# TARGET T0240 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0240.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 37.7891 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.502 0.077 0.205 0.115 0.030 0.022 0.026 0.008 0.009 0.006 0.001 2 S 0.213 0.097 0.181 0.430 0.029 0.013 0.016 0.005 0.014 0.001 0.001 3 G 0.043 0.009 0.143 0.005 0.074 0.001 0.013 0.078 0.004 0.627 0.001 4 P 0.461 0.016 0.396 0.051 0.005 0.013 0.002 0.002 0.001 0.002 0.053 5 R 0.288 0.241 0.317 0.029 0.039 0.016 0.015 0.004 0.048 0.004 0.001 6 A 0.405 0.035 0.505 0.014 0.003 0.024 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 7 L 0.639 0.105 0.093 0.118 0.015 0.016 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 8 S 0.353 0.232 0.162 0.119 0.084 0.019 0.010 0.006 0.010 0.004 0.001 9 R 0.374 0.248 0.159 0.121 0.033 0.023 0.011 0.003 0.025 0.002 0.001 10 N 0.249 0.191 0.242 0.123 0.024 0.077 0.035 0.005 0.049 0.002 0.002 11 Q 0.080 0.150 0.301 0.014 0.020 0.035 0.081 0.002 0.313 0.003 0.001 12 P 0.218 0.005 0.685 0.005 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.066 13 Q 0.490 0.046 0.207 0.209 0.007 0.029 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 14 Y 0.029 0.248 0.391 0.008 0.088 0.030 0.003 0.001 0.198 0.005 0.001 15 P 0.850 0.002 0.134 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 16 A 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.994 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 Q 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 A 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 L 0.362 0.001 0.004 0.631 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 R 0.048 0.002 0.017 0.053 0.003 0.007 0.583 0.265 0.017 0.005 0.001 23 I 0.103 0.251 0.459 0.046 0.016 0.095 0.008 0.001 0.018 0.003 0.001 24 E 0.053 0.212 0.282 0.338 0.036 0.032 0.024 0.002 0.021 0.001 0.001 25 G 0.003 0.015 0.039 0.009 0.390 0.001 0.016 0.216 0.001 0.310 0.001 26 Q 0.004 0.599 0.282 0.006 0.089 0.013 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 27 V 0.001 0.724 0.222 0.001 0.016 0.021 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 28 K 0.001 0.664 0.296 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 29 V 0.001 0.817 0.139 0.001 0.012 0.016 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 30 K 0.001 0.631 0.281 0.001 0.005 0.045 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 31 F 0.002 0.779 0.119 0.001 0.044 0.026 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 32 D 0.001 0.699 0.192 0.002 0.022 0.049 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 33 V 0.002 0.491 0.421 0.005 0.016 0.054 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 34 T 0.001 0.086 0.836 0.001 0.017 0.036 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 35 P 0.985 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 D 0.048 0.001 0.002 0.942 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 37 G 0.004 0.007 0.189 0.012 0.067 0.001 0.056 0.571 0.003 0.090 0.001 38 R 0.015 0.171 0.711 0.021 0.018 0.022 0.024 0.001 0.006 0.002 0.008 39 V 0.007 0.074 0.859 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 40 D 0.491 0.037 0.006 0.457 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 N 0.004 0.285 0.034 0.108 0.379 0.023 0.139 0.001 0.027 0.001 0.001 42 V 0.001 0.712 0.126 0.002 0.148 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 43 Q 0.002 0.819 0.121 0.001 0.014 0.015 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 44 I 0.002 0.198 0.728 0.001 0.001 0.064 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 45 L 0.330 0.256 0.067 0.260 0.010 0.053 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 46 S 0.011 0.452 0.052 0.017 0.443 0.005 0.012 0.001 0.005 0.002 0.001 47 A 0.099 0.327 0.166 0.125 0.201 0.022 0.013 0.013 0.017 0.014 0.002 48 K 0.017 0.477 0.137 0.002 0.112 0.008 0.006 0.001 0.235 0.005 0.001 49 P 0.289 0.004 0.456 0.024 0.001 0.095 0.001 0.001 0.002 0.001 0.127 50 A 0.511 0.052 0.226 0.116 0.026 0.025 0.016 0.009 0.010 0.007 0.001 51 N 0.740 0.012 0.037 0.082 0.009 0.018 0.069 0.024 0.002 0.005 0.001 52 M 0.900 0.009 0.012 0.059 0.004 0.004 0.006 0.002 0.003 0.001 0.001 53 F 0.897 0.006 0.013 0.069 0.002 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 54 E 0.987 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 R 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.983 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 V 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 N 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 A 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 M 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 R 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 R 0.762 0.002 0.002 0.232 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 W 0.283 0.079 0.167 0.374 0.011 0.016 0.023 0.006 0.040 0.001 0.001 65 R 0.230 0.229 0.136 0.166 0.031 0.060 0.113 0.006 0.025 0.003 0.001 66 Y 0.083 0.261 0.401 0.096 0.070 0.049 0.008 0.004 0.019 0.009 0.001 67 E 0.012 0.323 0.276 0.001 0.054 0.015 0.007 0.001 0.309 0.002 0.001 68 P 0.104 0.004 0.699 0.009 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.159 69 G 0.088 0.120 0.423 0.067 0.120 0.029 0.021 0.080 0.016 0.035 0.002 70 K 0.024 0.320 0.477 0.003 0.020 0.015 0.005 0.001 0.129 0.003 0.002 71 P 0.084 0.004 0.859 0.017 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 72 G 0.037 0.009 0.031 0.027 0.033 0.006 0.173 0.623 0.003 0.056 0.001 73 S 0.171 0.127 0.255 0.357 0.021 0.023 0.024 0.003 0.014 0.002 0.001 74 G 0.018 0.043 0.183 0.028 0.195 0.006 0.081 0.334 0.006 0.105 0.001 75 I 0.040 0.368 0.512 0.019 0.034 0.019 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 76 V 0.030 0.559 0.310 0.011 0.023 0.037 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 77 V 0.068 0.608 0.173 0.047 0.038 0.035 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 78 N 0.067 0.256 0.241 0.092 0.109 0.085 0.062 0.009 0.076 0.003 0.001 79 I 0.034 0.476 0.262 0.023 0.133 0.027 0.010 0.003 0.027 0.003 0.002 80 L 0.048 0.485 0.356 0.024 0.019 0.037 0.003 0.001 0.024 0.001 0.002 81 F 0.042 0.454 0.255 0.035 0.133 0.038 0.010 0.004 0.022 0.005 0.001 82 K 0.049 0.622 0.160 0.025 0.048 0.037 0.009 0.001 0.046 0.002 0.001 83 I 0.089 0.358 0.295 0.047 0.051 0.087 0.015 0.002 0.051 0.004 0.002 84 N 0.173 0.197 0.237 0.165 0.032 0.070 0.056 0.006 0.056 0.003 0.003 85 G 0.166 0.097 0.152 0.070 0.223 0.013 0.057 0.108 0.006 0.106 0.002 86 T 0.204 0.279 0.195 0.178 0.059 0.030 0.020 0.005 0.027 0.003 0.001 87 T 0.136 0.316 0.279 0.071 0.122 0.024 0.012 0.005 0.026 0.008 0.001 88 E 0.270 0.192 0.350 0.065 0.027 0.054 0.012 0.003 0.024 0.003 0.002 89 I 0.324 0.189 0.303 0.072 0.031 0.037 0.011 0.003 0.026 0.003 0.002 90 Q 0.209 0.134 0.442 0.047 0.059 0.047 0.020 0.005 0.025 0.009 0.002 91 A 0.684 0.038 0.155 0.081 0.014 0.011 0.007 0.002 0.003 0.002 0.002 92 S 0.324 0.048 0.180 0.382 0.023 0.012 0.012 0.010 0.006 0.002 0.001 93 G 0.076 0.018 0.221 0.004 0.089 0.002 0.007 0.032 0.011 0.540 0.001 94 P 0.691 0.004 0.187 0.037 0.002 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.064 95 R 0.853 0.019 0.050 0.044 0.008 0.003 0.005 0.011 0.003 0.005 0.001 96 A 0.884 0.013 0.045 0.043 0.003 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 97 L 0.917 0.010 0.035 0.025 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 98 S 0.702 0.045 0.087 0.127 0.012 0.013 0.005 0.002 0.006 0.001 0.001 99 R 0.743 0.026 0.148 0.065 0.006 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 100 N 0.299 0.012 0.034 0.558 0.003 0.027 0.040 0.016 0.009 0.001 0.001 101 Q 0.035 0.105 0.458 0.006 0.009 0.051 0.009 0.001 0.324 0.002 0.001 102 P 0.901 0.001 0.066 0.019 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 103 Q 0.592 0.018 0.054 0.302 0.005 0.014 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 104 Y 0.250 0.099 0.414 0.044 0.024 0.040 0.005 0.001 0.118 0.005 0.001 105 P 0.938 0.001 0.043 0.008 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 106 A 0.976 0.001 0.007 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 107 R 0.987 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 Q 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 A 0.990 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.729 0.001 0.005 0.260 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 R 0.641 0.029 0.137 0.086 0.004 0.022 0.052 0.009 0.016 0.004 0.001 113 I 0.689 0.097 0.081 0.070 0.008 0.024 0.014 0.002 0.010 0.004 0.001 114 E 0.196 0.056 0.134 0.520 0.013 0.016 0.038 0.002 0.023 0.002 0.001 115 G 0.008 0.005 0.025 0.016 0.056 0.002 0.165 0.656 0.001 0.066 0.001 116 Q 0.052 0.461 0.274 0.097 0.053 0.042 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 117 V 0.002 0.637 0.255 0.004 0.040 0.034 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 118 K 0.006 0.620 0.271 0.005 0.008 0.059 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 119 V 0.002 0.747 0.150 0.003 0.059 0.021 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 120 K 0.005 0.717 0.188 0.004 0.020 0.028 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 121 F 0.007 0.687 0.165 0.004 0.086 0.027 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 122 D 0.006 0.581 0.205 0.009 0.026 0.090 0.005 0.001 0.076 0.001 0.001 123 V 0.020 0.428 0.415 0.035 0.033 0.051 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 124 T 0.003 0.175 0.589 0.001 0.097 0.022 0.002 0.001 0.101 0.009 0.001 125 P 0.914 0.001 0.037 0.021 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 126 D 0.071 0.005 0.027 0.810 0.002 0.010 0.058 0.006 0.011 0.001 0.001 127 G 0.008 0.004 0.049 0.007 0.052 0.001 0.027 0.650 0.001 0.202 0.001 128 R 0.090 0.255 0.459 0.069 0.043 0.038 0.019 0.005 0.010 0.004 0.009 129 V 0.041 0.438 0.383 0.018 0.017 0.052 0.003 0.001 0.044 0.002 0.001 130 D 0.292 0.317 0.192 0.073 0.051 0.045 0.009 0.002 0.016 0.003 0.001 131 N 0.069 0.116 0.070 0.212 0.052 0.156 0.204 0.004 0.114 0.001 0.002 132 V 0.082 0.502 0.229 0.048 0.105 0.013 0.003 0.003 0.011 0.001 0.003 133 Q 0.050 0.579 0.233 0.010 0.033 0.049 0.004 0.001 0.042 0.001 0.001 134 I 0.045 0.439 0.414 0.007 0.005 0.057 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 135 L 0.210 0.429 0.152 0.078 0.029 0.059 0.005 0.001 0.035 0.001 0.001 136 S 0.055 0.405 0.177 0.091 0.139 0.046 0.044 0.006 0.032 0.006 0.001 137 A 0.109 0.140 0.290 0.119 0.165 0.028 0.054 0.035 0.021 0.035 0.005 138 K 0.026 0.453 0.304 0.001 0.065 0.012 0.010 0.001 0.124 0.003 0.001 139 P 0.079 0.007 0.686 0.006 0.001 0.055 0.001 0.001 0.003 0.001 0.163 140 A 0.246 0.111 0.436 0.053 0.063 0.037 0.015 0.018 0.009 0.010 0.003 141 N 0.302 0.137 0.201 0.092 0.047 0.113 0.047 0.008 0.043 0.007 0.002 142 M 0.525 0.065 0.076 0.214 0.021 0.042 0.024 0.005 0.025 0.003 0.001 143 F 0.642 0.045 0.099 0.141 0.011 0.031 0.012 0.002 0.011 0.004 0.001 144 E 0.895 0.011 0.042 0.031 0.004 0.008 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 145 R 0.939 0.004 0.013 0.030 0.002 0.002 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 146 E 0.938 0.003 0.009 0.037 0.002 0.004 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 147 V 0.834 0.021 0.026 0.103 0.002 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 148 K 0.940 0.009 0.018 0.017 0.003 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 149 N 0.803 0.013 0.013 0.145 0.006 0.007 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 150 A 0.828 0.017 0.026 0.109 0.002 0.008 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 151 M 0.793 0.022 0.047 0.108 0.005 0.006 0.010 0.003 0.004 0.002 0.001 152 R 0.481 0.019 0.045 0.285 0.011 0.017 0.104 0.028 0.008 0.002 0.001 153 R 0.411 0.145 0.186 0.157 0.018 0.021 0.031 0.003 0.026 0.001 0.001 154 W 0.223 0.175 0.415 0.080 0.028 0.044 0.009 0.004 0.018 0.002 0.001 155 R 0.248 0.352 0.185 0.115 0.036 0.030 0.013 0.004 0.013 0.003 0.001 156 Y 0.127 0.262 0.349 0.116 0.062 0.031 0.015 0.005 0.026 0.005 0.001 157 E 0.028 0.307 0.393 0.001 0.042 0.010 0.008 0.001 0.206 0.004 0.001 158 P 0.083 0.002 0.788 0.010 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 159 G 0.020 0.007 0.070 0.028 0.037 0.004 0.049 0.667 0.003 0.114 0.001 160 K 0.019 0.294 0.538 0.002 0.016 0.021 0.005 0.001 0.103 0.001 0.001 161 P 0.055 0.005 0.884 0.014 0.001 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 162 G 0.062 0.040 0.135 0.045 0.125 0.009 0.071 0.454 0.004 0.054 0.001 163 S 0.090 0.288 0.383 0.131 0.079 0.010 0.005 0.002 0.007 0.004 0.001 164 G 0.016 0.116 0.170 0.055 0.385 0.005 0.031 0.144 0.008 0.071 0.001 165 I 0.001 0.632 0.302 0.002 0.038 0.016 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 166 V 0.002 0.670 0.283 0.001 0.005 0.024 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 167 V 0.001 0.828 0.110 0.001 0.027 0.012 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 168 N 0.001 0.217 0.697 0.001 0.003 0.067 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 169 I 0.001 0.837 0.085 0.001 0.053 0.012 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 170 L 0.002 0.830 0.118 0.001 0.011 0.018 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 171 F 0.001 0.766 0.149 0.001 0.059 0.012 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 172 K 0.003 0.626 0.237 0.001 0.013 0.065 0.002 0.001 0.054 0.001 0.001 173 I 0.048 0.455 0.269 0.022 0.013 0.131 0.002 0.001 0.055 0.001 0.003 174 N 0.033 0.125 0.175 0.184 0.052 0.086 0.222 0.004 0.112 0.005 0.001 175 G 0.012 0.006 0.051 0.015 0.112 0.002 0.068 0.454 0.001 0.278 0.002 176 T 0.221 0.253 0.289 0.130 0.065 0.017 0.005 0.006 0.007 0.005 0.002 177 T 0.206 0.336 0.225 0.063 0.095 0.021 0.014 0.005 0.025 0.010 0.001 178 E 0.183 0.307 0.364 0.031 0.023 0.055 0.005 0.001 0.029 0.001 0.002 179 I 0.268 0.257 0.281 0.085 0.014 0.058 0.003 0.001 0.031 0.001 0.001 180 Q 0.229 0.237 0.202 0.100 0.073 0.060 0.044 0.006 0.042 0.006 0.002