# TARGET T0240 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0240.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 173 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.341 0.095 0.048 0.088 0.070 0.067 0.088 0.069 0.064 0.043 0.027 2 S 0.318 0.210 0.051 0.112 0.082 0.061 0.066 0.042 0.029 0.020 0.009 3 G 0.324 0.238 0.050 0.117 0.089 0.062 0.050 0.031 0.022 0.012 0.005 4 P 0.140 0.062 0.024 0.070 0.085 0.096 0.142 0.130 0.121 0.085 0.044 5 R 0.256 0.237 0.136 0.182 0.095 0.039 0.029 0.012 0.008 0.004 0.002 6 A 0.133 0.141 0.089 0.184 0.136 0.094 0.096 0.057 0.040 0.020 0.010 7 L 0.112 0.068 0.042 0.077 0.101 0.119 0.165 0.124 0.099 0.058 0.035 8 S 0.206 0.189 0.155 0.165 0.107 0.066 0.062 0.026 0.015 0.007 0.003 9 R 0.337 0.199 0.113 0.150 0.088 0.044 0.039 0.015 0.009 0.004 0.002 10 N 0.192 0.126 0.048 0.116 0.125 0.111 0.131 0.070 0.043 0.024 0.013 11 Q 0.145 0.190 0.067 0.142 0.119 0.101 0.115 0.054 0.038 0.021 0.009 12 P 0.154 0.050 0.033 0.096 0.111 0.111 0.175 0.115 0.089 0.047 0.019 13 Q 0.676 0.188 0.043 0.054 0.021 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 14 Y 0.046 0.116 0.055 0.134 0.135 0.143 0.154 0.100 0.069 0.034 0.013 15 P 0.075 0.051 0.020 0.081 0.120 0.154 0.178 0.137 0.098 0.057 0.029 16 A 0.517 0.226 0.105 0.080 0.038 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 17 R 0.235 0.199 0.132 0.207 0.106 0.054 0.039 0.015 0.008 0.003 0.001 18 A 0.098 0.044 0.021 0.050 0.064 0.097 0.160 0.153 0.142 0.107 0.064 19 Q 0.195 0.214 0.207 0.196 0.090 0.046 0.032 0.010 0.006 0.003 0.001 20 A 0.193 0.162 0.273 0.194 0.089 0.043 0.029 0.010 0.005 0.002 0.001 21 L 0.039 0.044 0.041 0.063 0.073 0.108 0.203 0.155 0.131 0.088 0.055 22 R 0.223 0.244 0.163 0.185 0.093 0.045 0.027 0.010 0.006 0.003 0.001 23 I 0.108 0.068 0.075 0.084 0.082 0.094 0.151 0.107 0.102 0.073 0.055 24 E 0.213 0.234 0.121 0.179 0.110 0.060 0.045 0.019 0.012 0.005 0.002 25 G 0.591 0.144 0.051 0.077 0.046 0.032 0.028 0.013 0.010 0.006 0.003 26 Q 0.248 0.184 0.089 0.190 0.120 0.074 0.054 0.021 0.012 0.006 0.002 27 V 0.045 0.027 0.022 0.045 0.061 0.088 0.171 0.164 0.167 0.127 0.083 28 K 0.165 0.234 0.124 0.237 0.122 0.055 0.038 0.014 0.007 0.003 0.001 29 V 0.114 0.058 0.052 0.071 0.077 0.096 0.152 0.131 0.113 0.080 0.055 30 K 0.178 0.207 0.102 0.207 0.140 0.074 0.051 0.021 0.012 0.006 0.002 31 F 0.122 0.079 0.037 0.087 0.104 0.111 0.170 0.115 0.094 0.056 0.025 32 D 0.452 0.208 0.087 0.144 0.063 0.024 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 33 V 0.025 0.015 0.009 0.025 0.046 0.076 0.192 0.184 0.187 0.148 0.094 34 T 0.174 0.321 0.097 0.208 0.107 0.044 0.029 0.011 0.006 0.003 0.001 35 P 0.388 0.096 0.044 0.094 0.095 0.096 0.093 0.046 0.028 0.015 0.006 36 D 0.375 0.192 0.067 0.147 0.090 0.048 0.046 0.019 0.010 0.004 0.002 37 G 0.169 0.125 0.044 0.118 0.121 0.117 0.127 0.078 0.055 0.033 0.012 38 R 0.278 0.299 0.079 0.192 0.085 0.035 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 39 V 0.053 0.031 0.020 0.050 0.081 0.115 0.207 0.170 0.149 0.086 0.038 40 D 0.398 0.308 0.123 0.113 0.038 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 41 N 0.235 0.286 0.086 0.200 0.104 0.046 0.026 0.008 0.004 0.002 0.001 42 V 0.090 0.046 0.031 0.071 0.100 0.133 0.179 0.129 0.117 0.070 0.035 43 Q 0.227 0.246 0.216 0.203 0.068 0.023 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 44 I 0.024 0.059 0.089 0.157 0.153 0.143 0.183 0.095 0.057 0.029 0.012 45 L 0.034 0.045 0.042 0.067 0.096 0.141 0.210 0.140 0.106 0.073 0.047 46 S 0.177 0.192 0.194 0.218 0.109 0.050 0.038 0.012 0.007 0.003 0.001 47 A 0.302 0.116 0.107 0.130 0.099 0.080 0.081 0.037 0.025 0.014 0.007 48 K 0.205 0.303 0.110 0.166 0.093 0.051 0.037 0.016 0.010 0.006 0.003 49 P 0.101 0.059 0.021 0.054 0.081 0.114 0.190 0.125 0.121 0.084 0.050 50 A 0.355 0.209 0.093 0.142 0.088 0.052 0.036 0.013 0.007 0.003 0.001 51 N 0.535 0.160 0.089 0.109 0.050 0.025 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 52 M 0.102 0.071 0.051 0.107 0.106 0.120 0.161 0.111 0.079 0.057 0.035 53 F 0.042 0.067 0.034 0.057 0.075 0.120 0.180 0.137 0.129 0.101 0.057 54 E 0.120 0.184 0.216 0.218 0.128 0.067 0.042 0.014 0.007 0.003 0.001 55 R 0.354 0.137 0.233 0.129 0.067 0.034 0.026 0.010 0.006 0.003 0.002 56 E 0.291 0.212 0.174 0.152 0.077 0.041 0.026 0.010 0.008 0.004 0.004 57 V 0.021 0.016 0.012 0.023 0.037 0.097 0.222 0.188 0.187 0.132 0.065 58 K 0.113 0.104 0.240 0.206 0.136 0.096 0.064 0.021 0.012 0.005 0.002 59 N 0.215 0.128 0.553 0.069 0.019 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 60 A 0.025 0.021 0.036 0.066 0.081 0.137 0.229 0.144 0.125 0.087 0.050 61 M 0.037 0.031 0.040 0.044 0.052 0.097 0.190 0.155 0.163 0.121 0.071 62 R 0.060 0.091 0.487 0.149 0.088 0.059 0.040 0.013 0.008 0.003 0.002 63 R 0.228 0.145 0.308 0.140 0.075 0.043 0.031 0.013 0.009 0.005 0.003 64 W 0.039 0.027 0.019 0.042 0.061 0.096 0.202 0.161 0.162 0.123 0.068 65 R 0.305 0.200 0.111 0.131 0.082 0.064 0.055 0.024 0.016 0.008 0.005 66 Y 0.054 0.059 0.076 0.097 0.118 0.136 0.181 0.111 0.088 0.052 0.028 67 E 0.280 0.188 0.091 0.133 0.090 0.061 0.061 0.037 0.028 0.019 0.012 68 P 0.329 0.163 0.059 0.121 0.096 0.067 0.073 0.037 0.028 0.016 0.009 69 G 0.295 0.093 0.046 0.100 0.086 0.087 0.105 0.071 0.056 0.038 0.023 70 K 0.139 0.167 0.059 0.143 0.131 0.106 0.106 0.064 0.043 0.027 0.015 71 P 0.250 0.197 0.070 0.145 0.096 0.071 0.063 0.040 0.032 0.021 0.014 72 G 0.341 0.083 0.036 0.079 0.083 0.082 0.099 0.070 0.055 0.042 0.029 73 S 0.308 0.185 0.073 0.129 0.086 0.059 0.066 0.038 0.029 0.018 0.010 74 G 0.238 0.151 0.081 0.175 0.124 0.087 0.060 0.034 0.026 0.015 0.008 75 I 0.059 0.064 0.028 0.078 0.086 0.103 0.160 0.136 0.116 0.096 0.074 76 V 0.080 0.072 0.046 0.086 0.084 0.087 0.132 0.116 0.118 0.107 0.073 77 V 0.060 0.044 0.029 0.075 0.090 0.110 0.161 0.131 0.132 0.098 0.070 78 N 0.145 0.123 0.079 0.157 0.111 0.090 0.090 0.065 0.056 0.045 0.040 79 I 0.047 0.049 0.048 0.081 0.094 0.106 0.148 0.123 0.123 0.103 0.078 80 L 0.085 0.080 0.063 0.133 0.112 0.100 0.128 0.093 0.084 0.071 0.052 81 F 0.033 0.024 0.029 0.044 0.055 0.079 0.163 0.147 0.162 0.150 0.115 82 K 0.148 0.144 0.163 0.222 0.115 0.072 0.065 0.030 0.021 0.013 0.008 83 I 0.052 0.040 0.053 0.069 0.064 0.080 0.146 0.122 0.137 0.131 0.105 84 N 0.135 0.107 0.053 0.102 0.080 0.077 0.111 0.090 0.099 0.088 0.058 85 G 0.314 0.122 0.056 0.088 0.068 0.068 0.083 0.057 0.060 0.049 0.035 86 T 0.179 0.132 0.055 0.115 0.097 0.092 0.110 0.070 0.066 0.050 0.033 87 T 0.240 0.123 0.073 0.130 0.098 0.076 0.078 0.059 0.056 0.042 0.023 88 E 0.183 0.126 0.073 0.168 0.133 0.093 0.094 0.053 0.040 0.024 0.013 89 I 0.076 0.062 0.058 0.089 0.079 0.089 0.140 0.124 0.123 0.098 0.063 90 Q 0.074 0.071 0.062 0.138 0.131 0.129 0.157 0.103 0.075 0.042 0.018 91 A 0.204 0.110 0.151 0.156 0.097 0.075 0.076 0.049 0.040 0.027 0.016 92 S 0.241 0.178 0.103 0.132 0.089 0.066 0.071 0.044 0.037 0.026 0.013 93 G 0.193 0.120 0.042 0.096 0.082 0.086 0.112 0.088 0.091 0.062 0.029 94 P 0.163 0.100 0.051 0.111 0.094 0.093 0.118 0.086 0.086 0.060 0.037 95 R 0.171 0.135 0.128 0.187 0.114 0.075 0.076 0.044 0.037 0.021 0.010 96 A 0.093 0.058 0.054 0.114 0.103 0.111 0.152 0.119 0.107 0.059 0.032 97 L 0.025 0.025 0.030 0.061 0.071 0.106 0.179 0.168 0.166 0.107 0.062 98 S 0.084 0.091 0.117 0.128 0.116 0.111 0.138 0.093 0.068 0.037 0.017 99 R 0.153 0.131 0.141 0.165 0.125 0.091 0.089 0.048 0.033 0.017 0.007 100 N 0.189 0.143 0.053 0.108 0.116 0.099 0.117 0.070 0.054 0.033 0.019 101 Q 0.048 0.081 0.032 0.113 0.131 0.136 0.188 0.118 0.085 0.049 0.020 102 P 0.204 0.076 0.058 0.141 0.141 0.111 0.124 0.065 0.046 0.023 0.011 103 Q 0.207 0.216 0.097 0.186 0.124 0.071 0.053 0.025 0.013 0.005 0.002 104 Y 0.003 0.017 0.006 0.020 0.029 0.066 0.156 0.208 0.225 0.181 0.088 105 P 0.015 0.015 0.018 0.086 0.147 0.209 0.208 0.126 0.100 0.051 0.025 106 A 0.507 0.142 0.227 0.073 0.027 0.012 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 107 R 0.010 0.039 0.073 0.254 0.185 0.174 0.160 0.062 0.029 0.010 0.004 108 A 0.009 0.002 0.006 0.005 0.006 0.017 0.070 0.133 0.234 0.281 0.236 109 Q 0.015 0.025 0.318 0.247 0.172 0.125 0.071 0.017 0.006 0.002 0.001 110 A 0.007 0.031 0.650 0.151 0.072 0.042 0.028 0.009 0.006 0.003 0.001 111 L 0.007 0.010 0.026 0.048 0.060 0.135 0.274 0.165 0.122 0.093 0.059 112 R 0.149 0.128 0.158 0.179 0.115 0.088 0.092 0.044 0.027 0.014 0.005 113 I 0.030 0.053 0.283 0.164 0.126 0.124 0.109 0.053 0.032 0.017 0.010 114 E 0.036 0.101 0.146 0.245 0.199 0.124 0.090 0.031 0.016 0.008 0.004 115 G 0.059 0.022 0.018 0.042 0.041 0.070 0.224 0.191 0.173 0.103 0.057 116 Q 0.021 0.095 0.167 0.452 0.191 0.061 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 117 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.051 0.134 0.283 0.290 0.230 118 K 0.002 0.026 0.052 0.530 0.289 0.082 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 119 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.051 0.121 0.301 0.303 0.213 120 K 0.003 0.026 0.046 0.483 0.316 0.099 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 121 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.059 0.120 0.291 0.304 0.209 122 D 0.014 0.090 0.069 0.504 0.249 0.057 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 123 V 0.001 0.003 0.001 0.005 0.008 0.015 0.070 0.124 0.242 0.257 0.272 124 T 0.044 0.137 0.072 0.386 0.228 0.080 0.035 0.012 0.005 0.001 0.001 125 P 0.328 0.193 0.031 0.153 0.116 0.089 0.059 0.020 0.008 0.003 0.001 126 D 0.405 0.256 0.071 0.169 0.062 0.020 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 127 G 0.118 0.086 0.019 0.114 0.126 0.155 0.142 0.095 0.076 0.049 0.021 128 R 0.105 0.271 0.088 0.324 0.140 0.049 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 129 V 0.003 0.002 0.002 0.007 0.011 0.019 0.070 0.143 0.268 0.239 0.237 130 D 0.064 0.174 0.130 0.385 0.163 0.059 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 131 N 0.117 0.300 0.058 0.310 0.147 0.047 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 132 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.042 0.088 0.232 0.285 0.337 133 Q 0.018 0.166 0.095 0.433 0.207 0.059 0.019 0.002 0.001 0.001 0.001 134 I 0.001 0.002 0.001 0.005 0.007 0.011 0.057 0.129 0.255 0.282 0.249 135 L 0.005 0.017 0.016 0.128 0.221 0.254 0.203 0.080 0.044 0.020 0.012 136 S 0.041 0.141 0.052 0.252 0.200 0.113 0.108 0.047 0.030 0.011 0.005 137 A 0.015 0.014 0.009 0.053 0.076 0.115 0.191 0.174 0.174 0.115 0.065 138 K 0.266 0.381 0.093 0.157 0.063 0.023 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 139 P 0.205 0.209 0.043 0.140 0.121 0.090 0.093 0.045 0.029 0.017 0.007 140 A 0.265 0.176 0.058 0.143 0.112 0.084 0.077 0.037 0.025 0.014 0.008 141 N 0.447 0.260 0.090 0.131 0.046 0.015 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 142 M 0.065 0.083 0.049 0.138 0.135 0.159 0.168 0.098 0.059 0.031 0.015 143 F 0.009 0.019 0.019 0.034 0.042 0.092 0.159 0.154 0.179 0.161 0.132 144 E 0.025 0.059 0.167 0.177 0.165 0.168 0.161 0.047 0.022 0.007 0.002 145 R 0.171 0.136 0.427 0.199 0.047 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.018 0.022 0.141 0.121 0.114 0.143 0.211 0.104 0.068 0.037 0.021 147 V 0.001 0.001 0.016 0.005 0.007 0.019 0.129 0.169 0.247 0.246 0.161 148 K 0.001 0.002 0.183 0.150 0.206 0.248 0.155 0.038 0.013 0.004 0.001 149 N 0.004 0.021 0.555 0.216 0.112 0.059 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 150 A 0.001 0.002 0.013 0.015 0.031 0.087 0.320 0.209 0.176 0.100 0.046 151 M 0.001 0.001 0.039 0.008 0.006 0.009 0.069 0.117 0.240 0.287 0.223 152 R 0.002 0.009 0.296 0.191 0.223 0.140 0.090 0.032 0.011 0.005 0.002 153 R 0.004 0.033 0.486 0.181 0.140 0.082 0.045 0.016 0.009 0.004 0.001 154 W 0.006 0.006 0.013 0.014 0.028 0.068 0.249 0.199 0.219 0.140 0.058 155 R 0.082 0.088 0.062 0.128 0.115 0.126 0.198 0.100 0.062 0.029 0.012 156 Y 0.012 0.033 0.044 0.062 0.080 0.090 0.161 0.167 0.156 0.127 0.068 157 E 0.291 0.289 0.132 0.157 0.071 0.028 0.018 0.007 0.004 0.002 0.001 158 P 0.159 0.065 0.028 0.075 0.085 0.092 0.192 0.123 0.098 0.057 0.028 159 G 0.372 0.151 0.034 0.117 0.088 0.063 0.065 0.046 0.033 0.020 0.010 160 K 0.282 0.245 0.047 0.144 0.096 0.067 0.054 0.029 0.020 0.011 0.006 161 P 0.087 0.061 0.027 0.094 0.095 0.118 0.147 0.130 0.109 0.080 0.053 162 G 0.492 0.170 0.043 0.080 0.057 0.047 0.044 0.027 0.021 0.013 0.007 163 S 0.341 0.209 0.091 0.174 0.082 0.043 0.032 0.014 0.008 0.004 0.002 164 G 0.512 0.150 0.056 0.103 0.060 0.038 0.030 0.019 0.015 0.010 0.007 165 I 0.039 0.122 0.065 0.207 0.182 0.149 0.122 0.056 0.032 0.017 0.009 166 V 0.034 0.066 0.050 0.136 0.143 0.140 0.159 0.106 0.086 0.052 0.030 167 V 0.020 0.018 0.013 0.065 0.083 0.112 0.200 0.168 0.147 0.101 0.073 168 N 0.054 0.135 0.089 0.276 0.198 0.113 0.075 0.031 0.017 0.008 0.004 169 I 0.003 0.005 0.004 0.017 0.024 0.040 0.111 0.168 0.236 0.216 0.177 170 L 0.037 0.077 0.049 0.233 0.219 0.164 0.122 0.051 0.027 0.014 0.007 171 F 0.003 0.004 0.004 0.012 0.017 0.026 0.095 0.154 0.244 0.240 0.201 172 K 0.048 0.113 0.084 0.332 0.221 0.103 0.062 0.021 0.010 0.004 0.002 173 I 0.008 0.010 0.006 0.023 0.034 0.055 0.142 0.177 0.227 0.188 0.130 174 N 0.099 0.190 0.077 0.251 0.170 0.091 0.063 0.029 0.017 0.008 0.004 175 G 0.109 0.051 0.017 0.056 0.062 0.080 0.161 0.145 0.145 0.111 0.063 176 T 0.158 0.191 0.065 0.229 0.156 0.083 0.062 0.028 0.016 0.009 0.004 177 T 0.071 0.063 0.027 0.067 0.071 0.086 0.144 0.142 0.153 0.113 0.064 178 E 0.236 0.223 0.098 0.226 0.112 0.053 0.030 0.012 0.006 0.003 0.002 179 I 0.097 0.054 0.033 0.064 0.075 0.093 0.146 0.134 0.136 0.107 0.061 180 Q 0.214 0.254 0.075 0.184 0.117 0.059 0.043 0.024 0.016 0.009 0.005