# TARGET T0240 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0240.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 121.163 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.001 0.012 0.705 0.002 0.011 0.025 0.001 0.001 0.002 0.153 0.069 0.010 0.011 2 S 0.001 0.019 0.644 0.002 0.014 0.032 0.001 0.001 0.002 0.166 0.102 0.005 0.013 3 G 0.001 0.019 0.550 0.002 0.021 0.057 0.001 0.001 0.002 0.251 0.073 0.014 0.010 4 P 0.003 0.021 0.492 0.005 0.054 0.170 0.001 0.001 0.006 0.100 0.079 0.007 0.062 5 R 0.008 0.025 0.347 0.006 0.068 0.241 0.003 0.001 0.012 0.108 0.056 0.097 0.027 6 A 0.025 0.036 0.241 0.003 0.090 0.314 0.006 0.002 0.014 0.036 0.044 0.027 0.162 7 L 0.041 0.051 0.197 0.018 0.079 0.296 0.011 0.005 0.015 0.039 0.111 0.069 0.069 8 S 0.023 0.028 0.248 0.017 0.059 0.146 0.005 0.002 0.009 0.108 0.243 0.046 0.065 9 R 0.002 0.007 0.414 0.005 0.025 0.042 0.001 0.001 0.004 0.277 0.180 0.019 0.024 10 N 0.001 0.012 0.520 0.003 0.019 0.031 0.001 0.001 0.002 0.251 0.147 0.005 0.010 11 Q 0.001 0.005 0.712 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.002 0.232 0.026 0.003 0.002 12 P 0.001 0.016 0.775 0.001 0.011 0.022 0.001 0.001 0.005 0.099 0.062 0.001 0.007 13 Q 0.001 0.101 0.623 0.001 0.013 0.035 0.001 0.001 0.016 0.129 0.069 0.005 0.008 14 Y 0.001 0.047 0.577 0.001 0.007 0.091 0.001 0.001 0.011 0.233 0.025 0.004 0.004 15 P 0.001 0.004 0.254 0.001 0.006 0.676 0.001 0.001 0.001 0.039 0.016 0.001 0.004 16 A 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 17 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 19 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 20 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.835 0.001 0.001 0.001 0.003 0.148 0.001 0.001 21 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 0.244 0.001 0.001 0.001 0.011 0.728 0.001 0.001 22 R 0.001 0.002 0.093 0.001 0.008 0.034 0.001 0.001 0.001 0.047 0.814 0.001 0.001 23 I 0.001 0.022 0.629 0.001 0.031 0.019 0.001 0.001 0.004 0.127 0.090 0.032 0.043 24 E 0.006 0.025 0.205 0.045 0.030 0.011 0.002 0.001 0.015 0.170 0.312 0.069 0.110 25 G 0.037 0.005 0.138 0.023 0.015 0.003 0.006 0.001 0.022 0.109 0.233 0.284 0.122 26 Q 0.168 0.005 0.126 0.044 0.002 0.001 0.053 0.005 0.063 0.050 0.030 0.043 0.412 27 V 0.342 0.002 0.021 0.003 0.001 0.001 0.121 0.008 0.062 0.005 0.001 0.366 0.069 28 K 0.616 0.001 0.012 0.006 0.001 0.001 0.108 0.007 0.025 0.004 0.001 0.044 0.176 29 V 0.784 0.001 0.005 0.013 0.001 0.001 0.058 0.002 0.005 0.002 0.001 0.105 0.027 30 K 0.811 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.071 0.001 0.003 0.001 0.001 0.038 0.070 31 F 0.735 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.085 0.002 0.012 0.001 0.001 0.051 0.105 32 D 0.524 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.045 0.001 0.014 0.002 0.001 0.324 0.071 33 V 0.125 0.043 0.049 0.003 0.001 0.001 0.038 0.001 0.023 0.004 0.001 0.017 0.696 34 T 0.008 0.017 0.665 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.024 0.018 0.165 0.086 35 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.950 0.001 0.002 36 D 0.001 0.001 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.924 0.003 0.002 37 G 0.003 0.003 0.383 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.412 0.146 0.015 0.026 38 R 0.018 0.040 0.543 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.090 0.017 0.191 0.088 39 V 0.023 0.061 0.026 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.867 40 D 0.004 0.001 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 41 N 0.223 0.001 0.039 0.018 0.005 0.001 0.033 0.001 0.009 0.030 0.008 0.196 0.439 42 V 0.296 0.001 0.025 0.004 0.001 0.001 0.053 0.001 0.005 0.004 0.001 0.047 0.564 43 Q 0.051 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.009 0.001 0.001 0.900 0.006 44 I 0.017 0.005 0.026 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.023 0.001 0.001 0.002 0.909 45 L 0.024 0.001 0.061 0.789 0.003 0.002 0.014 0.001 0.008 0.003 0.004 0.075 0.015 46 S 0.063 0.007 0.199 0.018 0.023 0.006 0.019 0.002 0.050 0.191 0.044 0.153 0.224 47 A 0.008 0.018 0.285 0.003 0.065 0.029 0.007 0.002 0.048 0.248 0.059 0.032 0.196 48 K 0.001 0.022 0.302 0.010 0.061 0.057 0.001 0.001 0.016 0.352 0.128 0.044 0.007 49 P 0.001 0.010 0.320 0.001 0.055 0.044 0.001 0.001 0.007 0.221 0.327 0.002 0.013 50 A 0.001 0.005 0.378 0.001 0.054 0.094 0.001 0.001 0.002 0.249 0.214 0.001 0.002 51 N 0.001 0.008 0.180 0.001 0.108 0.353 0.001 0.001 0.001 0.135 0.213 0.001 0.001 52 M 0.001 0.011 0.077 0.001 0.064 0.687 0.001 0.001 0.001 0.034 0.125 0.001 0.001 53 F 0.001 0.006 0.060 0.001 0.028 0.838 0.001 0.001 0.001 0.022 0.044 0.001 0.001 54 E 0.001 0.001 0.012 0.001 0.003 0.974 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 55 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 60 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 62 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.001 0.001 63 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.779 0.001 0.001 0.001 0.007 0.203 0.001 0.001 64 W 0.001 0.002 0.085 0.001 0.021 0.455 0.001 0.001 0.001 0.037 0.397 0.001 0.001 65 R 0.001 0.024 0.454 0.001 0.017 0.083 0.001 0.001 0.015 0.166 0.231 0.005 0.004 66 Y 0.001 0.037 0.798 0.002 0.005 0.010 0.001 0.001 0.023 0.081 0.015 0.003 0.025 67 E 0.001 0.015 0.635 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.028 0.248 0.014 0.046 0.005 68 P 0.001 0.014 0.759 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.011 0.096 0.069 0.001 0.039 69 G 0.001 0.078 0.509 0.005 0.010 0.005 0.001 0.001 0.010 0.276 0.084 0.018 0.005 70 K 0.001 0.012 0.745 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.003 0.201 0.017 0.006 0.009 71 P 0.001 0.005 0.111 0.001 0.032 0.011 0.001 0.001 0.001 0.084 0.749 0.001 0.005 72 G 0.001 0.004 0.092 0.002 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.090 0.774 0.004 0.003 73 S 0.002 0.018 0.495 0.017 0.026 0.004 0.001 0.001 0.002 0.255 0.142 0.009 0.028 74 G 0.005 0.019 0.674 0.003 0.006 0.003 0.001 0.001 0.008 0.097 0.022 0.119 0.042 75 I 0.011 0.041 0.399 0.008 0.004 0.002 0.004 0.001 0.015 0.050 0.008 0.026 0.430 76 V 0.027 0.026 0.240 0.035 0.004 0.001 0.008 0.001 0.026 0.019 0.005 0.493 0.115 77 V 0.042 0.009 0.194 0.037 0.005 0.003 0.014 0.001 0.047 0.027 0.007 0.082 0.531 78 N 0.137 0.005 0.082 0.119 0.005 0.002 0.026 0.001 0.031 0.032 0.012 0.320 0.229 79 I 0.268 0.003 0.056 0.036 0.003 0.001 0.027 0.001 0.017 0.018 0.010 0.271 0.288 80 L 0.364 0.003 0.028 0.029 0.001 0.001 0.063 0.003 0.024 0.010 0.005 0.092 0.377 81 F 0.284 0.001 0.019 0.005 0.001 0.001 0.026 0.001 0.013 0.004 0.002 0.581 0.064 82 K 0.404 0.002 0.021 0.005 0.001 0.001 0.050 0.001 0.021 0.007 0.002 0.019 0.467 83 I 0.138 0.001 0.022 0.005 0.001 0.001 0.014 0.001 0.011 0.005 0.001 0.776 0.026 84 N 0.194 0.002 0.072 0.027 0.001 0.001 0.023 0.001 0.017 0.028 0.008 0.014 0.613 85 G 0.253 0.002 0.042 0.008 0.001 0.001 0.051 0.002 0.033 0.022 0.009 0.526 0.053 86 T 0.386 0.004 0.036 0.011 0.001 0.001 0.103 0.006 0.029 0.016 0.012 0.054 0.341 87 T 0.316 0.005 0.095 0.010 0.002 0.001 0.126 0.011 0.068 0.018 0.008 0.211 0.129 88 E 0.152 0.016 0.136 0.013 0.002 0.001 0.052 0.006 0.053 0.028 0.007 0.260 0.276 89 I 0.031 0.030 0.513 0.011 0.002 0.001 0.014 0.002 0.028 0.036 0.009 0.057 0.266 90 Q 0.001 0.019 0.868 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.026 0.007 0.028 0.034