# TARGET T0240 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0240.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 157 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.110 0.111 0.047 0.024 0.135 0.025 0.050 0.201 0.088 0.153 0.057 2 S 0.028 0.159 0.101 0.082 0.095 0.102 0.127 0.163 0.062 0.067 0.014 3 G 0.090 0.088 0.149 0.120 0.090 0.016 0.011 0.089 0.052 0.184 0.112 4 P 0.126 0.153 0.061 0.017 0.161 0.009 0.015 0.194 0.118 0.099 0.045 5 R 0.044 0.327 0.139 0.017 0.185 0.009 0.019 0.151 0.067 0.027 0.015 6 A 0.090 0.166 0.042 0.005 0.197 0.006 0.030 0.285 0.126 0.030 0.022 7 L 0.055 0.052 0.025 0.017 0.090 0.038 0.145 0.350 0.109 0.094 0.025 8 S 0.071 0.152 0.047 0.019 0.164 0.024 0.050 0.161 0.099 0.164 0.048 9 R 0.098 0.156 0.140 0.035 0.169 0.010 0.018 0.092 0.079 0.150 0.054 10 N 0.023 0.357 0.298 0.038 0.081 0.012 0.028 0.075 0.043 0.032 0.014 11 Q 0.050 0.460 0.129 0.005 0.220 0.003 0.014 0.052 0.036 0.015 0.015 12 P 0.083 0.223 0.093 0.012 0.193 0.017 0.037 0.170 0.098 0.043 0.031 13 Q 0.082 0.108 0.037 0.012 0.121 0.040 0.098 0.295 0.076 0.082 0.048 14 Y 0.043 0.278 0.173 0.043 0.058 0.019 0.008 0.189 0.050 0.096 0.042 15 P 0.029 0.139 0.042 0.004 0.062 0.003 0.005 0.590 0.085 0.029 0.012 16 A 0.002 0.013 0.007 0.001 0.004 0.002 0.002 0.866 0.094 0.009 0.001 17 R 0.002 0.005 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 0.923 0.053 0.006 0.001 18 A 0.002 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.927 0.047 0.008 0.001 19 Q 0.005 0.007 0.004 0.001 0.006 0.001 0.010 0.806 0.143 0.014 0.004 20 A 0.004 0.014 0.005 0.003 0.007 0.004 0.020 0.743 0.150 0.045 0.004 21 L 0.002 0.716 0.169 0.014 0.030 0.007 0.009 0.028 0.012 0.011 0.002 22 R 0.056 0.027 0.014 0.007 0.023 0.004 0.007 0.022 0.016 0.546 0.278 23 I 0.105 0.120 0.063 0.018 0.177 0.051 0.069 0.078 0.057 0.161 0.102 24 E 0.084 0.137 0.064 0.106 0.157 0.079 0.103 0.048 0.046 0.115 0.061 25 G 0.052 0.244 0.224 0.148 0.150 0.030 0.018 0.013 0.016 0.075 0.030 26 Q 0.218 0.105 0.006 0.001 0.644 0.001 0.004 0.002 0.001 0.004 0.014 27 V 0.191 0.043 0.002 0.001 0.755 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 28 K 0.309 0.015 0.001 0.001 0.663 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 29 V 0.357 0.018 0.001 0.001 0.609 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 30 K 0.409 0.020 0.001 0.001 0.508 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 31 F 0.249 0.092 0.008 0.001 0.630 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 32 D 0.387 0.091 0.010 0.001 0.446 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.063 33 V 0.049 0.405 0.034 0.039 0.409 0.004 0.001 0.001 0.001 0.019 0.037 34 T 0.001 0.071 0.888 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 35 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.008 0.048 0.646 0.293 0.001 0.001 36 D 0.001 0.725 0.241 0.014 0.008 0.001 0.001 0.003 0.005 0.002 0.001 37 G 0.005 0.019 0.012 0.004 0.011 0.001 0.001 0.003 0.016 0.686 0.243 38 R 0.098 0.383 0.027 0.001 0.413 0.001 0.010 0.011 0.011 0.032 0.015 39 V 0.585 0.022 0.001 0.001 0.319 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 40 D 0.002 0.008 0.010 0.127 0.008 0.586 0.239 0.012 0.003 0.003 0.001 41 N 0.494 0.051 0.008 0.012 0.332 0.001 0.002 0.003 0.004 0.033 0.060 42 V 0.246 0.073 0.004 0.003 0.635 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 43 Q 0.038 0.268 0.022 0.001 0.669 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 I 0.692 0.007 0.001 0.001 0.254 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 45 L 0.033 0.034 0.007 0.099 0.067 0.590 0.143 0.009 0.003 0.005 0.010 46 S 0.169 0.225 0.076 0.012 0.355 0.003 0.004 0.011 0.011 0.029 0.104 47 A 0.161 0.043 0.025 0.027 0.093 0.033 0.036 0.038 0.073 0.323 0.147 48 K 0.012 0.357 0.250 0.137 0.071 0.036 0.071 0.024 0.019 0.016 0.006 49 P 0.038 0.093 0.122 0.196 0.036 0.072 0.021 0.030 0.045 0.230 0.117 50 A 0.100 0.248 0.107 0.018 0.349 0.008 0.013 0.057 0.061 0.022 0.018 51 N 0.033 0.100 0.055 0.014 0.061 0.016 0.023 0.246 0.235 0.167 0.050 52 M 0.044 0.112 0.026 0.007 0.102 0.010 0.057 0.385 0.134 0.105 0.020 53 F 0.011 0.125 0.040 0.006 0.028 0.012 0.019 0.556 0.117 0.076 0.011 54 E 0.044 0.042 0.032 0.003 0.039 0.002 0.004 0.666 0.074 0.059 0.036 55 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.898 0.084 0.005 0.001 56 E 0.001 0.007 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.951 0.032 0.002 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.934 0.045 0.014 0.001 58 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.044 0.006 0.001 59 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.047 0.004 0.002 60 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.922 0.067 0.005 0.001 61 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.804 0.157 0.019 0.001 62 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.004 0.060 0.727 0.177 0.022 0.001 63 R 0.009 0.014 0.003 0.002 0.012 0.004 0.050 0.321 0.127 0.439 0.019 64 W 0.086 0.356 0.102 0.004 0.269 0.003 0.005 0.023 0.020 0.083 0.051 65 R 0.112 0.177 0.072 0.010 0.187 0.008 0.036 0.175 0.097 0.080 0.044 66 Y 0.127 0.248 0.125 0.014 0.241 0.005 0.007 0.069 0.050 0.079 0.035 67 E 0.047 0.338 0.234 0.043 0.215 0.011 0.023 0.049 0.014 0.016 0.011 68 P 0.038 0.370 0.384 0.013 0.138 0.003 0.004 0.021 0.010 0.010 0.009 69 G 0.062 0.366 0.192 0.012 0.218 0.009 0.024 0.059 0.018 0.018 0.021 70 K 0.040 0.418 0.222 0.012 0.227 0.011 0.015 0.024 0.008 0.014 0.010 71 P 0.134 0.187 0.155 0.036 0.137 0.031 0.046 0.165 0.047 0.023 0.040 72 G 0.016 0.041 0.103 0.195 0.029 0.183 0.147 0.177 0.046 0.050 0.013 73 S 0.011 0.146 0.095 0.382 0.027 0.057 0.045 0.039 0.029 0.137 0.032 74 G 0.019 0.047 0.095 0.130 0.025 0.031 0.024 0.032 0.052 0.467 0.077 75 I 0.021 0.556 0.262 0.007 0.116 0.002 0.007 0.008 0.007 0.007 0.005 76 V 0.229 0.232 0.045 0.003 0.417 0.003 0.006 0.006 0.006 0.008 0.045 77 V 0.139 0.282 0.078 0.014 0.391 0.014 0.020 0.011 0.008 0.012 0.030 78 N 0.329 0.108 0.024 0.007 0.404 0.010 0.007 0.005 0.007 0.022 0.076 79 I 0.188 0.235 0.040 0.017 0.433 0.013 0.009 0.007 0.008 0.016 0.033 80 L 0.370 0.079 0.008 0.001 0.481 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.047 81 F 0.236 0.148 0.008 0.001 0.587 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 82 K 0.400 0.050 0.009 0.003 0.436 0.005 0.006 0.002 0.002 0.008 0.081 83 I 0.107 0.352 0.125 0.039 0.348 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.016 84 N 0.339 0.094 0.010 0.002 0.489 0.003 0.004 0.003 0.003 0.007 0.048 85 G 0.221 0.131 0.012 0.004 0.592 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.029 86 T 0.441 0.024 0.004 0.004 0.422 0.006 0.008 0.004 0.003 0.009 0.077 87 T 0.204 0.157 0.021 0.010 0.541 0.005 0.003 0.004 0.003 0.010 0.040 88 E 0.278 0.094 0.022 0.003 0.517 0.002 0.003 0.007 0.005 0.013 0.057 89 I 0.201 0.135 0.043 0.030 0.306 0.034 0.027 0.042 0.035 0.063 0.083 90 Q 0.165 0.141 0.063 0.042 0.277 0.022 0.034 0.053 0.042 0.076 0.084