; SAM: /projects/compbio/bin/i686/prettyalign v3.5 (May 1, 2004) compiled 05/13/04_16:24:56 ; (c) 1992-2001 Regents of the University of California, Santa Cruz ; ; Sequence Alignment and Modeling Software System ; http://www.cse.ucsc.edu/research/compbio/sam.html ; ; ----------------- Citations (SAM, SAM-T2K, HMMs) -------------------- ; R. Hughey, A. Krogh, Hidden Markov models for sequence analysis: ; Extension and analysis of the basic method, CABIOS 12:95-107, 1996. ; K. Karplus, et al., What is the value added by human intervention in protein ; structure prediction, Proteins: Stucture, Function, Genetics 45(S5):86--91, 2001. ; A. 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I.....A.....R.....FK.....W.....A.....R.....AA.....LV.....I.....T 1flmA -.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....--.....AI.....A.....R 1flmA -.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....--.....--.....-.....E 1flmA -.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-P.....EF.....E.....A 1flmA I.....A.....R.....FK.....W.....A.....R.....--.....--.....-.....- 1flmA I.....A.....R.....--.....-.....-.....-.....--.....--.....-.....- 1flmA -.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....--.....--.....-.....E 1flmA -.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....--.....--.....-.....E 1flmA -.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....-P.....EF.....E.....A 1flmA A.....R.....F.....KW.....A.....R.....A.....--.....--.....-.....- 1g79A K.....F.....L.....EL.....K.....Q.....K.....FQ.....-Q.....G.....E 1g79A -.....-.....-.....--.....-.....-.....-.....--.....--.....-.....- 1g79A L.....E.....S.....KF.....L.....E.....L.....KQ.....KF.....Q.....Q 1g79A R.....-.....G.....IL.....E.....S.....K.....FL.....EL.....K.....Q 1g79A 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