# TARGET T0240 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0240.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 173 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.147 0.163 0.482 0.058 0.062 0.032 0.017 0.008 0.019 0.010 0.003 2 S 0.222 0.178 0.356 0.171 0.029 0.020 0.005 0.003 0.012 0.002 0.003 3 G 0.044 0.041 0.226 0.013 0.170 0.004 0.028 0.052 0.015 0.407 0.001 4 P 0.146 0.031 0.678 0.040 0.010 0.015 0.002 0.002 0.001 0.003 0.072 5 R 0.039 0.517 0.306 0.010 0.037 0.020 0.007 0.001 0.062 0.001 0.001 6 A 0.044 0.053 0.845 0.003 0.001 0.041 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 7 L 0.188 0.334 0.311 0.047 0.028 0.035 0.006 0.001 0.048 0.001 0.001 8 S 0.144 0.177 0.506 0.034 0.059 0.043 0.009 0.007 0.012 0.005 0.003 9 R 0.174 0.439 0.214 0.073 0.059 0.016 0.004 0.002 0.016 0.002 0.001 10 N 0.150 0.228 0.333 0.126 0.031 0.071 0.019 0.005 0.032 0.003 0.002 11 Q 0.016 0.371 0.260 0.002 0.030 0.014 0.010 0.001 0.296 0.001 0.001 12 P 0.066 0.004 0.792 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.116 13 Q 0.095 0.088 0.701 0.034 0.006 0.052 0.003 0.001 0.013 0.001 0.007 14 Y 0.021 0.190 0.681 0.001 0.013 0.018 0.005 0.001 0.067 0.001 0.001 15 P 0.073 0.006 0.876 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 16 A 0.286 0.081 0.560 0.012 0.016 0.021 0.004 0.005 0.009 0.003 0.003 17 R 0.490 0.076 0.346 0.034 0.010 0.025 0.004 0.002 0.006 0.002 0.005 18 A 0.449 0.119 0.270 0.056 0.051 0.015 0.009 0.005 0.018 0.007 0.001 19 Q 0.463 0.087 0.326 0.043 0.026 0.027 0.008 0.002 0.010 0.002 0.005 20 A 0.311 0.174 0.377 0.058 0.019 0.025 0.006 0.001 0.025 0.001 0.003 21 L 0.160 0.156 0.558 0.044 0.018 0.036 0.005 0.002 0.018 0.002 0.003 22 R 0.141 0.217 0.512 0.026 0.017 0.040 0.007 0.001 0.037 0.002 0.001 23 I 0.207 0.214 0.429 0.033 0.012 0.055 0.004 0.002 0.037 0.003 0.004 24 E 0.156 0.111 0.422 0.167 0.013 0.043 0.036 0.004 0.042 0.004 0.002 25 G 0.043 0.032 0.147 0.035 0.163 0.006 0.117 0.360 0.003 0.093 0.002 26 Q 0.053 0.487 0.327 0.057 0.037 0.019 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 27 V 0.010 0.328 0.576 0.007 0.017 0.045 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 28 K 0.010 0.705 0.160 0.005 0.013 0.033 0.001 0.001 0.073 0.001 0.001 29 V 0.010 0.165 0.768 0.003 0.004 0.039 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 30 K 0.022 0.422 0.400 0.011 0.022 0.045 0.005 0.001 0.069 0.001 0.001 31 F 0.054 0.253 0.572 0.013 0.051 0.032 0.005 0.003 0.012 0.006 0.001 32 D 0.031 0.429 0.387 0.025 0.027 0.048 0.006 0.001 0.043 0.001 0.002 33 V 0.037 0.293 0.572 0.021 0.015 0.044 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 34 T 0.009 0.243 0.403 0.001 0.018 0.018 0.006 0.001 0.300 0.001 0.001 35 P 0.145 0.003 0.573 0.005 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.255 36 D 0.113 0.114 0.291 0.279 0.023 0.085 0.034 0.006 0.051 0.001 0.004 37 G 0.048 0.058 0.252 0.033 0.209 0.006 0.031 0.153 0.004 0.205 0.001 38 R 0.067 0.318 0.445 0.060 0.030 0.039 0.006 0.001 0.031 0.001 0.002 39 V 0.056 0.192 0.643 0.017 0.010 0.058 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 40 D 0.230 0.280 0.253 0.100 0.036 0.050 0.011 0.002 0.034 0.003 0.001 41 N 0.087 0.223 0.352 0.085 0.065 0.080 0.049 0.007 0.045 0.003 0.003 42 V 0.080 0.504 0.304 0.019 0.043 0.019 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 43 Q 0.076 0.336 0.478 0.010 0.011 0.055 0.003 0.001 0.028 0.001 0.001 44 I 0.064 0.474 0.374 0.008 0.012 0.036 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 45 L 0.209 0.344 0.283 0.042 0.022 0.068 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 46 S 0.117 0.452 0.234 0.042 0.067 0.028 0.012 0.001 0.044 0.002 0.001 47 A 0.232 0.093 0.486 0.056 0.044 0.035 0.012 0.006 0.014 0.009 0.015 48 K 0.039 0.245 0.510 0.004 0.021 0.026 0.009 0.001 0.143 0.001 0.002 49 P 0.178 0.009 0.685 0.010 0.001 0.033 0.001 0.001 0.002 0.001 0.080 50 A 0.452 0.073 0.333 0.046 0.029 0.018 0.014 0.011 0.009 0.014 0.001 51 N 0.449 0.045 0.220 0.112 0.018 0.061 0.058 0.014 0.015 0.004 0.003 52 M 0.605 0.099 0.128 0.129 0.011 0.012 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 53 F 0.478 0.095 0.275 0.065 0.023 0.029 0.010 0.003 0.012 0.009 0.001 54 E 0.624 0.045 0.230 0.050 0.008 0.026 0.004 0.001 0.009 0.001 0.002 55 R 0.822 0.020 0.091 0.025 0.015 0.006 0.007 0.007 0.005 0.004 0.001 56 E 0.905 0.007 0.042 0.030 0.002 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 57 V 0.825 0.018 0.042 0.094 0.004 0.009 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 58 K 0.907 0.012 0.048 0.018 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 N 0.848 0.007 0.034 0.081 0.005 0.007 0.008 0.006 0.003 0.001 0.001 60 A 0.931 0.006 0.027 0.027 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 M 0.874 0.013 0.032 0.067 0.003 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 62 R 0.877 0.017 0.059 0.033 0.003 0.004 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 63 R 0.659 0.022 0.077 0.205 0.007 0.008 0.008 0.005 0.009 0.001 0.001 64 W 0.278 0.108 0.445 0.095 0.017 0.025 0.006 0.002 0.022 0.001 0.001 65 R 0.314 0.181 0.277 0.136 0.024 0.032 0.016 0.004 0.011 0.003 0.002 66 Y 0.153 0.193 0.412 0.106 0.049 0.028 0.011 0.007 0.029 0.011 0.001 67 E 0.043 0.213 0.524 0.002 0.032 0.016 0.007 0.001 0.158 0.004 0.002 68 P 0.183 0.005 0.622 0.029 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 69 G 0.077 0.046 0.305 0.057 0.115 0.013 0.033 0.224 0.009 0.118 0.002 70 K 0.051 0.247 0.543 0.005 0.030 0.018 0.007 0.001 0.087 0.006 0.003 71 P 0.089 0.007 0.816 0.029 0.001 0.029 0.003 0.001 0.002 0.001 0.024 72 G 0.092 0.039 0.100 0.056 0.091 0.012 0.091 0.449 0.005 0.066 0.001 73 S 0.213 0.204 0.262 0.202 0.037 0.024 0.024 0.003 0.025 0.004 0.001 74 G 0.074 0.055 0.207 0.034 0.181 0.008 0.040 0.264 0.005 0.132 0.001 75 I 0.159 0.400 0.281 0.040 0.071 0.023 0.004 0.001 0.019 0.002 0.001 76 V 0.195 0.224 0.420 0.046 0.018 0.063 0.005 0.001 0.022 0.002 0.004 77 V 0.205 0.435 0.162 0.057 0.081 0.023 0.006 0.001 0.027 0.003 0.001 78 N 0.261 0.126 0.354 0.105 0.045 0.057 0.020 0.006 0.021 0.002 0.004 79 I 0.133 0.430 0.234 0.051 0.070 0.029 0.011 0.002 0.038 0.001 0.001 80 L 0.172 0.304 0.386 0.040 0.012 0.053 0.004 0.001 0.024 0.001 0.003 81 F 0.142 0.403 0.227 0.056 0.083 0.028 0.012 0.003 0.039 0.005 0.001 82 K 0.187 0.188 0.413 0.051 0.042 0.057 0.028 0.006 0.023 0.004 0.002 83 I 0.276 0.250 0.208 0.149 0.038 0.034 0.011 0.004 0.026 0.003 0.001 84 N 0.194 0.193 0.227 0.228 0.051 0.026 0.039 0.007 0.028 0.006 0.001 85 G 0.072 0.037 0.126 0.061 0.140 0.008 0.080 0.259 0.006 0.211 0.001 86 T 0.174 0.203 0.445 0.063 0.064 0.017 0.008 0.004 0.014 0.007 0.002 87 T 0.338 0.172 0.331 0.058 0.045 0.026 0.006 0.005 0.010 0.006 0.002 88 E 0.364 0.252 0.248 0.050 0.041 0.023 0.004 0.002 0.013 0.003 0.001 89 I 0.387 0.249 0.173 0.086 0.035 0.031 0.006 0.002 0.030 0.002 0.001 90 Q 0.356 0.196 0.245 0.061 0.063 0.035 0.013 0.003 0.022 0.005 0.001 91 A 0.570 0.065 0.157 0.124 0.033 0.018 0.014 0.006 0.006 0.005 0.002 92 S 0.234 0.105 0.173 0.415 0.033 0.011 0.010 0.004 0.013 0.001 0.001 93 G 0.050 0.015 0.146 0.006 0.087 0.002 0.027 0.096 0.010 0.560 0.001 94 P 0.372 0.016 0.489 0.032 0.005 0.018 0.002 0.001 0.001 0.002 0.060 95 R 0.346 0.210 0.296 0.042 0.039 0.020 0.010 0.005 0.027 0.003 0.001 96 A 0.488 0.056 0.391 0.022 0.008 0.020 0.002 0.001 0.007 0.002 0.003 97 L 0.682 0.082 0.092 0.107 0.011 0.014 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 98 S 0.457 0.139 0.120 0.161 0.055 0.023 0.018 0.009 0.013 0.004 0.001 99 R 0.382 0.186 0.186 0.144 0.034 0.024 0.016 0.003 0.022 0.002 0.001 100 N 0.302 0.116 0.243 0.171 0.013 0.071 0.045 0.006 0.030 0.002 0.002 101 Q 0.075 0.158 0.390 0.006 0.021 0.024 0.036 0.001 0.286 0.004 0.001 102 P 0.335 0.004 0.543 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 103 Q 0.312 0.089 0.329 0.186 0.015 0.046 0.009 0.005 0.007 0.001 0.001 104 Y 0.022 0.213 0.506 0.007 0.058 0.035 0.003 0.001 0.151 0.003 0.001 105 P 0.846 0.001 0.139 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 106 A 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 R 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 A 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 L 0.242 0.001 0.003 0.754 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 R 0.022 0.001 0.008 0.030 0.002 0.004 0.616 0.301 0.011 0.005 0.001 113 I 0.055 0.256 0.504 0.034 0.016 0.110 0.006 0.001 0.016 0.003 0.001 114 E 0.038 0.271 0.276 0.297 0.039 0.034 0.020 0.002 0.022 0.001 0.001 115 G 0.002 0.017 0.039 0.006 0.472 0.001 0.011 0.156 0.001 0.296 0.001 116 Q 0.003 0.623 0.269 0.004 0.084 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 117 V 0.001 0.690 0.254 0.001 0.012 0.024 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 118 K 0.001 0.509 0.445 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 119 V 0.001 0.780 0.171 0.001 0.008 0.021 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 120 K 0.001 0.577 0.331 0.001 0.004 0.051 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 121 F 0.001 0.791 0.116 0.001 0.033 0.027 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 122 D 0.001 0.685 0.211 0.001 0.015 0.053 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 123 V 0.002 0.469 0.432 0.005 0.011 0.068 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 124 T 0.001 0.078 0.830 0.001 0.020 0.045 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 125 P 0.985 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 D 0.051 0.001 0.003 0.939 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 127 G 0.003 0.005 0.142 0.012 0.059 0.001 0.066 0.630 0.003 0.081 0.001 128 R 0.013 0.177 0.720 0.016 0.017 0.022 0.019 0.001 0.007 0.001 0.007 129 V 0.007 0.074 0.856 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 130 D 0.493 0.033 0.007 0.458 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 131 N 0.004 0.318 0.031 0.087 0.414 0.017 0.106 0.001 0.021 0.001 0.001 132 V 0.001 0.734 0.124 0.001 0.128 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 133 Q 0.002 0.800 0.143 0.001 0.010 0.017 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 134 I 0.002 0.233 0.686 0.001 0.001 0.069 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 135 L 0.351 0.256 0.072 0.234 0.011 0.054 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 136 S 0.011 0.497 0.056 0.016 0.400 0.005 0.008 0.001 0.005 0.002 0.001 137 A 0.118 0.295 0.162 0.132 0.217 0.021 0.011 0.013 0.016 0.015 0.002 138 K 0.023 0.445 0.135 0.002 0.180 0.007 0.006 0.001 0.191 0.009 0.001 139 P 0.365 0.004 0.383 0.034 0.001 0.098 0.001 0.001 0.003 0.002 0.109 140 A 0.582 0.043 0.191 0.104 0.021 0.020 0.014 0.008 0.009 0.007 0.001 141 N 0.796 0.009 0.029 0.068 0.007 0.015 0.052 0.018 0.002 0.004 0.001 142 M 0.909 0.008 0.011 0.055 0.004 0.003 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 143 F 0.915 0.004 0.009 0.059 0.001 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 144 E 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 145 R 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 146 E 0.982 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 147 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 148 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 149 N 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 150 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 151 M 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 152 R 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 153 R 0.759 0.002 0.002 0.235 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 154 W 0.349 0.071 0.179 0.315 0.010 0.018 0.019 0.007 0.031 0.001 0.001 155 R 0.233 0.245 0.155 0.159 0.044 0.045 0.083 0.006 0.024 0.005 0.001 156 Y 0.129 0.167 0.449 0.116 0.053 0.046 0.008 0.005 0.015 0.010 0.001 157 E 0.017 0.313 0.305 0.002 0.053 0.016 0.008 0.001 0.282 0.002 0.001 158 P 0.108 0.005 0.719 0.013 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 159 G 0.062 0.126 0.368 0.063 0.169 0.026 0.034 0.078 0.027 0.044 0.002 160 K 0.018 0.262 0.595 0.004 0.025 0.021 0.005 0.001 0.060 0.005 0.003 161 P 0.031 0.008 0.925 0.009 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 162 G 0.226 0.094 0.072 0.088 0.074 0.019 0.082 0.272 0.017 0.055 0.001 163 S 0.062 0.039 0.079 0.446 0.012 0.023 0.300 0.004 0.030 0.006 0.001 164 G 0.002 0.002 0.018 0.005 0.040 0.001 0.056 0.820 0.001 0.056 0.001 165 I 0.006 0.609 0.329 0.007 0.021 0.014 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 166 V 0.002 0.102 0.855 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 167 V 0.065 0.690 0.046 0.111 0.058 0.018 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 168 N 0.003 0.613 0.147 0.010 0.207 0.008 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 169 I 0.001 0.789 0.055 0.001 0.140 0.005 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 170 L 0.001 0.846 0.125 0.001 0.010 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 171 F 0.001 0.835 0.051 0.001 0.098 0.006 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 172 K 0.001 0.811 0.136 0.001 0.016 0.020 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 173 I 0.003 0.681 0.174 0.002 0.040 0.055 0.001 0.001 0.043 0.001 0.001 174 N 0.095 0.290 0.364 0.090 0.023 0.089 0.007 0.001 0.038 0.001 0.004 175 G 0.019 0.285 0.057 0.024 0.579 0.004 0.007 0.009 0.004 0.011 0.001 176 T 0.007 0.818 0.070 0.010 0.071 0.007 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 177 T 0.006 0.721 0.107 0.007 0.118 0.013 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 178 E 0.006 0.630 0.201 0.004 0.023 0.066 0.003 0.001 0.066 0.001 0.001 179 I 0.043 0.253 0.504 0.027 0.007 0.123 0.002 0.001 0.036 0.001 0.003 180 Q 0.086 0.243 0.274 0.087 0.085 0.078 0.060 0.008 0.065 0.013 0.001