# TARGET T0239 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0239.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.585 0.070 0.105 0.160 0.016 0.021 0.023 0.005 0.013 0.002 0.001 2 K 0.626 0.100 0.137 0.069 0.011 0.018 0.022 0.003 0.009 0.003 0.001 3 K 0.559 0.126 0.147 0.102 0.017 0.015 0.020 0.005 0.007 0.002 0.001 4 H 0.243 0.245 0.240 0.104 0.038 0.034 0.058 0.006 0.028 0.001 0.001 5 I 0.131 0.524 0.261 0.016 0.022 0.023 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 6 I 0.116 0.482 0.307 0.012 0.010 0.051 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 7 I 0.182 0.496 0.198 0.044 0.021 0.034 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 8 K 0.165 0.419 0.265 0.024 0.059 0.034 0.011 0.001 0.019 0.001 0.001 9 T 0.148 0.391 0.242 0.094 0.032 0.048 0.012 0.002 0.029 0.001 0.001 10 I 0.029 0.385 0.322 0.004 0.021 0.029 0.008 0.001 0.202 0.001 0.001 11 P 0.165 0.008 0.770 0.010 0.001 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 12 K 0.362 0.119 0.290 0.104 0.035 0.029 0.027 0.012 0.014 0.007 0.001 13 K 0.458 0.141 0.188 0.096 0.037 0.019 0.027 0.014 0.010 0.008 0.001 14 E 0.459 0.146 0.185 0.103 0.040 0.018 0.026 0.007 0.013 0.003 0.001 15 E 0.366 0.175 0.276 0.067 0.037 0.039 0.015 0.004 0.018 0.002 0.001 16 I 0.414 0.251 0.202 0.048 0.021 0.040 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 17 I 0.403 0.239 0.148 0.117 0.022 0.037 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 18 S 0.186 0.194 0.410 0.050 0.067 0.053 0.007 0.003 0.023 0.006 0.001 19 R 0.794 0.047 0.047 0.051 0.023 0.012 0.010 0.004 0.008 0.002 0.001 20 D 0.509 0.046 0.123 0.152 0.023 0.067 0.036 0.006 0.035 0.002 0.001 21 L 0.628 0.030 0.028 0.275 0.004 0.017 0.006 0.001 0.008 0.001 0.001 22 C 0.476 0.118 0.208 0.109 0.036 0.017 0.017 0.005 0.008 0.006 0.001 23 D 0.555 0.026 0.058 0.250 0.017 0.019 0.053 0.012 0.007 0.002 0.001 24 C 0.233 0.403 0.157 0.080 0.087 0.017 0.008 0.002 0.012 0.001 0.001 25 I 0.227 0.581 0.086 0.045 0.021 0.016 0.002 0.001 0.021 0.001 0.001 26 Y 0.152 0.572 0.139 0.027 0.047 0.030 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 27 Y 0.150 0.473 0.162 0.067 0.036 0.054 0.010 0.002 0.045 0.001 0.001 28 Y 0.200 0.363 0.174 0.076 0.054 0.045 0.018 0.002 0.061 0.005 0.001 29 D 0.266 0.085 0.147 0.164 0.031 0.095 0.144 0.007 0.045 0.012 0.003 30 N 0.180 0.069 0.078 0.287 0.067 0.027 0.227 0.042 0.012 0.008 0.002 31 S 0.191 0.298 0.213 0.116 0.100 0.016 0.032 0.016 0.013 0.004 0.001 32 V 0.073 0.642 0.180 0.021 0.046 0.016 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 33 I 0.068 0.625 0.178 0.035 0.029 0.038 0.004 0.001 0.022 0.001 0.001 34 C 0.053 0.525 0.237 0.030 0.053 0.036 0.008 0.001 0.054 0.002 0.001 35 K 0.018 0.301 0.526 0.001 0.027 0.020 0.009 0.001 0.097 0.001 0.001 36 P 0.065 0.006 0.767 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.114 37 I 0.208 0.219 0.309 0.199 0.018 0.027 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 38 G 0.020 0.039 0.139 0.002 0.265 0.002 0.014 0.023 0.013 0.482 0.001 39 P 0.387 0.013 0.403 0.085 0.005 0.015 0.001 0.001 0.002 0.002 0.086 40 S 0.295 0.139 0.200 0.196 0.090 0.013 0.023 0.024 0.009 0.012 0.001 41 K 0.104 0.341 0.298 0.085 0.084 0.037 0.017 0.004 0.027 0.002 0.002 42 V 0.078 0.582 0.238 0.023 0.021 0.029 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 43 Y 0.066 0.541 0.234 0.018 0.035 0.072 0.003 0.001 0.029 0.001 0.001 44 V 0.103 0.570 0.167 0.042 0.034 0.047 0.003 0.001 0.034 0.001 0.001 45 S 0.159 0.298 0.232 0.038 0.179 0.044 0.009 0.005 0.022 0.012 0.001 46 T 0.461 0.141 0.076 0.153 0.124 0.015 0.009 0.004 0.012 0.004 0.001 47 S 0.253 0.191 0.185 0.087 0.133 0.059 0.014 0.008 0.052 0.017 0.001 48 L 0.754 0.044 0.037 0.119 0.008 0.021 0.005 0.001 0.009 0.001 0.001 49 E 0.793 0.026 0.059 0.078 0.014 0.009 0.013 0.003 0.003 0.002 0.001 50 N 0.435 0.012 0.049 0.226 0.016 0.116 0.043 0.007 0.092 0.002 0.001 51 L 0.928 0.003 0.007 0.055 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 52 E 0.976 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 K 0.956 0.002 0.002 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 C 0.957 0.003 0.006 0.031 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 55 L 0.956 0.005 0.009 0.024 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 Q 0.931 0.010 0.012 0.033 0.001 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 57 L 0.924 0.010 0.021 0.036 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 58 H 0.853 0.017 0.021 0.073 0.005 0.008 0.014 0.004 0.004 0.001 0.001 59 Y 0.858 0.020 0.019 0.054 0.007 0.012 0.015 0.004 0.007 0.003 0.001 60 F 0.916 0.013 0.017 0.043 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 61 K 0.965 0.004 0.007 0.017 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 62 K 0.946 0.008 0.011 0.025 0.002 0.003 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 63 L 0.928 0.006 0.013 0.046 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 V 0.820 0.041 0.036 0.082 0.003 0.008 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 65 K 0.868 0.015 0.046 0.054 0.005 0.002 0.007 0.002 0.001 0.002 0.001 66 N 0.356 0.020 0.029 0.438 0.008 0.026 0.091 0.015 0.015 0.001 0.001 67 I 0.316 0.299 0.276 0.041 0.014 0.025 0.004 0.001 0.023 0.001 0.001 68 E 0.601 0.149 0.155 0.030 0.014 0.031 0.007 0.002 0.009 0.002 0.001 69 I 0.619 0.198 0.094 0.046 0.007 0.018 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 70 F 0.698 0.111 0.075 0.051 0.018 0.020 0.008 0.001 0.016 0.002 0.001 71 D 0.825 0.033 0.039 0.039 0.013 0.022 0.018 0.002 0.008 0.001 0.001 72 E 0.774 0.070 0.050 0.068 0.018 0.010 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 73 V 0.679 0.087 0.066 0.142 0.005 0.010 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 74 H 0.443 0.158 0.114 0.149 0.027 0.036 0.028 0.003 0.038 0.003 0.001 75 N 0.202 0.048 0.079 0.310 0.027 0.054 0.224 0.017 0.033 0.005 0.001 76 S 0.253 0.105 0.286 0.248 0.033 0.027 0.018 0.013 0.010 0.007 0.001 77 K 0.104 0.213 0.443 0.007 0.025 0.013 0.012 0.002 0.176 0.005 0.001 78 P 0.389 0.002 0.528 0.013 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 79 N 0.131 0.050 0.112 0.285 0.027 0.103 0.179 0.053 0.055 0.004 0.001 80 C 0.367 0.131 0.228 0.173 0.025 0.032 0.017 0.004 0.018 0.004 0.001 81 D 0.492 0.042 0.094 0.296 0.010 0.021 0.030 0.005 0.006 0.002 0.001 82 K 0.184 0.341 0.144 0.184 0.085 0.017 0.023 0.006 0.016 0.001 0.001 83 C 0.070 0.508 0.280 0.039 0.057 0.016 0.007 0.001 0.020 0.001 0.001 84 L 0.040 0.598 0.250 0.013 0.037 0.031 0.002 0.001 0.027 0.001 0.001 85 I 0.021 0.645 0.240 0.008 0.030 0.039 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 86 V 0.025 0.715 0.154 0.013 0.037 0.025 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 87 E 0.022 0.482 0.395 0.005 0.036 0.041 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 88 I 0.091 0.440 0.223 0.075 0.031 0.052 0.014 0.001 0.070 0.001 0.001 89 G 0.031 0.031 0.086 0.021 0.228 0.001 0.104 0.194 0.003 0.301 0.001 90 G 0.070 0.048 0.161 0.036 0.245 0.007 0.036 0.186 0.002 0.206 0.003 91 V 0.065 0.613 0.215 0.027 0.059 0.011 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 92 Y 0.065 0.641 0.141 0.026 0.065 0.023 0.006 0.001 0.031 0.001 0.001 93 F 0.036 0.599 0.251 0.009 0.039 0.044 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 94 V 0.071 0.648 0.160 0.020 0.034 0.036 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 95 R 0.110 0.567 0.182 0.015 0.072 0.024 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 96 R 0.098 0.372 0.369 0.025 0.031 0.058 0.010 0.001 0.033 0.001 0.001 97 V 0.207 0.439 0.191 0.075 0.024 0.033 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 98 N 0.205 0.153 0.144 0.173 0.073 0.097 0.074 0.007 0.059 0.013 0.001