# TARGET T0239 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0239.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.126 0.014 0.046 0.054 0.251 0.510 2 K 0.280 0.011 0.041 0.045 0.218 0.405 3 K 0.461 0.007 0.026 0.035 0.170 0.301 4 H 0.748 0.006 0.007 0.017 0.073 0.150 5 I 0.929 0.002 0.001 0.006 0.018 0.044 6 I 0.966 0.001 0.001 0.006 0.008 0.018 7 I 0.948 0.002 0.001 0.011 0.014 0.024 8 K 0.867 0.003 0.003 0.012 0.037 0.078 9 T 0.581 0.008 0.005 0.012 0.106 0.288 10 I 0.188 0.015 0.004 0.009 0.211 0.571 11 P 0.103 0.014 0.008 0.018 0.308 0.548 12 K 0.059 0.012 0.065 0.140 0.458 0.266 13 K 0.072 0.010 0.095 0.266 0.394 0.163 14 E 0.130 0.007 0.130 0.271 0.304 0.158 15 E 0.224 0.008 0.093 0.283 0.215 0.177 16 I 0.320 0.021 0.064 0.243 0.174 0.177 17 I 0.300 0.027 0.035 0.233 0.156 0.249 18 S 0.206 0.016 0.030 0.149 0.190 0.409 19 R 0.073 0.007 0.122 0.180 0.290 0.328 20 D 0.093 0.009 0.138 0.141 0.334 0.285 21 L 0.060 0.010 0.372 0.215 0.267 0.076 22 C 0.125 0.008 0.176 0.170 0.337 0.183 23 D 0.167 0.004 0.124 0.166 0.335 0.203 24 C 0.379 0.008 0.066 0.181 0.177 0.190 25 I 0.613 0.011 0.022 0.188 0.072 0.094 26 Y 0.840 0.007 0.009 0.079 0.028 0.038 27 Y 0.863 0.014 0.003 0.044 0.038 0.037 28 Y 0.718 0.018 0.005 0.026 0.210 0.023 29 D 0.217 0.007 0.009 0.010 0.689 0.068 30 N 0.052 0.003 0.017 0.009 0.853 0.066 31 S 0.353 0.021 0.012 0.006 0.526 0.083 32 V 0.695 0.039 0.006 0.007 0.101 0.152 33 I 0.794 0.052 0.005 0.007 0.060 0.083 34 C 0.661 0.016 0.011 0.012 0.130 0.170 35 K 0.401 0.011 0.016 0.011 0.228 0.332 36 P 0.228 0.009 0.019 0.010 0.336 0.397 37 I 0.149 0.051 0.019 0.015 0.264 0.501 38 G 0.099 0.026 0.008 0.004 0.401 0.463 39 P 0.080 0.011 0.057 0.017 0.549 0.287 40 S 0.097 0.006 0.069 0.016 0.499 0.312 41 K 0.540 0.014 0.063 0.021 0.234 0.129 42 V 0.835 0.007 0.007 0.025 0.041 0.084 43 Y 0.921 0.005 0.004 0.018 0.018 0.034 44 V 0.870 0.006 0.004 0.035 0.027 0.057 45 S 0.607 0.006 0.009 0.058 0.111 0.209 46 T 0.276 0.013 0.027 0.064 0.234 0.385 47 S 0.124 0.019 0.039 0.088 0.240 0.491 48 L 0.032 0.004 0.230 0.503 0.157 0.075 49 E 0.031 0.005 0.237 0.484 0.170 0.074 50 N 0.019 0.004 0.182 0.549 0.168 0.077 51 L 0.008 0.002 0.077 0.803 0.072 0.038 52 E 0.009 0.002 0.044 0.865 0.049 0.031 53 K 0.010 0.001 0.046 0.864 0.055 0.024 54 C 0.012 0.001 0.027 0.891 0.039 0.030 55 L 0.012 0.003 0.018 0.921 0.023 0.024 56 Q 0.015 0.002 0.014 0.901 0.023 0.045 57 L 0.009 0.001 0.009 0.933 0.015 0.034 58 H 0.014 0.001 0.009 0.938 0.013 0.026 59 Y 0.018 0.001 0.012 0.936 0.014 0.018 60 F 0.019 0.001 0.010 0.938 0.015 0.017 61 K 0.018 0.001 0.015 0.927 0.022 0.016 62 K 0.037 0.002 0.017 0.899 0.026 0.019 63 L 0.025 0.001 0.015 0.901 0.026 0.032 64 V 0.019 0.001 0.015 0.913 0.031 0.021 65 K 0.013 0.001 0.010 0.919 0.032 0.025 66 N 0.021 0.001 0.010 0.870 0.040 0.058 67 I 0.071 0.002 0.012 0.757 0.055 0.102 68 E 0.231 0.005 0.015 0.631 0.037 0.082 69 I 0.224 0.007 0.014 0.686 0.024 0.045 70 F 0.236 0.004 0.021 0.614 0.046 0.079 71 D 0.164 0.003 0.050 0.607 0.087 0.089 72 E 0.119 0.006 0.075 0.636 0.096 0.068 73 V 0.077 0.016 0.069 0.633 0.136 0.069 74 H 0.069 0.014 0.057 0.497 0.235 0.127 75 N 0.029 0.008 0.038 0.234 0.383 0.308 76 S 0.019 0.012 0.016 0.056 0.367 0.531 77 K 0.023 0.013 0.011 0.011 0.620 0.322 78 P 0.025 0.014 0.036 0.028 0.628 0.269 79 N 0.030 0.023 0.048 0.021 0.690 0.188 80 C 0.083 0.035 0.067 0.015 0.675 0.126 81 D 0.139 0.008 0.068 0.014 0.436 0.335 82 K 0.447 0.009 0.054 0.021 0.301 0.168 83 C 0.799 0.005 0.008 0.010 0.082 0.096 84 L 0.949 0.002 0.002 0.005 0.015 0.027 85 I 0.978 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 86 V 0.974 0.001 0.001 0.006 0.005 0.014 87 E 0.952 0.002 0.001 0.005 0.021 0.019 88 I 0.765 0.005 0.003 0.006 0.129 0.092 89 G 0.364 0.005 0.010 0.006 0.428 0.187 90 G 0.541 0.007 0.009 0.005 0.276 0.162 91 V 0.814 0.004 0.007 0.007 0.063 0.104 92 Y 0.929 0.002 0.004 0.005 0.023 0.038 93 F 0.953 0.002 0.002 0.010 0.012 0.021 94 V 0.947 0.001 0.002 0.017 0.012 0.021 95 R 0.929 0.002 0.001 0.014 0.016 0.038 96 R 0.728 0.007 0.003 0.024 0.069 0.169 97 V 0.310 0.024 0.002 0.013 0.107 0.545 98 N 0.037 0.004 0.001 0.002 0.069 0.887