# TARGET T0237 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 8 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.719 0.191 0.061 0.023 0.006 0.001 0.001 2 G 0.595 0.223 0.106 0.056 0.018 0.002 0.001 3 L 0.412 0.323 0.156 0.076 0.027 0.006 0.001 4 W 0.300 0.215 0.167 0.167 0.108 0.039 0.004 5 V 0.309 0.224 0.186 0.157 0.091 0.029 0.004 6 D 0.393 0.283 0.183 0.095 0.035 0.010 0.002 7 G 0.373 0.254 0.177 0.124 0.060 0.012 0.001 8 N 0.433 0.255 0.128 0.093 0.060 0.028 0.003 9 C 0.245 0.230 0.220 0.202 0.080 0.020 0.002 10 E 0.490 0.316 0.130 0.050 0.011 0.002 0.001 11 E 0.558 0.288 0.095 0.043 0.013 0.002 0.001 12 I 0.312 0.206 0.206 0.191 0.071 0.013 0.001 13 P 0.542 0.235 0.116 0.069 0.030 0.007 0.001 14 Y 0.659 0.219 0.076 0.034 0.009 0.002 0.001 15 V 0.405 0.240 0.167 0.116 0.052 0.018 0.003 16 K 0.465 0.257 0.131 0.088 0.041 0.016 0.002 17 E 0.427 0.267 0.147 0.095 0.047 0.015 0.002 18 V 0.475 0.268 0.140 0.080 0.029 0.006 0.001 19 E 0.463 0.286 0.145 0.076 0.024 0.005 0.001 20 A 0.296 0.244 0.196 0.168 0.080 0.017 0.001 21 E 0.547 0.304 0.103 0.035 0.009 0.002 0.001 22 D 0.276 0.309 0.211 0.140 0.052 0.012 0.001 23 L 0.083 0.127 0.178 0.257 0.252 0.097 0.007 24 R 0.202 0.325 0.250 0.152 0.058 0.013 0.001 25 E 0.146 0.300 0.290 0.185 0.063 0.015 0.001 26 C 0.035 0.045 0.076 0.191 0.349 0.277 0.027 27 N 0.048 0.113 0.169 0.260 0.265 0.126 0.019 28 R 0.098 0.272 0.300 0.204 0.087 0.034 0.006 29 I 0.030 0.057 0.102 0.212 0.319 0.242 0.038 30 V 0.051 0.075 0.104 0.183 0.260 0.259 0.067 31 F 0.194 0.173 0.141 0.168 0.158 0.124 0.042 32 G 0.366 0.298 0.207 0.097 0.026 0.006 0.001 33 A 0.430 0.228 0.126 0.114 0.069 0.028 0.006 34 S 0.420 0.258 0.157 0.100 0.045 0.016 0.004 35 A 0.502 0.180 0.121 0.116 0.059 0.019 0.004 36 S 0.580 0.253 0.101 0.042 0.017 0.006 0.001 37 D 0.375 0.217 0.168 0.132 0.077 0.027 0.003 38 Q 0.446 0.228 0.129 0.103 0.063 0.028 0.003 39 P 0.563 0.230 0.123 0.062 0.018 0.004 0.001 40 T 0.665 0.224 0.080 0.024 0.006 0.001 0.001 41 Q 0.559 0.231 0.115 0.067 0.023 0.004 0.001 42 Y 0.503 0.204 0.140 0.110 0.038 0.005 0.001 43 E 0.720 0.206 0.056 0.015 0.002 0.001 0.001 44 E 0.749 0.202 0.040 0.008 0.001 0.001 0.001 45 E 0.382 0.232 0.168 0.133 0.070 0.014 0.001 46 M 0.452 0.209 0.167 0.130 0.038 0.004 0.001 47 T 0.818 0.158 0.021 0.003 0.001 0.001 0.001 48 D 0.638 0.251 0.084 0.023 0.003 0.001 0.001 49 Y 0.400 0.243 0.167 0.139 0.047 0.005 0.001 50 Q 0.709 0.229 0.052 0.009 0.001 0.001 0.001 51 K 0.700 0.258 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 52 I 0.132 0.167 0.233 0.291 0.155 0.021 0.001 53 Q 0.168 0.313 0.301 0.174 0.040 0.004 0.001 54 Q 0.556 0.361 0.067 0.013 0.002 0.001 0.001 55 G 0.232 0.353 0.277 0.120 0.016 0.001 0.001 56 F 0.046 0.074 0.132 0.314 0.331 0.099 0.003 57 R 0.215 0.381 0.250 0.123 0.028 0.002 0.001 58 Q 0.551 0.352 0.078 0.016 0.003 0.001 0.001 59 N 0.138 0.251 0.321 0.237 0.048 0.005 0.001 60 N 0.128 0.159 0.146 0.223 0.249 0.089 0.005 61 R 0.298 0.347 0.201 0.114 0.034 0.005 0.001 62 E 0.251 0.409 0.231 0.085 0.020 0.003 0.001 63 M 0.046 0.077 0.153 0.300 0.321 0.100 0.004 64 I 0.064 0.134 0.165 0.244 0.245 0.135 0.014 65 K 0.223 0.334 0.207 0.150 0.063 0.020 0.003 66 S 0.110 0.226 0.259 0.228 0.123 0.044 0.009 67 A 0.055 0.075 0.087 0.165 0.242 0.289 0.088 68 F 0.089 0.090 0.121 0.185 0.230 0.213 0.072 69 L 0.229 0.167 0.159 0.165 0.140 0.108 0.031 70 P 0.220 0.195 0.149 0.177 0.145 0.092 0.022 71 V 0.165 0.137 0.163 0.200 0.176 0.124 0.035 72 G 0.218 0.209 0.173 0.175 0.123 0.079 0.023 73 A 0.205 0.269 0.213 0.180 0.095 0.033 0.005 74 F 0.120 0.135 0.164 0.229 0.230 0.109 0.014 75 N 0.293 0.339 0.204 0.110 0.039 0.012 0.002 76 S 0.233 0.240 0.220 0.190 0.088 0.026 0.003 77 D 0.475 0.299 0.136 0.062 0.022 0.006 0.001 78 N 0.464 0.320 0.129 0.061 0.021 0.005 0.001 79 F 0.222 0.215 0.212 0.214 0.109 0.026 0.002 80 K 0.147 0.250 0.272 0.229 0.086 0.016 0.001 81 S 0.212 0.252 0.186 0.179 0.125 0.042 0.003 82 K 0.106 0.238 0.294 0.244 0.092 0.024 0.003 83 G 0.126 0.124 0.133 0.222 0.249 0.128 0.018 84 R 0.173 0.269 0.243 0.179 0.093 0.037 0.006 85 G 0.156 0.154 0.142 0.189 0.186 0.148 0.026 86 F 0.152 0.171 0.188 0.208 0.171 0.094 0.017 87 N 0.224 0.240 0.183 0.167 0.111 0.063 0.012 88 W 0.152 0.097 0.116 0.184 0.211 0.199 0.042 89 A 0.189 0.158 0.143 0.188 0.181 0.121 0.019 90 N 0.189 0.293 0.234 0.159 0.086 0.034 0.005 91 F 0.190 0.196 0.215 0.213 0.138 0.044 0.002 92 D 0.243 0.343 0.228 0.136 0.042 0.007 0.001 93 S 0.501 0.307 0.138 0.047 0.007 0.001 0.001 94 V 0.750 0.202 0.038 0.009 0.001 0.001 0.001 95 K 0.592 0.286 0.090 0.027 0.004 0.001 0.001 96 K 0.472 0.343 0.130 0.044 0.010 0.001 0.001 97 K 0.083 0.276 0.274 0.247 0.104 0.016 0.001 98 C 0.029 0.110 0.202 0.311 0.246 0.098 0.006 99 Y 0.021 0.130 0.247 0.301 0.204 0.091 0.006 100 I 0.008 0.018 0.043 0.133 0.304 0.420 0.074 101 F 0.013 0.043 0.100 0.283 0.375 0.172 0.015 102 N 0.149 0.312 0.244 0.186 0.084 0.023 0.003 103 T 0.127 0.308 0.253 0.201 0.087 0.021 0.003 104 K 0.099 0.329 0.307 0.180 0.065 0.017 0.002 105 P 0.032 0.069 0.132 0.278 0.320 0.155 0.015 106 T 0.073 0.182 0.207 0.238 0.187 0.101 0.012 107 C 0.046 0.062 0.099 0.180 0.231 0.303 0.079 108 L 0.040 0.059 0.087 0.165 0.250 0.279 0.119 109 I 0.057 0.079 0.100 0.142 0.215 0.264 0.143 110 N 0.103 0.134 0.168 0.222 0.200 0.137 0.036 111 D 0.119 0.203 0.212 0.223 0.160 0.071 0.012 112 K 0.191 0.279 0.209 0.185 0.094 0.036 0.007 113 N 0.252 0.228 0.208 0.161 0.100 0.043 0.008 114 F 0.139 0.127 0.134 0.191 0.229 0.151 0.029 115 I 0.152 0.162 0.163 0.206 0.175 0.111 0.031 116 A 0.277 0.160 0.113 0.124 0.118 0.137 0.071 117 T 0.174 0.123 0.127 0.151 0.148 0.173 0.103 118 T 0.146 0.086 0.101 0.146 0.173 0.232 0.116 119 A 0.223 0.115 0.118 0.155 0.187 0.149 0.054 120 L 0.335 0.149 0.141 0.138 0.121 0.090 0.026 121 S 0.416 0.181 0.125 0.123 0.092 0.055 0.008 122 H 0.404 0.256 0.158 0.114 0.053 0.014 0.001 123 P 0.549 0.218 0.115 0.076 0.032 0.010 0.001 124 Q 0.694 0.179 0.071 0.039 0.014 0.003 0.001 125 E 0.715 0.150 0.069 0.041 0.019 0.005 0.001