# TARGET T0240 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0240.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 173 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.777 0.145 0.045 0.022 0.009 0.002 0.001 2 S 0.683 0.198 0.076 0.031 0.009 0.002 0.001 3 G 0.548 0.251 0.119 0.062 0.017 0.003 0.001 4 P 0.327 0.214 0.195 0.169 0.079 0.015 0.001 5 R 0.525 0.308 0.119 0.037 0.009 0.001 0.001 6 A 0.335 0.287 0.216 0.122 0.035 0.005 0.001 7 L 0.319 0.266 0.214 0.143 0.050 0.007 0.001 8 S 0.578 0.273 0.102 0.036 0.010 0.001 0.001 9 R 0.627 0.245 0.087 0.032 0.008 0.001 0.001 10 N 0.241 0.268 0.257 0.171 0.054 0.008 0.001 11 Q 0.341 0.326 0.187 0.106 0.035 0.006 0.001 12 P 0.323 0.241 0.211 0.148 0.065 0.011 0.001 13 Q 0.586 0.272 0.098 0.034 0.009 0.002 0.001 14 Y 0.332 0.280 0.200 0.137 0.043 0.009 0.001 15 P 0.384 0.251 0.176 0.125 0.053 0.011 0.001 16 A 0.522 0.294 0.124 0.045 0.013 0.002 0.001 17 R 0.487 0.287 0.148 0.060 0.015 0.002 0.001 18 A 0.349 0.273 0.201 0.125 0.045 0.007 0.001 19 Q 0.554 0.272 0.119 0.043 0.011 0.002 0.001 20 A 0.647 0.225 0.081 0.036 0.010 0.001 0.001 21 L 0.382 0.262 0.205 0.114 0.033 0.004 0.001 22 R 0.660 0.245 0.066 0.023 0.005 0.001 0.001 23 I 0.518 0.261 0.142 0.062 0.015 0.002 0.001 24 E 0.596 0.254 0.104 0.036 0.009 0.001 0.001 25 G 0.743 0.192 0.047 0.015 0.003 0.001 0.001 26 Q 0.302 0.301 0.231 0.125 0.036 0.005 0.001 27 V 0.169 0.201 0.251 0.241 0.116 0.022 0.001 28 K 0.311 0.381 0.199 0.084 0.022 0.004 0.001 29 V 0.149 0.201 0.265 0.245 0.115 0.024 0.001 30 K 0.291 0.265 0.197 0.148 0.077 0.020 0.001 31 F 0.267 0.245 0.235 0.164 0.073 0.015 0.001 32 D 0.483 0.319 0.130 0.051 0.014 0.003 0.001 33 V 0.188 0.247 0.270 0.207 0.076 0.012 0.001 34 T 0.513 0.295 0.121 0.053 0.016 0.002 0.001 35 P 0.676 0.211 0.078 0.027 0.007 0.001 0.001 36 D 0.800 0.146 0.039 0.013 0.003 0.001 0.001 37 G 0.663 0.229 0.079 0.024 0.004 0.001 0.001 38 R 0.498 0.323 0.126 0.044 0.008 0.001 0.001 39 V 0.198 0.231 0.286 0.214 0.065 0.005 0.001 40 D 0.623 0.283 0.073 0.017 0.003 0.001 0.001 41 N 0.476 0.279 0.152 0.074 0.018 0.002 0.001 42 V 0.199 0.216 0.274 0.225 0.078 0.008 0.001 43 Q 0.558 0.333 0.085 0.020 0.003 0.001 0.001 44 I 0.209 0.290 0.293 0.167 0.037 0.003 0.001 45 L 0.227 0.267 0.241 0.180 0.073 0.012 0.001 46 S 0.634 0.242 0.085 0.030 0.008 0.001 0.001 47 A 0.722 0.179 0.064 0.027 0.007 0.001 0.001 48 K 0.618 0.262 0.085 0.028 0.006 0.001 0.001 49 P 0.410 0.256 0.182 0.115 0.033 0.004 0.001 50 A 0.634 0.244 0.086 0.028 0.007 0.001 0.001 51 N 0.672 0.229 0.072 0.021 0.005 0.001 0.001 52 M 0.355 0.269 0.199 0.133 0.039 0.004 0.001 53 F 0.318 0.268 0.227 0.140 0.042 0.005 0.001 54 E 0.643 0.256 0.074 0.022 0.004 0.001 0.001 55 R 0.648 0.232 0.085 0.028 0.006 0.001 0.001 56 E 0.632 0.261 0.073 0.027 0.006 0.001 0.001 57 V 0.124 0.159 0.253 0.304 0.139 0.022 0.001 58 K 0.352 0.338 0.200 0.084 0.022 0.003 0.001 59 N 0.548 0.323 0.096 0.027 0.005 0.001 0.001 60 A 0.145 0.190 0.263 0.270 0.113 0.018 0.001 61 M 0.149 0.217 0.257 0.233 0.115 0.027 0.001 62 R 0.425 0.306 0.167 0.076 0.022 0.004 0.001 63 R 0.492 0.285 0.134 0.064 0.020 0.004 0.001 64 W 0.173 0.207 0.246 0.228 0.115 0.029 0.001 65 R 0.454 0.317 0.136 0.063 0.024 0.007 0.001 66 Y 0.296 0.225 0.221 0.174 0.070 0.013 0.001 67 E 0.529 0.268 0.115 0.060 0.023 0.005 0.001 68 P 0.520 0.252 0.130 0.070 0.023 0.005 0.001 69 G 0.474 0.255 0.146 0.087 0.031 0.007 0.001 70 K 0.576 0.253 0.103 0.049 0.015 0.003 0.001 71 P 0.650 0.212 0.080 0.040 0.015 0.003 0.001 72 G 0.451 0.240 0.157 0.101 0.040 0.010 0.001 73 S 0.468 0.273 0.145 0.077 0.028 0.008 0.001 74 G 0.327 0.306 0.189 0.113 0.047 0.015 0.002 75 I 0.099 0.152 0.214 0.247 0.191 0.084 0.012 76 V 0.062 0.092 0.132 0.219 0.245 0.200 0.049 77 V 0.061 0.093 0.147 0.209 0.224 0.197 0.068 78 N 0.103 0.170 0.187 0.198 0.163 0.129 0.050 79 I 0.047 0.070 0.107 0.184 0.254 0.246 0.092 80 L 0.058 0.107 0.141 0.177 0.199 0.219 0.099 81 F 0.050 0.064 0.099 0.178 0.237 0.261 0.112 82 K 0.125 0.198 0.201 0.187 0.134 0.108 0.047 83 I 0.108 0.110 0.130 0.184 0.205 0.194 0.070 84 N 0.155 0.154 0.156 0.181 0.168 0.137 0.049 85 G 0.191 0.163 0.165 0.176 0.147 0.120 0.039 86 T 0.246 0.212 0.174 0.161 0.118 0.073 0.017 87 T 0.210 0.206 0.196 0.186 0.128 0.062 0.012 88 E 0.270 0.239 0.189 0.150 0.095 0.048 0.010 89 I 0.194 0.195 0.195 0.196 0.139 0.069 0.011 90 Q 0.308 0.233 0.188 0.147 0.085 0.034 0.005 91 A 0.515 0.231 0.113 0.077 0.042 0.019 0.004 92 S 0.519 0.226 0.125 0.077 0.037 0.014 0.003 93 G 0.339 0.235 0.169 0.140 0.077 0.035 0.005 94 P 0.290 0.181 0.169 0.182 0.117 0.054 0.007 95 R 0.296 0.302 0.203 0.124 0.053 0.019 0.003 96 A 0.182 0.189 0.206 0.213 0.142 0.059 0.008 97 L 0.111 0.138 0.186 0.256 0.211 0.089 0.010 98 S 0.301 0.276 0.205 0.129 0.061 0.024 0.004 99 R 0.320 0.300 0.197 0.117 0.050 0.014 0.002 100 N 0.158 0.243 0.245 0.207 0.109 0.035 0.003 101 Q 0.143 0.249 0.236 0.202 0.118 0.046 0.006 102 P 0.144 0.174 0.212 0.234 0.166 0.063 0.007 103 Q 0.310 0.349 0.194 0.091 0.037 0.016 0.003 104 Y 0.115 0.114 0.164 0.288 0.226 0.086 0.007 105 P 0.303 0.206 0.189 0.172 0.096 0.032 0.002 106 A 0.576 0.277 0.096 0.037 0.011 0.003 0.001 107 R 0.369 0.250 0.199 0.128 0.042 0.011 0.001 108 A 0.368 0.155 0.151 0.166 0.118 0.039 0.002 109 Q 0.584 0.255 0.104 0.042 0.012 0.003 0.001 110 A 0.726 0.196 0.053 0.019 0.005 0.001 0.001 111 L 0.620 0.191 0.113 0.054 0.018 0.003 0.001 112 R 0.720 0.211 0.052 0.013 0.003 0.001 0.001 113 I 0.585 0.237 0.106 0.052 0.017 0.003 0.001 114 E 0.491 0.306 0.141 0.050 0.011 0.001 0.001 115 G 0.301 0.318 0.189 0.136 0.047 0.009 0.001 116 Q 0.112 0.434 0.320 0.114 0.018 0.001 0.001 117 V 0.009 0.029 0.075 0.251 0.427 0.199 0.010 118 K 0.010 0.174 0.400 0.336 0.073 0.007 0.001 119 V 0.003 0.015 0.032 0.145 0.380 0.399 0.026 120 K 0.002 0.072 0.352 0.440 0.120 0.013 0.001 121 F 0.004 0.017 0.037 0.168 0.391 0.356 0.026 122 D 0.009 0.163 0.438 0.312 0.069 0.008 0.001 123 V 0.011 0.056 0.134 0.334 0.361 0.100 0.003 124 T 0.122 0.360 0.367 0.126 0.022 0.002 0.001 125 P 0.340 0.415 0.176 0.057 0.011 0.001 0.001 126 D 0.624 0.256 0.089 0.025 0.005 0.001 0.001 127 G 0.219 0.260 0.255 0.188 0.068 0.009 0.001 128 R 0.308 0.409 0.195 0.067 0.017 0.003 0.001 129 V 0.052 0.106 0.205 0.337 0.246 0.050 0.002 130 D 0.174 0.378 0.270 0.125 0.043 0.010 0.001 131 N 0.098 0.313 0.311 0.203 0.063 0.012 0.001 132 V 0.026 0.050 0.121 0.281 0.355 0.158 0.009 133 Q 0.056 0.306 0.364 0.199 0.061 0.012 0.001 134 I 0.022 0.039 0.083 0.245 0.359 0.231 0.021 135 L 0.037 0.130 0.224 0.303 0.219 0.080 0.007 136 S 0.176 0.343 0.250 0.149 0.060 0.020 0.003 137 A 0.268 0.250 0.215 0.166 0.075 0.024 0.002 138 K 0.380 0.321 0.175 0.083 0.031 0.009 0.001 139 P 0.420 0.298 0.150 0.086 0.035 0.010 0.001 140 A 0.159 0.276 0.276 0.187 0.080 0.020 0.001 141 N 0.431 0.334 0.145 0.058 0.024 0.007 0.001 142 M 0.064 0.210 0.294 0.261 0.128 0.039 0.004 143 F 0.010 0.020 0.053 0.215 0.459 0.231 0.012 144 E 0.027 0.215 0.339 0.281 0.109 0.026 0.002 145 R 0.129 0.488 0.265 0.089 0.023 0.005 0.001 146 E 0.004 0.050 0.224 0.369 0.279 0.070 0.005 147 V 0.001 0.001 0.003 0.038 0.286 0.583 0.088 148 K 0.003 0.076 0.283 0.425 0.175 0.035 0.001 149 N 0.017 0.353 0.416 0.177 0.032 0.004 0.001 150 A 0.001 0.003 0.021 0.150 0.450 0.362 0.014 151 M 0.001 0.002 0.012 0.088 0.398 0.448 0.051 152 R 0.048 0.390 0.360 0.157 0.038 0.007 0.001 153 R 0.026 0.230 0.381 0.284 0.071 0.009 0.001 154 W 0.002 0.011 0.054 0.217 0.416 0.278 0.022 155 R 0.046 0.298 0.336 0.216 0.084 0.019 0.002 156 Y 0.052 0.104 0.149 0.238 0.294 0.148 0.015 157 E 0.064 0.203 0.285 0.258 0.140 0.045 0.005 158 P 0.087 0.135 0.186 0.271 0.212 0.098 0.011 159 G 0.222 0.272 0.205 0.167 0.093 0.036 0.005 160 K 0.213 0.309 0.235 0.155 0.066 0.020 0.002 161 P 0.215 0.227 0.222 0.202 0.102 0.030 0.002 162 G 0.657 0.225 0.076 0.031 0.009 0.002 0.001 163 S 0.775 0.154 0.048 0.017 0.005 0.001 0.001 164 G 0.481 0.283 0.138 0.068 0.024 0.006 0.001 165 I 0.204 0.303 0.251 0.157 0.063 0.020 0.002 166 V 0.077 0.197 0.228 0.247 0.180 0.064 0.008 167 V 0.022 0.064 0.149 0.259 0.289 0.183 0.034 168 N 0.053 0.204 0.258 0.254 0.146 0.068 0.016 169 I 0.016 0.038 0.079 0.189 0.310 0.305 0.063 170 L 0.034 0.150 0.268 0.300 0.169 0.067 0.014 171 F 0.014 0.029 0.057 0.159 0.305 0.363 0.073 172 K 0.051 0.222 0.311 0.247 0.123 0.039 0.007 173 I 0.022 0.050 0.094 0.197 0.301 0.288 0.048 174 N 0.078 0.233 0.265 0.234 0.123 0.055 0.013 175 G 0.073 0.134 0.183 0.258 0.211 0.126 0.015 176 T 0.112 0.252 0.294 0.213 0.092 0.032 0.005 177 T 0.069 0.075 0.111 0.238 0.320 0.173 0.014 178 E 0.222 0.360 0.260 0.119 0.033 0.006 0.001 179 I 0.189 0.218 0.231 0.219 0.116 0.025 0.001 180 Q 0.579 0.275 0.109 0.030 0.006 0.001 0.001