# TARGET T0237 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.64161 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.139 0.233 0.088 0.065 0.157 0.016 0.028 0.043 0.039 0.114 0.078 2 G 0.019 0.069 0.151 0.416 0.041 0.162 0.014 0.027 0.024 0.057 0.020 3 L 0.128 0.315 0.052 0.003 0.414 0.002 0.009 0.028 0.012 0.014 0.022 4 W 0.279 0.161 0.067 0.009 0.325 0.008 0.012 0.023 0.010 0.029 0.076 5 V 0.100 0.132 0.089 0.098 0.163 0.136 0.105 0.062 0.033 0.042 0.040 6 D 0.050 0.094 0.140 0.215 0.070 0.076 0.048 0.059 0.061 0.135 0.052 7 G 0.010 0.072 0.178 0.190 0.025 0.085 0.035 0.081 0.125 0.180 0.019 8 N 0.052 0.269 0.116 0.026 0.176 0.009 0.018 0.098 0.078 0.120 0.037 9 C 0.119 0.062 0.014 0.003 0.141 0.004 0.012 0.148 0.298 0.116 0.083 10 E 0.027 0.117 0.053 0.012 0.093 0.024 0.066 0.317 0.219 0.058 0.014 11 E 0.123 0.080 0.028 0.004 0.131 0.004 0.018 0.094 0.108 0.343 0.066 12 I 0.116 0.333 0.137 0.007 0.250 0.003 0.008 0.076 0.030 0.013 0.027 13 P 0.048 0.303 0.065 0.008 0.163 0.023 0.055 0.192 0.087 0.031 0.024 14 Y 0.091 0.201 0.055 0.005 0.200 0.004 0.022 0.159 0.114 0.117 0.033 15 V 0.273 0.085 0.017 0.004 0.219 0.006 0.013 0.150 0.091 0.053 0.088 16 K 0.026 0.260 0.094 0.033 0.140 0.030 0.045 0.250 0.084 0.028 0.009 17 E 0.229 0.069 0.015 0.003 0.207 0.004 0.031 0.225 0.060 0.075 0.081 18 V 0.076 0.218 0.065 0.015 0.176 0.020 0.036 0.249 0.075 0.042 0.029 19 E 0.149 0.166 0.085 0.012 0.147 0.008 0.016 0.172 0.058 0.093 0.092 20 A 0.023 0.041 0.010 0.010 0.046 0.010 0.020 0.530 0.252 0.039 0.019 21 E 0.008 0.032 0.014 0.010 0.017 0.040 0.105 0.515 0.216 0.037 0.007 22 D 0.042 0.029 0.017 0.005 0.038 0.003 0.016 0.267 0.157 0.386 0.041 23 L 0.059 0.014 0.003 0.001 0.036 0.002 0.005 0.434 0.319 0.091 0.038 24 R 0.005 0.013 0.007 0.010 0.010 0.038 0.089 0.583 0.226 0.015 0.003 25 E 0.036 0.026 0.010 0.007 0.046 0.006 0.049 0.463 0.178 0.159 0.021 26 C 0.127 0.098 0.028 0.010 0.200 0.012 0.026 0.279 0.094 0.077 0.049 27 N 0.025 0.011 0.004 0.012 0.025 0.037 0.061 0.436 0.193 0.157 0.039 28 R 0.094 0.200 0.040 0.007 0.331 0.006 0.021 0.159 0.069 0.056 0.019 29 I 0.280 0.091 0.011 0.003 0.452 0.005 0.014 0.072 0.015 0.014 0.044 30 V 0.280 0.073 0.020 0.012 0.319 0.012 0.024 0.093 0.022 0.042 0.103 31 F 0.081 0.153 0.065 0.116 0.144 0.074 0.053 0.118 0.048 0.092 0.055 32 G 0.033 0.078 0.100 0.167 0.048 0.111 0.083 0.099 0.069 0.178 0.034 33 A 0.066 0.161 0.138 0.041 0.119 0.031 0.040 0.120 0.086 0.142 0.054 34 S 0.048 0.294 0.132 0.030 0.153 0.020 0.043 0.103 0.064 0.083 0.031 35 A 0.084 0.084 0.031 0.014 0.104 0.018 0.038 0.209 0.235 0.119 0.063 36 S 0.022 0.125 0.062 0.019 0.076 0.025 0.056 0.347 0.178 0.072 0.017 37 D 0.073 0.060 0.029 0.007 0.082 0.009 0.034 0.178 0.127 0.340 0.062 38 Q 0.040 0.291 0.196 0.014 0.103 0.006 0.013 0.235 0.055 0.032 0.016 39 P 0.053 0.136 0.033 0.006 0.113 0.010 0.024 0.471 0.097 0.035 0.022 40 T 0.019 0.071 0.022 0.007 0.062 0.012 0.034 0.600 0.122 0.041 0.011 41 Q 0.077 0.048 0.015 0.003 0.079 0.005 0.021 0.635 0.059 0.038 0.020 42 Y 0.021 0.037 0.012 0.007 0.033 0.005 0.009 0.724 0.093 0.049 0.008 43 E 0.018 0.029 0.008 0.006 0.033 0.007 0.018 0.697 0.148 0.028 0.008 44 E 0.008 0.029 0.012 0.003 0.021 0.006 0.035 0.767 0.105 0.011 0.004 45 E 0.016 0.033 0.014 0.003 0.027 0.005 0.030 0.692 0.087 0.081 0.011 46 M 0.075 0.032 0.007 0.002 0.061 0.003 0.007 0.520 0.157 0.097 0.039 47 T 0.003 0.020 0.010 0.007 0.008 0.044 0.051 0.714 0.115 0.026 0.003 48 D 0.041 0.054 0.023 0.002 0.061 0.001 0.004 0.521 0.089 0.184 0.022 49 Y 0.008 0.008 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 0.784 0.142 0.042 0.003 50 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.942 0.049 0.001 0.001 51 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.958 0.025 0.006 0.001 52 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.904 0.057 0.025 0.001 53 Q 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.926 0.046 0.010 0.001 54 Q 0.001 0.015 0.009 0.003 0.005 0.005 0.024 0.870 0.058 0.009 0.001 55 G 0.001 0.002 0.003 0.005 0.001 0.005 0.014 0.899 0.037 0.031 0.002 56 F 0.006 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.012 0.819 0.115 0.034 0.003 57 R 0.008 0.010 0.004 0.002 0.011 0.005 0.009 0.825 0.102 0.020 0.004 58 Q 0.008 0.051 0.017 0.006 0.031 0.013 0.055 0.748 0.042 0.023 0.004 59 N 0.013 0.045 0.035 0.020 0.025 0.062 0.132 0.449 0.052 0.148 0.019 60 N 0.337 0.055 0.022 0.003 0.187 0.001 0.003 0.144 0.025 0.104 0.118 61 R 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.805 0.166 0.016 0.001 62 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.926 0.053 0.004 0.001 63 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.929 0.049 0.009 0.001 64 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.864 0.098 0.020 0.002 65 K 0.003 0.006 0.002 0.002 0.006 0.013 0.040 0.749 0.165 0.012 0.002 66 S 0.004 0.009 0.009 0.007 0.008 0.011 0.105 0.623 0.146 0.075 0.004 67 A 0.017 0.024 0.012 0.010 0.032 0.017 0.119 0.492 0.136 0.130 0.012 68 F 0.137 0.077 0.017 0.012 0.116 0.013 0.036 0.159 0.124 0.213 0.095 69 L 0.043 0.249 0.195 0.044 0.129 0.029 0.052 0.166 0.054 0.023 0.017 70 P 0.086 0.204 0.145 0.029 0.188 0.022 0.062 0.155 0.050 0.033 0.026 71 V 0.103 0.104 0.036 0.026 0.110 0.035 0.102 0.130 0.134 0.158 0.060 72 G 0.043 0.139 0.125 0.108 0.098 0.078 0.047 0.118 0.090 0.118 0.036 73 A 0.141 0.120 0.042 0.016 0.251 0.022 0.041 0.128 0.076 0.107 0.056 74 F 0.132 0.187 0.044 0.017 0.225 0.028 0.045 0.103 0.071 0.094 0.055 75 N 0.274 0.080 0.071 0.017 0.208 0.010 0.014 0.039 0.031 0.094 0.162 76 S 0.069 0.113 0.028 0.038 0.143 0.035 0.043 0.236 0.185 0.079 0.030 77 D 0.018 0.039 0.024 0.032 0.031 0.050 0.101 0.281 0.270 0.133 0.021 78 N 0.128 0.057 0.033 0.013 0.166 0.010 0.039 0.112 0.119 0.236 0.088 79 F 0.187 0.101 0.015 0.003 0.318 0.003 0.012 0.121 0.106 0.081 0.052 80 K 0.172 0.129 0.052 0.016 0.208 0.025 0.048 0.077 0.059 0.106 0.108 81 S 0.154 0.215 0.111 0.039 0.331 0.015 0.015 0.036 0.022 0.027 0.037 82 K 0.033 0.058 0.056 0.089 0.045 0.140 0.264 0.139 0.090 0.060 0.026 83 G 0.074 0.073 0.132 0.149 0.073 0.036 0.014 0.024 0.036 0.262 0.127 84 R 0.047 0.087 0.045 0.102 0.085 0.113 0.229 0.117 0.082 0.065 0.028 85 G 0.073 0.148 0.178 0.158 0.143 0.045 0.009 0.016 0.025 0.126 0.078 86 F 0.232 0.147 0.029 0.018 0.392 0.018 0.016 0.017 0.022 0.037 0.072 87 N 0.310 0.077 0.036 0.008 0.395 0.004 0.009 0.015 0.011 0.035 0.100 88 W 0.181 0.110 0.035 0.007 0.186 0.009 0.015 0.064 0.124 0.187 0.083 89 A 0.100 0.217 0.090 0.033 0.220 0.040 0.053 0.080 0.064 0.068 0.035 90 N 0.228 0.153 0.069 0.008 0.300 0.004 0.009 0.042 0.020 0.082 0.085 91 F 0.094 0.209 0.076 0.019 0.217 0.027 0.027 0.126 0.077 0.088 0.040 92 D 0.123 0.162 0.094 0.014 0.373 0.011 0.016 0.084 0.041 0.040 0.041 93 S 0.038 0.039 0.041 0.007 0.026 0.005 0.024 0.498 0.238 0.061 0.023 94 V 0.008 0.043 0.031 0.015 0.017 0.021 0.097 0.533 0.158 0.068 0.008 95 K 0.026 0.516 0.088 0.034 0.140 0.018 0.029 0.073 0.026 0.034 0.015 96 K 0.065 0.031 0.022 0.015 0.039 0.015 0.018 0.072 0.062 0.425 0.236 97 K 0.098 0.275 0.107 0.022 0.228 0.013 0.019 0.109 0.040 0.064 0.025 98 C 0.326 0.113 0.019 0.004 0.413 0.003 0.004 0.031 0.016 0.022 0.049 99 Y 0.138 0.224 0.045 0.009 0.399 0.011 0.019 0.093 0.027 0.014 0.021 100 I 0.375 0.060 0.018 0.006 0.267 0.008 0.025 0.119 0.024 0.032 0.066 101 F 0.063 0.235 0.102 0.076 0.226 0.063 0.054 0.102 0.028 0.031 0.020 102 N 0.185 0.092 0.056 0.031 0.186 0.018 0.021 0.085 0.042 0.185 0.100 103 T 0.041 0.290 0.324 0.027 0.141 0.011 0.023 0.052 0.031 0.046 0.014 104 K 0.058 0.413 0.226 0.014 0.223 0.006 0.014 0.023 0.005 0.005 0.011 105 P 0.141 0.272 0.073 0.008 0.320 0.007 0.017 0.050 0.037 0.027 0.048 106 T 0.084 0.076 0.037 0.022 0.141 0.071 0.157 0.134 0.143 0.097 0.039 107 C 0.186 0.194 0.076 0.010 0.406 0.007 0.011 0.037 0.022 0.023 0.029 108 L 0.214 0.148 0.031 0.008 0.381 0.012 0.022 0.064 0.033 0.035 0.053 109 I 0.141 0.187 0.031 0.016 0.278 0.038 0.066 0.108 0.032 0.052 0.051 110 N 0.116 0.101 0.059 0.033 0.164 0.027 0.035 0.028 0.030 0.234 0.174 111 D 0.211 0.084 0.090 0.038 0.216 0.013 0.015 0.050 0.072 0.097 0.115 112 K 0.005 0.017 0.007 0.006 0.010 0.024 0.068 0.523 0.314 0.024 0.003 113 N 0.019 0.041 0.017 0.019 0.032 0.017 0.080 0.153 0.118 0.463 0.042 114 F 0.142 0.147 0.042 0.019 0.236 0.015 0.031 0.173 0.056 0.084 0.055 115 I 0.193 0.110 0.018 0.005 0.338 0.006 0.012 0.163 0.053 0.041 0.060 116 A 0.141 0.094 0.025 0.014 0.276 0.013 0.022 0.292 0.068 0.021 0.034 117 T 0.159 0.077 0.020 0.010 0.224 0.013 0.050 0.321 0.060 0.028 0.038 118 T 0.076 0.075 0.030 0.023 0.126 0.037 0.095 0.337 0.102 0.069 0.031 119 A 0.099 0.098 0.033 0.014 0.156 0.018 0.050 0.268 0.120 0.096 0.049 120 L 0.080 0.112 0.030 0.016 0.107 0.039 0.111 0.229 0.129 0.101 0.047 121 S 0.046 0.128 0.083 0.060 0.085 0.044 0.081 0.080 0.080 0.255 0.060 122 H 0.097 0.333 0.157 0.017 0.243 0.006 0.012 0.044 0.033 0.024 0.035 123 P 0.026 0.072 0.027 0.008 0.050 0.015 0.041 0.334 0.365 0.046 0.016 124 Q 0.022 0.065 0.030 0.015 0.043 0.017 0.064 0.357 0.245 0.125 0.019 125 E 0.070 0.080 0.023 0.010 0.096 0.020 0.087 0.323 0.148 0.108 0.035