# TARGET T0240 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0240.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 173 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.021 0.005 0.005 0.010 0.111 0.848 2 S 0.033 0.012 0.005 0.007 0.127 0.816 3 G 0.030 0.008 0.002 0.002 0.098 0.860 4 P 0.071 0.017 0.007 0.003 0.091 0.811 5 R 0.170 0.021 0.018 0.007 0.113 0.670 6 A 0.281 0.016 0.028 0.010 0.104 0.561 7 L 0.267 0.026 0.017 0.025 0.103 0.562 8 S 0.216 0.016 0.010 0.024 0.160 0.574 9 R 0.119 0.013 0.012 0.031 0.164 0.661 10 N 0.060 0.012 0.010 0.027 0.160 0.731 11 Q 0.028 0.012 0.008 0.012 0.137 0.803 12 P 0.011 0.006 0.003 0.005 0.087 0.888 13 Q 0.007 0.010 0.004 0.005 0.059 0.915 14 Y 0.004 0.005 0.001 0.002 0.047 0.942 15 P 0.004 0.004 0.005 0.008 0.074 0.904 16 A 0.008 0.004 0.049 0.149 0.165 0.626 17 R 0.028 0.008 0.082 0.416 0.205 0.261 18 A 0.045 0.006 0.072 0.465 0.186 0.226 19 Q 0.099 0.012 0.047 0.412 0.125 0.305 20 A 0.119 0.009 0.045 0.408 0.127 0.293 21 L 0.112 0.008 0.026 0.414 0.082 0.358 22 R 0.108 0.008 0.013 0.273 0.070 0.527 23 I 0.112 0.014 0.010 0.174 0.062 0.628 24 E 0.105 0.011 0.007 0.073 0.086 0.718 25 G 0.135 0.011 0.006 0.031 0.105 0.711 26 Q 0.118 0.005 0.004 0.005 0.081 0.787 27 V 0.326 0.018 0.006 0.008 0.056 0.586 28 K 0.257 0.016 0.007 0.008 0.067 0.645 29 V 0.212 0.028 0.006 0.012 0.068 0.675 30 K 0.069 0.010 0.002 0.004 0.060 0.855 31 F 0.082 0.014 0.003 0.007 0.087 0.807 32 D 0.039 0.012 0.003 0.003 0.102 0.842 33 V 0.034 0.013 0.003 0.004 0.119 0.826 34 T 0.025 0.012 0.002 0.002 0.106 0.853 35 P 0.036 0.015 0.007 0.004 0.164 0.775 36 D 0.030 0.013 0.006 0.003 0.141 0.807 37 G 0.040 0.017 0.007 0.003 0.144 0.788 38 R 0.066 0.014 0.005 0.002 0.123 0.790 39 V 0.103 0.012 0.007 0.003 0.104 0.770 40 D 0.173 0.010 0.009 0.004 0.158 0.646 41 N 0.269 0.008 0.014 0.007 0.166 0.536 42 V 0.473 0.008 0.007 0.009 0.084 0.419 43 Q 0.734 0.006 0.005 0.012 0.053 0.190 44 I 0.806 0.007 0.005 0.017 0.033 0.131 45 L 0.721 0.012 0.006 0.018 0.045 0.197 46 S 0.458 0.009 0.006 0.017 0.098 0.411 47 A 0.153 0.009 0.008 0.016 0.128 0.686 48 K 0.036 0.007 0.005 0.005 0.131 0.817 49 P 0.021 0.010 0.018 0.016 0.232 0.702 50 A 0.013 0.008 0.084 0.055 0.286 0.554 51 N 0.015 0.007 0.119 0.119 0.309 0.431 52 M 0.022 0.011 0.137 0.261 0.249 0.321 53 F 0.036 0.013 0.048 0.273 0.207 0.422 54 E 0.037 0.010 0.047 0.382 0.152 0.372 55 R 0.049 0.007 0.053 0.524 0.128 0.240 56 E 0.065 0.010 0.036 0.572 0.105 0.212 57 V 0.019 0.002 0.022 0.854 0.042 0.061 58 K 0.026 0.003 0.018 0.856 0.037 0.060 59 N 0.024 0.003 0.028 0.821 0.065 0.060 60 A 0.017 0.002 0.038 0.827 0.060 0.056 61 M 0.014 0.003 0.030 0.843 0.049 0.060 62 R 0.014 0.005 0.032 0.801 0.050 0.097 63 R 0.012 0.004 0.042 0.626 0.079 0.236 64 W 0.023 0.012 0.051 0.437 0.172 0.304 65 R 0.030 0.014 0.051 0.259 0.251 0.395 66 Y 0.035 0.017 0.047 0.179 0.249 0.473 67 E 0.024 0.017 0.024 0.068 0.263 0.604 68 P 0.015 0.012 0.042 0.060 0.267 0.604 69 G 0.009 0.011 0.010 0.008 0.133 0.829 70 K 0.012 0.011 0.008 0.006 0.175 0.789 71 P 0.009 0.013 0.021 0.014 0.194 0.749 72 G 0.008 0.010 0.021 0.011 0.195 0.755 73 S 0.020 0.012 0.036 0.024 0.308 0.600 74 G 0.029 0.009 0.053 0.029 0.262 0.617 75 I 0.061 0.026 0.044 0.048 0.236 0.585 76 V 0.123 0.031 0.046 0.056 0.225 0.519 77 V 0.212 0.018 0.041 0.072 0.190 0.468 78 N 0.246 0.017 0.034 0.079 0.193 0.431 79 I 0.277 0.024 0.047 0.099 0.197 0.355 80 L 0.301 0.025 0.042 0.084 0.203 0.345 81 F 0.227 0.025 0.074 0.115 0.232 0.327 82 K 0.200 0.020 0.081 0.108 0.303 0.289 83 I 0.169 0.023 0.099 0.124 0.333 0.252 84 N 0.118 0.018 0.048 0.104 0.397 0.315 85 G 0.094 0.015 0.023 0.097 0.331 0.440 86 T 0.116 0.012 0.024 0.098 0.230 0.520 87 T 0.187 0.020 0.059 0.206 0.175 0.352 88 E 0.200 0.034 0.097 0.273 0.153 0.243 89 I 0.176 0.043 0.070 0.290 0.178 0.243 90 Q 0.158 0.020 0.064 0.284 0.264 0.210 91 A 0.077 0.014 0.031 0.199 0.380 0.299 92 S 0.042 0.011 0.026 0.179 0.421 0.320 93 G 0.048 0.010 0.016 0.028 0.355 0.542 94 P 0.054 0.012 0.180 0.103 0.238 0.413 95 R 0.079 0.024 0.338 0.207 0.164 0.188 96 A 0.085 0.020 0.370 0.263 0.137 0.126 97 L 0.080 0.023 0.166 0.381 0.164 0.187 98 S 0.075 0.017 0.089 0.326 0.219 0.274 99 R 0.033 0.013 0.033 0.159 0.228 0.533 100 N 0.013 0.014 0.010 0.047 0.211 0.705 101 Q 0.007 0.011 0.011 0.013 0.308 0.649 102 P 0.006 0.012 0.049 0.031 0.376 0.526 103 Q 0.009 0.023 0.065 0.054 0.300 0.549 104 Y 0.010 0.015 0.020 0.044 0.208 0.702 105 P 0.005 0.006 0.010 0.211 0.147 0.621 106 A 0.002 0.002 0.026 0.821 0.069 0.080 107 R 0.002 0.001 0.036 0.925 0.030 0.007 108 A 0.004 0.001 0.068 0.849 0.067 0.010 109 Q 0.011 0.002 0.087 0.779 0.094 0.028 110 A 0.022 0.004 0.060 0.760 0.099 0.054 111 L 0.046 0.005 0.060 0.491 0.159 0.239 112 R 0.107 0.007 0.023 0.054 0.238 0.571 113 I 0.389 0.015 0.014 0.029 0.166 0.387 114 E 0.472 0.006 0.008 0.008 0.140 0.365 115 G 0.645 0.006 0.003 0.001 0.084 0.261 116 Q 0.824 0.002 0.001 0.001 0.021 0.153 117 V 0.965 0.001 0.001 0.001 0.005 0.029 118 K 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 119 V 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 120 K 0.987 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 121 F 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 122 D 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 123 V 0.953 0.004 0.001 0.001 0.006 0.037 124 T 0.434 0.005 0.001 0.001 0.551 0.009 125 P 0.015 0.001 0.005 0.001 0.977 0.003 126 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.991 0.002 127 G 0.024 0.008 0.006 0.001 0.957 0.004 128 R 0.354 0.049 0.005 0.001 0.195 0.398 129 V 0.738 0.103 0.016 0.001 0.063 0.079 130 D 0.733 0.007 0.025 0.001 0.134 0.100 131 N 0.863 0.002 0.009 0.001 0.066 0.059 132 V 0.953 0.001 0.001 0.001 0.021 0.023 133 Q 0.981 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 134 I 0.991 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 135 L 0.970 0.003 0.001 0.003 0.007 0.016 136 S 0.815 0.005 0.001 0.005 0.058 0.115 137 A 0.278 0.010 0.005 0.010 0.282 0.414 138 K 0.039 0.020 0.014 0.017 0.463 0.448 139 P 0.015 0.017 0.042 0.095 0.525 0.305 140 A 0.004 0.006 0.176 0.345 0.325 0.145 141 N 0.004 0.003 0.221 0.415 0.270 0.087 142 M 0.002 0.002 0.283 0.595 0.086 0.031 143 F 0.003 0.004 0.061 0.834 0.056 0.043 144 E 0.003 0.002 0.017 0.915 0.030 0.033 145 R 0.001 0.001 0.004 0.988 0.004 0.003 146 E 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 148 K 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 149 N 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 150 A 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 151 M 0.001 0.001 0.005 0.975 0.012 0.006 152 R 0.002 0.001 0.007 0.967 0.016 0.008 153 R 0.004 0.001 0.008 0.922 0.022 0.042 154 W 0.014 0.006 0.008 0.598 0.062 0.312 155 R 0.042 0.023 0.012 0.150 0.137 0.636 156 Y 0.071 0.022 0.013 0.036 0.191 0.666 157 E 0.066 0.017 0.017 0.013 0.356 0.531 158 P 0.065 0.017 0.021 0.011 0.415 0.472 159 G 0.061 0.045 0.015 0.005 0.295 0.578 160 K 0.091 0.061 0.010 0.003 0.318 0.518 161 P 0.058 0.042 0.028 0.005 0.725 0.143 162 G 0.015 0.006 0.040 0.004 0.907 0.028 163 S 0.011 0.002 0.027 0.002 0.933 0.024 164 G 0.049 0.004 0.012 0.001 0.865 0.069 165 I 0.579 0.039 0.003 0.001 0.171 0.207 166 V 0.845 0.015 0.001 0.001 0.023 0.115 167 V 0.923 0.003 0.001 0.001 0.015 0.058 168 N 0.940 0.001 0.001 0.001 0.011 0.049 169 I 0.972 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 170 L 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 171 F 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 172 K 0.983 0.001 0.001 0.001 0.004 0.012 173 I 0.935 0.001 0.001 0.001 0.012 0.051 174 N 0.768 0.001 0.001 0.001 0.068 0.162 175 G 0.729 0.002 0.001 0.001 0.054 0.214 176 T 0.889 0.003 0.001 0.001 0.021 0.086 177 T 0.908 0.004 0.001 0.001 0.020 0.066 178 E 0.677 0.009 0.002 0.001 0.072 0.238 179 I 0.249 0.016 0.002 0.001 0.093 0.639 180 Q 0.079 0.006 0.002 0.002 0.141 0.771