# TARGET T0240 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0240.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 121.163 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.409 0.101 0.054 0.095 0.070 0.065 0.067 0.050 0.043 0.029 0.018 2 S 0.391 0.218 0.058 0.111 0.071 0.045 0.044 0.027 0.018 0.012 0.006 3 G 0.283 0.249 0.057 0.137 0.097 0.063 0.050 0.029 0.020 0.010 0.004 4 P 0.172 0.082 0.026 0.075 0.080 0.084 0.114 0.108 0.109 0.089 0.061 5 R 0.162 0.146 0.098 0.203 0.138 0.083 0.080 0.039 0.028 0.016 0.007 6 A 0.147 0.107 0.079 0.160 0.117 0.091 0.109 0.074 0.062 0.034 0.019 7 L 0.037 0.035 0.030 0.067 0.082 0.115 0.187 0.159 0.141 0.089 0.057 8 S 0.087 0.102 0.086 0.137 0.128 0.117 0.144 0.085 0.059 0.035 0.019 9 R 0.163 0.165 0.151 0.170 0.123 0.078 0.075 0.035 0.023 0.011 0.005 10 N 0.231 0.179 0.081 0.142 0.120 0.085 0.078 0.036 0.024 0.014 0.009 11 Q 0.064 0.123 0.048 0.141 0.143 0.126 0.158 0.085 0.059 0.035 0.017 12 P 0.175 0.077 0.051 0.131 0.143 0.125 0.146 0.071 0.047 0.023 0.011 13 Q 0.399 0.276 0.109 0.124 0.054 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 14 Y 0.002 0.016 0.006 0.022 0.034 0.082 0.193 0.203 0.208 0.157 0.076 15 P 0.029 0.027 0.029 0.118 0.177 0.216 0.190 0.094 0.070 0.032 0.017 16 A 0.535 0.145 0.225 0.066 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 17 R 0.011 0.037 0.090 0.232 0.172 0.184 0.171 0.063 0.028 0.009 0.004 18 A 0.008 0.002 0.011 0.007 0.008 0.022 0.083 0.138 0.233 0.266 0.223 19 Q 0.010 0.022 0.384 0.226 0.161 0.113 0.064 0.014 0.005 0.002 0.001 20 A 0.007 0.032 0.666 0.151 0.072 0.038 0.021 0.007 0.004 0.002 0.001 21 L 0.008 0.011 0.025 0.046 0.064 0.139 0.275 0.167 0.121 0.091 0.055 22 R 0.255 0.178 0.170 0.161 0.088 0.058 0.050 0.020 0.012 0.006 0.003 23 I 0.029 0.055 0.240 0.156 0.131 0.125 0.121 0.063 0.042 0.024 0.015 24 E 0.055 0.130 0.134 0.229 0.184 0.116 0.089 0.033 0.017 0.009 0.005 25 G 0.093 0.034 0.025 0.057 0.053 0.082 0.215 0.161 0.143 0.085 0.051 26 Q 0.027 0.106 0.147 0.424 0.201 0.074 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 27 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.050 0.128 0.271 0.288 0.251 28 K 0.003 0.031 0.052 0.499 0.296 0.095 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 29 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.050 0.122 0.295 0.303 0.218 30 K 0.004 0.027 0.043 0.457 0.321 0.113 0.028 0.005 0.002 0.001 0.001 31 F 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.056 0.116 0.283 0.306 0.222 32 D 0.013 0.083 0.064 0.476 0.265 0.071 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 33 V 0.001 0.003 0.001 0.005 0.009 0.016 0.072 0.126 0.239 0.254 0.274 34 T 0.049 0.138 0.074 0.375 0.223 0.082 0.037 0.013 0.005 0.001 0.001 35 P 0.335 0.180 0.031 0.156 0.119 0.089 0.058 0.020 0.008 0.003 0.001 36 D 0.424 0.262 0.070 0.161 0.055 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 37 G 0.068 0.057 0.014 0.089 0.111 0.153 0.161 0.124 0.111 0.078 0.035 38 R 0.090 0.269 0.085 0.335 0.148 0.051 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 39 V 0.002 0.002 0.001 0.005 0.009 0.016 0.062 0.136 0.269 0.247 0.252 40 D 0.073 0.192 0.135 0.386 0.148 0.048 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 41 N 0.127 0.322 0.053 0.299 0.139 0.044 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 42 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.009 0.038 0.085 0.232 0.285 0.345 43 Q 0.022 0.188 0.096 0.435 0.190 0.051 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 44 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.051 0.123 0.255 0.287 0.261 45 L 0.005 0.017 0.015 0.133 0.224 0.262 0.201 0.076 0.040 0.017 0.010 46 S 0.042 0.145 0.050 0.247 0.196 0.116 0.109 0.048 0.031 0.011 0.004 47 A 0.012 0.011 0.007 0.043 0.062 0.098 0.180 0.178 0.192 0.136 0.082 48 K 0.282 0.378 0.089 0.152 0.061 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 49 P 0.194 0.200 0.041 0.141 0.128 0.097 0.099 0.047 0.029 0.017 0.007 50 A 0.295 0.180 0.058 0.144 0.105 0.076 0.067 0.033 0.022 0.013 0.007 51 N 0.426 0.256 0.089 0.140 0.054 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 52 M 0.079 0.099 0.054 0.147 0.139 0.153 0.154 0.087 0.050 0.025 0.012 53 F 0.009 0.020 0.017 0.033 0.042 0.095 0.160 0.155 0.178 0.162 0.130 54 E 0.027 0.066 0.161 0.178 0.167 0.166 0.158 0.046 0.021 0.006 0.002 55 R 0.221 0.146 0.393 0.183 0.040 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 56 E 0.024 0.027 0.150 0.142 0.130 0.151 0.193 0.086 0.053 0.027 0.015 57 V 0.001 0.001 0.014 0.005 0.007 0.019 0.129 0.170 0.251 0.246 0.158 58 K 0.001 0.002 0.164 0.144 0.202 0.260 0.167 0.041 0.014 0.005 0.001 59 N 0.004 0.021 0.609 0.199 0.094 0.047 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 60 A 0.001 0.002 0.012 0.015 0.033 0.099 0.339 0.210 0.162 0.088 0.040 61 M 0.001 0.001 0.032 0.006 0.005 0.007 0.057 0.106 0.234 0.305 0.246 62 R 0.002 0.009 0.301 0.184 0.217 0.142 0.096 0.031 0.011 0.004 0.001 63 R 0.004 0.031 0.517 0.193 0.132 0.069 0.032 0.011 0.006 0.003 0.001 64 W 0.006 0.006 0.009 0.013 0.027 0.070 0.260 0.203 0.211 0.141 0.056 65 R 0.074 0.091 0.063 0.130 0.113 0.133 0.205 0.095 0.060 0.026 0.010 66 Y 0.009 0.018 0.030 0.037 0.051 0.067 0.138 0.171 0.185 0.183 0.112 67 E 0.165 0.338 0.121 0.203 0.098 0.036 0.022 0.008 0.004 0.002 0.001 68 P 0.104 0.065 0.030 0.073 0.089 0.091 0.185 0.134 0.121 0.074 0.035 69 G 0.266 0.138 0.036 0.140 0.112 0.088 0.093 0.055 0.038 0.021 0.013 70 K 0.215 0.177 0.052 0.176 0.132 0.091 0.075 0.040 0.025 0.013 0.006 71 P 0.478 0.192 0.058 0.107 0.060 0.042 0.029 0.015 0.010 0.006 0.003 72 G 0.496 0.161 0.043 0.095 0.063 0.050 0.043 0.023 0.014 0.008 0.004 73 S 0.356 0.166 0.044 0.105 0.076 0.061 0.068 0.046 0.038 0.026 0.014 74 G 0.164 0.231 0.089 0.202 0.125 0.074 0.055 0.026 0.018 0.010 0.005 75 I 0.065 0.068 0.036 0.116 0.113 0.120 0.151 0.113 0.099 0.070 0.049 76 V 0.054 0.060 0.037 0.117 0.133 0.133 0.166 0.118 0.093 0.059 0.030 77 V 0.064 0.086 0.062 0.225 0.176 0.130 0.117 0.063 0.043 0.022 0.012 78 N 0.035 0.048 0.039 0.111 0.111 0.125 0.148 0.127 0.117 0.083 0.056 79 I 0.026 0.038 0.027 0.097 0.116 0.144 0.203 0.148 0.105 0.063 0.034 80 L 0.026 0.041 0.035 0.127 0.139 0.139 0.186 0.124 0.093 0.061 0.029 81 F 0.007 0.010 0.014 0.034 0.045 0.053 0.129 0.156 0.208 0.184 0.159 82 K 0.090 0.167 0.138 0.325 0.164 0.065 0.034 0.010 0.005 0.002 0.001 83 I 0.014 0.016 0.010 0.036 0.051 0.080 0.175 0.187 0.200 0.147 0.085 84 N 0.191 0.289 0.091 0.219 0.115 0.050 0.027 0.010 0.005 0.002 0.001 85 G 0.087 0.035 0.013 0.037 0.046 0.063 0.149 0.153 0.179 0.150 0.089 86 T 0.132 0.203 0.071 0.248 0.157 0.083 0.058 0.024 0.014 0.007 0.004 87 T 0.061 0.062 0.026 0.067 0.076 0.093 0.157 0.148 0.148 0.105 0.056 88 E 0.264 0.221 0.104 0.221 0.102 0.046 0.025 0.009 0.005 0.003 0.001 89 I 0.118 0.058 0.035 0.071 0.084 0.102 0.149 0.124 0.118 0.090 0.050 90 Q 0.219 0.265 0.076 0.182 0.111 0.055 0.040 0.022 0.016 0.009 0.005