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 31 F 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 32 D 0.953 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.042 33 V 0.897 0.024 0.001 0.001 0.010 0.001 0.069 34 T 0.263 0.010 0.002 0.001 0.019 0.009 0.697 35 P 0.013 0.003 0.005 0.001 0.081 0.869 0.030 36 D 0.007 0.002 0.005 0.001 0.192 0.779 0.015 37 G 0.045 0.003 0.001 0.001 0.755 0.040 0.155 38 R 0.209 0.082 0.001 0.001 0.049 0.012 0.647 39 V 0.760 0.072 0.001 0.001 0.016 0.007 0.144 40 D 0.761 0.015 0.003 0.001 0.068 0.010 0.142 41 N 0.840 0.002 0.003 0.001 0.064 0.004 0.087 42 V 0.949 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.046 43 Q 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 44 I 0.985 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 45 L 0.937 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.048 46 S 0.684 0.010 0.007 0.005 0.053 0.012 0.228 47 A 0.258 0.010 0.025 0.015 0.219 0.114 0.359 48 K 0.074 0.016 0.017 0.010 0.388 0.187 0.309 49 P 0.013 0.007 0.012 0.010 0.485 0.109 0.363 50 A 0.006 0.005 0.063 0.072 0.207 0.076 0.570 51 N 0.005 0.004 0.182 0.386 0.131 0.168 0.124 52 M 0.005 0.004 0.175 0.554 0.058 0.134 0.070 53 F 0.004 0.005 0.061 0.687 0.073 0.060 0.109 54 E 0.002 0.001 0.004 0.862 0.041 0.015 0.075 55 R 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 0.004 0.003 56 E 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.003 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 58 K 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 59 N 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.003 0.001 60 A 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.006 0.001 61 M 0.001 0.001 0.002 0.980 0.003 0.010 0.005 62 R 0.001 0.001 0.006 0.936 0.003 0.050 0.004 63 R 0.001 0.001 0.006 0.642 0.007 0.338 0.006 64 W 0.003 0.003 0.007 0.384 0.086 0.393 0.124 65 R 0.018 0.007 0.008 0.100 0.241 0.169 0.457 66 Y 0.063 0.027 0.010 0.030 0.203 0.027 0.641 67 E 0.097 0.019 0.010 0.017 0.115 0.017 0.724 68 P 0.140 0.018 0.018 0.024 0.144 0.041 0.615 69 G 0.198 0.057 0.028 0.025 0.093 0.062 0.537 70 K 0.133 0.042 0.035 0.014 0.125 0.102 0.549 71 P 0.064 0.011 0.045 0.010 0.147 0.309 0.414 72 G 0.014 0.007 0.025 0.005 0.148 0.724 0.078 73 S 0.017 0.004 0.015 0.002 0.344 0.450 0.169 74 G 0.127 0.025 0.004 0.001 0.357 0.020 0.467 75 I 0.409 0.125 0.003 0.002 0.056 0.014 0.391 76 V 0.593 0.034 0.006 0.002 0.043 0.022 0.301 77 V 0.678 0.030 0.007 0.002 0.060 0.027 0.197 78 N 0.601 0.013 0.008 0.002 0.127 0.029 0.220 79 I 0.648 0.009 0.007 0.003 0.112 0.027 0.194 80 L 0.768 0.012 0.003 0.002 0.048 0.013 0.154 81 F 0.841 0.014 0.003 0.001 0.022 0.008 0.110 82 K 0.801 0.010 0.003 0.002 0.030 0.012 0.141 83 I 0.710 0.016 0.008 0.005 0.057 0.016 0.187 84 N 0.696 0.012 0.009 0.006 0.061 0.016 0.199 85 G 0.662 0.019 0.013 0.008 0.057 0.020 0.222 86 T 0.572 0.030 0.018 0.015 0.053 0.026 0.286 87 T 0.435 0.029 0.022 0.023 0.090 0.041 0.359 88 E 0.274 0.019 0.033 0.031 0.139 0.114 0.389 89 I 0.079 0.019 0.038 0.035 0.195 0.119 0.515 90 Q 0.027 0.017 0.041 0.034 0.208 0.099 0.574 91 A 0.019 0.008 0.060 0.066 0.163 0.447 0.237 92 S 0.011 0.010 0.049 0.099 0.213 0.433 0.185 93 G 0.015 0.012 0.037 0.196 0.282 0.099 0.360 94 P 0.022 0.014 0.057 0.482 0.098 0.081 0.245 95 R 0.024 0.010 0.085 0.637 0.060 0.059 0.126 96 A 0.016 0.011 0.160 0.604 0.037 0.079 0.094 97 L 0.009 0.007 0.139 0.594 0.037 0.099 0.115 98 S 0.007 0.006 0.170 0.503 0.044 0.138 0.131 99 R 0.002 0.003 0.122 0.323 0.055 0.414 0.082 100 N 0.002 0.004 0.066 0.227 0.157 0.393 0.151 101 Q 0.001 0.005 0.018 0.044 0.197 0.052 0.682 102 P 0.002 0.005 0.068 0.131 0.138 0.441 0.214 103 Q 0.003 0.008 0.111 0.134 0.095 0.379 0.269 104 Y 0.003 0.007 0.063 0.247 0.125 0.035 0.521 105 P 0.008 0.003 0.052 0.745 0.016 0.049 0.127 106 A 0.005 0.003 0.042 0.824 0.032 0.042 0.052 107 R 0.004 0.003 0.021 0.881 0.020 0.029 0.042 108 A 0.002 0.001 0.008 0.937 0.008 0.016 0.028 109 Q 0.003 0.001 0.004 0.936 0.006 0.022 0.028 110 A 0.002 0.001 0.003 0.948 0.007 0.019 0.021 111 L 0.003 0.001 0.003 0.915 0.024 0.023 0.031 112 R 0.005 0.002 0.006 0.881 0.020 0.045 0.041 113 I 0.007 0.004 0.010 0.701 0.029 0.199 0.049 114 E 0.008 0.002 0.009 0.194 0.064 0.655 0.069 115 G 0.041 0.004 0.006 0.046 0.159 0.502 0.242 116 Q 0.167 0.006 0.003 0.006 0.227 0.025 0.565 117 V 0.710 0.011 0.003 0.004 0.094 0.004 0.175 118 K 0.928 0.006 0.002 0.002 0.006 0.002 0.054 119 V 0.951 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.041 120 K 0.917 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.069 121 F 0.882 0.004 0.001 0.001 0.020 0.002 0.090 122 D 0.799 0.006 0.001 0.001 0.032 0.002 0.159 123 V 0.708 0.093 0.001 0.001 0.031 0.003 0.165 124 T 0.119 0.018 0.003 0.001 0.021 0.014 0.824 125 P 0.011 0.003 0.004 0.001 0.085 0.863 0.034 126 D 0.005 0.003 0.006 0.001 0.229 0.734 0.022 127 G 0.022 0.003 0.001 0.001 0.816 0.027 0.131 128 R 0.105 0.072 0.002 0.002 0.099 0.042 0.677 129 V 0.541 0.194 0.004 0.001 0.032 0.025 0.205 130 D 0.514 0.029 0.012 0.001 0.170 0.050 0.223 131 N 0.589 0.008 0.010 0.001 0.227 0.024 0.141 132 V 0.844 0.009 0.004 0.002 0.009 0.005 0.128 133 Q 0.958 0.003 0.002 0.001 0.009 0.002 0.024 134 I 0.984 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 135 L 0.964 0.002 0.002 0.001 0.003 0.002 0.027 136 S 0.943 0.003 0.002 0.003 0.009 0.003 0.038 137 A 0.824 0.005 0.002 0.006 0.022 0.005 0.135 138 K 0.445 0.011 0.004 0.009 0.124 0.020 0.388 139 P 0.207 0.026 0.004 0.009 0.162 0.033 0.560 140 A 0.036 0.011 0.009 0.017 0.234 0.095 0.598 141 N 0.019 0.013 0.014 0.033 0.214 0.154 0.553 142 M 0.009 0.007 0.116 0.266 0.155 0.208 0.239 143 F 0.010 0.007 0.075 0.389 0.130 0.222 0.165 144 E 0.002 0.002 0.062 0.787 0.049 0.058 0.040 145 R 0.002 0.001 0.028 0.880 0.030 0.034 0.025 146 E 0.004 0.002 0.016 0.910 0.013 0.031 0.024 147 V 0.008 0.002 0.010 0.932 0.012 0.016 0.020 148 K 0.006 0.001 0.011 0.949 0.007 0.012 0.014 149 N 0.005 0.002 0.015 0.924 0.006 0.034 0.013 150 A 0.005 0.004 0.018 0.833 0.007 0.118 0.015 151 M 0.003 0.002 0.015 0.357 0.030 0.576 0.017 152 R 0.005 0.001 0.016 0.112 0.096 0.667 0.104 153 R 0.026 0.014 0.019 0.059 0.206 0.067 0.609 154 W 0.097 0.029 0.041 0.046 0.147 0.060 0.581 155 R 0.176 0.044 0.080 0.034 0.152 0.106 0.407 156 Y 0.171 0.086 0.074 0.034 0.170 0.088 0.378 157 E 0.092 0.012 0.055 0.017 0.182 0.135 0.506 158 P 0.028 0.007 0.043 0.011 0.178 0.573 0.160 159 G 0.025 0.011 0.030 0.004 0.268 0.415 0.246 160 K 0.077 0.025 0.020 0.003 0.356 0.065 0.455 161 P 0.212 0.079 0.020 0.004 0.154 0.099 0.431 162 G 0.255 0.018 0.013 0.002 0.141 0.044 0.528 163 S 0.608 0.009 0.005 0.001 0.115 0.015 0.247 164 G 0.895 0.014 0.001 0.001 0.014 0.003 0.073 165 I 0.940 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.049 166 V 0.951 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.042 167 V 0.916 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.071 168 N 0.885 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.087 169 I 0.931 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.060 170 L 0.969 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.022 171 F 0.972 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 172 K 0.936 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.050 173 I 0.759 0.008 0.004 0.002 0.035 0.022 0.170 174 N 0.191 0.005 0.013 0.004 0.331 0.251 0.204 175 G 0.089 0.006 0.026 0.007 0.339 0.338 0.195 176 T 0.276 0.016 0.031 0.017 0.205 0.093 0.361 177 T 0.494 0.037 0.041 0.034 0.106 0.054 0.235 178 E 0.583 0.028 0.037 0.031 0.052 0.037 0.233 179 I 0.331 0.045 0.031 0.035 0.016 0.058 0.484 180 Q 0.014 0.002 0.003 0.005 0.008 0.003 0.967