# TARGET T0240 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0240.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 157 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.605 0.216 0.109 0.051 0.016 0.004 0.001 2 S 0.528 0.199 0.119 0.091 0.047 0.014 0.001 3 G 0.514 0.253 0.108 0.072 0.037 0.014 0.002 4 P 0.454 0.196 0.138 0.114 0.066 0.027 0.004 5 R 0.432 0.239 0.143 0.102 0.057 0.024 0.004 6 A 0.496 0.235 0.129 0.083 0.040 0.014 0.002 7 L 0.494 0.196 0.132 0.106 0.054 0.017 0.001 8 S 0.437 0.234 0.149 0.114 0.052 0.015 0.001 9 R 0.492 0.294 0.124 0.062 0.022 0.005 0.001 10 N 0.374 0.289 0.179 0.110 0.039 0.009 0.001 11 Q 0.320 0.281 0.207 0.134 0.049 0.009 0.001 12 P 0.321 0.284 0.181 0.136 0.062 0.015 0.001 13 Q 0.288 0.336 0.221 0.114 0.034 0.006 0.001 14 Y 0.207 0.204 0.217 0.223 0.124 0.025 0.001 15 P 0.276 0.309 0.212 0.142 0.053 0.009 0.001 16 A 0.605 0.289 0.074 0.026 0.006 0.001 0.001 17 R 0.384 0.372 0.174 0.060 0.009 0.001 0.001 18 A 0.239 0.271 0.221 0.195 0.068 0.007 0.001 19 Q 0.386 0.389 0.166 0.049 0.009 0.001 0.001 20 A 0.618 0.296 0.061 0.019 0.004 0.001 0.001 21 L 0.413 0.357 0.174 0.050 0.006 0.001 0.001 22 R 0.638 0.280 0.063 0.016 0.003 0.001 0.001 23 I 0.551 0.286 0.116 0.039 0.007 0.001 0.001 24 E 0.450 0.345 0.125 0.064 0.014 0.002 0.001 25 G 0.233 0.307 0.224 0.160 0.067 0.008 0.001 26 Q 0.118 0.451 0.273 0.130 0.024 0.004 0.001 27 V 0.005 0.025 0.063 0.191 0.432 0.257 0.028 28 K 0.006 0.079 0.329 0.429 0.132 0.022 0.003 29 V 0.001 0.006 0.014 0.054 0.300 0.572 0.053 30 K 0.002 0.051 0.340 0.503 0.097 0.007 0.001 31 F 0.001 0.013 0.028 0.090 0.325 0.513 0.030 32 D 0.004 0.109 0.384 0.394 0.099 0.010 0.001 33 V 0.007 0.036 0.089 0.354 0.418 0.096 0.001 34 T 0.213 0.594 0.159 0.030 0.003 0.001 0.001 35 P 0.426 0.376 0.152 0.042 0.004 0.001 0.001 36 D 0.738 0.226 0.029 0.006 0.001 0.001 0.001 37 G 0.231 0.340 0.249 0.148 0.030 0.002 0.001 38 R 0.337 0.415 0.186 0.053 0.009 0.001 0.001 39 V 0.053 0.155 0.248 0.343 0.178 0.023 0.001 40 D 0.172 0.405 0.269 0.123 0.027 0.003 0.001 41 N 0.142 0.426 0.288 0.120 0.022 0.002 0.001 42 V 0.018 0.057 0.130 0.329 0.358 0.105 0.003 43 Q 0.049 0.243 0.341 0.252 0.095 0.019 0.001 44 I 0.018 0.058 0.127 0.273 0.353 0.163 0.009 45 L 0.067 0.184 0.242 0.280 0.175 0.050 0.002 46 S 0.213 0.333 0.236 0.152 0.053 0.013 0.001 47 A 0.290 0.298 0.186 0.136 0.068 0.021 0.002 48 K 0.310 0.308 0.195 0.117 0.054 0.015 0.001 49 P 0.338 0.255 0.173 0.150 0.066 0.018 0.001 50 A 0.236 0.272 0.229 0.163 0.076 0.023 0.002 51 N 0.386 0.320 0.150 0.092 0.039 0.012 0.001 52 M 0.115 0.252 0.235 0.212 0.134 0.046 0.005 53 F 0.016 0.043 0.109 0.277 0.360 0.182 0.013 54 E 0.018 0.151 0.294 0.304 0.183 0.047 0.003 55 R 0.231 0.464 0.219 0.066 0.016 0.003 0.001 56 E 0.022 0.157 0.348 0.325 0.122 0.024 0.002 57 V 0.001 0.006 0.019 0.102 0.422 0.421 0.029 58 K 0.006 0.092 0.268 0.365 0.215 0.052 0.003 59 N 0.062 0.459 0.329 0.116 0.027 0.007 0.001 60 A 0.003 0.022 0.084 0.261 0.396 0.221 0.012 61 M 0.001 0.005 0.020 0.129 0.407 0.404 0.033 62 R 0.046 0.290 0.347 0.219 0.074 0.021 0.004 63 R 0.076 0.318 0.338 0.186 0.063 0.017 0.002 64 W 0.003 0.017 0.067 0.240 0.403 0.251 0.018 65 R 0.035 0.141 0.287 0.308 0.186 0.042 0.002 66 Y 0.134 0.201 0.200 0.222 0.177 0.062 0.003 67 E 0.064 0.227 0.333 0.264 0.096 0.015 0.001 68 P 0.100 0.186 0.250 0.268 0.160 0.034 0.001 69 G 0.246 0.303 0.236 0.150 0.055 0.009 0.001 70 K 0.310 0.276 0.209 0.152 0.047 0.006 0.001 71 P 0.640 0.233 0.088 0.031 0.007 0.001 0.001 72 G 0.865 0.099 0.024 0.009 0.002 0.001 0.001 73 S 0.912 0.071 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 74 G 0.815 0.150 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 75 I 0.563 0.304 0.094 0.032 0.006 0.001 0.001 76 V 0.257 0.327 0.219 0.146 0.045 0.006 0.001 77 V 0.132 0.233 0.264 0.252 0.104 0.015 0.001 78 N 0.148 0.347 0.262 0.176 0.057 0.010 0.001 79 I 0.033 0.118 0.195 0.321 0.264 0.066 0.003 80 L 0.069 0.318 0.302 0.218 0.075 0.017 0.001 81 F 0.007 0.034 0.098 0.290 0.419 0.144 0.009 82 K 0.085 0.376 0.327 0.162 0.042 0.007 0.001 83 I 0.013 0.069 0.166 0.323 0.307 0.115 0.007 84 N 0.039 0.214 0.392 0.265 0.077 0.012 0.001 85 G 0.005 0.026 0.069 0.228 0.450 0.215 0.009 86 T 0.038 0.261 0.396 0.233 0.063 0.009 0.001 87 T 0.015 0.042 0.091 0.276 0.389 0.183 0.005 88 E 0.132 0.393 0.307 0.136 0.028 0.003 0.001 89 I 0.177 0.214 0.245 0.250 0.101 0.013 0.001 90 Q 0.696 0.242 0.048 0.011 0.002 0.001 0.001