# TARGET T0237 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0237.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 3.64161 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 F 0.448 0.284 0.145 0.076 0.033 0.012 0.002 2 G 0.342 0.231 0.178 0.131 0.080 0.032 0.006 3 L 0.221 0.269 0.210 0.162 0.088 0.042 0.007 4 W 0.108 0.160 0.197 0.239 0.194 0.089 0.013 5 V 0.113 0.115 0.171 0.244 0.223 0.116 0.019 6 D 0.376 0.324 0.177 0.085 0.028 0.008 0.001 7 G 0.308 0.246 0.202 0.155 0.071 0.017 0.001 8 N 0.457 0.341 0.141 0.046 0.011 0.002 0.001 9 C 0.148 0.192 0.270 0.259 0.115 0.015 0.001 10 E 0.665 0.247 0.068 0.016 0.003 0.001 0.001 11 E 0.486 0.273 0.144 0.072 0.021 0.004 0.001 12 I 0.156 0.199 0.280 0.250 0.095 0.018 0.001 13 P 0.475 0.310 0.134 0.057 0.019 0.005 0.001 14 Y 0.406 0.238 0.166 0.122 0.053 0.014 0.001 15 V 0.358 0.199 0.184 0.148 0.086 0.024 0.001 16 K 0.660 0.219 0.079 0.031 0.009 0.002 0.001 17 E 0.544 0.294 0.114 0.036 0.009 0.002 0.001 18 V 0.357 0.240 0.203 0.140 0.053 0.006 0.001 19 E 0.659 0.233 0.077 0.026 0.005 0.001 0.001 20 A 0.790 0.141 0.044 0.020 0.005 0.001 0.001 21 E 0.757 0.181 0.046 0.012 0.003 0.001 0.001 22 D 0.551 0.259 0.113 0.060 0.015 0.002 0.001 23 L 0.239 0.218 0.238 0.202 0.086 0.016 0.001 24 R 0.579 0.300 0.088 0.025 0.007 0.001 0.001 25 E 0.362 0.321 0.194 0.098 0.022 0.003 0.001 26 C 0.098 0.103 0.168 0.293 0.262 0.074 0.003 27 N 0.171 0.281 0.258 0.195 0.075 0.017 0.002 28 R 0.180 0.320 0.259 0.168 0.059 0.014 0.001 29 I 0.078 0.068 0.121 0.235 0.319 0.165 0.015 30 V 0.103 0.100 0.097 0.156 0.203 0.271 0.071 31 F 0.127 0.101 0.116 0.206 0.237 0.181 0.032 32 G 0.215 0.307 0.247 0.152 0.058 0.018 0.003 33 A 0.279 0.199 0.175 0.190 0.112 0.042 0.004 34 S 0.344 0.209 0.141 0.111 0.102 0.081 0.012 35 A 0.349 0.162 0.144 0.160 0.122 0.056 0.006 36 S 0.460 0.266 0.151 0.081 0.031 0.010 0.001 37 D 0.514 0.198 0.109 0.095 0.057 0.023 0.003 38 Q 0.373 0.267 0.173 0.115 0.050 0.019 0.003 39 P 0.396 0.261 0.169 0.101 0.053 0.017 0.002 40 T 0.659 0.229 0.078 0.024 0.007 0.002 0.001 41 Q 0.501 0.314 0.118 0.052 0.013 0.002 0.001 42 Y 0.238 0.131 0.183 0.275 0.154 0.019 0.001 43 E 0.532 0.281 0.132 0.045 0.009 0.001 0.001 44 E 0.628 0.305 0.057 0.009 0.001 0.001 0.001 45 E 0.357 0.276 0.197 0.131 0.035 0.004 0.001 46 M 0.181 0.172 0.243 0.271 0.117 0.016 0.001 47 T 0.660 0.268 0.054 0.014 0.003 0.001 0.001 48 D 0.487 0.288 0.147 0.064 0.013 0.001 0.001 49 Y 0.093 0.225 0.328 0.256 0.086 0.011 0.001 50 Q 0.672 0.267 0.050 0.010 0.001 0.001 0.001 51 K 0.330 0.381 0.209 0.068 0.011 0.001 0.001 52 I 0.038 0.043 0.115 0.352 0.379 0.072 0.001 53 Q 0.178 0.395 0.294 0.114 0.018 0.001 0.001 54 Q 0.636 0.280 0.065 0.016 0.003 0.001 0.001 55 G 0.207 0.275 0.254 0.186 0.064 0.013 0.001 56 F 0.056 0.070 0.149 0.345 0.301 0.076 0.002 57 R 0.229 0.388 0.246 0.100 0.029 0.007 0.001 58 Q 0.516 0.323 0.110 0.038 0.010 0.002 0.001 59 N 0.285 0.279 0.209 0.142 0.066 0.017 0.001 60 N 0.193 0.204 0.209 0.220 0.134 0.038 0.002 61 R 0.170 0.288 0.289 0.185 0.058 0.009 0.001 62 E 0.467 0.406 0.100 0.022 0.004 0.001 0.001 63 M 0.026 0.109 0.260 0.356 0.198 0.049 0.003 64 I 0.004 0.009 0.027 0.137 0.390 0.396 0.038 65 K 0.045 0.205 0.318 0.286 0.115 0.027 0.003 66 S 0.093 0.270 0.271 0.211 0.100 0.048 0.007 67 A 0.013 0.032 0.073 0.166 0.296 0.354 0.065 68 F 0.035 0.054 0.091 0.189 0.277 0.279 0.075 69 L 0.086 0.123 0.147 0.195 0.208 0.179 0.062 70 P 0.100 0.150 0.158 0.200 0.191 0.161 0.040 71 V 0.091 0.106 0.137 0.190 0.219 0.200 0.058 72 G 0.153 0.172 0.177 0.199 0.170 0.101 0.028 73 A 0.228 0.245 0.184 0.152 0.104 0.066 0.021 74 F 0.087 0.110 0.155 0.246 0.256 0.123 0.021 75 N 0.228 0.339 0.229 0.131 0.052 0.017 0.003 76 S 0.169 0.195 0.209 0.216 0.148 0.054 0.009 77 D 0.401 0.278 0.166 0.093 0.043 0.015 0.004 78 N 0.260 0.276 0.223 0.154 0.064 0.020 0.004 79 F 0.095 0.100 0.146 0.243 0.246 0.142 0.027 80 K 0.154 0.230 0.227 0.186 0.113 0.066 0.024 81 S 0.119 0.131 0.149 0.206 0.196 0.146 0.053 82 K 0.184 0.232 0.195 0.156 0.102 0.081 0.050 83 G 0.173 0.157 0.144 0.164 0.140 0.129 0.092 84 R 0.164 0.157 0.148 0.157 0.145 0.149 0.080 85 G 0.148 0.135 0.132 0.154 0.156 0.179 0.096 86 F 0.115 0.105 0.115 0.158 0.185 0.208 0.114 87 N 0.100 0.114 0.133 0.164 0.173 0.212 0.104 88 W 0.057 0.069 0.101 0.169 0.225 0.258 0.120 89 A 0.056 0.052 0.064 0.111 0.241 0.346 0.129 90 N 0.042 0.115 0.203 0.288 0.226 0.108 0.017 91 F 0.041 0.088 0.156 0.267 0.297 0.137 0.015 92 D 0.167 0.327 0.276 0.160 0.057 0.012 0.001 93 S 0.397 0.358 0.152 0.067 0.020 0.004 0.001 94 V 0.590 0.223 0.111 0.056 0.017 0.003 0.001 95 K 0.618 0.242 0.093 0.037 0.009 0.001 0.001 96 K 0.369 0.322 0.201 0.085 0.019 0.003 0.001 97 K 0.197 0.342 0.256 0.144 0.050 0.011 0.001 98 C 0.062 0.096 0.164 0.260 0.293 0.118 0.008 99 Y 0.062 0.165 0.239 0.277 0.178 0.073 0.007 100 I 0.021 0.043 0.084 0.199 0.302 0.310 0.043 101 F 0.035 0.079 0.132 0.237 0.281 0.205 0.031 102 N 0.157 0.264 0.259 0.191 0.093 0.031 0.005 103 T 0.202 0.269 0.252 0.165 0.076 0.030 0.007 104 K 0.144 0.282 0.267 0.173 0.091 0.038 0.006 105 P 0.043 0.065 0.127 0.240 0.305 0.196 0.023 106 T 0.077 0.218 0.263 0.228 0.139 0.066 0.009 107 C 0.017 0.038 0.088 0.203 0.323 0.287 0.044 108 L 0.011 0.035 0.072 0.193 0.317 0.327 0.046 109 I 0.015 0.041 0.083 0.196 0.325 0.292 0.049 110 N 0.076 0.171 0.240 0.266 0.172 0.067 0.008 111 D 0.151 0.261 0.270 0.193 0.096 0.027 0.003 112 K 0.312 0.322 0.210 0.109 0.037 0.010 0.002 113 N 0.222 0.304 0.217 0.150 0.076 0.028 0.004 114 F 0.033 0.050 0.100 0.209 0.317 0.254 0.036 115 I 0.026 0.045 0.082 0.174 0.251 0.324 0.099 116 A 0.028 0.042 0.067 0.121 0.184 0.361 0.197 117 T 0.054 0.078 0.091 0.134 0.183 0.280 0.179 118 T 0.048 0.051 0.067 0.122 0.203 0.315 0.192 119 A 0.067 0.071 0.082 0.136 0.209 0.303 0.132 120 L 0.105 0.102 0.108 0.169 0.226 0.227 0.063 121 S 0.173 0.212 0.200 0.197 0.135 0.072 0.012 122 H 0.227 0.258 0.236 0.177 0.079 0.022 0.002 123 P 0.529 0.267 0.125 0.056 0.018 0.004 0.001 124 Q 0.712 0.193 0.062 0.024 0.008 0.002 0.001 125 E 0.600 0.211 0.110 0.055 0.019 0.005 0.001