# TARGET T0240 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0240.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 157 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.006 0.021 0.377 0.004 0.121 0.193 0.001 0.001 0.005 0.087 0.148 0.012 0.024 2 S 0.005 0.024 0.230 0.004 0.162 0.204 0.001 0.001 0.003 0.107 0.234 0.011 0.014 3 G 0.005 0.014 0.219 0.003 0.106 0.172 0.001 0.001 0.003 0.207 0.235 0.010 0.026 4 P 0.004 0.014 0.191 0.003 0.129 0.423 0.002 0.001 0.005 0.074 0.118 0.004 0.032 5 R 0.003 0.006 0.118 0.006 0.086 0.635 0.002 0.001 0.005 0.063 0.048 0.018 0.009 6 A 0.002 0.011 0.180 0.009 0.141 0.473 0.002 0.001 0.005 0.036 0.093 0.007 0.040 7 L 0.006 0.032 0.209 0.005 0.103 0.383 0.003 0.001 0.006 0.073 0.123 0.013 0.043 8 S 0.005 0.041 0.210 0.002 0.053 0.273 0.001 0.001 0.006 0.178 0.187 0.016 0.028 9 R 0.001 0.014 0.443 0.004 0.025 0.087 0.001 0.001 0.005 0.294 0.097 0.011 0.019 10 N 0.001 0.012 0.527 0.002 0.027 0.053 0.001 0.001 0.004 0.247 0.116 0.004 0.008 11 Q 0.001 0.010 0.751 0.001 0.014 0.025 0.001 0.001 0.003 0.162 0.028 0.002 0.004 12 P 0.001 0.025 0.679 0.001 0.054 0.066 0.001 0.001 0.005 0.069 0.091 0.002 0.008 13 Q 0.001 0.051 0.345 0.002 0.118 0.115 0.001 0.001 0.006 0.184 0.168 0.003 0.006 14 Y 0.001 0.011 0.369 0.001 0.035 0.144 0.001 0.001 0.018 0.379 0.033 0.004 0.007 15 P 0.001 0.002 0.388 0.001 0.009 0.541 0.001 0.001 0.005 0.031 0.022 0.001 0.002 16 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.001 0.001 17 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 19 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.918 0.001 0.001 0.001 0.004 0.052 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.192 0.001 0.001 0.001 0.016 0.770 0.001 0.001 22 R 0.001 0.001 0.036 0.001 0.007 0.013 0.001 0.001 0.001 0.028 0.913 0.001 0.001 23 I 0.001 0.012 0.770 0.001 0.011 0.005 0.001 0.001 0.004 0.127 0.034 0.012 0.024 24 E 0.003 0.072 0.301 0.012 0.027 0.005 0.002 0.001 0.042 0.098 0.104 0.108 0.226 25 G 0.019 0.010 0.207 0.030 0.031 0.002 0.009 0.001 0.014 0.184 0.106 0.244 0.143 26 Q 0.141 0.015 0.113 0.007 0.005 0.001 0.057 0.002 0.076 0.015 0.009 0.091 0.467 27 V 0.504 0.003 0.019 0.013 0.001 0.001 0.119 0.007 0.061 0.004 0.001 0.119 0.150 28 K 0.786 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.041 0.001 0.016 0.002 0.001 0.057 0.081 29 V 0.803 0.001 0.006 0.010 0.001 0.001 0.043 0.001 0.011 0.001 0.001 0.066 0.060 30 K 0.883 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.002 0.001 0.001 0.036 0.053 31 F 0.834 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.045 0.001 0.004 0.001 0.001 0.029 0.079 32 D 0.645 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.014 0.001 0.001 0.209 0.086 33 V 0.457 0.017 0.031 0.005 0.001 0.001 0.060 0.001 0.023 0.004 0.001 0.025 0.377 34 T 0.023 0.008 0.631 0.004 0.004 0.001 0.003 0.001 0.048 0.057 0.025 0.036 0.161 35 P 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.906 0.002 0.002 36 D 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.950 0.001 0.001 37 G 0.001 0.001 0.131 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.669 0.142 0.018 0.032 38 R 0.009 0.057 0.645 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.024 0.052 0.012 0.069 0.120 39 V 0.006 0.037 0.047 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.010 0.003 0.001 0.005 0.882 40 D 0.001 0.001 0.002 0.952 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 41 N 0.032 0.002 0.028 0.167 0.003 0.001 0.026 0.001 0.008 0.037 0.008 0.181 0.507 42 V 0.066 0.001 0.116 0.016 0.002 0.001 0.081 0.004 0.018 0.013 0.002 0.121 0.559 43 Q 0.093 0.003 0.024 0.002 0.001 0.001 0.090 0.010 0.038 0.002 0.001 0.701 0.036 44 I 0.134 0.006 0.015 0.002 0.001 0.001 0.068 0.030 0.076 0.001 0.001 0.023 0.642 45 L 0.114 0.003 0.029 0.460 0.001 0.002 0.062 0.089 0.100 0.004 0.002 0.118 0.019 46 S 0.153 0.009 0.095 0.064 0.002 0.006 0.097 0.019 0.113 0.051 0.007 0.143 0.240 47 A 0.043 0.018 0.302 0.008 0.033 0.033 0.026 0.025 0.105 0.125 0.024 0.044 0.214 48 K 0.005 0.023 0.524 0.007 0.039 0.037 0.007 0.008 0.044 0.173 0.055 0.043 0.036 49 P 0.002 0.030 0.390 0.003 0.070 0.093 0.003 0.001 0.017 0.215 0.115 0.007 0.053 50 A 0.002 0.008 0.432 0.001 0.037 0.151 0.001 0.001 0.008 0.272 0.064 0.014 0.010 51 N 0.001 0.015 0.127 0.002 0.114 0.439 0.001 0.001 0.002 0.109 0.177 0.001 0.010 52 M 0.001 0.004 0.083 0.001 0.103 0.606 0.001 0.001 0.001 0.072 0.127 0.002 0.001 53 F 0.001 0.016 0.112 0.001 0.055 0.613 0.001 0.001 0.004 0.095 0.097 0.002 0.005 54 E 0.001 0.003 0.134 0.001 0.008 0.798 0.001 0.001 0.001 0.041 0.012 0.001 0.002 55 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 60 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 61 M 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.970 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 62 R 0.001 0.001 0.010 0.001 0.009 0.896 0.001 0.001 0.001 0.007 0.077 0.001 0.001 63 R 0.001 0.001 0.017 0.001 0.014 0.752 0.001 0.001 0.001 0.022 0.192 0.001 0.001 64 W 0.001 0.002 0.143 0.001 0.028 0.456 0.001 0.001 0.001 0.125 0.242 0.001 0.003 65 R 0.001 0.011 0.276 0.001 0.052 0.216 0.001 0.001 0.002 0.123 0.293 0.008 0.017 66 Y 0.001 0.013 0.334 0.003 0.073 0.167 0.001 0.001 0.002 0.176 0.179 0.011 0.040 67 E 0.001 0.013 0.508 0.003 0.019 0.084 0.001 0.001 0.005 0.218 0.043 0.060 0.048 68 P 0.001 0.014 0.680 0.004 0.017 0.053 0.001 0.001 0.008 0.065 0.054 0.027 0.077 69 G 0.003 0.035 0.728 0.006 0.014 0.032 0.001 0.001 0.011 0.039 0.031 0.015 0.086 70 K 0.003 0.051 0.693 0.004 0.023 0.023 0.001 0.001 0.015 0.069 0.023 0.041 0.055 71 P 0.004 0.014 0.315 0.007 0.085 0.042 0.001 0.001 0.009 0.149 0.290 0.007 0.076 72 G 0.005 0.006 0.112 0.004 0.032 0.027 0.001 0.001 0.003 0.150 0.579 0.058 0.021 73 S 0.001 0.004 0.064 0.004 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.136 0.758 0.007 0.013 74 G 0.001 0.003 0.274 0.012 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.347 0.323 0.008 0.027 75 I 0.009 0.034 0.304 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.133 0.015 0.388 0.108 76 V 0.006 0.018 0.097 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.005 0.001 0.005 0.859 77 V 0.019 0.007 0.047 0.263 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.010 0.001 0.630 0.017 78 N 0.034 0.003 0.077 0.051 0.001 0.001 0.005 0.001 0.004 0.023 0.003 0.043 0.758 79 I 0.123 0.001 0.081 0.038 0.002 0.001 0.014 0.001 0.002 0.024 0.005 0.535 0.172 80 L 0.347 0.003 0.031 0.006 0.001 0.001 0.029 0.001 0.005 0.006 0.002 0.089 0.482 81 F 0.286 0.002 0.018 0.002 0.001 0.001 0.025 0.001 0.006 0.003 0.001 0.563 0.095 82 K 0.285 0.001 0.029 0.005 0.001 0.001 0.026 0.001 0.016 0.002 0.001 0.020 0.612 83 I 0.130 0.002 0.044 0.036 0.001 0.001 0.013 0.001 0.020 0.006 0.001 0.721 0.026 84 N 0.120 0.001 0.134 0.017 0.001 0.001 0.009 0.001 0.026 0.013 0.001 0.013 0.665 85 G 0.283 0.003 0.092 0.039 0.002 0.001 0.043 0.003 0.054 0.011 0.002 0.405 0.061 86 T 0.387 0.004 0.042 0.004 0.002 0.002 0.124 0.015 0.062 0.009 0.002 0.041 0.308 87 T 0.408 0.003 0.030 0.004 0.002 0.001 0.227 0.020 0.045 0.004 0.001 0.147 0.107 88 E 0.234 0.003 0.084 0.002 0.001 0.001 0.175 0.015 0.111 0.009 0.002 0.207 0.157 89 I 0.057 0.019 0.262 0.005 0.002 0.001 0.067 0.002 0.095 0.015 0.010 0.044 0.421 90 Q 0.002 0.006 0.879 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.014 0.030 0.005 0.007 0.046