# TARGET T0234 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0234.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.005 0.811 0.001 0.014 0.105 0.001 0.001 0.004 0.033 0.013 0.006 0.008 2 S 0.001 0.044 0.630 0.001 0.043 0.181 0.001 0.001 0.009 0.030 0.039 0.005 0.016 3 Q 0.003 0.032 0.364 0.001 0.055 0.303 0.001 0.001 0.010 0.111 0.092 0.007 0.021 4 L 0.002 0.004 0.230 0.001 0.108 0.455 0.001 0.001 0.006 0.087 0.097 0.004 0.007 5 E 0.001 0.002 0.107 0.002 0.100 0.451 0.001 0.001 0.002 0.168 0.160 0.003 0.004 6 K 0.001 0.008 0.147 0.001 0.068 0.486 0.001 0.001 0.002 0.099 0.183 0.001 0.006 7 A 0.001 0.003 0.149 0.001 0.015 0.736 0.001 0.001 0.002 0.052 0.040 0.001 0.001 8 Q 0.001 0.001 0.208 0.001 0.004 0.763 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.001 0.001 9 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 10 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 11 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 12 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 13 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 15 I 0.001 0.001 0.009 0.001 0.009 0.941 0.001 0.001 0.001 0.006 0.034 0.001 0.001 16 Q 0.001 0.001 0.018 0.001 0.026 0.790 0.001 0.001 0.001 0.021 0.143 0.001 0.001 17 E 0.001 0.001 0.024 0.001 0.026 0.411 0.001 0.001 0.001 0.037 0.498 0.001 0.001 18 F 0.001 0.005 0.310 0.001 0.017 0.238 0.001 0.001 0.006 0.172 0.241 0.002 0.007 19 Q 0.001 0.003 0.585 0.009 0.008 0.030 0.001 0.001 0.027 0.251 0.058 0.017 0.010 20 S 0.015 0.016 0.289 0.009 0.013 0.059 0.010 0.025 0.228 0.143 0.037 0.027 0.130 21 A 0.101 0.020 0.159 0.032 0.011 0.079 0.044 0.051 0.189 0.041 0.016 0.130 0.127 22 I 0.145 0.012 0.121 0.038 0.008 0.052 0.090 0.078 0.138 0.021 0.009 0.107 0.182 23 I 0.218 0.007 0.083 0.038 0.011 0.038 0.123 0.111 0.076 0.017 0.013 0.141 0.122 24 S 0.196 0.008 0.164 0.018 0.012 0.019 0.094 0.047 0.102 0.037 0.017 0.064 0.222 25 T 0.159 0.031 0.300 0.016 0.012 0.020 0.047 0.006 0.062 0.058 0.041 0.110 0.139 26 I 0.083 0.039 0.371 0.009 0.006 0.010 0.015 0.001 0.023 0.145 0.043 0.074 0.180 27 S 0.002 0.024 0.647 0.002 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.203 0.051 0.008 0.052 28 E 0.001 0.003 0.035 0.001 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.126 0.804 0.002 0.001 29 Q 0.001 0.001 0.020 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.110 0.853 0.001 0.001 30 G 0.001 0.012 0.253 0.006 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.479 0.215 0.002 0.013 31 I 0.002 0.036 0.718 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.118 0.009 0.073 0.036 32 P 0.011 0.044 0.298 0.035 0.011 0.002 0.003 0.001 0.002 0.063 0.034 0.013 0.485 33 N 0.095 0.033 0.162 0.018 0.017 0.002 0.015 0.001 0.005 0.035 0.048 0.474 0.095 34 G 0.214 0.010 0.131 0.021 0.008 0.003 0.015 0.001 0.006 0.056 0.018 0.040 0.477 35 S 0.162 0.005 0.090 0.005 0.002 0.001 0.015 0.001 0.012 0.020 0.004 0.611 0.071 36 Y 0.191 0.004 0.068 0.011 0.002 0.001 0.006 0.001 0.008 0.013 0.004 0.018 0.674 37 A 0.124 0.006 0.102 0.135 0.002 0.001 0.005 0.001 0.013 0.028 0.003 0.546 0.035 38 P 0.192 0.002 0.125 0.019 0.003 0.001 0.007 0.001 0.014 0.030 0.005 0.091 0.509 39 F 0.364 0.004 0.101 0.090 0.005 0.001 0.017 0.001 0.009 0.015 0.004 0.085 0.303 40 V 0.341 0.003 0.050 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.008 0.005 0.001 0.488 0.085 41 I 0.256 0.027 0.042 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.011 0.009 0.002 0.020 0.616 42 D 0.023 0.024 0.607 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.041 0.010 0.130 0.152 43 D 0.001 0.002 0.040 0.003 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.123 0.806 0.002 0.012 44 A 0.001 0.001 0.013 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.101 0.877 0.001 0.001 45 K 0.001 0.002 0.119 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.600 0.262 0.003 0.006 46 N 0.003 0.013 0.738 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.160 0.029 0.010 0.039 47 I 0.077 0.093 0.257 0.010 0.001 0.006 0.045 0.003 0.012 0.051 0.006 0.057 0.383 48 Y 0.324 0.013 0.067 0.020 0.001 0.008 0.180 0.014 0.018 0.008 0.003 0.190 0.154 49 I 0.454 0.005 0.025 0.006 0.001 0.008 0.237 0.012 0.015 0.006 0.002 0.070 0.159 50 Y 0.385 0.007 0.038 0.002 0.002 0.008 0.235 0.006 0.021 0.006 0.003 0.160 0.125 51 V 0.171 0.012 0.273 0.006 0.008 0.028 0.063 0.004 0.047 0.042 0.015 0.066 0.265 52 S 0.021 0.011 0.569 0.009 0.012 0.072 0.004 0.001 0.019 0.121 0.024 0.026 0.111 53 G 0.002 0.001 0.037 0.001 0.036 0.787 0.001 0.001 0.001 0.041 0.083 0.004 0.006 54 L 0.001 0.001 0.013 0.001 0.038 0.860 0.001 0.001 0.001 0.014 0.071 0.001 0.001 55 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.013 0.943 0.001 0.001 0.001 0.014 0.014 0.001 0.001 56 V 0.001 0.002 0.014 0.001 0.011 0.942 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.002 57 H 0.001 0.002 0.014 0.001 0.008 0.911 0.001 0.001 0.001 0.014 0.044 0.002 0.002 58 T 0.002 0.002 0.026 0.001 0.010 0.892 0.001 0.001 0.001 0.016 0.045 0.001 0.004 59 K 0.004 0.006 0.067 0.002 0.034 0.746 0.001 0.001 0.004 0.043 0.078 0.009 0.006 60 N 0.003 0.011 0.089 0.001 0.056 0.628 0.001 0.001 0.002 0.052 0.137 0.008 0.012 61 I 0.002 0.008 0.079 0.003 0.167 0.405 0.001 0.001 0.001 0.066 0.248 0.002 0.019 62 E 0.003 0.009 0.066 0.002 0.082 0.166 0.001 0.001 0.001 0.057 0.591 0.014 0.009 63 A 0.004 0.012 0.125 0.003 0.040 0.106 0.001 0.001 0.001 0.179 0.504 0.004 0.022 64 N 0.001 0.006 0.480 0.003 0.010 0.011 0.001 0.001 0.001 0.391 0.074 0.013 0.011 65 P 0.001 0.006 0.238 0.005 0.024 0.016 0.001 0.001 0.001 0.239 0.434 0.007 0.029 66 L 0.054 0.015 0.249 0.005 0.017 0.012 0.006 0.001 0.010 0.149 0.263 0.121 0.098 67 V 0.169 0.019 0.197 0.006 0.003 0.006 0.015 0.003 0.038 0.041 0.005 0.124 0.374 68 N 0.460 0.005 0.057 0.098 0.001 0.002 0.077 0.009 0.046 0.009 0.001 0.109 0.126 69 V 0.629 0.001 0.015 0.010 0.001 0.001 0.125 0.015 0.025 0.003 0.001 0.092 0.083 70 L 0.651 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.150 0.018 0.018 0.001 0.001 0.036 0.111 71 F 0.587 0.002 0.019 0.003 0.001 0.001 0.144 0.018 0.031 0.002 0.001 0.098 0.093 72 V 0.339 0.004 0.082 0.014 0.001 0.002 0.064 0.011 0.098 0.017 0.003 0.128 0.237 73 D 0.074 0.011 0.351 0.021 0.003 0.002 0.011 0.002 0.065 0.089 0.020 0.128 0.223 74 D 0.007 0.014 0.514 0.013 0.018 0.007 0.001 0.001 0.011 0.236 0.090 0.026 0.063 75 E 0.001 0.024 0.318 0.005 0.047 0.020 0.001 0.001 0.004 0.390 0.166 0.007 0.017 76 A 0.001 0.031 0.442 0.001 0.089 0.026 0.001 0.001 0.002 0.238 0.150 0.010 0.011 77 K 0.001 0.013 0.361 0.001 0.146 0.052 0.001 0.001 0.001 0.184 0.228 0.001 0.013 78 T 0.001 0.009 0.258 0.001 0.134 0.057 0.001 0.001 0.001 0.169 0.364 0.004 0.003 79 N 0.001 0.020 0.248 0.001 0.075 0.048 0.001 0.001 0.001 0.305 0.287 0.005 0.009 80 Q 0.002 0.035 0.551 0.002 0.048 0.052 0.001 0.001 0.001 0.216 0.073 0.005 0.015 81 I 0.007 0.013 0.173 0.003 0.231 0.179 0.001 0.001 0.001 0.106 0.246 0.010 0.031 82 F 0.020 0.010 0.141 0.020 0.259 0.132 0.002 0.001 0.002 0.078 0.273 0.026 0.036 83 A 0.034 0.026 0.144 0.007 0.222 0.142 0.003 0.001 0.003 0.118 0.161 0.044 0.095 84 R 0.045 0.020 0.290 0.028 0.049 0.080 0.003 0.001 0.008 0.181 0.139 0.046 0.112 85 R 0.078 0.010 0.308 0.089 0.014 0.020 0.005 0.001 0.007 0.150 0.085 0.114 0.121 86 R 0.270 0.005 0.134 0.036 0.005 0.012 0.012 0.001 0.016 0.048 0.021 0.119 0.322 87 L 0.605 0.003 0.035 0.007 0.002 0.005 0.028 0.004 0.009 0.008 0.002 0.117 0.175 88 S 0.777 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.004 0.001 0.001 0.073 0.097 89 F 0.750 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.033 0.001 0.007 0.001 0.001 0.075 0.115 90 D 0.660 0.001 0.016 0.024 0.001 0.001 0.029 0.001 0.012 0.004 0.001 0.045 0.207 91 C 0.664 0.001 0.015 0.025 0.001 0.001 0.023 0.001 0.006 0.005 0.001 0.177 0.084 92 T 0.489 0.001 0.030 0.003 0.001 0.001 0.032 0.001 0.018 0.007 0.001 0.176 0.242 93 A 0.357 0.003 0.041 0.008 0.001 0.001 0.037 0.001 0.019 0.005 0.001 0.073 0.454 94 T 0.105 0.001 0.047 0.008 0.001 0.001 0.021 0.001 0.019 0.005 0.001 0.718 0.075 95 L 0.032 0.005 0.089 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.019 0.003 0.001 0.013 0.826 96 I 0.021 0.013 0.402 0.051 0.002 0.001 0.004 0.001 0.024 0.052 0.004 0.352 0.072 97 E 0.002 0.013 0.445 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 0.008 0.302 0.020 0.024 0.173 98 R 0.001 0.007 0.657 0.001 0.027 0.020 0.001 0.001 0.003 0.195 0.069 0.004 0.015 99 E 0.001 0.004 0.524 0.001 0.047 0.113 0.001 0.001 0.001 0.165 0.136 0.004 0.005 100 S 0.001 0.003 0.405 0.001 0.054 0.243 0.001 0.001 0.001 0.164 0.127 0.001 0.004 101 Q 0.001 0.004 0.080 0.001 0.047 0.698 0.001 0.001 0.001 0.065 0.106 0.001 0.001 102 K 0.001 0.003 0.075 0.001 0.025 0.816 0.001 0.001 0.001 0.032 0.050 0.001 0.001 103 W 0.001 0.001 0.041 0.001 0.013 0.915 0.001 0.001 0.001 0.015 0.015 0.001 0.001 104 N 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 105 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 106 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 107 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 108 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 109 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 110 F 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 111 Q 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 112 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.920 0.001 0.001 0.001 0.005 0.067 0.001 0.001 113 R 0.001 0.001 0.018 0.001 0.003 0.830 0.001 0.001 0.001 0.017 0.130 0.001 0.001 114 F 0.001 0.001 0.308 0.001 0.002 0.566 0.001 0.001 0.001 0.080 0.040 0.001 0.001 115 G 0.001 0.001 0.055 0.001 0.022 0.701 0.001 0.001 0.001 0.034 0.187 0.001 0.001 116 Q 0.001 0.001 0.025 0.001 0.073 0.686 0.001 0.001 0.001 0.037 0.177 0.001 0.001 117 I 0.001 0.003 0.038 0.001 0.093 0.764 0.001 0.001 0.001 0.039 0.056 0.001 0.003 118 I 0.001 0.004 0.059 0.001 0.092 0.728 0.001 0.001 0.003 0.018 0.087 0.002 0.005 119 E 0.004 0.003 0.062 0.003 0.106 0.549 0.001 0.001 0.004 0.044 0.211 0.007 0.008 120 V 0.002 0.005 0.108 0.001 0.111 0.540 0.001 0.001 0.003 0.059 0.151 0.006 0.011 121 L 0.003 0.021 0.161 0.002 0.095 0.437 0.002 0.001 0.006 0.104 0.132 0.008 0.029 122 R 0.003 0.013 0.180 0.006 0.088 0.200 0.002 0.001 0.003 0.136 0.330 0.025 0.014 123 G 0.002 0.011 0.192 0.016 0.092 0.109 0.001 0.001 0.002 0.157 0.382 0.006 0.030 124 L 0.002 0.010 0.390 0.007 0.082 0.051 0.001 0.001 0.001 0.249 0.162 0.020 0.026 125 A 0.002 0.006 0.269 0.013 0.059 0.019 0.001 0.001 0.002 0.299 0.300 0.009 0.023 126 D 0.006 0.009 0.234 0.010 0.043 0.007 0.002 0.001 0.009 0.339 0.265 0.048 0.027 127 F 0.043 0.018 0.372 0.011 0.006 0.005 0.008 0.001 0.056 0.079 0.017 0.031 0.353 128 R 0.207 0.009 0.124 0.049 0.002 0.004 0.041 0.005 0.063 0.025 0.007 0.384 0.081 129 I 0.540 0.002 0.013 0.003 0.001 0.001 0.071 0.003 0.018 0.004 0.001 0.033 0.310 130 F 0.665 0.001 0.020 0.026 0.001 0.001 0.046 0.002 0.006 0.002 0.001 0.183 0.048 131 Q 0.721 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.057 0.002 0.011 0.002 0.001 0.032 0.159 132 L 0.595 0.002 0.032 0.007 0.001 0.001 0.034 0.002 0.017 0.003 0.001 0.132 0.175 133 T 0.183 0.001 0.083 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.042 0.009 0.001 0.537 0.133 134 P 0.050 0.004 0.134 0.019 0.003 0.001 0.002 0.001 0.015 0.008 0.004 0.008 0.752 135 K 0.051 0.008 0.094 0.521 0.006 0.002 0.001 0.001 0.010 0.056 0.007 0.224 0.020 136 E 0.074 0.006 0.110 0.093 0.010 0.003 0.003 0.001 0.015 0.125 0.016 0.173 0.371 137 G 0.092 0.004 0.234 0.028 0.015 0.006 0.011 0.003 0.015 0.067 0.013 0.092 0.421 138 R 0.175 0.007 0.076 0.010 0.005 0.004 0.031 0.005 0.010 0.022 0.006 0.497 0.149 139 F 0.201 0.013 0.048 0.007 0.008 0.011 0.022 0.004 0.007 0.015 0.010 0.051 0.603 140 V 0.189 0.013 0.130 0.020 0.006 0.013 0.022 0.004 0.013 0.032 0.019 0.391 0.146 141 I 0.100 0.016 0.160 0.035 0.009 0.013 0.012 0.001 0.005 0.127 0.078 0.098 0.347 142 G 0.057 0.009 0.159 0.033 0.043 0.019 0.004 0.001 0.004 0.222 0.266 0.085 0.100 143 F 0.112 0.021 0.212 0.027 0.035 0.018 0.009 0.002 0.012 0.150 0.111 0.087 0.204 144 G 0.308 0.007 0.139 0.057 0.015 0.011 0.020 0.002 0.012 0.083 0.042 0.144 0.162 145 A 0.465 0.005 0.073 0.011 0.004 0.004 0.039 0.005 0.035 0.023 0.007 0.142 0.187 146 A 0.541 0.004 0.037 0.026 0.004 0.005 0.055 0.006 0.028 0.014 0.004 0.035 0.243 147 Y 0.570 0.003 0.046 0.031 0.003 0.006 0.066 0.018 0.038 0.010 0.003 0.136 0.069 148 H 0.505 0.005 0.038 0.004 0.001 0.004 0.053 0.010 0.044 0.007 0.002 0.069 0.258 149 I 0.287 0.035 0.183 0.003 0.002 0.006 0.040 0.009 0.037 0.032 0.003 0.142 0.222 150 S 0.011 0.011 0.597 0.004 0.002 0.009 0.001 0.001 0.020 0.067 0.006 0.014 0.257 151 G 0.001 0.001 0.031 0.002 0.132 0.225 0.001 0.001 0.001 0.092 0.508 0.002 0.005 152 D 0.001 0.001 0.018 0.003 0.169 0.152 0.001 0.001 0.001 0.062 0.593 0.001 0.001 153 R 0.001 0.006 0.094 0.001 0.311 0.240 0.001 0.001 0.003 0.121 0.197 0.010 0.014 154 L 0.007 0.027 0.242 0.004 0.124 0.311 0.002 0.013 0.020 0.068 0.089 0.003 0.090 155 D 0.048 0.033 0.127 0.073 0.091 0.216 0.009 0.018 0.021 0.085 0.165 0.072 0.042 156 T 0.067 0.012 0.145 0.034 0.067 0.216 0.010 0.012 0.025 0.109 0.165 0.036 0.102 157 L 0.038 0.024 0.307 0.014 0.031 0.155 0.008 0.010 0.049 0.110 0.059 0.046 0.149 158 V 0.012 0.025 0.425 0.012 0.015 0.068 0.005 0.007 0.057 0.110 0.024 0.188 0.055 159 P 0.009 0.037 0.466 0.015 0.028 0.049 0.005 0.003 0.040 0.060 0.049 0.020 0.219 160 I 0.009 0.046 0.443 0.033 0.073 0.043 0.005 0.003 0.039 0.127 0.074 0.056 0.050 161 T 0.009 0.022 0.379 0.008 0.081 0.047 0.003 0.001 0.024 0.219 0.118 0.042 0.049 162 G 0.004 0.017 0.447 0.002 0.061 0.036 0.002 0.001 0.018 0.241 0.104 0.017 0.050 163 D 0.001 0.028 0.622 0.001 0.028 0.034 0.001 0.001 0.012 0.153 0.082 0.010 0.029 164 K 0.001 0.019 0.736 0.001 0.020 0.060 0.001 0.001 0.008 0.046 0.093 0.005 0.013 165 G 0.001 0.003 0.948 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.001 0.004