# TARGET T0237 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.078 0.236 0.132 0.080 0.186 0.024 0.027 0.052 0.060 0.079 0.046 2 G 0.095 0.112 0.106 0.083 0.164 0.043 0.036 0.054 0.070 0.140 0.097 3 L 0.150 0.278 0.058 0.005 0.364 0.005 0.015 0.039 0.032 0.026 0.028 4 W 0.305 0.085 0.032 0.014 0.203 0.019 0.030 0.045 0.045 0.091 0.132 5 V 0.054 0.133 0.130 0.164 0.137 0.103 0.059 0.075 0.055 0.062 0.028 6 D 0.034 0.101 0.090 0.227 0.054 0.059 0.053 0.045 0.056 0.245 0.036 7 G 0.032 0.112 0.191 0.161 0.073 0.038 0.029 0.067 0.070 0.174 0.053 8 N 0.066 0.326 0.103 0.018 0.173 0.013 0.024 0.082 0.082 0.072 0.042 9 C 0.234 0.079 0.013 0.004 0.329 0.004 0.015 0.072 0.128 0.066 0.057 10 E 0.050 0.126 0.056 0.018 0.126 0.018 0.052 0.238 0.200 0.093 0.023 11 E 0.092 0.049 0.020 0.010 0.102 0.018 0.094 0.184 0.135 0.244 0.052 12 I 0.088 0.288 0.228 0.037 0.177 0.009 0.010 0.047 0.027 0.054 0.035 13 P 0.044 0.440 0.189 0.014 0.182 0.009 0.019 0.055 0.020 0.014 0.015 14 Y 0.136 0.224 0.087 0.009 0.266 0.007 0.016 0.097 0.058 0.053 0.046 15 V 0.108 0.154 0.037 0.019 0.190 0.028 0.081 0.231 0.084 0.039 0.028 16 K 0.108 0.164 0.040 0.011 0.245 0.015 0.034 0.192 0.076 0.075 0.041 17 E 0.162 0.078 0.026 0.016 0.200 0.019 0.033 0.221 0.087 0.080 0.079 18 V 0.071 0.172 0.066 0.041 0.156 0.042 0.045 0.250 0.086 0.043 0.029 19 E 0.120 0.149 0.083 0.021 0.172 0.022 0.018 0.140 0.080 0.124 0.071 20 A 0.083 0.134 0.035 0.021 0.133 0.025 0.041 0.266 0.130 0.092 0.041 21 E 0.050 0.056 0.026 0.026 0.058 0.020 0.058 0.243 0.139 0.240 0.083 22 D 0.035 0.402 0.214 0.017 0.104 0.004 0.007 0.101 0.046 0.052 0.017 23 L 0.030 0.020 0.004 0.003 0.071 0.004 0.007 0.486 0.316 0.049 0.010 24 R 0.011 0.021 0.011 0.009 0.017 0.011 0.052 0.682 0.173 0.008 0.005 25 E 0.021 0.011 0.008 0.002 0.032 0.009 0.044 0.327 0.181 0.345 0.020 26 C 0.132 0.173 0.016 0.005 0.290 0.004 0.016 0.185 0.112 0.037 0.030 27 N 0.005 0.003 0.002 0.016 0.004 0.031 0.091 0.373 0.194 0.262 0.018 28 R 0.025 0.282 0.063 0.014 0.210 0.006 0.023 0.192 0.051 0.125 0.010 29 I 0.318 0.045 0.004 0.001 0.533 0.002 0.007 0.065 0.007 0.003 0.013 30 V 0.097 0.082 0.018 0.026 0.310 0.066 0.113 0.218 0.027 0.014 0.029 31 F 0.162 0.094 0.035 0.013 0.229 0.008 0.009 0.079 0.044 0.114 0.214 32 G 0.056 0.157 0.060 0.015 0.140 0.011 0.029 0.195 0.171 0.137 0.031 33 A 0.036 0.060 0.039 0.022 0.054 0.049 0.179 0.294 0.162 0.072 0.034 34 S 0.056 0.425 0.132 0.019 0.149 0.007 0.016 0.056 0.047 0.068 0.026 35 A 0.011 0.011 0.002 0.001 0.021 0.001 0.003 0.176 0.713 0.051 0.010 36 S 0.002 0.009 0.005 0.004 0.004 0.010 0.075 0.488 0.383 0.021 0.001 37 D 0.011 0.007 0.002 0.002 0.012 0.006 0.067 0.110 0.166 0.592 0.025 38 Q 0.194 0.260 0.053 0.004 0.278 0.003 0.004 0.044 0.036 0.049 0.076 39 P 0.062 0.035 0.022 0.016 0.070 0.025 0.059 0.343 0.232 0.074 0.061 40 T 0.030 0.152 0.068 0.010 0.104 0.007 0.016 0.320 0.181 0.097 0.015 41 Q 0.179 0.043 0.013 0.007 0.150 0.008 0.045 0.385 0.081 0.046 0.042 42 Y 0.037 0.104 0.043 0.027 0.096 0.028 0.028 0.471 0.104 0.045 0.016 43 E 0.121 0.067 0.014 0.007 0.172 0.005 0.012 0.373 0.106 0.061 0.062 44 E 0.040 0.090 0.038 0.025 0.100 0.051 0.061 0.429 0.114 0.035 0.016 45 E 0.080 0.144 0.041 0.007 0.104 0.006 0.022 0.259 0.089 0.194 0.054 46 M 0.054 0.057 0.014 0.005 0.083 0.008 0.013 0.441 0.201 0.098 0.027 47 T 0.008 0.075 0.029 0.013 0.024 0.017 0.032 0.649 0.120 0.025 0.008 48 D 0.026 0.013 0.007 0.003 0.037 0.002 0.009 0.649 0.150 0.086 0.018 49 Y 0.005 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.764 0.190 0.020 0.003 50 Q 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.897 0.081 0.003 0.001 51 K 0.002 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.899 0.062 0.018 0.001 52 I 0.003 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.010 0.900 0.062 0.012 0.002 53 Q 0.003 0.009 0.004 0.003 0.006 0.004 0.015 0.866 0.075 0.012 0.001 54 Q 0.003 0.041 0.030 0.020 0.009 0.023 0.037 0.738 0.084 0.013 0.003 55 G 0.013 0.007 0.013 0.014 0.012 0.012 0.023 0.680 0.083 0.113 0.031 56 F 0.022 0.008 0.003 0.002 0.017 0.002 0.010 0.745 0.134 0.046 0.013 57 R 0.006 0.049 0.008 0.003 0.025 0.008 0.024 0.718 0.134 0.022 0.002 58 Q 0.008 0.058 0.015 0.014 0.024 0.020 0.103 0.630 0.087 0.035 0.005 59 N 0.017 0.039 0.046 0.025 0.028 0.054 0.181 0.334 0.073 0.173 0.030 60 N 0.162 0.067 0.024 0.006 0.105 0.003 0.010 0.288 0.085 0.106 0.145 61 R 0.005 0.030 0.012 0.005 0.017 0.006 0.008 0.616 0.267 0.030 0.004 62 E 0.002 0.016 0.005 0.003 0.007 0.004 0.038 0.815 0.097 0.011 0.001 63 M 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 0.730 0.155 0.076 0.003 64 I 0.004 0.006 0.002 0.001 0.005 0.002 0.010 0.725 0.200 0.040 0.005 65 K 0.002 0.007 0.003 0.004 0.004 0.003 0.020 0.670 0.273 0.012 0.002 66 S 0.002 0.005 0.005 0.006 0.005 0.010 0.097 0.698 0.157 0.014 0.001 67 A 0.009 0.008 0.003 0.004 0.014 0.011 0.121 0.595 0.169 0.061 0.005 68 F 0.038 0.025 0.008 0.007 0.041 0.007 0.022 0.234 0.206 0.373 0.038 69 L 0.023 0.179 0.158 0.053 0.082 0.038 0.058 0.242 0.110 0.045 0.011 70 P 0.061 0.050 0.043 0.021 0.077 0.027 0.072 0.393 0.155 0.071 0.028 71 V 0.024 0.043 0.024 0.041 0.043 0.037 0.122 0.305 0.228 0.110 0.023 72 G 0.026 0.142 0.104 0.111 0.079 0.042 0.029 0.177 0.126 0.138 0.026 73 A 0.118 0.083 0.025 0.009 0.198 0.014 0.042 0.163 0.115 0.178 0.056 74 F 0.163 0.169 0.053 0.016 0.225 0.019 0.034 0.120 0.067 0.079 0.056 75 N 0.109 0.130 0.096 0.055 0.161 0.040 0.033 0.101 0.066 0.125 0.084 76 S 0.090 0.143 0.068 0.082 0.139 0.034 0.036 0.160 0.108 0.096 0.046 77 D 0.040 0.066 0.048 0.071 0.060 0.051 0.090 0.196 0.117 0.218 0.042 78 N 0.080 0.144 0.060 0.028 0.169 0.020 0.037 0.182 0.087 0.144 0.048 79 F 0.214 0.162 0.034 0.012 0.309 0.007 0.013 0.121 0.036 0.039 0.054 80 K 0.125 0.172 0.072 0.031 0.218 0.036 0.052 0.137 0.053 0.049 0.056 81 S 0.239 0.116 0.074 0.022 0.251 0.016 0.024 0.117 0.050 0.044 0.048 82 K 0.061 0.164 0.117 0.099 0.101 0.033 0.053 0.146 0.075 0.113 0.039 83 G 0.042 0.087 0.112 0.192 0.064 0.101 0.050 0.110 0.050 0.150 0.041 84 R 0.078 0.205 0.096 0.061 0.149 0.038 0.060 0.158 0.053 0.065 0.037 85 G 0.086 0.102 0.095 0.113 0.148 0.083 0.046 0.124 0.044 0.092 0.067 86 F 0.254 0.100 0.040 0.021 0.265 0.025 0.025 0.088 0.058 0.048 0.078 87 N 0.219 0.090 0.047 0.020 0.296 0.013 0.020 0.105 0.058 0.050 0.083 88 W 0.109 0.103 0.058 0.028 0.187 0.021 0.023 0.180 0.165 0.090 0.035 89 A 0.068 0.129 0.063 0.036 0.126 0.034 0.071 0.206 0.121 0.119 0.028 90 N 0.101 0.111 0.069 0.029 0.161 0.031 0.068 0.190 0.063 0.129 0.049 91 F 0.081 0.289 0.085 0.016 0.198 0.015 0.015 0.077 0.040 0.113 0.070 92 D 0.146 0.181 0.046 0.011 0.393 0.010 0.013 0.109 0.040 0.021 0.031 93 S 0.031 0.041 0.050 0.019 0.030 0.013 0.041 0.489 0.220 0.048 0.018 94 V 0.006 0.016 0.021 0.051 0.008 0.103 0.324 0.309 0.097 0.060 0.006 95 K 0.010 0.590 0.159 0.065 0.060 0.018 0.018 0.033 0.014 0.027 0.007 96 K 0.025 0.014 0.010 0.022 0.019 0.015 0.024 0.063 0.065 0.575 0.169 97 K 0.081 0.352 0.114 0.021 0.285 0.014 0.025 0.032 0.019 0.036 0.021 98 C 0.246 0.160 0.018 0.004 0.494 0.002 0.004 0.006 0.004 0.009 0.051 99 Y 0.143 0.216 0.046 0.006 0.544 0.005 0.007 0.006 0.003 0.006 0.018 100 I 0.475 0.066 0.012 0.004 0.343 0.004 0.005 0.012 0.006 0.008 0.064 101 F 0.093 0.144 0.060 0.087 0.219 0.139 0.107 0.040 0.027 0.047 0.036 102 N 0.216 0.144 0.057 0.032 0.281 0.010 0.010 0.017 0.020 0.097 0.114 103 T 0.069 0.201 0.152 0.078 0.158 0.028 0.038 0.040 0.056 0.141 0.039 104 K 0.025 0.384 0.376 0.045 0.104 0.010 0.014 0.015 0.010 0.009 0.008 105 P 0.143 0.155 0.058 0.021 0.217 0.027 0.053 0.124 0.098 0.044 0.060 106 T 0.076 0.186 0.121 0.040 0.199 0.024 0.054 0.085 0.104 0.068 0.043 107 C 0.134 0.173 0.061 0.014 0.328 0.019 0.039 0.098 0.075 0.032 0.028 108 L 0.189 0.074 0.017 0.006 0.274 0.014 0.037 0.137 0.082 0.087 0.083 109 I 0.110 0.071 0.026 0.029 0.141 0.048 0.082 0.118 0.087 0.205 0.082 110 N 0.072 0.221 0.141 0.072 0.173 0.035 0.042 0.064 0.045 0.093 0.042 111 D 0.139 0.208 0.190 0.037 0.196 0.009 0.005 0.023 0.027 0.079 0.087 112 K 0.016 0.022 0.006 0.009 0.028 0.022 0.055 0.371 0.427 0.036 0.007 113 N 0.008 0.021 0.018 0.018 0.012 0.012 0.052 0.386 0.224 0.232 0.018 114 F 0.045 0.060 0.011 0.005 0.073 0.004 0.025 0.328 0.137 0.276 0.036 115 I 0.078 0.086 0.019 0.007 0.138 0.011 0.033 0.509 0.078 0.022 0.018 116 A 0.092 0.037 0.013 0.015 0.131 0.018 0.023 0.514 0.087 0.032 0.038 117 T 0.140 0.038 0.013 0.012 0.166 0.015 0.032 0.439 0.086 0.022 0.035 118 T 0.098 0.070 0.030 0.017 0.129 0.013 0.026 0.426 0.127 0.040 0.024 119 A 0.054 0.082 0.027 0.013 0.119 0.016 0.043 0.394 0.160 0.062 0.030 120 L 0.051 0.089 0.023 0.016 0.100 0.025 0.134 0.325 0.111 0.106 0.022 121 S 0.049 0.170 0.106 0.052 0.108 0.052 0.092 0.103 0.064 0.162 0.041 122 H 0.124 0.294 0.177 0.030 0.218 0.007 0.008 0.037 0.022 0.027 0.056 123 P 0.037 0.095 0.033 0.013 0.089 0.018 0.040 0.320 0.286 0.049 0.020 124 Q 0.027 0.033 0.023 0.014 0.040 0.021 0.065 0.336 0.212 0.195 0.034 125 E 0.066 0.140 0.064 0.019 0.123 0.025 0.063 0.236 0.098 0.124 0.042