# TARGET T0240 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0240.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 138 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.765 0.172 0.048 0.013 0.002 0.001 0.001 2 S 0.742 0.172 0.057 0.023 0.005 0.001 0.001 3 G 0.680 0.220 0.063 0.026 0.008 0.002 0.001 4 P 0.490 0.233 0.141 0.090 0.038 0.008 0.001 5 R 0.381 0.260 0.176 0.116 0.051 0.015 0.002 6 A 0.347 0.246 0.168 0.137 0.074 0.025 0.003 7 L 0.322 0.212 0.190 0.165 0.085 0.024 0.002 8 S 0.380 0.288 0.168 0.114 0.041 0.009 0.001 9 R 0.401 0.339 0.157 0.074 0.024 0.005 0.001 10 N 0.195 0.260 0.232 0.208 0.086 0.017 0.001 11 Q 0.267 0.341 0.235 0.119 0.033 0.004 0.001 12 P 0.240 0.260 0.205 0.183 0.090 0.021 0.001 13 Q 0.271 0.356 0.230 0.108 0.029 0.005 0.001 14 Y 0.188 0.226 0.226 0.222 0.117 0.021 0.001 15 P 0.194 0.281 0.243 0.192 0.077 0.012 0.001 16 A 0.581 0.316 0.074 0.023 0.005 0.001 0.001 17 R 0.314 0.402 0.208 0.066 0.009 0.001 0.001 18 A 0.168 0.250 0.243 0.245 0.087 0.007 0.001 19 Q 0.346 0.401 0.189 0.054 0.009 0.001 0.001 20 A 0.658 0.282 0.045 0.012 0.002 0.001 0.001 21 L 0.395 0.382 0.177 0.041 0.004 0.001 0.001 22 R 0.662 0.265 0.056 0.014 0.002 0.001 0.001 23 I 0.568 0.285 0.109 0.032 0.005 0.001 0.001 24 E 0.458 0.338 0.124 0.063 0.014 0.002 0.001 25 G 0.214 0.303 0.228 0.169 0.076 0.009 0.001 26 Q 0.103 0.443 0.275 0.144 0.029 0.005 0.001 27 V 0.004 0.021 0.054 0.170 0.425 0.289 0.037 28 K 0.005 0.064 0.304 0.439 0.155 0.030 0.004 29 V 0.001 0.007 0.016 0.053 0.283 0.575 0.065 30 K 0.003 0.050 0.328 0.506 0.104 0.009 0.001 31 F 0.001 0.013 0.027 0.085 0.307 0.532 0.035 32 D 0.004 0.113 0.367 0.399 0.106 0.012 0.001 33 V 0.009 0.042 0.098 0.348 0.406 0.098 0.001 34 T 0.219 0.584 0.159 0.034 0.004 0.001 0.001 35 P 0.444 0.368 0.146 0.038 0.003 0.001 0.001 36 D 0.734 0.230 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 37 G 0.227 0.333 0.253 0.154 0.030 0.003 0.001 38 R 0.337 0.420 0.185 0.050 0.008 0.001 0.001 39 V 0.051 0.155 0.249 0.345 0.179 0.021 0.001 40 D 0.186 0.418 0.261 0.111 0.021 0.002 0.001 41 N 0.152 0.429 0.277 0.117 0.022 0.002 0.001 42 V 0.020 0.059 0.130 0.326 0.353 0.108 0.004 43 Q 0.042 0.208 0.324 0.275 0.123 0.028 0.001 44 I 0.017 0.051 0.110 0.244 0.354 0.208 0.016 45 L 0.063 0.170 0.219 0.269 0.201 0.074 0.004 46 S 0.182 0.301 0.240 0.178 0.074 0.023 0.002 47 A 0.257 0.272 0.185 0.155 0.092 0.035 0.004 48 K 0.261 0.282 0.202 0.143 0.081 0.028 0.003 49 P 0.350 0.260 0.168 0.138 0.063 0.019 0.002 50 A 0.223 0.267 0.224 0.168 0.085 0.030 0.003 51 N 0.348 0.308 0.161 0.109 0.053 0.019 0.002 52 M 0.115 0.268 0.242 0.204 0.122 0.043 0.006 53 F 0.009 0.033 0.097 0.257 0.367 0.217 0.020 54 E 0.013 0.117 0.248 0.304 0.235 0.078 0.006 55 R 0.152 0.456 0.269 0.092 0.024 0.007 0.001 56 E 0.012 0.117 0.325 0.362 0.148 0.032 0.003 57 V 0.001 0.004 0.011 0.065 0.342 0.518 0.060 58 K 0.003 0.045 0.165 0.347 0.318 0.114 0.008 59 N 0.030 0.383 0.391 0.152 0.036 0.008 0.001 60 A 0.002 0.020 0.079 0.257 0.416 0.218 0.008 61 M 0.001 0.004 0.016 0.115 0.394 0.435 0.035 62 R 0.048 0.244 0.346 0.249 0.087 0.023 0.003 63 R 0.130 0.434 0.285 0.114 0.029 0.006 0.001 64 W 0.005 0.027 0.113 0.316 0.375 0.155 0.009 65 R 0.032 0.138 0.284 0.306 0.194 0.044 0.002 66 Y 0.077 0.128 0.172 0.247 0.257 0.113 0.006 67 E 0.063 0.226 0.305 0.269 0.113 0.022 0.001 68 P 0.073 0.132 0.228 0.296 0.210 0.060 0.003 69 G 0.234 0.315 0.225 0.150 0.064 0.011 0.001 70 K 0.284 0.264 0.230 0.159 0.054 0.009 0.001 71 P 0.626 0.217 0.094 0.047 0.014 0.002 0.001 72 G 0.713 0.185 0.062 0.026 0.010 0.003 0.001 73 S 0.563 0.226 0.113 0.069 0.023 0.005 0.001 74 G 0.344 0.321 0.197 0.101 0.030 0.006 0.001 75 I 0.239 0.260 0.187 0.176 0.100 0.034 0.004 76 V 0.125 0.140 0.190 0.241 0.200 0.092 0.012 77 V 0.133 0.194 0.218 0.262 0.145 0.042 0.005 78 N 0.184 0.328 0.265 0.148 0.055 0.018 0.003 79 I 0.053 0.107 0.155 0.282 0.277 0.114 0.013 80 L 0.070 0.245 0.309 0.230 0.105 0.036 0.006 81 F 0.017 0.036 0.083 0.229 0.356 0.235 0.044 82 K 0.038 0.154 0.276 0.268 0.170 0.078 0.015 83 I 0.025 0.050 0.090 0.185 0.253 0.291 0.106 84 N 0.042 0.086 0.131 0.189 0.221 0.241 0.089 85 G 0.017 0.024 0.047 0.114 0.220 0.404 0.173 86 T 0.028 0.071 0.130 0.198 0.260 0.249 0.064 87 T 0.039 0.080 0.115 0.198 0.277 0.232 0.059 88 E 0.079 0.194 0.245 0.245 0.155 0.068 0.013 89 I 0.115 0.212 0.237 0.228 0.143 0.057 0.008 90 Q 0.262 0.297 0.207 0.139 0.064 0.026 0.005 91 A 0.448 0.218 0.141 0.104 0.058 0.027 0.005 92 S 0.447 0.188 0.137 0.104 0.073 0.043 0.009 93 G 0.408 0.239 0.133 0.106 0.067 0.036 0.010 94 P 0.348 0.235 0.181 0.133 0.067 0.029 0.006 95 R 0.367 0.255 0.171 0.120 0.060 0.024 0.003 96 A 0.197 0.198 0.193 0.200 0.142 0.061 0.009 97 L 0.162 0.167 0.206 0.222 0.171 0.065 0.006 98 S 0.387 0.279 0.185 0.100 0.037 0.012 0.001 99 R 0.508 0.235 0.128 0.085 0.033 0.010 0.001 100 N 0.570 0.220 0.099 0.064 0.034 0.011 0.001 101 Q 0.436 0.222 0.168 0.108 0.051 0.014 0.001 102 P 0.649 0.218 0.079 0.038 0.012 0.003 0.001 103 Q 0.623 0.229 0.083 0.044 0.016 0.004 0.001 104 Y 0.506 0.196 0.129 0.101 0.054 0.014 0.001 105 P 0.534 0.255 0.122 0.060 0.021 0.006 0.001 106 A 0.441 0.268 0.144 0.093 0.039 0.012 0.002 107 R 0.365 0.220 0.180 0.129 0.073 0.029 0.004 108 A 0.341 0.236 0.157 0.141 0.085 0.035 0.005 109 Q 0.220 0.221 0.232 0.176 0.108 0.038 0.006 110 A 0.289 0.244 0.172 0.148 0.097 0.044 0.006 111 L 0.287 0.253 0.199 0.154 0.077 0.027 0.003 112 R 0.302 0.264 0.188 0.142 0.070 0.030 0.005 113 I 0.372 0.257 0.180 0.126 0.051 0.012 0.001 114 E 0.313 0.226 0.165 0.150 0.102 0.040 0.004 115 G 0.644 0.215 0.085 0.041 0.012 0.003 0.001 116 Q 0.531 0.294 0.111 0.045 0.015 0.004 0.001 117 V 0.067 0.111 0.179 0.295 0.254 0.088 0.006 118 K 0.075 0.261 0.313 0.243 0.088 0.019 0.002 119 V 0.026 0.042 0.062 0.162 0.387 0.297 0.023 120 K 0.014 0.092 0.315 0.402 0.143 0.033 0.002 121 F 0.020 0.032 0.059 0.158 0.316 0.360 0.055 122 D 0.036 0.107 0.189 0.251 0.258 0.144 0.015 123 V 0.035 0.075 0.118 0.248 0.311 0.192 0.021 124 T 0.107 0.226 0.243 0.233 0.135 0.049 0.007 125 P 0.217 0.322 0.218 0.147 0.065 0.026 0.006 126 D 0.350 0.334 0.169 0.090 0.037 0.016 0.004 127 G 0.103 0.135 0.166 0.247 0.224 0.108 0.016 128 R 0.130 0.161 0.180 0.213 0.182 0.117 0.018 129 V 0.069 0.093 0.127 0.217 0.259 0.183 0.053 130 D 0.090 0.247 0.321 0.240 0.076 0.022 0.004 131 N 0.061 0.128 0.169 0.232 0.240 0.140 0.029 132 V 0.046 0.061 0.106 0.195 0.249 0.270 0.072 133 Q 0.056 0.128 0.201 0.278 0.202 0.121 0.014 134 I 0.021 0.029 0.079 0.184 0.296 0.341 0.050 135 L 0.037 0.072 0.084 0.151 0.299 0.305 0.053 136 S 0.058 0.144 0.231 0.282 0.189 0.080 0.016 137 A 0.060 0.112 0.160 0.236 0.263 0.141 0.028 138 K 0.243 0.301 0.219 0.140 0.063 0.028 0.006 139 P 0.297 0.225 0.168 0.147 0.100 0.052 0.011 140 A 0.283 0.193 0.165 0.153 0.122 0.074 0.010 141 N 0.373 0.217 0.136 0.128 0.091 0.050 0.005 142 M 0.225 0.175 0.173 0.183 0.150 0.077 0.016 143 F 0.216 0.293 0.228 0.176 0.070 0.016 0.002 144 E 0.238 0.317 0.225 0.148 0.057 0.013 0.002 145 R 0.460 0.304 0.150 0.061 0.019 0.005 0.001 146 E 0.126 0.158 0.184 0.226 0.177 0.106 0.023 147 V 0.066 0.081 0.127 0.214 0.284 0.199 0.029 148 K 0.067 0.169 0.238 0.252 0.163 0.089 0.022 149 N 0.124 0.127 0.102 0.138 0.188 0.231 0.091 150 A 0.022 0.025 0.038 0.090 0.205 0.379 0.240 151 M 0.020 0.038 0.087 0.191 0.239 0.311 0.114 152 R 0.035 0.067 0.116 0.190 0.259 0.252 0.081 153 R 0.034 0.066 0.095 0.157 0.231 0.295 0.123 154 W 0.040 0.043 0.065 0.170 0.247 0.318 0.116 155 R 0.043 0.089 0.120 0.176 0.215 0.262 0.096 156 Y 0.061 0.080 0.087 0.166 0.268 0.278 0.059 157 E 0.104 0.162 0.175 0.238 0.218 0.094 0.010 158 P 0.220 0.234 0.232 0.198 0.088 0.026 0.002 159 G 0.424 0.291 0.134 0.099 0.042 0.010 0.001 160 K 0.443 0.356 0.130 0.051 0.017 0.004 0.001 161 P 0.573 0.237 0.119 0.057 0.012 0.002 0.001 162 G 0.489 0.316 0.113 0.052 0.023 0.007 0.001 163 S 0.114 0.261 0.297 0.227 0.087 0.013 0.001 164 G 0.114 0.367 0.267 0.179 0.057 0.014 0.001 165 I 0.008 0.029 0.078 0.212 0.412 0.233 0.028 166 V 0.035 0.198 0.294 0.296 0.133 0.039 0.004 167 V 0.005 0.030 0.086 0.220 0.383 0.245 0.031 168 N 0.016 0.142 0.321 0.364 0.121 0.031 0.004 169 I 0.001 0.008 0.024 0.098 0.382 0.438 0.048 170 L 0.011 0.130 0.373 0.349 0.116 0.020 0.001 171 F 0.013 0.045 0.067 0.174 0.363 0.317 0.022 172 K 0.040 0.226 0.413 0.254 0.058 0.009 0.001 173 I 0.097 0.147 0.192 0.288 0.218 0.057 0.002 174 N 0.384 0.364 0.168 0.063 0.017 0.003 0.001 175 G 0.536 0.241 0.118 0.074 0.026 0.005 0.001 176 T 0.653 0.215 0.080 0.036 0.012 0.003 0.001 177 T 0.591 0.252 0.098 0.044 0.012 0.002 0.001 178 E 0.714 0.193 0.060 0.024 0.007 0.001 0.001 179 I 0.607 0.208 0.102 0.060 0.019 0.003 0.001 180 Q 0.695 0.177 0.073 0.037 0.014 0.003 0.001