# TARGET T0234 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0234.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 48 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.994 2 S 0.066 0.046 0.020 0.150 0.005 0.044 0.669 3 Q 0.025 0.015 0.052 0.165 0.134 0.083 0.527 4 L 0.013 0.004 0.107 0.282 0.096 0.109 0.389 5 E 0.007 0.002 0.154 0.385 0.107 0.240 0.105 6 K 0.005 0.007 0.126 0.489 0.052 0.170 0.151 7 A 0.003 0.005 0.028 0.567 0.046 0.032 0.319 8 Q 0.002 0.001 0.005 0.927 0.010 0.015 0.040 9 A 0.001 0.001 0.003 0.971 0.005 0.010 0.009 10 E 0.001 0.001 0.003 0.983 0.002 0.008 0.004 11 Y 0.001 0.001 0.001 0.988 0.002 0.007 0.002 12 A 0.001 0.001 0.002 0.985 0.002 0.009 0.001 13 G 0.001 0.001 0.003 0.978 0.001 0.016 0.002 14 F 0.001 0.001 0.005 0.964 0.003 0.023 0.005 15 I 0.002 0.001 0.015 0.916 0.006 0.050 0.010 16 Q 0.005 0.001 0.027 0.696 0.020 0.233 0.019 17 E 0.008 0.002 0.033 0.484 0.057 0.359 0.057 18 F 0.051 0.010 0.020 0.160 0.185 0.172 0.402 19 Q 0.188 0.003 0.010 0.048 0.353 0.074 0.323 20 S 0.761 0.006 0.006 0.024 0.114 0.019 0.070 21 A 0.938 0.005 0.002 0.012 0.004 0.004 0.034 22 I 0.978 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.014 23 I 0.949 0.001 0.002 0.002 0.006 0.003 0.037 24 S 0.894 0.003 0.003 0.001 0.017 0.003 0.079 25 T 0.769 0.004 0.003 0.001 0.060 0.005 0.159 26 I 0.718 0.107 0.002 0.001 0.040 0.003 0.130 27 S 0.234 0.031 0.004 0.001 0.014 0.009 0.707 28 E 0.053 0.006 0.011 0.001 0.114 0.695 0.120 29 Q 0.003 0.004 0.008 0.001 0.112 0.862 0.011 30 G 0.008 0.003 0.003 0.001 0.791 0.127 0.069 31 I 0.070 0.031 0.001 0.001 0.117 0.014 0.766 32 P 0.349 0.302 0.002 0.001 0.049 0.016 0.281 33 N 0.545 0.049 0.007 0.001 0.084 0.034 0.281 34 G 0.564 0.032 0.008 0.001 0.086 0.014 0.295 35 S 0.521 0.015 0.008 0.002 0.107 0.018 0.330 36 Y 0.763 0.013 0.011 0.002 0.047 0.024 0.139 37 A 0.881 0.008 0.003 0.001 0.017 0.005 0.085 38 P 0.788 0.007 0.003 0.001 0.022 0.006 0.173 39 F 0.800 0.015 0.003 0.002 0.028 0.007 0.146 40 V 0.758 0.013 0.004 0.002 0.054 0.010 0.159 41 I 0.738 0.063 0.003 0.003 0.051 0.009 0.133 42 D 0.293 0.029 0.008 0.002 0.041 0.026 0.601 43 D 0.023 0.003 0.017 0.002 0.070 0.827 0.059 44 A 0.007 0.002 0.010 0.002 0.082 0.883 0.015 45 K 0.030 0.002 0.004 0.002 0.636 0.188 0.137 46 N 0.181 0.011 0.001 0.002 0.195 0.014 0.596 47 I 0.590 0.044 0.001 0.001 0.020 0.002 0.343 48 Y 0.935 0.004 0.001 0.002 0.018 0.002 0.039 49 I 0.963 0.003 0.001 0.004 0.004 0.001 0.024 50 Y 0.908 0.004 0.003 0.018 0.006 0.003 0.058 51 V 0.716 0.011 0.004 0.081 0.024 0.007 0.156 52 S 0.289 0.005 0.009 0.184 0.076 0.019 0.418 53 G 0.021 0.002 0.050 0.714 0.070 0.075 0.067 54 L 0.004 0.001 0.033 0.825 0.048 0.058 0.030 55 A 0.001 0.002 0.021 0.900 0.015 0.038 0.022 56 V 0.001 0.001 0.016 0.888 0.019 0.056 0.020 57 H 0.001 0.001 0.014 0.859 0.014 0.092 0.019 58 T 0.002 0.002 0.015 0.864 0.023 0.061 0.034 59 K 0.001 0.002 0.018 0.878 0.015 0.066 0.020 60 N 0.003 0.001 0.027 0.824 0.025 0.074 0.046 61 I 0.004 0.003 0.070 0.789 0.017 0.076 0.041 62 E 0.013 0.003 0.050 0.659 0.037 0.189 0.050 63 A 0.011 0.003 0.038 0.474 0.059 0.365 0.050 64 N 0.014 0.005 0.011 0.019 0.225 0.046 0.680 65 P 0.008 0.001 0.030 0.010 0.133 0.729 0.089 66 L 0.038 0.001 0.031 0.003 0.183 0.713 0.029 67 V 0.715 0.026 0.008 0.003 0.016 0.009 0.223 68 N 0.961 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.029 69 V 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 70 L 0.939 0.003 0.002 0.001 0.005 0.003 0.048 71 F 0.870 0.009 0.002 0.002 0.018 0.004 0.095 72 V 0.606 0.012 0.008 0.004 0.052 0.015 0.303 73 D 0.252 0.030 0.023 0.014 0.161 0.056 0.464 74 D 0.107 0.019 0.033 0.018 0.276 0.138 0.409 75 E 0.030 0.011 0.076 0.028 0.270 0.194 0.391 76 A 0.013 0.012 0.086 0.035 0.301 0.149 0.403 77 K 0.010 0.008 0.107 0.040 0.240 0.259 0.337 78 T 0.012 0.007 0.102 0.054 0.203 0.350 0.272 79 N 0.019 0.016 0.070 0.059 0.304 0.229 0.301 80 Q 0.037 0.019 0.046 0.079 0.262 0.055 0.501 81 I 0.058 0.016 0.149 0.292 0.107 0.125 0.253 82 F 0.131 0.017 0.165 0.238 0.083 0.159 0.207 83 A 0.209 0.023 0.200 0.137 0.065 0.135 0.230 84 R 0.308 0.015 0.118 0.059 0.132 0.090 0.278 85 R 0.374 0.005 0.062 0.030 0.236 0.083 0.211 86 R 0.738 0.009 0.016 0.007 0.075 0.034 0.122 87 L 0.864 0.007 0.002 0.002 0.011 0.003 0.112 88 S 0.954 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.032 89 F 0.969 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.023 90 D 0.949 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.042 91 C 0.943 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.047 92 T 0.951 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.038 93 A 0.931 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.060 94 T 0.939 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.048 95 L 0.803 0.015 0.002 0.002 0.021 0.004 0.153 96 I 0.416 0.022 0.004 0.005 0.091 0.014 0.446 97 E 0.113 0.014 0.012 0.013 0.214 0.063 0.570 98 R 0.016 0.007 0.047 0.029 0.216 0.305 0.380 99 E 0.004 0.004 0.053 0.063 0.267 0.229 0.381 100 S 0.002 0.003 0.037 0.160 0.337 0.094 0.366 101 Q 0.001 0.002 0.063 0.647 0.075 0.132 0.080 102 K 0.001 0.002 0.044 0.775 0.034 0.087 0.059 103 W 0.001 0.001 0.010 0.932 0.015 0.020 0.022 104 N 0.001 0.001 0.002 0.974 0.006 0.010 0.007 105 Q 0.001 0.001 0.001 0.987 0.001 0.007 0.003 106 V 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 107 V 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.004 0.001 108 D 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.005 0.001 109 Q 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.006 0.001 110 F 0.001 0.001 0.002 0.986 0.001 0.009 0.001 111 Q 0.001 0.001 0.007 0.964 0.002 0.024 0.001 112 E 0.001 0.001 0.013 0.859 0.007 0.115 0.004 113 R 0.001 0.001 0.016 0.802 0.031 0.128 0.022 114 F 0.003 0.005 0.011 0.424 0.171 0.072 0.315 115 G 0.001 0.001 0.088 0.626 0.042 0.174 0.069 116 Q 0.002 0.003 0.135 0.628 0.047 0.144 0.041 117 I 0.004 0.003 0.176 0.643 0.036 0.070 0.069 118 I 0.008 0.003 0.082 0.783 0.024 0.050 0.050 119 E 0.025 0.002 0.110 0.731 0.017 0.079 0.035 120 V 0.025 0.004 0.133 0.647 0.037 0.095 0.061 121 L 0.031 0.007 0.154 0.562 0.045 0.078 0.123 122 R 0.013 0.001 0.152 0.356 0.033 0.422 0.024 123 G 0.009 0.001 0.096 0.100 0.030 0.739 0.026 124 L 0.028 0.013 0.128 0.039 0.169 0.202 0.421 125 A 0.026 0.008 0.057 0.008 0.226 0.496 0.178 126 D 0.051 0.003 0.042 0.003 0.182 0.594 0.125 127 F 0.565 0.017 0.008 0.001 0.057 0.042 0.309 128 R 0.846 0.005 0.001 0.001 0.017 0.004 0.127 129 I 0.959 0.003 0.001 0.001 0.005 0.002 0.030 130 F 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.032 131 Q 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.026 132 L 0.879 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.114 133 T 0.744 0.010 0.001 0.001 0.008 0.001 0.236 134 P 0.488 0.008 0.015 0.003 0.154 0.053 0.279 135 K 0.295 0.008 0.027 0.003 0.430 0.102 0.134 136 E 0.766 0.009 0.016 0.003 0.053 0.021 0.132 137 G 0.915 0.002 0.003 0.001 0.010 0.008 0.061 138 R 0.962 0.002 0.001 0.001 0.009 0.005 0.020 139 F 0.959 0.004 0.001 0.001 0.008 0.003 0.024 140 V 0.860 0.005 0.002 0.001 0.027 0.006 0.099 141 I 0.714 0.009 0.006 0.002 0.078 0.038 0.153 142 G 0.575 0.009 0.019 0.003 0.097 0.138 0.158 143 F 0.637 0.010 0.017 0.003 0.096 0.132 0.104 144 G 0.682 0.013 0.021 0.007 0.101 0.071 0.104 145 A 0.665 0.014 0.020 0.008 0.069 0.034 0.190 146 A 0.796 0.011 0.010 0.005 0.033 0.027 0.119 147 Y 0.874 0.005 0.007 0.005 0.030 0.017 0.062 148 H 0.892 0.013 0.003 0.004 0.019 0.008 0.061 149 I 0.713 0.042 0.002 0.005 0.030 0.006 0.203 150 S 0.321 0.015 0.002 0.004 0.045 0.015 0.598 151 G 0.020 0.003 0.152 0.191 0.112 0.470 0.053 152 D 0.010 0.002 0.235 0.164 0.136 0.414 0.038 153 R 0.039 0.006 0.331 0.181 0.143 0.180 0.119 154 L 0.128 0.022 0.164 0.248 0.084 0.128 0.225 155 D 0.288 0.024 0.096 0.181 0.078 0.132 0.201 156 T 0.373 0.020 0.093 0.179 0.074 0.101 0.160 157 L 0.415 0.019 0.036 0.116 0.106 0.036 0.273 158 V 0.455 0.015 0.032 0.081 0.082 0.037 0.297 159 P 0.449 0.028 0.034 0.057 0.062 0.040 0.329 160 I 0.335 0.051 0.034 0.073 0.095 0.046 0.367 161 T 0.262 0.013 0.035 0.074 0.104 0.097 0.415 162 G 0.121 0.014 0.052 0.118 0.205 0.178 0.313 163 D 0.071 0.018 0.040 0.105 0.263 0.154 0.350 164 K 0.065 0.014 0.024 0.103 0.031 0.139 0.626 165 G 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.996