# TARGET T0237 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghtl-stride-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.64161 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.164 0.009 0.026 0.014 0.431 0.356 2 G 0.355 0.013 0.014 0.007 0.261 0.350 3 L 0.707 0.025 0.009 0.007 0.094 0.158 4 W 0.775 0.046 0.008 0.006 0.086 0.078 5 V 0.714 0.027 0.008 0.004 0.131 0.116 6 D 0.355 0.011 0.010 0.005 0.334 0.285 7 G 0.179 0.019 0.014 0.005 0.405 0.377 8 N 0.105 0.034 0.021 0.007 0.429 0.403 9 C 0.016 0.009 0.552 0.030 0.335 0.058 10 E 0.020 0.004 0.488 0.020 0.393 0.075 11 E 0.029 0.009 0.485 0.037 0.351 0.089 12 I 0.075 0.025 0.042 0.029 0.376 0.452 13 P 0.116 0.018 0.020 0.042 0.251 0.552 14 Y 0.225 0.028 0.033 0.086 0.251 0.378 15 V 0.539 0.013 0.031 0.086 0.164 0.167 16 K 0.720 0.007 0.029 0.072 0.069 0.102 17 E 0.723 0.006 0.022 0.099 0.061 0.088 18 V 0.576 0.019 0.020 0.117 0.085 0.183 19 E 0.326 0.016 0.025 0.073 0.210 0.350 20 A 0.034 0.003 0.310 0.258 0.271 0.123 21 E 0.026 0.004 0.338 0.206 0.313 0.113 22 D 0.024 0.007 0.365 0.155 0.335 0.115 23 L 0.019 0.011 0.258 0.386 0.221 0.106 24 R 0.061 0.009 0.228 0.288 0.255 0.159 25 E 0.112 0.018 0.218 0.321 0.238 0.094 26 C 0.143 0.014 0.111 0.339 0.245 0.148 27 N 0.188 0.006 0.073 0.245 0.261 0.227 28 R 0.456 0.006 0.033 0.245 0.133 0.127 29 I 0.682 0.009 0.010 0.185 0.051 0.063 30 V 0.753 0.015 0.009 0.121 0.059 0.043 31 F 0.650 0.012 0.012 0.082 0.148 0.096 32 G 0.239 0.007 0.016 0.057 0.372 0.309 33 A 0.147 0.021 0.017 0.021 0.358 0.437 34 S 0.080 0.039 0.022 0.015 0.329 0.514 35 A 0.020 0.018 0.345 0.054 0.384 0.179 36 S 0.017 0.009 0.344 0.061 0.423 0.145 37 D 0.008 0.006 0.364 0.068 0.429 0.126 38 Q 0.012 0.010 0.099 0.089 0.476 0.313 39 P 0.016 0.009 0.128 0.110 0.436 0.300 40 T 0.027 0.020 0.104 0.209 0.343 0.298 41 Q 0.079 0.036 0.073 0.233 0.273 0.307 42 Y 0.096 0.024 0.069 0.454 0.145 0.212 43 E 0.071 0.008 0.068 0.455 0.209 0.189 44 E 0.063 0.012 0.064 0.488 0.222 0.151 45 E 0.044 0.010 0.051 0.557 0.164 0.174 46 M 0.006 0.002 0.041 0.837 0.065 0.049 47 T 0.005 0.001 0.023 0.850 0.039 0.082 48 D 0.003 0.001 0.010 0.949 0.014 0.023 49 Y 0.003 0.001 0.003 0.977 0.007 0.009 50 Q 0.003 0.001 0.004 0.983 0.006 0.004 51 K 0.004 0.001 0.004 0.981 0.007 0.003 52 I 0.002 0.001 0.005 0.984 0.006 0.003 53 Q 0.002 0.001 0.005 0.981 0.007 0.005 54 Q 0.001 0.001 0.007 0.964 0.016 0.012 55 G 0.006 0.002 0.019 0.817 0.066 0.090 56 F 0.035 0.011 0.050 0.588 0.135 0.181 57 R 0.079 0.009 0.079 0.574 0.146 0.112 58 Q 0.037 0.005 0.077 0.607 0.153 0.121 59 N 0.013 0.005 0.046 0.565 0.139 0.231 60 N 0.007 0.004 0.014 0.423 0.095 0.458 61 R 0.003 0.001 0.012 0.950 0.016 0.018 62 E 0.012 0.001 0.021 0.914 0.034 0.018 63 M 0.025 0.005 0.030 0.859 0.057 0.024 64 I 0.040 0.007 0.036 0.817 0.063 0.037 65 K 0.052 0.003 0.058 0.760 0.070 0.057 66 S 0.058 0.002 0.071 0.694 0.080 0.094 67 A 0.120 0.006 0.050 0.630 0.071 0.123 68 F 0.229 0.015 0.029 0.374 0.096 0.257 69 L 0.246 0.012 0.017 0.078 0.124 0.523 70 P 0.229 0.009 0.013 0.044 0.186 0.519 71 V 0.252 0.014 0.027 0.050 0.256 0.401 72 G 0.230 0.018 0.034 0.022 0.308 0.389 73 A 0.352 0.020 0.074 0.040 0.270 0.245 74 F 0.345 0.049 0.061 0.051 0.211 0.283 75 N 0.229 0.030 0.036 0.051 0.418 0.236 76 S 0.062 0.011 0.130 0.110 0.556 0.131 77 D 0.058 0.008 0.134 0.068 0.619 0.112 78 N 0.085 0.015 0.157 0.077 0.569 0.097 79 F 0.151 0.055 0.071 0.052 0.385 0.286 80 K 0.297 0.124 0.050 0.040 0.256 0.234 81 S 0.300 0.068 0.056 0.030 0.369 0.177 82 K 0.169 0.028 0.031 0.016 0.548 0.208 83 G 0.125 0.015 0.021 0.006 0.587 0.245 84 R 0.240 0.019 0.017 0.006 0.470 0.249 85 G 0.399 0.030 0.012 0.007 0.338 0.213 86 F 0.410 0.072 0.011 0.010 0.235 0.262 87 N 0.364 0.036 0.012 0.010 0.268 0.312 88 W 0.274 0.016 0.060 0.026 0.345 0.280 89 A 0.339 0.025 0.088 0.033 0.274 0.242 90 N 0.410 0.033 0.061 0.047 0.290 0.159 91 F 0.315 0.034 0.053 0.063 0.307 0.230 92 D 0.172 0.017 0.027 0.042 0.542 0.199 93 S 0.036 0.005 0.164 0.090 0.675 0.029 94 V 0.063 0.007 0.168 0.059 0.652 0.052 95 K 0.056 0.009 0.137 0.063 0.673 0.061 96 K 0.155 0.010 0.056 0.035 0.522 0.221 97 K 0.492 0.020 0.017 0.042 0.141 0.288 98 C 0.770 0.010 0.010 0.029 0.070 0.111 99 Y 0.868 0.004 0.009 0.021 0.032 0.067 100 I 0.909 0.006 0.006 0.017 0.027 0.034 101 F 0.856 0.006 0.007 0.015 0.069 0.047 102 N 0.636 0.005 0.008 0.016 0.187 0.149 103 T 0.406 0.016 0.007 0.015 0.275 0.280 104 K 0.289 0.015 0.007 0.006 0.391 0.292 105 P 0.287 0.013 0.018 0.015 0.376 0.291 106 T 0.468 0.022 0.036 0.016 0.262 0.197 107 C 0.780 0.015 0.027 0.012 0.100 0.065 108 L 0.824 0.012 0.011 0.018 0.060 0.075 109 I 0.733 0.021 0.013 0.020 0.105 0.108 110 N 0.442 0.031 0.006 0.025 0.222 0.273 111 D 0.110 0.011 0.011 0.020 0.532 0.317 112 K 0.060 0.004 0.047 0.082 0.698 0.109 113 N 0.088 0.006 0.049 0.098 0.631 0.128 114 F 0.543 0.030 0.025 0.085 0.243 0.074 115 I 0.800 0.012 0.006 0.071 0.044 0.067 116 A 0.857 0.008 0.007 0.075 0.022 0.030 117 T 0.803 0.004 0.013 0.119 0.023 0.038 118 T 0.607 0.006 0.045 0.210 0.049 0.085 119 A 0.415 0.007 0.098 0.238 0.102 0.139 120 L 0.345 0.015 0.071 0.131 0.177 0.261 121 S 0.196 0.023 0.022 0.128 0.198 0.432 122 H 0.042 0.011 0.008 0.030 0.315 0.594 123 P 0.018 0.006 0.042 0.062 0.436 0.436 124 Q 0.044 0.011 0.068 0.070 0.479 0.328 125 E 0.086 0.017 0.131 0.141 0.437 0.188