# TARGET T0240 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0240.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 173 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.020 0.004 0.004 0.008 0.032 0.019 0.913 2 S 0.071 0.044 0.008 0.011 0.060 0.060 0.746 3 G 0.058 0.023 0.005 0.004 0.088 0.022 0.801 4 P 0.036 0.005 0.002 0.001 0.026 0.005 0.924 5 R 0.109 0.040 0.007 0.002 0.034 0.006 0.802 6 A 0.181 0.032 0.010 0.004 0.052 0.004 0.718 7 L 0.112 0.026 0.012 0.006 0.069 0.010 0.765 8 S 0.125 0.029 0.025 0.006 0.121 0.021 0.673 9 R 0.052 0.010 0.040 0.012 0.089 0.038 0.759 10 N 0.075 0.020 0.030 0.014 0.115 0.049 0.697 11 Q 0.083 0.014 0.005 0.003 0.142 0.009 0.744 12 P 0.033 0.014 0.003 0.001 0.019 0.003 0.927 13 Q 0.034 0.026 0.003 0.001 0.064 0.006 0.867 14 Y 0.012 0.006 0.001 0.001 0.025 0.002 0.954 15 P 0.006 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.977 16 A 0.016 0.016 0.008 0.003 0.055 0.010 0.892 17 R 0.012 0.007 0.016 0.003 0.085 0.021 0.855 18 A 0.018 0.009 0.025 0.008 0.070 0.018 0.853 19 Q 0.025 0.008 0.030 0.013 0.127 0.030 0.767 20 A 0.028 0.015 0.022 0.010 0.095 0.032 0.799 21 L 0.019 0.012 0.005 0.004 0.051 0.006 0.904 22 R 0.024 0.009 0.003 0.003 0.019 0.005 0.936 23 I 0.017 0.006 0.020 0.010 0.033 0.013 0.901 24 E 0.035 0.010 0.056 0.024 0.137 0.078 0.660 25 G 0.038 0.007 0.030 0.016 0.233 0.106 0.570 26 Q 0.061 0.007 0.006 0.005 0.060 0.017 0.844 27 V 0.092 0.010 0.001 0.002 0.027 0.002 0.866 28 K 0.198 0.017 0.001 0.001 0.018 0.001 0.763 29 V 0.142 0.020 0.001 0.001 0.012 0.001 0.824 30 K 0.096 0.010 0.001 0.001 0.019 0.002 0.870 31 F 0.074 0.014 0.010 0.002 0.082 0.010 0.809 32 D 0.058 0.012 0.011 0.001 0.082 0.021 0.816 33 V 0.044 0.015 0.002 0.001 0.060 0.005 0.872 34 T 0.069 0.021 0.002 0.001 0.042 0.004 0.863 35 P 0.056 0.040 0.013 0.003 0.060 0.011 0.816 36 D 0.028 0.013 0.026 0.002 0.128 0.056 0.747 37 G 0.025 0.019 0.024 0.003 0.228 0.101 0.600 38 R 0.029 0.020 0.010 0.003 0.104 0.040 0.794 39 V 0.028 0.015 0.009 0.009 0.082 0.011 0.845 40 D 0.054 0.013 0.011 0.016 0.086 0.023 0.796 41 N 0.188 0.028 0.031 0.045 0.110 0.035 0.564 42 V 0.246 0.016 0.029 0.107 0.070 0.021 0.511 43 Q 0.478 0.020 0.029 0.091 0.044 0.017 0.322 44 I 0.578 0.032 0.014 0.077 0.028 0.009 0.262 45 L 0.445 0.024 0.011 0.032 0.023 0.011 0.454 46 S 0.251 0.014 0.020 0.029 0.071 0.035 0.581 47 A 0.088 0.014 0.023 0.023 0.153 0.045 0.653 48 K 0.026 0.008 0.006 0.007 0.111 0.012 0.829 49 P 0.005 0.003 0.013 0.010 0.026 0.017 0.924 50 A 0.010 0.010 0.059 0.032 0.077 0.059 0.753 51 N 0.009 0.006 0.126 0.075 0.169 0.134 0.481 52 M 0.014 0.012 0.154 0.180 0.090 0.141 0.408 53 F 0.014 0.011 0.050 0.217 0.111 0.080 0.517 54 E 0.012 0.006 0.040 0.309 0.067 0.046 0.521 55 R 0.006 0.005 0.049 0.762 0.044 0.024 0.111 56 E 0.005 0.004 0.047 0.818 0.013 0.037 0.076 57 V 0.004 0.003 0.035 0.867 0.009 0.025 0.057 58 K 0.009 0.005 0.034 0.833 0.015 0.024 0.079 59 N 0.012 0.003 0.042 0.797 0.031 0.050 0.065 60 A 0.016 0.004 0.038 0.697 0.032 0.082 0.131 61 M 0.026 0.016 0.058 0.508 0.062 0.103 0.228 62 R 0.036 0.012 0.069 0.364 0.088 0.119 0.311 63 R 0.042 0.016 0.055 0.151 0.117 0.119 0.499 64 W 0.018 0.017 0.032 0.046 0.072 0.052 0.763 65 R 0.030 0.018 0.045 0.028 0.103 0.105 0.671 66 Y 0.037 0.039 0.036 0.019 0.224 0.056 0.591 67 E 0.029 0.017 0.007 0.002 0.267 0.018 0.660 68 P 0.023 0.024 0.010 0.002 0.123 0.077 0.740 69 G 0.019 0.031 0.008 0.002 0.184 0.042 0.713 70 K 0.027 0.027 0.009 0.002 0.192 0.030 0.713 71 P 0.022 0.021 0.039 0.011 0.141 0.136 0.630 72 G 0.032 0.031 0.088 0.020 0.246 0.143 0.440 73 S 0.028 0.022 0.108 0.039 0.213 0.291 0.300 74 G 0.045 0.017 0.078 0.041 0.230 0.286 0.303 75 I 0.110 0.047 0.028 0.040 0.157 0.045 0.573 76 V 0.215 0.062 0.019 0.043 0.075 0.050 0.537 77 V 0.310 0.044 0.026 0.048 0.115 0.052 0.406 78 N 0.299 0.024 0.031 0.046 0.148 0.055 0.398 79 I 0.355 0.022 0.042 0.073 0.154 0.059 0.295 80 L 0.432 0.032 0.037 0.094 0.082 0.058 0.265 81 F 0.348 0.032 0.059 0.108 0.110 0.057 0.285 82 K 0.315 0.018 0.048 0.120 0.084 0.090 0.324 83 I 0.215 0.031 0.059 0.116 0.129 0.154 0.296 84 N 0.128 0.028 0.038 0.104 0.141 0.329 0.232 85 G 0.100 0.011 0.029 0.071 0.241 0.272 0.277 86 T 0.148 0.014 0.032 0.132 0.188 0.070 0.415 87 T 0.197 0.024 0.083 0.221 0.111 0.079 0.284 88 E 0.199 0.028 0.118 0.238 0.107 0.099 0.210 89 I 0.227 0.037 0.100 0.243 0.071 0.097 0.223 90 Q 0.159 0.017 0.108 0.253 0.090 0.129 0.243 91 A 0.099 0.012 0.086 0.212 0.147 0.224 0.221 92 S 0.056 0.012 0.051 0.153 0.174 0.348 0.206 93 G 0.051 0.010 0.016 0.082 0.189 0.097 0.554 94 P 0.076 0.013 0.041 0.120 0.057 0.060 0.633 95 R 0.192 0.038 0.105 0.161 0.076 0.049 0.379 96 A 0.206 0.029 0.151 0.170 0.075 0.056 0.312 97 L 0.190 0.050 0.103 0.167 0.089 0.131 0.270 98 S 0.107 0.016 0.056 0.070 0.192 0.174 0.385 99 R 0.031 0.007 0.028 0.042 0.290 0.125 0.477 100 N 0.022 0.029 0.017 0.053 0.232 0.113 0.535 101 Q 0.012 0.007 0.006 0.009 0.127 0.010 0.828 102 P 0.013 0.018 0.108 0.118 0.087 0.214 0.441 103 Q 0.012 0.041 0.115 0.210 0.186 0.235 0.200 104 Y 0.009 0.009 0.008 0.042 0.483 0.012 0.437 105 P 0.005 0.008 0.038 0.399 0.024 0.041 0.486 106 A 0.001 0.001 0.045 0.864 0.015 0.055 0.019 107 R 0.001 0.001 0.024 0.934 0.004 0.027 0.009 108 A 0.003 0.004 0.043 0.892 0.007 0.034 0.016 109 Q 0.015 0.003 0.064 0.636 0.021 0.202 0.059 110 A 0.020 0.006 0.107 0.444 0.086 0.276 0.060 111 L 0.017 0.008 0.130 0.085 0.053 0.672 0.035 112 R 0.021 0.002 0.033 0.008 0.067 0.761 0.108 113 I 0.226 0.026 0.016 0.001 0.072 0.045 0.615 114 E 0.350 0.009 0.006 0.001 0.134 0.057 0.443 115 G 0.514 0.001 0.004 0.001 0.239 0.100 0.143 116 Q 0.950 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.042 117 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 118 K 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 119 V 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 120 K 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 121 F 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 122 D 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 123 V 0.875 0.020 0.001 0.001 0.004 0.001 0.100 124 T 0.108 0.003 0.001 0.001 0.039 0.014 0.836 125 P 0.003 0.001 0.002 0.001 0.027 0.964 0.003 126 D 0.003 0.001 0.005 0.001 0.070 0.912 0.009 127 G 0.049 0.010 0.008 0.002 0.450 0.038 0.442 128 R 0.252 0.120 0.004 0.001 0.064 0.021 0.538 129 V 0.606 0.202 0.007 0.001 0.015 0.007 0.161 130 D 0.600 0.006 0.015 0.001 0.134 0.074 0.170 131 N 0.785 0.002 0.010 0.001 0.058 0.064 0.080 132 V 0.925 0.002 0.001 0.001 0.005 0.002 0.065 133 Q 0.986 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 134 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 135 L 0.938 0.002 0.001 0.002 0.006 0.003 0.048 136 S 0.826 0.003 0.003 0.002 0.043 0.013 0.110 137 A 0.326 0.026 0.008 0.003 0.213 0.040 0.385 138 K 0.108 0.018 0.007 0.003 0.399 0.030 0.436 139 P 0.015 0.005 0.091 0.060 0.298 0.165 0.365 140 A 0.005 0.006 0.162 0.299 0.101 0.190 0.238 141 N 0.002 0.003 0.104 0.587 0.071 0.140 0.093 142 M 0.002 0.005 0.036 0.867 0.017 0.036 0.038 143 F 0.001 0.001 0.007 0.965 0.003 0.014 0.011 144 E 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.002 145 R 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 146 E 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 147 V 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 148 K 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 149 N 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.007 0.001 150 A 0.001 0.001 0.001 0.984 0.001 0.012 0.002 151 M 0.001 0.001 0.006 0.963 0.004 0.021 0.005 152 R 0.003 0.001 0.014 0.936 0.007 0.037 0.004 153 R 0.004 0.001 0.012 0.844 0.004 0.129 0.006 154 W 0.023 0.006 0.013 0.599 0.040 0.174 0.145 155 R 0.097 0.030 0.013 0.175 0.130 0.102 0.453 156 Y 0.242 0.066 0.009 0.033 0.090 0.033 0.528 157 E 0.145 0.027 0.004 0.004 0.193 0.027 0.601 158 P 0.106 0.021 0.004 0.003 0.159 0.100 0.608 159 G 0.091 0.038 0.002 0.001 0.305 0.044 0.518 160 K 0.078 0.099 0.002 0.001 0.175 0.011 0.635 161 P 0.020 0.011 0.006 0.001 0.070 0.063 0.829 162 G 0.028 0.020 0.024 0.001 0.215 0.484 0.230 163 S 0.012 0.005 0.016 0.001 0.335 0.555 0.076 164 G 0.042 0.002 0.012 0.001 0.524 0.242 0.179 165 I 0.400 0.059 0.002 0.001 0.056 0.004 0.480 166 V 0.793 0.038 0.001 0.001 0.007 0.001 0.159 167 V 0.852 0.003 0.002 0.001 0.036 0.004 0.104 168 N 0.921 0.001 0.001 0.001 0.010 0.005 0.062 169 I 0.936 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.053 170 L 0.979 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 171 F 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 172 K 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 173 I 0.957 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.037 174 N 0.630 0.002 0.001 0.001 0.029 0.019 0.320 175 G 0.437 0.001 0.001 0.001 0.200 0.150 0.212 176 T 0.812 0.003 0.002 0.001 0.045 0.038 0.100 177 T 0.944 0.004 0.001 0.001 0.006 0.002 0.044 178 E 0.938 0.006 0.001 0.001 0.007 0.002 0.046 179 I 0.577 0.014 0.001 0.001 0.010 0.002 0.395 180 Q 0.076 0.002 0.001 0.001 0.012 0.004 0.905