# TARGET T0239 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0239.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.514 0.210 0.132 0.094 0.039 0.010 0.001 2 K 0.555 0.262 0.116 0.049 0.015 0.003 0.001 3 K 0.464 0.305 0.143 0.065 0.018 0.004 0.001 4 H 0.169 0.246 0.260 0.191 0.101 0.030 0.002 5 I 0.080 0.095 0.161 0.251 0.259 0.141 0.013 6 I 0.091 0.130 0.196 0.255 0.205 0.114 0.010 7 I 0.127 0.105 0.138 0.214 0.253 0.149 0.013 8 K 0.280 0.247 0.200 0.152 0.086 0.032 0.004 9 T 0.246 0.276 0.225 0.159 0.072 0.021 0.002 10 I 0.157 0.195 0.245 0.232 0.132 0.035 0.002 11 P 0.579 0.259 0.097 0.045 0.016 0.004 0.001 12 K 0.692 0.211 0.066 0.023 0.006 0.001 0.001 13 K 0.706 0.190 0.066 0.029 0.008 0.001 0.001 14 E 0.644 0.246 0.078 0.025 0.006 0.001 0.001 15 E 0.454 0.352 0.138 0.043 0.010 0.002 0.001 16 I 0.164 0.178 0.207 0.251 0.153 0.043 0.003 17 I 0.126 0.139 0.188 0.266 0.202 0.073 0.006 18 S 0.291 0.282 0.202 0.146 0.059 0.017 0.002 19 R 0.318 0.310 0.209 0.112 0.039 0.012 0.002 20 D 0.221 0.201 0.207 0.173 0.121 0.066 0.010 21 L 0.106 0.116 0.143 0.174 0.210 0.207 0.043 22 C 0.112 0.115 0.160 0.224 0.215 0.148 0.025 23 D 0.159 0.230 0.217 0.205 0.120 0.058 0.010 24 C 0.096 0.075 0.097 0.188 0.253 0.243 0.048 25 I 0.077 0.093 0.104 0.163 0.232 0.260 0.071 26 Y 0.139 0.138 0.138 0.173 0.185 0.171 0.056 27 Y 0.135 0.164 0.186 0.216 0.180 0.100 0.020 28 Y 0.172 0.158 0.180 0.214 0.180 0.082 0.014 29 D 0.448 0.277 0.147 0.080 0.033 0.012 0.003 30 N 0.422 0.258 0.157 0.095 0.046 0.018 0.004 31 S 0.303 0.241 0.185 0.146 0.083 0.035 0.007 32 V 0.116 0.139 0.156 0.202 0.203 0.151 0.033 33 I 0.075 0.107 0.136 0.191 0.218 0.209 0.064 34 C 0.059 0.073 0.106 0.206 0.275 0.227 0.054 35 K 0.157 0.234 0.223 0.194 0.119 0.059 0.015 36 P 0.213 0.241 0.206 0.176 0.105 0.047 0.011 37 I 0.196 0.209 0.208 0.192 0.122 0.060 0.013 38 G 0.352 0.261 0.180 0.122 0.060 0.021 0.004 39 P 0.400 0.241 0.164 0.115 0.055 0.020 0.004 40 S 0.400 0.271 0.169 0.097 0.044 0.016 0.003 41 K 0.247 0.300 0.234 0.137 0.058 0.020 0.003 42 V 0.127 0.142 0.172 0.225 0.210 0.111 0.013 43 Y 0.098 0.173 0.218 0.240 0.176 0.085 0.012 44 V 0.082 0.099 0.136 0.227 0.249 0.180 0.027 45 S 0.204 0.244 0.223 0.178 0.100 0.044 0.007 46 T 0.243 0.268 0.214 0.160 0.078 0.031 0.006 47 S 0.181 0.224 0.201 0.186 0.130 0.067 0.011 48 L 0.093 0.133 0.205 0.259 0.206 0.094 0.010 49 E 0.402 0.362 0.153 0.057 0.019 0.006 0.001 50 N 0.241 0.284 0.236 0.160 0.063 0.015 0.001 51 L 0.101 0.085 0.139 0.268 0.280 0.117 0.009 52 E 0.313 0.346 0.213 0.095 0.026 0.006 0.001 53 K 0.240 0.339 0.240 0.131 0.041 0.009 0.001 54 C 0.131 0.126 0.147 0.225 0.246 0.118 0.006 55 L 0.104 0.109 0.151 0.241 0.233 0.147 0.015 56 Q 0.132 0.245 0.242 0.198 0.107 0.066 0.010 57 L 0.094 0.136 0.195 0.243 0.210 0.108 0.013 58 H 0.131 0.172 0.201 0.222 0.178 0.083 0.013 59 Y 0.209 0.200 0.206 0.182 0.126 0.068 0.009 60 F 0.150 0.100 0.125 0.209 0.273 0.133 0.009 61 K 0.243 0.306 0.241 0.147 0.051 0.011 0.001 62 K 0.278 0.316 0.221 0.133 0.042 0.009 0.001 63 L 0.150 0.109 0.131 0.213 0.263 0.127 0.008 64 V 0.132 0.132 0.184 0.300 0.198 0.052 0.002 65 K 0.353 0.370 0.177 0.073 0.022 0.005 0.001 66 N 0.284 0.258 0.209 0.157 0.071 0.019 0.002 67 I 0.119 0.129 0.186 0.272 0.207 0.081 0.006 68 E 0.333 0.366 0.178 0.080 0.031 0.011 0.001 69 I 0.177 0.156 0.193 0.236 0.173 0.059 0.006 70 F 0.127 0.131 0.182 0.254 0.221 0.079 0.006 71 D 0.370 0.348 0.175 0.076 0.024 0.006 0.001 72 E 0.294 0.328 0.212 0.116 0.040 0.009 0.001 73 V 0.158 0.173 0.212 0.245 0.163 0.048 0.003 74 H 0.285 0.272 0.203 0.154 0.068 0.017 0.001 75 N 0.592 0.254 0.097 0.040 0.014 0.003 0.001 76 S 0.492 0.262 0.135 0.075 0.027 0.007 0.001 77 K 0.447 0.296 0.154 0.077 0.021 0.005 0.001 78 P 0.517 0.251 0.116 0.071 0.033 0.010 0.001 79 N 0.424 0.317 0.156 0.070 0.025 0.006 0.001 80 C 0.114 0.130 0.198 0.296 0.200 0.057 0.005 81 D 0.251 0.304 0.227 0.141 0.057 0.019 0.002 82 K 0.143 0.305 0.295 0.172 0.065 0.018 0.002 83 C 0.045 0.062 0.110 0.229 0.311 0.214 0.029 84 L 0.046 0.070 0.107 0.188 0.262 0.264 0.063 85 I 0.054 0.098 0.129 0.190 0.207 0.239 0.084 86 V 0.043 0.063 0.100 0.179 0.246 0.266 0.104 87 E 0.066 0.126 0.172 0.215 0.209 0.165 0.048 88 I 0.155 0.119 0.133 0.173 0.186 0.171 0.063 89 G 0.254 0.208 0.168 0.150 0.110 0.084 0.027 90 G 0.223 0.162 0.156 0.164 0.143 0.115 0.037 91 V 0.177 0.139 0.148 0.186 0.166 0.143 0.040 92 Y 0.182 0.141 0.136 0.169 0.186 0.149 0.037 93 F 0.227 0.132 0.123 0.163 0.162 0.156 0.036 94 V 0.237 0.154 0.150 0.180 0.164 0.104 0.012 95 R 0.329 0.257 0.179 0.133 0.074 0.025 0.002 96 R 0.323 0.281 0.205 0.129 0.049 0.012 0.001 97 V 0.388 0.212 0.190 0.134 0.061 0.013 0.001 98 N 0.773 0.160 0.045 0.016 0.004 0.001 0.001